浙江处决哥老会头目黄发祥。黄发祥，绰号包老神仙，系湖南人，立会箭贤山，为哥老会中正龙头名目，往来浙江省境内。本日夜，浙江省臬司许贞干密饬省防统领李鹤皋，派新中军右营补用参将吴忠选、管带卫队守备萧心诚等，将黄发祥及其同伙朱云标一并擒获，并且搜出票布、伪谕、名戳等物。浙江巡抚任道熔奏请清廷予以立即正法，并捉拿其余从。
两江总督刘坤一在南京设立派办处，筹划一切新政事宜。
驻俄英国大使照会俄外交部，声明英国不漠视足以变更或扰乱西藏现状之事。
9月3日。直隶保定发生水灾。据《申报》本日报道：近日，直隶省城保定霪雨连绵，山洪暴发，以致南关外天水桥及东关外一带汪洋一片，行人均乘竹筏往来，附近各村几乎都已化为泽国。
江西巡抚李兴锐上奏清廷，认为为了安缉地方，调和民教关系，主张将江西鄱阳县免予停止科举考试。
9月4日。醇亲王载沣赴德国“谢罪”。6月7日，清廷派醇亲王载沣为钦差头等专使大臣，为德使克林德被杀，前往德国谢罪。本日，德国皇帝威廉二世在波恩新建行宫内接见醇亲王载沣，德国各王公大臣及柏林、波恩两处统兵将领均陪同接见。载沣抵达后，向德国皇帝行三鞠躬礼，并递交国书称：“去年北方之乱系误国诸庸臣酿成，实非中国大皇帝之意。然因此伤及贵国大臣，敝国大皇帝深抱不安。今幸和约将定，愿此后益敦睦谊，永释前嫌。”德国皇帝回答道：“中国去年北方之祸，朕亦深知非出贵国大皇帝之意。但此后贵国政府办理交涉，务预按照公法，万不可再纵容乱民酿成此等之事，方能两国永坚和好，不致以玉帛易干戈。若仅以此次贵大臣辱临敝邦，为足释从前嫌怨，恐亦贵国遭使之意也。”载沣恭敬地聆听他的讲话，会见完毕仍旧向他行三鞠躬礼，然后退出。10月30日，载沣回国抵达香港。11月3日，回到上海。
慈禧太后和光绪帝定于10月6日回京。原分驻太谷、祁县、榆次三营和原驻扎韩信岭三营暨翼亲兵共2000人，于本日启程，开赴潼关护驾。
9月5日。清廷令山东巡抚胡廷干治理黄河水汛。
9月6日。奉天省奏请招垦锦州大凌河牧场，清廷同意由奉天将军选派人员谨慎办理。
9月7日。《辛丑条约）签订。由德、奥匈、比、西、法、英、意、美、日、荷、俄11国公使组成的外交团，在团长葛络干主持下，于上午11时在北京西班牙使馆与中国全权大臣奕、李鸿章举行会谈，签署和谈最后议定书。1901年是夏历辛丑年，最后议定书又称《辛丑条约》。该条约共有12款19个附件，是一个严重的不平等条约，其主要内容如下：
“大德国钦差男爵克大臣被戕害一事，钦派醇亲王载沣为头等专使大臣，赴大德国大皇帝前，代表大清国大皇帝暨国家惋惜之意。”“大清国国家业已声明，在遇害处所竖立铭志之碑，与克大臣品位相配，列叙大清国大皇帝惋惜凶事之旨，书以拉丁、德、汉各文。”“惩办伤害诸国国家及人民之首祸诸臣。”“上谕将诸国人民遇害被虐之城镇，停止文武各等考试五年。”“因大日本国使馆书记生杉山彬被害，大清国大皇帝从优荣之典，降旨简派户部侍郎那桐为专使大臣，赴大日本国大皇帝前，代表大清国大皇帝暨国家惋惜之意。”“大清国国家允定在于诸国被污渎及挖掘各坟茔，建立涤垢雪侮之碑，已与诸国全权大臣会同商定，其碑由各该国使馆督建，并由中国国家付给估算各费银两。”“大清国国家允定不准将军火暨专为制造军火各种器料运入中国境内。”“大清国大皇帝允定，付诸国偿款海关银四百五十兆两。”（甲）此四百五十兆按年息四厘，正本由中国分三十九年清还。