一、医疗机构
（一）天祝县疾病预防控制中心（原县“四○一”站）1964年，甘肃防治地方病领导小组办公室在天祝成立了鼠防专业工作站，代号四○一站，受县政府和省防治地方病领导小组办公室双重领导。1968年交县管理。1989年6月，县“四○一”站与县妇幼保健站合并为县防疫妇幼保健站，1994年8月撤销，分设县卫生防疫站和县妇幼保健站。2002年8月，撤销县卫生防疫站，成立县疾病预防控制中心。有职工53人，其中副高级职称4人。
（二）县妇幼保健所
1956年10月，成立县妇幼保健站，1962年并入县人民医院防疫股。1969年12月，恢复县妇幼保健站。1996年6月，县妇幼保健站更名为县妇幼保健所。至2005年，有工作人员57名。其中高级职称2人。年接诊门诊病人13000余人（次），年收治住院病人近500人（次），业务收入年均80万元以上，固定资产196万元，是全县妇幼保健技术指导中心和基层妇幼专干培训基地。
（三）县第一、第二人民医院
1951年5月，成立天祝自治区卫生院。1955年8月，改称天祝藏族自治县人民卫生院。1959年12月改为县综合医院。1963年4月，改称县人民医院。1974年7月，改称县第一人民医院。1974年7月12日，北京市第一传染病下放的部分医务人员及设备与原岔口驿中心卫生院合并，成立县第二人民医院。1989年，县第一人民医院与第二人民医院合并成立县人民医院。1991年7月建成门诊楼。2001～2002年建成门诊医技大楼，医院占地面积18600平方米，业务用房7000平方米，开放床位100张；设内、外、妇、儿、五官、口腔、皮肤、中医、肛肠等临床专业科室28个，职能科室4个。至2005年，有职工150人，其中高、中级专业人员55人；年均门诊量8万余人（次），收治住院患者3000余人（次）。年业务收入806万元。固定资产1009万元。
（四）乡镇卫生院
1989年前，全县有哈溪、西大滩、安远、打柴沟、古城、松山、祁连7所中心卫生院，旦马、土塔、毛藏、西顶、大红沟、代乾、朵什、红圪、永丰、多隆、柏林、华藏寺、华尖、东坪、炭山岭、赛拉隆、东大滩、达隆等18所卫生院和灰条沟门诊部。2005年，哈溪中心卫生院升格为科级建制的天祝县第二人民医院。至此，全县设安远、西大滩、打柴沟、古城4所中心卫生院在内的乡镇卫生院18家。
中心卫生院、乡镇卫生院共有职工267人，其中专业技术人员236人，设病床137张。有18所乡镇卫生院能开展基本的手术，有17所具备住院条件，有12所能开展基本的检验业务。
（五）村级卫生机构及个体诊所
1956年前，先后开业的个体诊所42处，行医者58人，至1958年，组成了11个联合诊所，后过渡为公社和大队医疗站。1994年，部分村卫生所自行停业和自行合并，村卫生所减少到233所，有个体诊所36家，乡村医生225名，卫生员73名，农村接生员181名，个体行医人员36名。后卫生员和农村接生员职责被乡村医生代替。到1999年，8个行政村无村级卫生机构。至2005年，全县有村卫生所室235家，村级医务人员323人，其中专科学历39人，中专学历96人，高中（含职高）及以下学历87人。个体诊所39家，个体医务人员47人，其中大专学历8人，中专学历19人，高中（含职高）及以下学历20人。
（六）驻县省地企业医疗机构
省属厂矿医院有天祝煤矿职工医院、甘肃省天祝建材厂职工医院。地属厂、矿卫生所（室）有武威地区水泥厂卫生所、地区石膏矿卫生所、华藏冶炼厂卫生所、打柴沟机务段卫生所。
二、藏医藏药
（一）振兴藏医藏药
藏医藏药很早以前从宗教界传入天祝藏区。公元19世纪前，名藏医丹正加以手抄本的形式编著了《临床经验》一书，总结了天祝地区藏医和他本人一生的临床经验。人民共和国成立前夕，天祝地区有名气的藏医药人员有16人。
