对洋药实行税厘并征之后，清廷也加紧了对土药税厘的整顿。1890年，户部与总署会奏《整顿土药税厘请饬详查妥办折》，指出：“内地栽种土药为中国出产大宗，果能设法稽征，认真办理，既可裨益饷需，且亦收回利权之一助，并可以征为禁，隐寓崇本抑末之意。”当时，吉林、黑龙江、呼兰、热河、四川、云南、江南、淮徐等省区土药出产日繁，各省局卡征收税项，官吏隐匿入已，为数甚巨，弊端百出，以至征多报少，于国课毫无裨益。如果不及时整顿，直接关系和影响到对进口鸦片税厘的征收，这项税收也必将减少。为此，清廷下令要求各省督抚详察地方情形，将原定和新定各项办法迅速复奏。次年，各省奏折陆续呈上，有将原定额上报者，有将原额修改后上报者。鉴于各省收取土产鸦片税数额极不统一，主要产鸦片省份又收数不旺，1891年总理衙门和户部会议了《徐州土药收捐章程》和《川省土药税厘划一章程》。徐州地区有八个州县种植罂粟，年产鸦片在1000万～1．500万两之间，两江总督沈秉成和江苏巡抚刚毅奏请，每百斤征银30两。后来经户部与总理衙门会奏，拟具章程十条，主要内容为：徐州产鸦片每百斤抽厘金30两，过江海、镇江两关代新关再收15两，提一成作办公费用；罂粟田已纳过田赋，土药厘捐只抽买户不抽卖户。制定该章程的主要目的是为了增加税收，正如总理衙门和户部在会议该章程时所指出的那样，徐州土药近年出产日旺，全年可望收厘捐30万两左右，如果能积极办理，税厘收数“自尚不止此数”。
《川省土药税厘划一章程》原为成都将军宗室歧元、四川总督刘秉璋针对湖广总督张之洞“增收川省土药税”主张而提。该章程未定之前，四川土药每百斤在本省抽厘金4两8钱，运至湖北再抽收4两7钱，张之洞提出每百斤加征至34两7钱，并于川楚隘口设勇堵截。后来，张之洞又主张将四川鸦片税增加到每百斤征银130两，即在重庆征20两，运往他省再照洋药税厘并征110两，此数比洋药进口税厘多出20两，因而引起四川方面的不满。川方认为，“‘川土’之价远逊于‘洋土’……比洋土税厘加增20两，事太离奇”。这一分歧经户部和总理衙门官员与李鸿章反复函商后得到解决，他们认为，“川土”每百斤值银250两，“洋土”每百斤约值430两，前者是后者的6／10，所以比照洋药进口每百斤税厘并征收110两之数，拟对川土每百斤征收税厘64两，其中内地税厘4两8钱，重庆出口应征出口税20两，复进口再征40两，共64两8钱。另外，还规定了云贵土药贩运入境应即照“川土”出口征收税厘，每百斤20两。
由于清政府财政日益拮据，实际上却是把土药税厘作为最重要的财源之一。1900年，鉴于政府需款日多，罗掘办法亦穷，经济状况窘迫，清廷下令将土药税厘增加三成。1901年《辛丑条约》签订之后，户部议筹款办法，规定将土药税再增加三成。实际上到此为止，对土药收取税厘每百斤已达110两，与洋药相同。并对收缴土药税厘抓得较紧，各省土药税收额也比较可观。以陕西和四川为例：陕西省土药厘金从1894年起直到1906年的12年间，除1901年近10万两以外，其余年份均超过10万两，1905年最高达28万余两。四川省清末年收土药税厘达100多万两，仅涪陵土税分局从1885年至1891年间，年均收取土药税即达10万两以上，到光绪末年更高达30万两以上。巨额的土药税厘已成为清廷财政收入的重要来源。
20世纪初年，随着土产鸦片的增多和进口鸦片的减少，清廷将主要精力放在了整顿土药税厘上。1904年底，清廷开始在两湖办土药统捐，在宜昌设总局，抽收土膏捐税，每百斤抽115两。不久，又增加了江西、安徽，改为四省合办，结果较各省分办时溢收甚巨。遂又加入闽、苏、两广，搞八省合办。1905年4月，为了保证‘秋季新鸦片上市后的巨额税收，财政处和户部请求政府下令各省速定章程，及时开办，并将宜昌总局改为八省总局，同时于湖南洪江、广西梧州各设分局，由总局派员经理。稍后又规定，凡云、贵、川烟土行销八省，经由总局分局均照收土税，无论轮船民船载运，一律预征膏捐。土药纳税捐后运往各处，如非落地销售，概不重征。所有经征款项及支销均由总局按季册报户部查核，所收款项以光绪二十九年（1903年）各省收数为定额，由局“合收分解”，即将总局所收统捐较各省定额拨给。“溢收之数，另储候解，专作练兵经费。”对于所收鸦片统捐，湖北享有优惠权，因为“统捐创始于湖北，该省摊认赔款及兵工厂经费，多由此取给”，所以“嗣后归总局核明，每年应需数目，仍在原收项下照拨”，而其他省不得援以为例。清廷认为八省统捐的好处是，“一税之外，听其所之，即便商民，复溢公帑”。1906年，浙江、山东、直隶、山西、河南、陕西、甘肃、四川、云南、贵州等省也普遍仿办。各省仿办后所收土药税捐的分配方法如上，即除按定额分拨各省之外，溢收之数均作练兵经费。清末新政中最重要的一项内容就是编练新军，而军队是国家的支柱，所以说当时的土药税捐已成了清政府赖以存在的经济支柱。如果说鸦片战争前夕，道光皇帝是为了兵和饷禁止鸦片的话，那么清廷灭亡前夕则是为了兵和饷大收鸦片税厘的，这也许是慈禧太后他们较其先人的“高明”之处吧1