……（丙）由中国国家将全数保票一纸，交付驻京诸国钦差领衔大臣手内。（戊）所定承担保票之财源开列于后：一、新关番进款俟前已作为担保之借款各本利付给之后剩者，又进门货税增至切实值百抽五，将所增之数加之，所有向例进口免税各货，除外国叫运来之米及各杂色粮面，并金银以及金银各钱外，均应列入切实值百抽五货内。二、所有常关各进款，在各通商口岸之常关均归新关管理。三、所有盐政各进项，除归还前泰西借款一宗外，余剩一并归入。”“大清国国家允许各使馆境界以为专与住用之外，并独自使馆管理，中国民人概不准在界内居住，亦可自行防守。中国国家应允诸国分应自主，常留兵队分保使馆。”“大清国国家应允将大沽炮台及有碍京师至海通道之各炮台，一律削平，现已设法照办。”“中国国家应允由诸国分应主办会同酌定数处，留兵驻守，以保京师至海通道无断绝之虞。今诸国驻守之处，系黄村、廊坊、杨村、天津、军粮城、塘沽、芦台、唐山、滦州、昌黎、秦皇岛、山海关。”“大清国国家允定两年之久，在各府厅州县将以后所属之上谕颁行布告：一、上谕以永禁或设或入与诸国仇敌之会，违者皆斩。二、上谕一道，犯罪之人如何惩办之处，均一一载明。三、上谕以诸国人民遇害被虐各城镇，停止文武各等考试。四、上谕以各省督抚文武大吏暨有司各官，于所属境内均有保平安之责。如复滋伤害诸国人民之事，或再有违约之行，必须立时弹压惩办，否则该管之员，即行革职，永不叙用，亦不得开脱别给奖叙。”“大清国国家允定将通商行船各条约内，诸国视为应行商改之处，及有关通商各项事宜，均行议商，以期妥善简易。现按照第六款赔偿事宜，约定中国国家应允襄办改善北河、黄浦两水路。”。《辛丑条约》是帝国主义用暴力强加在中国人民身上的沉重的殖民枷锁，也是清王朝勾结外国反动势力的卖身契。
9月8日。《京话报》创刊。该报是北京最早的白话报刊，主编为黄慧中。旬刊，设论说、中外新闻、海外收遗等数栏。每期30页左右。提倡白话，鼓吹变法自强。刊有《白话书是变法的根子》、《论变法机会》等文。凡是转载的文章，一律用京话改。总共发行6期，同年12月停刊。
9月10日。山东即墨民众要求减税山东即墨因为抽收新税，群众要求减税，县令不同意，于是乡民乃聚众万人，围城两昼夜，一直到县令答应减税才开始散去。
9月11日。清廷宣布永远停止捐纳实官。
清廷决定各省建立武备学堂。清廷下诏整顿兵制，停止武科，于各直省会建立武备学堂，并责成直隶总督李鸿章、两江总督刘坤一、湖广总督张之洞、山东巡抚袁世凯等酌量扩充先前所设的北洋、湖北武备学堂和山东随营学堂，并核议规制章程。其余各省一体仿照，设法筹建。
日本驻华公使小村寿太郎卸任回国。
9月12日。清廷令各省裁汰旧军，编练新军。清廷诏令各省将军督抚，将原有各营旧军严行裁汰，精选若干营编练新军，分为常备、续备、巡警等军，一律操习新式枪炮。
9月13日。武汉长江轮渡试航。武昌与汉口之间仅一江之隔，过去靠木船往来，常常失事，很不安全。湖广总督张之洞委派江汉关监督岑馥庄和夏口厅同知、江夏知县一起详订章程，准许黄某开办。岑馥庄奉命后，立即转派张尧臣、陈介庵两人将轮渡章程仔细商定，本日试行。
清廷以安徽水灾，着颁发内帑银五万两，交该省巡抚王之春核实散发。
黑龙江将军萨保照复俄国特办黑龙江交涉大臣，附送那尔斌采矿执照，准其在嫩江左岸自墨尔根起至齐齐哈尔止，松花江左岸自呼兰河口以下起至巴兰河止，采勘金苗，以二年为限。
