1901年
1月2日。英籍“源利”、“源懋”两船载鲜鱼到上海，江海关只征正税。上海道台指示，要补子口半税，但英国领事反对。
1月19日。江海关准予“源利”、“源懋”结关。英国领事却对该二船被扣所遭受的损失，索赔140银两，南洋通商大臣指示照付。
1月12日～3月17日。津海关税务司德璀琳向总税务司赫德报告了天津、北京等地义和团起义军和侵略军活动情况的密函21件。
2月至8月赫德向清政府提交了3条建议：《更新节略》、关于庚子偿付赔款备忘录、开征印花税。
3月6日。广东省宪下令解除禁止米谷出口的命令，并重新对出口米谷征收谷仓捐。
3月20日。香港布政司函告九龙关，正式同意鸦片征税。为此，在深水涉另租民房3间，作为鸦片验征场所及职工宿舍。
3月23日。迄至今日津海关只收31000两税款。中国银行目前不准备开业，外国军队还在抢掠和到处横行。
4月20日。胶海关颁布《青岛车站海关章程》，同时在青岛站和沧口站设立海关驻火车站办事处。
4月21日。清政府成立督办政务处。
4月。拱北关关艇“龙睛”号在上妈阁查获一艘叫“广胜利”的民船，船上载有大米1500包、军火武器25件（子弹两万多发，手枪60支），同时抓获走私主犯黄锐。经拱北关审理，大米不作走私发还货主，军火武器、船只及主犯由拱北关移交香山县府法办。
5月11日。总税务司第969号通令：对海关职员素质提出6点要求。
5月20日。英国籍人阿歧森（J．Acheson）就任琼海关税务司。1906年5月1日离任。
5月29日。拱北关关艇“龙睛”号在高栏岛以北的竹蒿尾截获法籍轮船“盛利”号走私的鸦片17箱，船货一起押送到马骝洲。6月3日，奉两广总督令押送“盛利”号走私船往广州调查。
6月3日。津海关曹妃甸灯塔受海盗威胁。建议从“平庆”轮派遣5—10名武装水手驻守灯塔数月。
6月18日。副总税务司第28号通令，关于职员休长假之规定问题。
是年夏赫德打算把义和团起义期间被毁的住宅重建，但其花园一部分被意大利驻华使馆占用，无法进行。他派金登干去罗马与意大利政府协商，金通过熟人疏通，问题解决了。
7月4日。总税务司第972号通令，转饬总理衙门札谕：关于各国出使大臣，每按本官品位加饰于所用国旗上，取其便于识别接待保护，中国现拟仿照办理。
7月22日。俄政府批准东清铁路公司海运条例，规定开辟将大连港同俄国、朝鲜、日本和中国的主要港口连接起来的航线，以保证往返于远东的邮件、旅客和货物的正常输送。
7月24日。清政府改总理衙门为外务部，简派庆亲王奕勖为总理外务部大臣；体仁阁大学士王中堂文照为会办大臣；工部尚书瞿鸿调补外务部尚书，授为会办外务大臣；太仆寺卿徐寿朋、候补三品京堂联芳著授为外务部左右侍郎。海关总税务司署改归外务部管辖。
7月浙东货厘副税务司调离杭州关后，再无专职货厘税务司，而由杭州关的税务司（副税务司）兼管浙东货厘事务。
8月10日。胶海关迁至青岛栈桥附近兰山路5号新税务司公署办公。
8月11日。津海关正式接管津海五内常关。
8月17日。袁世凯奉清政府之命，到天津接管天津临时政府（天津都统衙门），并于当晚在新衙门设宴为已经移交的临时政府人员饯行。
8月31日。拱北关关艇“龙睛”号在崖门附近海域，为援救一艘被海盗劫持的民船，发生枪战，击毙海盗4人，俘虏3人，救出被绑架的商人两名，受到两广总督的嘉奖。
