六月来了，天气有些热了起来。天气一热，张居正的老毛病就犯了，心里开始烦躁，火气上升，脸上出现一个个的青春疙瘩。按医生的讲法，他这是心理作用，只要平心静气，自然会好的。可张居正不这样看。他说：“拉倒吧，我这是阴阳失调。”
由于阴阳失调，他就常常发脾气，莫名其妙地跟人家吵架。大家都知道是怎么回事，都宽宏大量，不跟他计较。这却更叫张居正恼火，认为大家看不起他，就更想找个机会发作。这天，他终于找到了发作的机会。家人们只听见他在书房里大喊大叫：“这帮蠢货！傻瓜！菜鸟！”
大家忙跑过去看个究竟。
张居正拿了一叠文件，在那儿拍着桌子骂人呢：“这些家伙，就知道扯皮，什么事都不干，看我不撤了他们！”
大家劝说：“大人你莫急，有什么事慢慢说。”
张居正把文件挥到大家眼前，说：“我能不急吗？看看，你们看看，这些东西都是什么时候的了，还没有人去处理！”又说：“跟你们说也不懂，我跟皇上说去。”说完，转身就出去，身影在花园里一溜烟地就不见了，大家跑出去，想拉都拉不住。大家都叹气，说：“大人真是，脾气这么急，一点闲庭信步的风度都没有。”
来到宫中与万历见了面，张居正的火气才缓了下来。
“皇上，我想跟你商量一件事。”张居正说。
万历说：“什么事，张先生你只管说。”说完，突然又叫道：“啊呀，张先生，你脸上怎么有这么多的疙瘩？”
张居正有些不好意思，说：“最近内火有些重。”
万历说：“前不久皇后也起疙瘩，后来吃了些珍珠粉，做了些水果面膜才好，张先生你不妨试试。”
张居正说：“前久有人送了瓶深海面模淤泥，做了，效果不是很好。”
万历说：“那干脆开点药吃。”
张居正说：“现在的药太多，也不知吃那一种好。”
万历说：“要不要让太医给你看看？”
张居正说：“那就多谢皇上了。”
说了半天的青春痘，万历忽然想起正事，说：“对了，你是要说什么事来着？”
张居正说：“是这样，我根据这一段时间来的观察和研究，发现我们在管理体制上有很大的问题。我们一直采用的是金字塔型的管理模式，而不是扁平式的管理模式，从本质上来说，金字塔型的管理模式很容易产生官僚主义和形式主义，我觉得现在这个问题已经很严重了，不能不慎重对待了。”
万历很感兴趣地说：“哦？”
张居正继续说：“地方上官员互相扯皮，推卸责任，有的文件过了十来年都不见执行。有的还振振有辞，说什么中央管得太细，婆婆太多，令出多头，让下面的人无所适从。我看，都是借口，根本原因是不想好好工作，忘记了皇上的教诲和恩典。”
万历又问：“那张先生你看该如何处理？”
张居正说：“皇上，臣通过这些天的思索，有了一些不成熟的想法，倒想向你汇报汇报。”
万历想想，说：“这样，张先生，你干脆把这些想法形成文字，我们专门选一个时间来讨论这件事如何？”
张居正说：“那是最好。”
回到家，张居正的火气也小了，脸上青春痘也开始消了。他一边用手挤着残留的青春痘，一边埋头疾书，沉醉在了一个伟大事业的蓝图的构想之中。
后来，张居正回忆起这件事的时候，非常激动、非常怀念地说：“那是一个多么伟大的时代啊！谁都不会想到，一个伟大的时代会是由我的青春痘激发出来的！”
张居正交上去的这份报告得到了万历的好评，并在一个闷热的早朝开始讨论这份报告的可行性。
万历首先发言，充分肯定了张居正的工作积极性，又说：“大家看看，张先生的这份报告如何？我看不错，充分、有例有据、翔实、客观，能站在一个比较高的层次来看待问题。”
万历说完，大家开始发言。其实发言也没什么好说的了，皇上都把基调给定下来了，你还能说什么？于是都说不错，很好，说：“张先生的水平很高，我们都望尘莫及啊。”然后都向张居正稽首。
张居正就谦虚地说：“哪里哪里，是皇上平时教导有方。”
万历说：“大家不要客气，现在先表个态，同意张先生意见的请举手。”
所有人都举了手。有几个还有些犹豫的，见大家都举了手，忙赶紧也举了起来。
万历点了点人数，说：“大家都同意了？那好，我们就开始实施吧。”
于是，张居正关于改革的方案开始正式启动。
但有几个家伙很不好，当面一套背后一套，万历让大家提意见的时候都不提，还对人家张居正翘大拇指，表示自己的敬佩之情，可一散了会，马上就开始发牢骚，说：“张居正算什么东西？不就仗着自己跟皇上的关系好吗？搞什么改革！都是骗人的玩意！”完全是当面不说，背后乱说，会上不说，会后乱说。
张居正的改革方案主要是针对四个问题的，一个就是前面说到的形式主义和文牍主义，另三个就是干部任用提拔问题、人才选举问题和经济改革问题。
