一、县人民政府
1950年5月6日成立天祝自治区（县级）人民政府。至1953年12月下设文教科、卫生科、民政科、建设科、财政科、税务科、粮食科、工商科、交通科、计划委员会、监察委员会、人民法院、公安局、检察署、秘书室、林业站、邮电局、人民银行天祝支行、贸易支公司、供销合作社筹备处。
1955年7月19日，天祝藏族自治区人民政府改称天祝藏族自治县人民委员会。至1966年5月，县人民委员会下设办公室、经济计划委员会、民政局、税务局、财政局、外贸局、商业局、公安局、畜牧局、农林局、农业机械局、水电局、粮食局、文教局、卫生局、统计局、工交局、邮电局、广播站、县人行、供销社。
1968年4月，成立天祝藏族自治县革命委员会。下设办公室、政治部、保卫部、生产指挥部。
1981年6月，撤销县革命委员会，成立县人民政府。至1988年，其工作部门和办事机构有办公室、经济计划委员会、科学技术委员会、物价管理委员会、体育运动委员会、人事局、民政局、公安局、水电局、工交局、粮食局、畜牧局、农业局、物资局、税务局、乡镇企业管理局、劳动局、审计局、城建局、行政监察局、广播电视局、邮电局、计划生育局、农牧业机械局、黄金管理局、土地管理局、司法局、工商管理局、统计局、民族宗教局、医药管理局、二轻工业局、档案局、农林牧办公室、工农教育办公室、县志办公室、区划办公室、编委办公室、信访办公室、县人行、县工行、县建行、县农行、县保险公司、编译室、供销社。
从1989年开始，县人民政府不断完善管理体制，调整部门结构，加强或精简了部分工作部门和办事机构。到2006年，有县政府组成部门22个，县政府单设机构13个。
县政府组成部门县政府办公室、发展改革局、经济贸易局、城乡建设局、民族宗教局、民政局、人事局、劳动和社会保障局、国土资源局、农业局、畜牧局、林业局、水利局、财政局、科学技术局、教育局、卫生局、公安局、司法局、审计局、统计局、人口与计划生育局。
县政府单设机构乡镇企业局、农牧办公室、文化体育局、粮食局、物价局、旅游局、广播电影电视局、地震局、农牧业机械局、档案局、交通局、安全生产监督管理局、环境保护局、信访局（县委、县政府共管）
上级直属部门和县政府双重管辖的部门国家税务局、地方税务局、工商行政管理局、电信局、邮政局、质量监督局。
二、基层人民政府
1950年，自治区下辖10个乡政府；1952年辖6个区、30个乡政府；1955年辖6个区、34个乡政府；1956年辖6个区、40个乡政府；1957年辖6个区、39个乡政府、1个镇政府；1958年辖17个公社管理委员会、20个牧场；1959年辖11个公社管理委员会、17个牧场；1962年辖7个区、48个公社管理委员会、12个牧场；1966年辖30个公社管理委员会、10人牧场；1968年辖14个公计革命委员会、10个牧场革命委员会。1个镇革命委员会；1976年辖12个公社革命委员会、10个牧场革命委员会、1个镇革命委员会；1981年辖14个公社革命委员会、11个牧场革命委员会；1983年辖7个区、45个乡政府、1个镇政府；1985年辖5个镇政府、17个乡政府；2002年辖8个镇政府、14个乡政府；2004年辖8个镇政府、11个乡政府。
历届政府县长（主任）
名称届别姓名性别民族籍贯任职时间
自治区政府
第一届张全才男藏族甘肃省天祝县1950．5～1951．10
第二届托三主才郎男藏族甘肃省天祝县1951．10～1952．12
第三届托三主才郎男藏族甘肃省天祝县1952．12～1955．7
县人委县长
第一届托三主才郎男藏族甘肃省天祝县1955．7～1956．12
第二届托三主才郎男藏族甘肃省天祝县1958．6～1961．10
第四届刘延礼男藏族甘肃省天祝县1961．10～1963．6
第五届刘延礼男藏族甘肃省天祝县1963．6～1965．11
第六届卢克俭男藏族甘肃省天祝县1965．11～1968．4革委会主任
第七届杜青男汉族甘肃省天祝县1968．4～1970．4李富泽男汉族甘肃省天祝县1970．4～1978．4
第八届李逢春男汉族甘肃省天祝县1978．4～1981．6县人民政府县长
第九届旺谦端智男藏族甘肃省天祝县1981．6～1984．2任有琪男藏族甘肃省天祝县1984．2～1985．4
第十届卓俊才男藏族甘肃省天祝县1985．4～1986．4马德芳男藏族甘肃省天祝县1986．4～1987．3
第十一届马德芳男藏族甘肃省天祝县1987．3～1990．3
第十二届马德芳男藏族甘肃省天祝县1990．3～1992．8
第十三届王金文男藏族甘肃省天祝县1993．2～1994．6赵永红男藏族甘肃省天祝县1994．6～1997．11
第十四届毛生武男藏族甘肃省天祝县1997．11～2002．12
第十五届曹永建男藏族甘肃省天祝县2002．12～2004．1张延保男藏族甘肃省天祝县2004．3～2006．10
第十六届史育芳（代）女藏族甘肃省天祝县2006．10～2006．12马国荣（代）男藏族甘肃省天祝县2007．2～