国子监传集八旗官学生，准备挑选10名赴日本留学，一切费用皆由日方负责。
湖北自强学堂整顿后重新开学。
上海南市马路局工程局规定：即日起，经过本界的界外车辆必须纳税，每月马车洋银2.4元，东洋车1.2元。
9月14日。清廷颁布兴办学堂谕旨。命令应切实整顿京师大学堂，各省所有书院，在省城均改设大学堂，各府及直隶州均改设中学堂，各州县均改设小学堂，并多设蒙养学堂。
英国、意大利将颐和园交还给清廷。在这之前，圆明园、静宜圆、静明圆均已陆续交还。
漕运海运局上海局将开办以来堆积的20万担粮食交招商局运往天津。
9月15日。《南洋七日报》在上海创刊。该报由孙鼎、陈国熙、赵连璧任主编，系周刊，每周六出版。自称“身受国恩，愿以笔谏，去新旧之党援，泯中西之畛域，此立言第一要义”。该报设论说、时事（分内政门、外交门、理财门、经武门、格物门、考工门）、汇论、算学、译编、课艺、奏疏、专件等栏目。刊有《论变法》、《论党》、《平等之界说》、《保种说》、《救亡篇）、《论中国无自主之权》等文，大量汇录《中国日报》、《苏报》、《同文沪报》、《新闻报》、《天南新报》等报论说。宣传保种救亡，提倡变法维新，鼓励兴学游学。1902年4月停刊，共出29期。
清廷继续惩外省教案发生所在地的地方官员五十一名。
谢缵泰、洪全福等谋划广州起事。洪全福，字其无，是天王洪秀全的族侄，幼年随洪秀全参加太平天国起义被授予瑛王爵位。太平天国失败后，洪全福逃往香港，加入香港义和堂航业会所。兴中会会员谢缵泰因为其父谢日昌与洪全福过从甚密，乃结识洪全福，希望借助洪的地位和军事经验，组织力量，夺取广州。谢缵泰于惠州起义失败后，在香港积极开展革命宣传组织工作，并介绍香港富商李纪堂参加兴中会。本日，由谢缵泰出面邀请洪全福、李纪堂商议，共推洪全福为首领，以示继承太平天国之遗愿，号召广东洪门兄弟起义，并议定起义成功后，建国号为“大明顺天国”，由李纪堂承担全部费用。洪全福欣然接受。之后，谢缵泰、洪全福分头准备起义。由于起义事宜泄露，起义军被迫解散，起义最后失败。
9月16日。北京因为屠宰捐税过重，屠户从即日起罢市，16、17、18三日连日停屠。
9月17日。清廷公布《广派游学谕》。命令各省仿照江南、湖北、四川等省，选派学生出洋留学，学成回国，优秀者分别赏给进士、举人各项出身，以备任用。
侵据直隶和天津的八国联军开始撤出，但天津交还则附有联军仍驻天津，清兵不得进入天津附近20公里内等条件。
英国政府任命詹姆斯·马凯爵士为专使，执行修改与中国签订的商约的任务。
9月18日。清廷因为德国不愿醇亲王载沣转使他国，命令其回国，美国、日本、意大利、比利时各国使事，暂且从缓计议。
9月19日。据《申报》今日报道：广东巡抚德静山电奏清廷，请将广东本届武科乡试照章举行，从明年开始一律永远停止。
9月20日。清廷从顺天府奏，决定设立外文（东文、西文）学堂。
9月21日。江南制造局将各厂经考核定为优等的工人开列名姓牌号，提高工资以示奖励。
上海查禁“淫书”。《金瓶梅》、《灯草和尚传奇》等10余本书在查禁之列。
9月22日。李鸿章上奏《和议会同画押折》李鸿章向清廷呈上《和议会同画押折》，总结议和订约，表达自己对未来政局的见解。他说：“臣等伏查近数寸‘年内，每有一次构衅，必多一次吃亏。上年事变之来，尤为仓猝，创深痛钜，薄海惊心。今议和已成，大局少定，仍望我朝廷坚持定见，外修和好，内图富强，或可渐有转机，譬诸多病之人，善自医调，犹恐或伤元气，若再好勇斗狠，必有性命之忧矣。”这表明李鸿章在对外问题上的妥协与软弱。
