工藤已经恢复了原来的身体，他和小兰已经回到了原来的生活中，志保再次拒绝了证人保护计划，也和新一一起在帝丹高中开始了新的生活。
志保每天除了上学和做研究就是听宫野艾莲娜的录音带，毕竟如今的志保只有18岁，所以留在19岁和20岁的录音带她暂时还是没有听到。但是，对于思念父母和姐姐的志保来说这些也已经足够了。
即使告诉了少年侦探队柯南和灰原已经去了英国留学，他们还是每天来博士家找他们。博士也不得不让新一经常用蝴蝶结变声器和他们联系，并且经常要有灰原的声音才行。虽然步美很是难过，但是对于元太和光彦来说未必不是一件好事情。（笑）
志保的到来，让高二B班的气氛顿时升到了一个莫名的点里。因为，即使大家和她热情的交流，她还是无法进行正常的沟通。对于志保来说这需要时间，但是古怪的性格不得不让更多的人在意。
这天刚刚放学的新一和兰、志保、园子一起回去。
园子：“对了，小兰、志保，这个周末要不要去我家一起玩啊？我们打算在轻井泽举办一个派对，邀请许多人一起去。包括冲野洋子都会去哦。”
兰：“好啊，好啊，新一、志保，一起去吧。”
志保：“抱歉，兰，我就不去了。我还有些事情···”
园子拍了拍志保的肩膀，“哎呀志保，我们就是为了让你可以更好的和我们学习生活，才想让你和我们一起去的。这样下去，你的性格什么时候才可以改改啊？！”
兰：“对啊志保，虽然园子的话有些冲，但是我们也确实想让你开朗起来。”
志保轻轻的笑：“那好吧。”
‘这些女人真是麻烦。’
“新一？”
“哎？”
“一起去嘛。”
“额，关于这个嘛···”
这个时候，新一的电话响起。
“喂，哪位？”
“工藤新一，是我。”
“啊，是赤井先生。等等···”
新一转过身，“抱歉，小兰我还有些事情先走了。”说罢就向学校的方向跑去，完全没有理会后面的喊叫声。
“真是的，那个家伙怎么还是那么不合群嘛。”
“没办法啊，因为新一是个侦探嘛。”
“哎呦，你现在也开始为自己的老公讲起话来了。”
“我哪有啊。”
志保知道一定又出了什么事情。
兰：“志保，你不跟过去吗？”
志保：“我想不用了吧。”
“但是，从他口中提到的赤井秀一不就是那个FBI的人吗？说不定···”
“······”志保一时也不知道怎么办。
“快过去看看吧。”
新一跑到了操场。“抱歉，赤井先生，发生什么事情了吗？”
“我想你怀疑的没有错。”
“什么？你是说关于在杯户中央医院的那个···”
“嗯，根据波本的调查，似乎就是这样。”
“但是，组织的线索已经断了，我们应该怎么做？”
“我想，接下来我们也只有暗中监视。你一定要小心，虽然一直以来我们可以确定组织的残余被消灭，但是你我都很清楚，这件事情远远没有结束。我相信很快，代替Gin的人就会出现。你要照顾好她。”
“什么事？”志保的声音这个时候传来。
“灰原？你不是···”
“是小兰，让我过来看看。”
新一有点纠结。
“所以呢？到底发生了什么事情？”
“其实···“
“在这之前，可以答应我吗？不要在骗我了，你对我撒谎反而让我觉得不踏实。我根本感觉不到安全，反而会觉得情况更加危急。”
“灰原···”
“······”
“是关于组织的事情，其实早在组织抢救水无怜奈的时候，我和赤井先生就感觉到有些不对劲了。”
“为什么？”
“因为，在楠田陆道被逮捕的时候，他的车上本来是没有发现任何枪支的。但是，在逃亡的时候，他却自杀而死。从当时他的穿着可以推断，他的身上不可能藏着手枪。而且当时他的脖子上绑着炸弹，更不可能。所以当时一定有人组织的人在现场，而这个人估计就是···”
“是谁？”灰原的声音透露出些许的不安。
“我想就是FBI的詹姆斯先生。”
“詹姆斯，不就是茱蒂老师的上司吗？”
“是啊，因为当时他对我们的计划表达了异议，导致贝尔摩德的逮捕计划转向了水无怜奈。当时就怀疑他可能存在一些问题。在第一次见面的时候，你不是也在吗？他提到，自己来自卡彭的城市。而卡彭是什么人，你应该比我清楚很多。”
“还有，在杯户中央医院，本堂瑛佑曾经听到了‘七只乌鸦’的按键声音。但是在医院和水无怜奈商量赤井先生假死计划的时候，我们就问过水无怜奈，‘七只乌鸦’是必须有酒名的组织成员才能和BOSS联系的电子信箱。也就是说，当时医院除了楠田陆道还有一个组织成员在。而根据安室先生对楠田陆道手枪的调查，这个人就是詹姆斯。”
“工藤···”
“你不要担心，或许我们的命运就是如此。在这之前，我会处理好一切的。你不要担心，因为许多人都在。”
“嗯···”
‘包括，赤井先生也会···’