1906年9月，清廷宣布以十年为期，“将洋土药之害一律革除净尽”，开始在全国禁烟。1907年9月，督办各省土药统捐的大臣柯逢时上奏，要求裁撤督办总局仍归各省分办，其理由是，因川、滇产土大省未办本销，综计一年届满，征收正税不过900余万两，故请裁撤。而清廷却以“近来各省认解练兵经费之款……尤恃此统税溢收之项源源接济”为由，不允许裁撤。而且谕令柯逢时：“倘再有地方官奉行不力，即由该督办指名严参。”可见，清廷在全国性禁烟运动开始一年后，仍将鸦片税收作为重要的财政收入。
在清政府利用鸦片税收解决财政危机思想的指导下，清末征收洋土药税厘甚巨。以1906年为例，据朱寿朋在《光绪朝东华录》一书中估算，当年行销土药约13．6万担，以每担（100斤）收税厘115两计，可得税银1564．万两；行销洋药5．4万担，可得税60万两，洋土药税厘合计约2164万两白银，这比于恩德所估算的800万两之数多出1300余万两。而本年海关征收货税银数为3606万余两，洋土药税与海关货税银之比为3：5，从这一点我们也可以看出洋土药税厘在清廷财政收入中所处的地位。
三、清末对鸦片征税的严重后果
对鸦片公开收税及一再加重税厘的直接后果，是鸦片的泛滥和人民负担的加重。1858年以后，由于对洋药公开收税，经王公大臣与户部奏议，吸食鸦片“除系官员、兵丁、太监人等照例治罪”以外，“其余民人概准买用”，于是鸦片之禁大开。据统计，19世纪最初20年中，英国平均每年自印度向中国输入鸦片4000箱，鸦片战争前夕的1838年～1839年激增至3．55万箱。鸦片贸易合法化之后，输入量猛增。从1859年到1869年的11年间，年均进口7．15万担。从1870年一1880年的11年间，年均进口9．33万担。1884年以前中国进口货值的1／3以上都是鸦片，1867年和1878年鸦片进口分别占总货值的46％和45％。由于鸦片税率比较高，为其市价的7～8％，是一般商品税率的两倍。在1884年以前鸦片税占进口税的一半左右，1860年甚至占到了2／3。由于清廷推行“以土抵洋”政策弛国内罂粟之禁，又按洋土药比价对土产鸦片实行轻税政策，加之商人反对和中国进口税厘加重，英印政府也不再把鸦片税收作为最重要的财政来源，因而光绪中期以后主要是行销国内土产鸦片。土产鸦片的畅销又刺激了鸦片产量的猛增。“据当时了解实际情形的人估计”，鸦片产量为：1900年37．6万担，1906年58．48万担，六年净增56％。20世纪初年行销于市场的鸦片中，土药约占2／3～3／4，如1905年行销土药14．2万担，洋药5．2万担；1906年行销土药13．6万担，洋药5．4万担。清朝末年对鸦片公开收税，导致了鸦片烟毒的泛滥。
政府弛罂粟之禁，农民种植成为合法，自产自吸也就成为很自然的事。这既影响了粮食生产，又严重危害了劳动人民的身心健康，使之更加贫困。同时，贩运售卖鸦片者都是要赚钱的，他们必然要把政府收取的那部分税厘，转嫁到广大吸食者和劳动人民身上。清政府纵容种植、贩卖、吸食鸦片，从中取得维持自身统治的经费，这种饮鸩止渴的做法是以牺牲广大劳动人民的生命财产为代价的。清末对鸦片公开收取税厘之后，经办官员成为肥缺，如八省统捐总局督办1905年由前广西巡抚柯逢时担任，因该职权大钱多，实为肥缺，故1908年5月清廷委任柯逢时为浙江巡抚，柯即以病为名拖延，后来清廷只得另派别人赴浙，柯得以继续督办土药统捐。柯逢时当时驻汉口，凡川、滇、黔、湘等省禁烟官员都由他委任，“岁得公费羡余甚巨，竞以致富”。对于官员借收鸦片税厘贪污中饱的事，当时就有人赋诗曰“昔年禁鸦片，土贵黄金贱，去年税洋药，民苦官更乐。千取百，万取千，朝廷岁所入，宁是夷人钱？重日税，轻日厘，府库日以瘠，囊橐日以肥，坐关之吏肥如牛”。它一方面反映了政府借收洋土药税厘搜刮人民，聚敛钱财，使民众更加贫困；另一方面揭露了收取税厘的官吏乘机中饱私囊的嘴脸，这就是对鸦片公开收税的另一个直接后果——官肥民瘦。