9月25日。清廷谕准四川矿务局保富公司与法商戴玛德设立华法和成公司，合办四川煤油矿务。
9月26日。清廷颁布《钦定学堂章程》，并在全国推行；其中，明确规定“体操”为学堂必修课。
9月27日。贺金声在湖南邵阳率众起义。本日，贺金声在湖南邵阳率领民众举行起义，并组织“大汉灭洋军”，攻打教堂，抗击清军，湖南巡抚俞廉三设计诱杀了贺金声，起义失败。
9月28日。美国虐待华工和中国赴美留学生。据本日《申报》报道，美国对华人肆意虐待，不仅禁止华工登岸，而且对前往美国留学的中国学生也有种种限制。凡到美国留学者，除另有确实护照外，更须随带洋银三四百元，足够一年之用；又必须在美国找到担保人，证明其到美国确系留学而非做工，才可准许登岸；中国留美学生护照中如有小小的差错，就不准登岸，而要被囚禁在码头旁所设的监房内，既不透风，又无床铺，食物也很粗劣，以致许多人宁死也不愿留在此地，数月前就曾有一个女子因被囚而自杀。
9月29日。清廷派直隶总督袁世凯接收山海关内外铁路，英、俄两国将山海关内外铁路全部交还中国。
英美烟公司上海分公司成立。英美烟公司是由英美烟草资本帝国烟草公司、美国烟草公司、奥格登和大陆烟草公司、美国雪茄公司、统一烟草公司等六家公司合组而成，资本为600万英镑，总机构设在英国伦敦，分支机构遍布欧、美、澳、非、亚各大洲。英美烟公司上海分公司本日在上海市南京路9号成立后，便积极向中国各地拓宽市场，发展业务，并相继在汉口、沈阳、哈尔滨等地设立了烟厂，销售网络遍布全国大中城市。
清廷谕准四川矿务局与法商法华和成公司订立的《巴万油矿章程》，同意法华和成公司在四川巴县、万县两处地方开办煤油矿务。
本月。中英两国签订有关印度与西藏界务约章，英国由此占去中国350平方公里土地。
广东江门、惠州开辟为通商口岸。
湖北方言学堂在汉口开办。
直隶总督袁世凯奏请设立学校司董，专门负责学堂事务。
10月1日。台湾基隆开始供应自来水。
10月2日。《申报》刊登“太平歌”。据《申报》报道，甘肃宁县每遇丰年，儿童都爱聚齐击太平鼓，歌咏以拍乐，县令颇为欣赏，命将其制成俚曲，以教幼童，其歌词是：“太平鼓儿闹喧天，家家齐贺太平年，五谷丰收民安乐，不愁穿吃衣食足，衣食既足当如何，学些礼仪应天和。为子必须孝双亲，殷勤奉养要顺心，为臣必须要尽忠，安上全下心要公，弟兄好比人手足，彼此相爱要和睦，夫妇相敬贵如宾，不吵不闹家道兴，朋友所以全五伦，结交须择正派人。处世无如忍让高，莫恃气力逞强豪，伸手打人须切禁，恐防失手伤人命。勤俭持家是根本，亦勿利己把人损，读书耕田本不错，莫把光阴虚度过，个个学成是好人，说贺太平真太平，愿尔工商与士农，好将此歌教儿童，人人教得子成行，大富大贵发长久。”
10月3日。贵州兴义会党起义。本日，贵州兴义县会党万余人发动起义，7日即攻占兴义，后遭清军镇压。
广西巡抚王之春率清军镇压贵县王和顺起义军。
10月5日。清廷命各省督抚选派学生赴西洋各国留学，以备任用。
10月6日。清廷调聂缉为浙江巡抚，饶应祺为安徽巡抚；任命潘效苏为甘肃、新疆巡抚。