9月7日。清政府全权代表奕、李鸿章在北京与侵华11个国家代表签订《辛丑各国和约》。该条约规定：中国赔款银45千万两，分39年还清，年息4厘，以海关税、常关税和盐税作抵押。从此，海关征收的关税全部被洋人控制。
9月17日。总税务司第975号通令：令各关税务司周知大清邮政之现状，前景大有可为，并附总税务司与山西巡抚关于开办邮政的往来函。
9月30日。外务部令总税务司，各项税课实行收足值百抽五及各通商口岸常关改归海关税务司兼办，于本年11月11日开始实施。
副总税务司第32号通令，公布英镑与银币兑换率：原Hk．Tls．3．00：onepound；现Hk．Tls．6．66：onepound。
10月1日。总税务司第980号通令：为下发通商口岸常关改由海关税务司管理之实施总则事。
10月7日。总税务司通令：饬知各关中英商约（即马凯条约）谈判代表。英方：SirJamesMackay（马凯：总理印度事务大臣政务处副堂）为办事大臣；Mr.C．B．Coekbum（戈颁：驻华使馆汉务参赞）、Mr.C．J．Dudgeon［威厚阔（德贞）：英商老公茂公司督办（经理）］为协办大臣。中方：宗人府府丞盛宣怀为办理商约事务大臣，海关税务司戴乐尔、贺璧理随同办理。
10月12日。蒙自邮政局成立，蒙自关税务司兼任邮政司。思茅、腾越邮政局于1902年成立。从1902年起，上述3个邮局开办云南与河内的国际邮递业务。
10月26日。总税务司第985号通令：为下发通商口岸常关改由税务司管理及有关程序之补充规定。
10月31日。邮政总办阿理嗣调任三水关税务司，帛黎为邮政总办。在阿与帛交接期间由夏立士暂代。
10月胶海关设小港分卡（亦称大鲍岛分卡），在大赵村、流亭集设立陆路缉私分卡，在台东镇火车站（今四方火车站）设征税处。
奉总税务司署令，梧州、北海五内常关分别并归梧州、北海关管理。
云贵鸦片运到龙州约900担，其中约400担私运越南东京。
11月3日。总理衙门核定《重庆宜昌来往船只试办章程》开始实施，规定英商所雇华船必须持有海关税务司所发执照。
重庆关划定康家沱、平善坝两处为船舶停靠验卡查验之地。
11月7日。李鸿章在津病故。袁世凯署理直隶总督兼北洋大臣，次年实授。
11月11日。厦门关税务司接管厦门地区50里内常关（含厦门港、鼓浪屿、排头门3个关卡）。
总税务司第993号通令：为下发常关管理通则事。
按《辛丑条约》，江海大关和吴淞分关两常关划归江海关管理。
烟台及其50里内常关由东海关监督衙门移交东海关税务司管理。自此，烟台港征收的全部关税和厘金不再由东海关监督上缴和分配，而改由税务司直接储存于设在烟台的英国汇丰银行和俄国道胜银行，然后上报总税务司分派各“缔约”国家赔款。东海关监督再无权过问和经办进出口外洋的船舶监管和进出口货物关税。
11月30日。总税务司第995号通令，转饬外务部札谕：关于张德彝著赏三品卿衔充出使英、义、比三国大臣。
11月根据《辛丑条约》规定，距口岸50里以内常关——江东的浙海常关总关、镇海分关及小港、沙头两口，划归浙海关税务司兼管。浙海关监督派宁波府试用经历王明仕为委员，监察江东、镇海两常关税务。
12月1日。江海关派帮办巴第（A.Berthet）为常关第一任主管。上海道台抓住民船贸易管理权不放，因此撤回江海关办公，1911年起仅派稽查员巡视，直至1917年。
12月6日。袁世凯奏请光绪皇帝，命唐绍仪为津海关道。
12月7日。粤海关布告：本月10日关闭前代收关税的慎裕银号，在原址设立粤海关官银号，办理有关税捐的收款业务。