各国联军除在规定的直隶12处驻兵地区驻兵外，其余陆续撒军。
9月23日。张之洞改革武备。湖广总督张之洞近日见绿营军兵力乏弱，难以在短期内提高军力，准备对规定数额的各营标兵进行裁撤，另外招募练军若干营。他还与两江总督刘坤一会衔奏请清廷，命令各省一律遵行。随后他命令护军统领张虎臣选派得力将领，招募精壮六营，充入原有各营，以补充绿营之缺。另外所有营哨士兵都从武备学堂中选取。
9月24日。日本划定重庆王家沱租界乘着八国联军占据北京、天津之机，日本根据《通商口岸日本租界专条》的规定，向清廷提出划定重庆日租界。清廷连忙让四川总督奎俊经办此事。经过一段时间选址、勘测，本日由四川分巡东兵备道兼重庆关监督宝菜与日本驻重庆领事山畸桂签订《重庆日本商民专界约书》，划定重庆朝天门外南岸王家沱为日本专管租界，面积705亩。根据这个《约书》，日本在重庆王家沱租界获得一个独立国家所有的一切权力——包括占有土地和在土地上施行行政、警察、司法、征税等权力。其他国家按片面最惠国待遇，自动地“均沾”了日本在专管租界的特权。租界的“国中之国”地位就这样逐渐确定下来。
黑龙江将军衙门请求查报官兵阵亡人数。内称：“去岁猝遭变乱，所有省属镇边新陈各军均皆溃散，各城官兵、西丹人等类多流离，以致三路阵亡人数无从查察。现在和局已成，渐复旧规，一切官兵人等，白应先为查明收笼。”
9月25日。康有为写成祭戊戌六烈士诗。本日是戊戌六君子殉难的三周年纪念日，康有为这时居住在槟榔屿，祭奠烈士，并写成祭六烈士诗，他说：“六烈士者，非亡人之友生弟子，则亡人之肺腑骨肉；流肉绝域，呕血痛心，两年执笔，衰不成文。”祭杨锐诗中说：“人才付一烬，邦国嗟长锁”；祭谭嗣同诗中说：“呜呼苌宏血，三年碧不止”。“每见青琅，伤心泪，人间廿四年，英名满天地”，表达了对烈士们怀念和崇敬。
9月27日。清廷实行新的题奏本章办法。
9月28日。户部奏陈偿还赔款办法户部提出拟先赔款2200万两，部库裁减之款可省300余万两，各省摊派800余万两。清廷谕令如所议行。
9月29日。醇亲王载沣离开柏林回国。
9月30日。上海彩票大泛滥。经营大德胶州皇家印捐彩票的同得力、广万元、广利兴三家公司开张营业，上海华界彩票泛滥达到新高潮。自去年5月彩票风波后，江南义赈彩票一直畅行不衰。本年7月后，广东义赈彩票又批准在上海卖售。为解决顺直善后义赈经费，李鸿章苦于筹措无门，也于8月奏准发行彩票筹措经费，命令首先在上海开办。本月，德国开办的“大德胶州皇家印捐彩票”也挤入上海发售。上海各家彩票公司、商行有万利昌、广中和、上广中、裕丰源、广扬兴、广泰祥等公司先后挂牌，代销处更是比比皆是。甚至江苏、杭州等地所办的义赈彩票也进入上海，寻找立足发财之地。
四川青羊市发生义和团大起事。位于綦江、桐梓两县交界的青羊市，学习“神拳”蔚然成风，义和团势力发展很快。这引起传教士和团保的不安，他们勾结官府迫害习拳群众，于是本日夜青羊市义和团举行大起事。一时“风声鹤唳，惊扰数邑”，“内而正安、仁怀（属贵州省），外而南川、巴县，谣传喧嚷，摇动邻封”。这场以贫民为主并有开明士绅、团保参加的义和团起事不久被川滇清军镇压下去，但对即将爆发的四川义和团大起义产生了较大的影响。
清廷令奕、李鸿章竭力磋商，以望早日收回天津都统衙门。