刘坤一去世。两江总督兼南洋通商大臣刘坤一，字岘庄，湖南新宁人，1830年（清道光十年）出生。1855年，他曾率团练在湖南与太平军作战。1856年，他随其族侄刘长佑援江西，此后转战于江西、湖南、广西等地，凭其勇武与才能，成为湘军的重要将领，分任湖南及广西军务。1865年，他升任江西巡抚，10年后擢授两广总督。1879年，他调任两江总督，观念上虽比较守旧，但在事业上勤谨审慎、奉公守法。1881年，他被人以嗜好过深、广蓄姬妾及疏于防务为由两次弹劾而免职归里，长期中断政治生涯。在经历九年的退隐生活之后，1890年，他以60高龄复出，再度出任两江总督，并兼南洋通商大臣。中日甲午战争期间，他曾主持辽东战局，但连遭败绩。1895年，康有为、梁启超、文廷式在北京推动成立强学会，他曾发函于各督抚，并捐5000金列名入会。1899年，慈禧太后与荣禄策划废黜光绪帝，他致书荣禄，坚决反对废立。1900年，他与湖广总督张之洞、督办卢汉铁路大臣盛宣怀等策划“东南互保”。1901年，他与张之洞曾前后三次向清廷奏议变法，提出育才兴学、整顿变通朝政、兼采西法，他的这些主张多为清廷所采纳，成为清末新政的蓝本。本日（农历九月初五日），刘坤一因心力交瘁而病逝于两江总督任内，享年73岁。他在病危之际曾口授一遗折上奏清廷，希望朝廷“法无论平中西，而要以核实为贵；人无分乎新旧，而必以忠爱为先；选将练兵，藉收众志成城之效；讲信修睦，免启外人藉口之端。庶几国祚永延，民心益固，天下幸甚！”刘坤一去世后的第二天，清廷即发布上谕，对其一生作了高度评价，认为他“秉性公忠，才猷宏远”，“屡建功勋”，“克勤厥职”；任两江总督10余年，镇抚地方，为军民所爱戴；办理与外国交涉事件，也颇能掌握机宜，老成硕望，实为国家柱石之臣，并特别提到了刘坤一在义和团运动期间保护东南的“功劳”。清廷特加恩追封刘坤一一等男爵，晋赠太傅，并赏银3000两作为治丧费；赐谥忠诚，将其列入京师贤良祠祭祀，其生平事迹宣付国史馆。
10月7日。清廷命张之洞署理两江总督，端方署理湖广总督；任命周浩为甘肃、新疆布政使，杨土骧为直隶按察使。
10月8日。俄军撤出辽西。根据中俄《交收东三省条约》之规定，俄军第一期撤军届满，俄军从盛京辽河以西地区撤出，并将山海关至新民厅的铁路移交中国。从盛京西南段撤出的俄军，部分移驻东省铁路车站附近俄国人的拓居地和兵营里，部分转移到旅顺、凤凰城等地，牛庄俄军违约未撤出。
由宏文学院学生团体推选，黄兴任中国留日学生会馆评议员。
清廷任命良泰为镶蓝旗汉军副都统。
10月10日。清廷命直隶长芦盐运使杨宗莲督办顺直机器纺织局事务；调溥兴为镶蓝旗满洲副都统；任命松寿为正蓝旗蒙古副都统。
10月11日。陶模病逝。两广总督陶模，字方之，又字子方，浙江秀水人（今浙江嘉兴），1835年（清道光十五年）出生。他是同治进士，累迁至直隶按察使、陕西布政使、护理陕西巡抚。1891年，他被授为新疆巡抚。当时英、俄两国正侵略中国帕米尔，他简练军实，严密防守，并奏请清廷普免新疆商税，以此来抵制英、俄商品的输入；同时，他又设局屯防。1895年，他被任命为陕甘总督，与董福祥、魏光焘等镇压西北回民反清起义斗争；这期间，他还上疏清廷，建议停捐例，汰冗员，破除旗兵积习，禁土大夫吸食鸦片，分设算学、艺学科目，废武科，变操法，择勋旧子弟游学各国，培植工艺。1900年，他调任两广总督。他去世后，清廷追赠其太子少保衔，并赐谥“勤肃”。辑有《陶勤肃公奏议遗稿》。
10月12日。清廷命将在京当差汉侍卫分作三班，发往南北洋各学堂学习军事，学有所成后再分发各省军营量才使用。
上海绅商在洋务局祭奠已故两江总督刘坤一。
10月13日。清廷同意督办铁路大臣盛宣怀与华俄道胜银行签订正（定）太（原）铁蹄借款合同和行车合同。