12月11日。慈禧太后从西安返回北京，清政府发布上谕：以“总税务司赫德，随同商办和约，颇资赞助”，封他为太子少保衔。
12月13日。腾越关税务司盂家美（C．P．Montgomery）与英国驻腾越领事烈敦（C．J.L.Litton）自缅甸抵达腾越。
12月15日。秦皇岛分关设立，津海关税务司德璀琳兼任秦皇岛分关税务司。
12月31日。胶海关税务司阿理文（K．Ohlmer）向总税务司写出《1892～1901年报告》。对胶州湾和附近沿海一带的政治、贸易、关税收入、鸦片、金融市场、人口等情况进行了记述。各关税务司均得亲自编写10年贸易报告。
重庆关施行《长江上游航行暂行规约》规定，所有洋商租用的客运船只须向海关报关。海关据约发给海关凭证，以免沿途局卡留难船只及货物。重庆关在唐家沱和平善坝设有海关检查站查验往来船只。
12月拱北关对在当地招收进关服务的洋员分卡巡役（StationWatcher）的等级做了一些调整，将洋员分卡巡役分为甲、乙、丙3个等级。甲级的为欧、美国籍的人；乙级的人为葡萄牙籍的人，包括在澳门出生的葡人；丙级的为印度籍人。甲级分卡巡役进关执勤18个月后，如条件合格可以选拔为正式外勤关员；乙级分卡巡役多数作为翻译人员；丙级的则和中国籍的“兵勇”一道负责巡逻工作。
是年《辛丑条约》签订，规定“所有常关各进款，在各通商口岸之常关，均归新关管理”。
《辛丑条约》规定，50里内常关的收入抵还赔款。各地常关按定额分配汇交江海关。条约还规定，江海关设修浚黄浦江河道局，后改称为浚浦局。
杭州至苏州，经平望、南浔、湖州、菱湖的航线行船，纳人海关普通行轮章程管理范围。
奉清政府户部和海关总税务司署令，潮海关开始接管距汕头50里内务常关卡口。交接时，常关海关委员沈庆（亦即潮海关监督）只同意将潮州新关总口划归潮海关接管；对同属50里内的其他常关，以不征关税、供养关卡人员为由拒绝划交。潮州新关总口被接管后改为潮海关监督公署。沈庆仍同时任潮海关监督和常关海关委员二职。
胶海关在胶州邮界先后设立20个邮政分局、82个货办分局和14个邮政信箱。
东海关常关管理的民船业务归洋关管理，从此烟台港口权力尽归东海关税务司。
《辛丑条约》签订后，赔款分摊各省。新疆岁认赔款40万两，由内地各省给新疆之协饷项下划扣，致使新疆财政突紧。巡抚饶应祺只好奏请复开征华商货税，遂于天山南北两路设立总、分各税局，厘定税则，颁布通告。俄商免税，而独征华商货税之局面重开。
腾越关制订《腾越关会订试办章程》。
江汉关监督会商英、德领事订定《汉口丹水池火油池栈试办章程》十四条，1930年修订。
内河船舶航运管理处首次在北海开办沿海运输业务，船挂法国旗，注册排水量50吨，沿途停靠安铺、龙门、东兴等港口。法国邮船公司开业，由越南启碇，经北海、海口、湛江等港至香港，每两周来往一次。
三水、梧州、北海等五内常关奉命移交有关海关税务司管理。
大连港开始有商船进出。旅顺港本年度到港商船823艘，其中俄国403艘，英国222艘，日本127艘。进口货物72万吨，主要是建筑材料和生活用品。
岳州关新建3座关馆落成，时称上洋关、中洋关、下洋关。
本年度各关税收共计25537574海关两，其中进口税7067647海关两，出口税8768800海关两，复进口税1315457海关两，药土税2688446海关两，船钞809561海关两，内地子口税917132海关两，洋药厘金3970531海关两。