迫于各个方面的压力，南非政府最终选择在1960年10月份让所有的白人进行投票，决定南非是否应该建立一个共和制国家。经过投票，有55%的白人支持建立南非共和国。南非政府决定在1961年5月31日成立共和国。
1961年3月，曼德拉等人终于等到了法庭宣判的那一天。法官用一种很低沉的声音说：“是的，非洲人国民大会一直想用一种完全不同的政府来取代现在的政府；是的，非洲人国民大会有很严重的左翼倾向，主要表现在他们反对帝国主义，反对西方，却赞成苏联模式的态度上。但是，法庭现在掌握的证据都无法证明非洲人国民大会采取暴力推翻现政府的举动……因为没有发现被告的罪行，所以，他们被宣判无罪释放。”
从法院出来以后，曼德拉和全国委员会的委员们马上召开了一次秘密会议。在会上，曼德拉建议将非洲人国民大会转移到地下。此一想法得到了所有人的认同。
为了适应地下工作，非洲人国民大会决定将全国执委会的成员由21名减少到7名，并按照曼德拉提出的方案继续坚持斗争。曼德拉回忆说：“这是一项非常危险的使命，我不得不离开我的家人。但是，当一个人被拒绝拥有他原本就该拥有的生活权利时，他别无选择，只能成为一个违法者。”
随后，曼德拉便离开了约翰内斯堡，到各大城市指挥非暴力反抗活动。温妮回忆说：
1961年“叛国罪案”审判结束时，纳尔逊和其他的几名非洲人国民大会的领导人一起回来了。曼德拉很简单地对我说：“亲爱的，你给我收拾几件随身用的东西吧！”
纳尔逊一直站在门外，我没有办法靠近他，因为他身边围满了人，他们都在祝福他。我收拾好东西时，纳尔逊已经走了。过了一个小时后，有人来取走了那个包。
第二天下午，我在报纸上看到纳尔逊出现在马里茨堡，在一个我所不知的集会上讲话。我并没有意识到，禁止他离开约翰内斯堡的禁令已经过期了。
那一天，是我最后一次见到我的丈夫。后来，我在给他洗衬衣时，在口袋里发现了一张单据，他预付了6个月的房租，这是很不寻常的。我想他是在想方设法减轻我的痛苦，让我在没有他的情况下能更容易地面对生活。
此后，曼德拉一直在利沃尼亚一家叫立斯里斯夫的牧场里藏身。曼德拉化名大卫·莫扎马义，扮成一个替牧场主看房子的佣人。白天，他以佣人的身份来服侍牧场的工人，晚上，他便和非洲人国民大会的同志们一起商议大事。
在南非白人即将庆祝共和国诞生的前夕，曼德拉等人召集了一次为期3天的“待在家中”的抗议活动。但不知为什么，此一消息居然被白人当局知道了。当局马上颁布了特别法律，授权警察围捕自由主义战士。罢工前的一周内，有1万余名南非黑人被捕，一直被关押到罢工结束。
一家英国报纸这样描述罢工前夕的形势：
这是自第二次世界大战以来规模最大的征召令，大城镇里动员了几十个公民义勇队。战略地点都设在了营地。重型军车载着武器装备，沿着里夫高地蜿蜒而行。直升飞机在非洲人居住区上空盘旋，探照灯搜索着房屋、院子、土地和没有灯光的区域。
几百名白人平民宣誓就职，担任特别警察，几百名妇女周末练习打靶。枪支商店里的手枪和子弹都被兜售一空。全国警察的假期都取消了。武装保安被派出去，保护发电厂和其他的政府国家基础设施。警车一边在城里的街道上巡逻，一边播放声明：“凡是参与罢工的非洲人都将被解雇，并遣送出城！”
事实上，这次罢工并不成功，很多人为了免受政府的处罚而偷偷地跑去上班。但即使如此，这也是非洲人国民大会被取缔后领导的第一次全国性抗议活动，显示了非洲人国民大会强大的生命力和不屈不挠的革命精神。
1962年，白人当局颁布了《反破坏法》，规定要严惩所有“破坏公共秩序”的人，凡是参加了罢工、示威、抗议等活动的人，都将被视为“参加破坏活动罪”，可以被判至少5年直至死刑的刑罚。同时，政府还签发了曼德拉的逮捕证，曼德拉开始了四处逃亡的日子。
在逃亡的日子里，曼德拉白天躲在房间里睡觉，晚上才出来活动。他通过地下指挥系统发出了大量的号召，号召工人们遵守行动指令。
颠沛流离的生活使得曼德拉不修边幅，以至于他的胡子长得很长。政府为了抓获他，还特意散发了很多长着大胡子的曼德拉头像。有人曾劝曼德拉剃掉自己的大胡子，但是被曼德拉拒绝了，因为他觉得这种容貌让他看起来像是穷苦人家出身，更不会引起警察的注意。
在逃亡的时候，曼德拉得到了很多人的帮助，甚至还包括一些警察和官员。一次，曼德拉装扮成一个司机，正在约翰内斯堡一个偏僻的角落里等人。忽然，曼德拉发现一个非洲警察向他走来。在曼德拉准备逃跑的时候，那名警察朝他笑了笑，并用手指向他行了一个非洲人国民大会的会礼，然后走开了。
凭借着出色的伪装技术和别人的帮助，曼德拉逃过了警察一次又一次的抓捕。于是，媒体给他取了个绰号叫“黑色海绿花”。这个绰号来源于一个叫巴洛耐斯·奥卡兹的人，他在法国大革命时期曾经多次惊险地躲过了对他的抓捕，因此人们送他一个绰号：“红色海绿花”。
自从曼德拉被政府通缉后，温妮就很难再见到丈夫的面了。但温妮似乎早就预感到了这一天，她表现得十分坦然。她一方面细心地照料自己的孩子们，一方面在耐心地等待丈夫的归来：
纳尔逊的活动转入到地下后，极其艰苦的日子到来了。
我爱他的时间太少了，但是我们的爱经受了时间和离别的考验。我并不想说他是个天使，如果我有足够的时间了解他的话，我一定能发现他的很多缺点。但我只有时间爱他，剩下的，只有漫长的等待。
说实话，我也并非见不到他，只是我们的生活如同戏剧般滑稽。在漆黑的夜里，我等待那神秘的敲窗声，我不知道它什么时候会出现。开始的时候，他会在凌晨时分回来，然后在家里待上1个小时左右。后来，我被警察一天24小时监控，不得不溜出警戒线去看他。
在利沃尼亚有一家名叫立斯里斯夫的牧场，那是我常常见他的地方。在那里，我第一次给他和孩子们做饭，过一点儿像样的家庭生活。
那时候，纳尔逊总是喜欢带孩子们去杂草丛生的花园里散步。我的大女儿泽妮认为那里就是她的家，因为只有在那里，她才能和父亲一起玩耍。
当时，我们也有好几次险些和警察遭遇。许多时候都是我健壮的体魄帮了忙。我的身材很粗，脸总是圆圆的，就像怀孕了一样。一次，当我遇到警察设的路障时，恰好和一位医生在一起，他开着一辆标有红十字的汽车。我躺在他的车里，假装分娩，一边大声呻吟，一边冒汗，好不容易才混了过去。
我还记得有一次，纳尔逊送给我的那辆车的汽缸坏了，我正在修理，一个人忽然叫我把车开到角落里。在那里，一个高个子、身穿蓝色工服、戴鸭舌帽的男子走了过来，打开车门，上去把车开走了。他就是纳尔逊。