声势浩大的关东联军令董卓很恼火也很担心，而他不仅要面对关东联军的威胁，后方也不太平，原黄巾余党郭太等人又在西河白波谷起事，转而侵犯太原，接着攻破河东，很多望族百姓流亡到三辅。
郭太等人被当地人称为“白波贼”，部众达十余万。董卓派自已的女婿中郎将牛辅前去平叛，却不能退敌。等听到东方讨伐董卓的兵兴起，天不怕地不怕的董相国开始恐惧，优裕的生活腐蚀了他的身体，单从外形来看，他真的像一头猪。
董卓决定杀死曾经的少帝，现在的弘农王，这个孩子活在世上终究是个祸害。
董卓从来不是心慈手软的人。
可怜刚满十五岁的少年，只因生在帝王之家，在奴仆的威逼下，喝下了董卓准备的鸩酒，就此走完了他的人生旅程。
也许以他胆小的性格和幼小的心灵，如其天天活在恐惧之中，还不如早点了结。
毒死弘农王后，为了避开关东军的锋芒，特别是孙坚的进逼，董卓还准备迁都长安。
他决定召集公卿商议迁都之事，没想到朝会上太尉黄琬、司徒杨彪在廷上极力反对，伍琼、周毖又极力劝阻。
董卓见伍琼、周毖反对，大怒：“我刚入朝时，你二人劝我用所谓有德之士，我听你等意见任命袁绍、韩馥、孔伷等人，而他们到任后，却举兵打我。你二位出卖我，我有什么对不起你们的!”下令斩了伍琼、周毖。
伍琼、周毖被立刻拖了下去，在伍、周二人惊恐的叫声中，受惊吓的是共同反对的杨彪、黄琬。
杨彪、黄琬见董卓大发雷霆，很是害怕，他们不想死，只得散朝后到董卓府里道歉。
见到董卓后，两人低声下气地说：“小人留恋旧地，不是想要阻止国家大事啊，请治我们考虑不周的罪过。”董卓杀了伍琼、周毖后，很快也就后悔了，伍、周二人一向对他很恭敬，虽然可能只是表面上的恭敬，但他并不想把那些溜须拍马的朝臣都杀掉，他不想事态扩大，见杨彪、黄琬自称小人，董卓很受用，气也消了，上表请求任命杨彪、黄琬为光禄大夫。这下再没人提出异议，董卓开始着手把天子迁往西都长安。
长安是西汉的都城，但早在赤眉之乱时，宫室与文武官舍就被焚烧毁坏，天子被强行迁往长安后，发现只有高庙、京兆府邸还算完好，大家一起动手，清除密密麻麻的蜘蛛网，清扫灰尘，忙活了半天，流了一身的臭汗，才算清理出了一块安身立命之所。董卓选了个吉日让皇帝搬了进去。后来又挪到未央宫。
为了增加长安人口，防止关东军在洛阳附近获得补给，董卓又把洛阳数百万人口迁往长安，为防止百姓逃跑，又命步骑兵一路逼迫驱赶。
路上，百姓互相践踏，哀鸣声不绝于耳，加上饥饿及官兵的掠夺，一些年老体弱及生病的人许多就死在路上，以致沿路堆满了尸体。
这些尸体无人掩埋，都成了秃鹰和野狗的食物。
董卓自己则驻留洛阳，他把洛阳周围宫庙、官署、民宅全部烧毁，二百里以内再无人烟。又派吕布挖开各皇帝陵墓，以及公卿以下百官的坟茔，搜罗其中的珍宝。
在董卓迁都的过程中，联军这边各诸候也没闲着，经过前期的准备，全部将部队集结于京城洛阳附近：袁绍驻扎在河内（今HN武陟西南）；张邈、刘岱、桥瑁驻扎在酸枣（今HN省XX市YJ县城西南）；孔伷驻扎在颍川（今HN省XC市YZ市韩馥驻扎在邺县（HN安阳）；袁术驻扎在南阳（今HN省NY市关东军人强马壮，声势浩大，董卓也是严阵以待，但不料，除了曹操带着区区五千人前来挑战以外，等了好多日子，也没见这些关东军有所行动，另一边的孙坚倒是令董卓十分紧张。