10月14日。京师大学堂正式举行招生考试，招考速成科学生。
10月15日。《正太铁路借款合同》签订。督办铁路大臣盛宣怀与华俄道胜银行总办佛威郎本日在上海订立《正太铁路借款详细合同》和《正太铁路行车详细合同》，借款总额为4000万法郎，期限为30年。
中葡签订《增改条款》。本日，庆亲王奕与大西洋国（今葡萄牙）使臣白朗谷在北京订立《增改条款》。该条款系中葡两国于1887年12月1日所订立之《通商和好条约后，两国政府议定增改之条款，规定该两条约一并遵行。其主要内容是：“所有西历一千九百○一年九月初七日在北京所立议定条款内第六款所定加增入口之税则，大西洋国均允行遵照办理；但所有两国现行之通商和好条约未经增改之先，及现今议定本约一经两国御笔批准互换之后，大西洋国应行享受之利益俱与相待最优之国所享一律无异，至于大西洋国人民所纳之税项不得较诸别国所纳之数稍有增减。”“大西洋国今为襄助大清国征收、稽查澳门出入口运入中国各埠之洋药税饷起见，应设立分关一道，办理税务事宜……该分关系为稽查所有出入澳门口之洋药并征收应纳大清国各项税饷……该分关例应优待所有由澳门出口各项船只，一如别通商各口，一式照章办理无异。”
10月16日。上海格致书院聘请美国人李佳白讲学，本日是第一期，内容为中美政治之异同。
广州时敏女学堂开学。本日，广州时敏女学堂开学，校址在原时敏书局，杜清池、刘佩珍为教习。
梁启超简论马克思和社会主义。本日出版的《新民丛报》第18号，刊登了梁启超《进化论革命者颉德之学说》一文。在这篇文章中，梁启超两处提到了“麦喀士”（即马克思）和“社会主义”。一处说：“人类将来之进化，当由何途，当以何为归宿，竟不能确实指明，而世界第一大问题，竟虚悬而无薄。故麦喀士（日耳曼人，社会主义之泰斗也）嘲之曰：“‘今世学者，以科学破宗教……’”又一处说：”今之德国，有最占势力之二大思想：一曰麦喀士之社会主义；二曰尼志埃之个人主义（尼志埃为极端之强权论者）。”这是中国人在自己办的刊物上，较早地把马克思和社会主义这两个译名介绍给中国读者的文字。
10月17日。各省仿照直隶举办警务。清廷本日命各省督抚仿照直隶总督袁世凯所定直隶警务章程，办理警务。
10月18日。清廷赏袁世凯40日假，准其回籍葬母，并命吴重熹暂护直隶总督兼北洋大臣。
10月19日。吉林将军长顺与法国主教议定关于吉林全省1900年（清光绪二十六年）天主教案赔偿办法。
10月20日。上海太古轮船码头搬运工人因工头克扣工资举行罢工。
10月21日。督办铁路大臣盛宣怀致电外务部，请求统一规划铁路。
10月22日。中丹订立《北京大沽借线合同》。中国电报总局与丹麦大东电线有限公司本日在上海签订《北京大沽借线合同》，同意借与大东公司一条大沽至北京电线，传递京津来往指明由大东公司水线传递之外洋电报。
中丹订立《修订沽津京恰借线合同》。中国电报总局驻沪总办朱宝奎、帮办周万鹏与丹麦大北公司驻华总办白伊尹本日在上海订立《修订沽津京恰借线合同》12款，同意将中国电报总局之上海至大沽水线与大沽至买卖城之陆线接通，传递俄国及欧洲各国之外洋电报。
《福建建邵汀属矿务章程）签订。福建矿务局与法商大东公司本日在福州订立《福建建邵汀属矿务章程》22条，集资开采建宁、邵武、汀州三府地方矿产。
10月23日。清廷正式承认原天津美租界并入英租界的既成事实。