对第一个问题，张居正提出了考成法。规定，凡是六部、都察院将各类章奏和圣旨转给各衙门，都事先按路程远近、事情缓急规定处理日期，并分门别类存档，每月底予以注销。除通行章奏不必查考之外，其他转行覆勘、提问议处、催督查核等公文，另造处理文册两本，注明公文内容提要及规定处理期限，一式两份。六科据此逐一候查，下月陆续销完。上下半年各总结汇查一次，类查簿内事件有无违限未注销。如有耽搁，即开例上报，并下个衙内诘问，责其讲明原因。如有不照此规定执行的衙门和官员，一定要追查责任，查清为止。巡抚、巡按拖延耽搁的，由六部举报；六部、都察院有弄私舞弊的，由六科举报；六科有欺上瞒下的，由内阁举报。这样，由内阁查六科，六科查六部、都察院，六部、都察院查巡抚巡按的考核系统就建立起来了。在这个系统中，关键的是六科。六科的级别只有七品，而六部尚书的官衔却有二品，但六科却能牵制六部，以小官来监察大官，倒也是一大发明。
在干部提拔和任用方面，张居正认为，一定要按照公铨选、专责成、行久远、严考察的原则来进行。所谓公铨选，就是干部的奖惩进退，一概以功实为基础，不要只看他的名气，不要只看他的学历，也不要只看他的资格，“不以一事概生平，不以一眚掩大节”，要不拘一格降人才，不管大人小人，能办实事好事的就是可用之人；所谓专责成，就是用一个人就给他权限，要放心地用，大胆地使，所谓用人不疑疑人不用就是这个道理；所谓行久远，就是一个干部，在一个岗位要有一定的时间年限，不要频频调动，更换工作岗位，这样，既不利于干部的成长，也不利于工作的持久性和长期性，容易导致官僚主义、形式主义、面子工程和腐败等问题的出现；所谓严考察，就是定期或不定期对官员考核，根据考察的结果，对该官员的政绩做出一个比较客观的判断，决定他的升降去留。
在人才培养方面，张居正提出了教育改革的主张。张居正首先批评了近年来轻视督学的风气，认为大家都看不起督学，原因有好几方面，一方面是这些督学自身学历不高，能力太差，又过惯了舒服日子，不愿扎扎实实到基层调查研究，有的还搞腐败，只要那些学生送礼请客，到时就给人家方便，使得教育文化战线的风气一团糟，另一方面是有些自认清高的家伙不理国家的教育政策，搞什么私学，提倡自由主义，无政府主义，或者就讲些莫名其妙的玄学，现代派，意识流，最近又开始讲什么后现代主义，搞得一些没有识别能力的年轻人趋之若鹜，和国家抢夺宝贵的人才资源。对此，张居正痛心疾首，认为不制止不行。张居正专门针对教育部门的情况提出十八条改革规章，其中最关键的有：
一是今后在教育部门的官员和工作人员，要不断提高自身素质，加强专业研究和实践学习，不得有弄私舞弊的行为；同时，未经许可，任何人不得另办书院，群聚党徒，以防一些别有用心的人假借办学研究之名空谈废业；
二是平时如果有不务正业，或是编造歌谣，乱发议论，行为不端，造成恶劣影响的，马上革退；
三是对天下利弊，大家都可以说，可以百家争鸣，可以提意见，但就是不许生员议论，生员应该有个原则问题；
四是各省提学官，专督学校，不许乱插一杠子，走后门，拉关系，胡乱推荐；
五是该管的地方，每年都要考察一遍，不许移文代委；
六是今后的每年考试，一定要加强校阅，该处罚的要处罚，该黜退的就黜退，不要顾情面，不要看有没有后台；
七是生员考试，发现有不学无术，文理不通，不会写报告，不懂基本的ABC的，对这样的人要严处，罚去充吏。
在经济改革方面，主要是推行了丈田粮和一条鞭法。丈田粮主要是清丈土地，把一些虚报、假报、隐报的耕地给查出来，使一些长期被隐瞒的土地凸现在国家可控制的视线中。一条鞭法主要是把一切徭役折算成银两，把赋和役简单化为一次编审。丈田粮使国家可承担赋税的耕地面积大幅度增加，对政府的财政收入起了不可忽视的作用。而一条鞭法的实施，则“今田不荒芜，人不逃窜，钱粮不拖欠”。至万历五年，太仓的银库收入已达到四百三十五万余两。张居正对此很得意，对人说：“以前人家都说没有人交税，老百姓没钱，我看，不是我们没有纳税人，也不是老百姓没钱，而是我们的工作没有做到家，没有在老百姓心中树立起纳税意识。”
张居正提出的这些改革措施，在实际实施中确实起到了不少好的效果。据万历六年的户科报告，说自考成法开始后，“数十年废弛丛积之政，逐次修举”，考察一百三十七件公事中，查出七十六人有问题。每年的考察，也使很多偷懒偷惯了的官员不得不有所行动。在经济上，国家的财政也逐年上升，老百姓也得到了不少实惠。万历皇帝对此很高兴。一次吃过晚饭，万历看报告，看到最近的各项工作进展顺利，没有出现大问题，而且官员都尽心尽力，推延工作、互相扯皮、有令不行的现象少了很多，心情很舒畅，摸着老猫，长长地吁口气，说：“张先生还是有两把刷子的，他这些改革措施确实不错。”一高兴，就想奖赏张居正，可赏什么呢？想了想，开玩笑地对老猫说：“把你赏给张先生怎么样？”老猫惊恐地“妙”地叫了声，浑身发抖。万历忙说：“看你，怕成这样。放心吧，我不会把你赏给别人的。就赏张先生一尊玉虎如何？”
老猫忙点头。
张居正在改革之前就预料到会有麻烦，对人说：“改革嘛，总会得罪一些人的。”但没想到这反对的声音会这么多、这么快。