1956年，在金强区的河东乡、莫科区的天堂乡各成立一所藏医诊所。另有6名藏医在其它区、乡私人行医。1958年以后，一些藏医人员被打成“牛鬼蛇神”，藏医诊所被迫关门。1974年以来，恢复和建立了藏医药医疗保健站，配备了藏医药人员。1978年县卫生局编写了《天祝藏族自治县藏药手册》，收载藏药500余种，成方339个，由甘肃省出版社出版发行，1981年，藏医院门诊量3246人次，至1988年，门诊量增加到18063人次。藏药材主要有动物类、植物类、矿物类及水火制品类。90年代初，毛藏、抓喜秀龙、松山、柏林、朱岔、天堂等乡镇卫生院先后成立了藏医科，并配备了藏医药人员，从事藏医药临床工作。2000年7月，县藏医院与武威市金沙乡卫生院在金沙乡联合开设了藏医科，派遣藏医，开展门诊及住院药浴治疗。2001年，天祝县作出藏医药产业化开发的战略决策，并将藏医药产业化开发列为拉动全县经济发展的五大支柱产业之一。2002年，县上组织藏药材普查队，用3个多月对天祝境内及相邻的青海省部分地区的野生藏药材进行普查，采集标本196种，绘制图片900余份。走访民间老藏医，挖掘民间单方、验方，试制出6个品种的藏药制剂，经临床试用，疗效显著。
80年代，通过各种形式对藏医药人员进行了专业培训。根据临床需要先后派出8人到外地进修。1985年，举办了1期农牧区藏医学习班。县藏医院与青海省藏医院、湟中县藏医院、黄南州藏医院等进行联系与学术交流，选送藏医药人员进修学习。1989～1999年底，共培养藏医大中专学生30余名1994年，先后选派藏医药理论知识较高、业务素质较强的专业人员到青海省藏医院、金河集团进行专科专病的深造，其中2人由国家专项投资培训，2001～2005年，分别选派17名人员到西藏藏医学院、青海省藏医院、兰医一院、西北民大医学院、兰州医学院等进修藏医临床、藏药制剂、放射、藏医药浴护理、血疗法、妇科、针灸、按摩等。
（二）县藏医院
1980年，在天堂寺修建县藏医院，至1988年共有职工27人，其中医务人员22人。1993年始，陆续有藏医大、中专毕业生分配到县藏医院工作。2000年，医院共有职工56人，其中藏医药人员29人。能做普外、骨科、妇科等大部分手术。1998年，县藏医院在县城修建了门诊住院综合楼，内设综合门诊部、住院部、藏医药浴科、藏药制剂室、社区门诊及B超、心电、放射、化验等功能科室。2003年，建成藏医院住院部综合大楼，建筑面积3050平方米。医院占地面积共13085平方米，总建筑面积6537平方米。有4个病区，开放床位45张。制剂科能配制藏药丸剂、粉剂和汤剂等类成品药140余种。2005年有职工69名，副高级技术职称人员1名，中级技术职称人员16名。藏医药浴是县藏医院的特色专科，对治疗风湿、类风湿性关节炎、强直性脊椎炎、
产后风、各种皮肤病、坐骨神经痛、四肢强直、瘰疬、疥疮、新旧疮伤、肿胀、驼背、骨内黄水病等有独到的疗效。此外还对驱逐湿毒、黄水病、消渴病、发炎红肿等病疗效显著。
（三）藏医药开发研究所
2004年9月13日，成立县藏医药开发研究所，隶属于县卫生局管理，专门负责天祝县藏医药产业化开发的各项具体工作。有职工12人，其中藏医主治医师2名、藏医师5名、藏药师1名、检验师1名。特聘藏医副主任医师2人，中（藏）西医结合副主任医师1人。藏研所制剂中心能生产华锐洁白丸、华锐骨宝、华锐肾宝、华锐止血胶囊、五根甘露汤等临床常用藏成药和二十五味珍珠丸、二十五味珊瑚丸、二十五味松石丸、佐志达西等名贵藏成药近250余种。
三、卫生防疫
（一）传染病防治
人民共和国成立后，全县发生各种急性传染病共18种：白喉、流行性脑脊髓膜炎、百日咳、猩红热、麻疹、流行性感冒、痢疾、斑疹伤寒、炭疽、回归热、黑热病、布鲁氏杆菌病、流行性乙型脑炎等。50年代发生10种，60年代发生14种，70年代发生14种，80年代发生8种，90年代发生18种。慢性传染病的防治主要有：结核病、性病、麻风病、绦虫病。2000年后，县上加强了医疗救治、疾病预防控制和卫生监督三大体系建设，新建了县人民医院传染病区、天祝县鼠疫疫情监测站，2003年5家县级医疗机构购置了计算机等网络直报设备，实现传染病网络直报。2005年，为全县19家乡镇卫生院配备了网络直报设备（除旦马、赛拉隆、毛藏无条件直报外），全县5家县直医疗卫生单位及16家乡镇卫生院全部实行了传染病网络直报。