10月24日。德国提出从沪撤军条件德国驻上海总领事本日照会两江总督张之洞，同意将驻沪德军与其他国家军队同时撤退，但要求不得将长江一带的利益许予他国。26日，张之洞复照表示同意。
10月25日。上海筹饷货捐局召集花业公所董事，规定花业在原每年认捐银2．4万两外，再加捐银1．2万两。
10月26日。袁世凯充任督办商务大臣。清廷命直隶总督袁世凯充督办商务大臣，与两江总督张之洞会同办理；以候补四品京堂伍廷芳为会办商务大臣，并会议各国商约事宜。
留日学生监察处成立，汪大燮任总监督。
清廷命唐景崇为工部左侍郎，张翼署礼部右侍郎。
10月27日。广西隆安、广远、贵县、永淳、横州、桂平等地农民起义军遭清军镇压。
清廷调张翼署工部右侍郎，郭曾署礼部右侍郎。
10月28日。清廷调夏毓秀为湖北提督，苏元春为广西提督。
10月31日。清廷修改关税表。本日，清廷修改关税表，切实实行值百抽五。
朝鲜使臣朴齐纯到北京乾清宫觐见清光绪帝。
清廷派外务部员外郎汪大燮为游学日本学生总监督。
徐润投资创办景纶衫袜厂。本日，徐润与人合股在上海创办景纶衫袜厂，这是中国人自办的第—‘家针织厂，也是徐润投资办纺织一类近代工业的开始。徐润，字润之，号雨之，别号愚斋，广东香山北岭村人（今属广东珠海），1838年（清道光十八年）出生。1852年，他进上海宝顺洋行当学徒，后升为副买办。1868年，他离开洋行，自营宝源祥茶栈，并在浙、赣、湘、鄂等地设立茶号，经营丝、茶、麻、烟叶以及鸦片，又投资钱庄、布庄，并大力经营房地产业，成为上海商界瞩目的头面人物。1873年，他经手购买美国旗昌洋行轮船。1877年，他办理热河承乎银矿。这次创办的景纶衫袜厂，其前身是1896年由徐润亲家、杭州人吴季英创办的云章衫袜厂。徐润接手该厂后，即聘用在奥商洋行当买办的汪少云为经理，锐意经营，拓宽厂屋，添办机器，终使该厂面貌为之一新。
本月。广东起义军攻入云南。由于广东起义军迅速攻入云南，清廷紧急下令，命驻粤、滇清军合力进攻云南的广东起义军。
北洋银元局开铸银元。
武昌中学堂创办。
督办铁路大臣盛宣怀奏请将编修汪文藻留于上海总办南洋公学。
督办铁路大臣盛宣怀奏清在上海设立勘矿总公司。
上海市民争阅《庚子国变弹词》。上海《世界繁华报》本月连载完毕《庚子国变弹词》，并由该报馆印成线装本六册发行。该弹词由沪上著名文人李伯元创作，共有44回，从1901年10月开始在《世界繁华报》上连续发表。该弹词突破了历来弹词只写才子佳人的模式，较完整地反映了庚子事变的过程，描述了八国联军残暴杀戮中国民众及清廷对义和团欺骗、镇压的事实，成为第一部表现政治事件的弹词。作者写此弹词的目的，旨在以其“惊心怵目的文字”，使人们“安不忘危，痛定思痛”，从而“打起精神，各人轰轰烈烈做一番事业”。由于该弹词情节生动，语言通俗精炼，所以颇受读者的欢迎，以致上海市民争相购阅《世界繁华报》，并以先睹此弹词为快。有人评论该弹词“使读者惕然惊心，且以韵语出之，感人尤弥易，当在《官场现形记》之上”。该弹词现已失传。
11月2日。清廷严惩湖南辰州教案官员。清廷本日将已革辰州营都司刘良儒即行正法，统带毅字营总兵颜武林定为斩监候，参将张耀魁、桂阳营参将赵毓田均革职永不叙用，已革沅陵县知县万兆莘充发极边永不释回。
四川南充等州县灾区甚广，清廷拨银30万两交四川总督岑春煊赈济，并准将新旧捐输酌量减免；又谕令将义赈余款12万两拔解该省，开办冬赈。