9月12日财政部以期票担保，向法国中法实业银行借款789万法郎，是为中法实业息款垫款借款。
奉天模范监狱囚犯突然暴动，抢械越狱，军警弹压，击毙囚犯百余名，旋即安定。
福建厦门、金门等地风灾，船只、房屋及人口多有损伤。
9月14日。奉天、吉林发生中日交涉事件。是日，奉天锦县中日军队因日人宫原久与中国岗警口角发生冲突，日人寺町被击殒命。18日，日驻华公使林权助向外交部提出抗议，段祺瑞致电奉督张作霖速查明真相，然后确定外交方针。同日，珲春亦发生中日交涉事件。旅居珲春韩人因走私食盐嫌疑，被中国警察捕去，当地日领馆警察出面干涉，将被捕韩人强行夺回，冲突中日警受轻伤。13日，日领派日军一队到珲春，提出承认日本架设庆源至珲春间电话线、日宪兵驻扎珲春、租借市场给韩人、谢罪等六项条件。强迫县知事承认。18日，外交部派刘崇杰向日驻华公使林权助提出正式抗议，要求日军撤出珲春。
9月15日。孙中山会见河上清希望日本给予军政府武器、军火和大量贷款谓如能获得日本援助，“我们就能推进到扬子江流域，将我们的政府迁移到华中的某一战略要点，然后向北京进军”。一旦任务完成，将与日本结盟。
9月17日。孙中山公布《特别军事会议条例》。规定特别军事会议由参谋总长、海军总长、陆军总长、广东督军、海军总司令、第一军总司令、卫戍总司令以及由大元帅指定之军事参议五人组成，以大元帅为主席，以多数决定等。21日，孙中山召集军政府特别会议，决定军事方面：在长江一带练北伐军10师，由海陆军大元帅统辖；滇军第三师由韶关出发入湘，第四师随海军舰队攻闽。
9月18日刘建藩、林修梅联衔通电湘南自主湖南零陵镇守使刘建藩、驻衡阳湘军第一师第二旅旅长林修梅宣告湘南自主，“与段政府脱离关系。一切军民政务，均与海军两广云南各省一致进行”，并定衡（衡阳）、永（零陵）等湘南24县为戒严区。19日，湖南督军傅良佐令湘军第一师代理师长李佑文率第一旅往攻衡山，并致电北京政府，对南方用兵宜从速准备，先发制人，盼中央电赣闽准备进行，俾两粤军队不敢援湘。20日，李佑文自长沙率队南下。21日，孙中山与非常国会分别致电刘建藩、林修梅祝贺湘南自主。同日，傅良佐颁布长沙戒严令。
孙中山将对德奥两国宣战之意见咨国会非常会议请速公决。17日，戴季陶由日抵沪，并应记者访问说明访日经过。是日，孙中山咨请国会非常会议对参战案公决。22日，戴季陶奉孙中山命出席国会非常会议报告赴日使命，谓日本朝野赞成西南举兵，日外务当局亦谓民党反对段内阁如果理由正常，亦当赞成；对段祺瑞政府借款当严监察用途；民党议员议决宣战问题之后，日本亦可借款赞助；承认为交战团体，则俟政府成立之后实行。同日，国会非常会议经讨论，议决承认对德奥两国处交战状态。26日，军政府布告对德奥宣战。
9月19日。教育部公布《学制调查会规程》，规定该会任务是调查国内外学制，向教育总长提出改革学制意见。
广西发生严重水灾据广西督军谭浩明、省长刘承恩报告，百色、隆安、邕宁、果德、桂平、藤县、苍梧、融县、岑溪等县遭遇严重水灾，冲塌民屋，淹没田禾，灾情甚巨。是日，冯国璋令财政部拨银1万元赈济广西水灾。
9月21日。因河水漫溢，是日，山东利津黄河大堤冲决，淹没40余村，灾情甚重。
9月22日。护法战争爆发。湘军第一师代理师长李佑文与宣告自主的湘军第一师第二旅旅长林修梅各率所部在衡阳城北40里七里滩接战，林军获胜进驻衡山县城。护法战争爆发。24日，马济、林虎所部粤军11营在广州东校场誓师援湘，25日由统领邱渭南、陈志先率师出发。27日，湘军第一师师长赵恒惕抵衡阳，并于次日训示部下勿听妖言，免堕段氏“以湘治湘”之计。28日，傅良佐任命北军第八师师长王汝贤为湘南各军总司令，第二十师师长范国璋为副司令，指挥湘南作战，又密令湘军第二师师长陈复初移驻宝庆，为攻湘南右路军。李佑文所部第一团第三营营长张振武不忍“以湘攻湘”，在衡山县城东北15里之石湾起义，率该营及炮连、机枪连加入刘建藩、林修梅所部湘南护法军，第二团亦全体响应，李佑文败回长沙。29日，傅良佐颁发讨伐刘、林布告，宣称刘、林图谋不轨，反抗中央，纠合匪徒，倡言独立。特令第一师师旅各长官督率所部，先后开往湘南各属，伐罪吊民，相机剿抚，务将各该逆首等拿获严办。陆裕光所部援湘桂军由旅长贲克昭率领抵衡阳。10月1日，陈复初部第四旅旅长朱泽黄奉命率队抵湘乡，4日抵永丰（今双峰县）。2日，湖南宝庆守备第二区司令周伟、第一师团长宋鹤庚联衔通电宣告自主，声讨段祺瑞蹂躏约法、解散国会之罪行及傅良佐为虎作伥，实行“以湘治湘”之祸湘计划，宣布脱离非法政府，与西南各省及衡、永义师一致进行。3日，北军范国璋部前卫第一旅自湘潭茶园铺往攻衡山，在七里滩与林修梅部前队接战，5日败于林军。湘军第一师第一旅旅长李佑文在衡州投入护法军。4日，衡阳、郴州方面护法军刘建藩部与北军傅良佐部发生激战。5日，朱泽黄与周伟、宋鹤庚部在永丰西南40里之青树坪接战，朱军获胜，次日占湘乡县属界岭。6日，北军第八师第十五旅旅长王汝勤与林修梅部在湘潭县属西倪铺接战，王军获胜，林军退至熊家桥。
冯国璋往北京国子监祀孔。12日，冯国璋公布秋丁祀孔令，谓“九月二十二号为下丁祀孔之期，本大总统亲诣行礼”。是日，冯以大总统身份祀孔。11月20日，又下令公布《修正褒扬条例》，规定凡合乎“孝行纯笃”、“节烈妇女”等八条之一，均由部呈请“褒扬”。
9月23日。武昌人力车夫举行全体同盟罢工，反对车帮公所增加车租。
9月24日。财政部呈准钮传善违法舞弊交法庭法办。7月25日，财政部呈准裁撤全国烟酒事务署，归部设局办理。胡汝麟奉令接受该署后，查出前督办钮传善于支付烟酒银行股本43万元一项，拨助公款冒充商股，并捏列股东，捏选重要职员；于支付建设第一烟厂经费57万元一项，与洋商订定合同丧失利权，并派员购地舞弊等违法行为。是日，钮传善交法庭依法办理。
9月26日。孙中山发布《军事内国公债条例》及《承购军事内国公债人员奖励条例》。军政府财政极为拮据，18日，孙中山曾咨请国会非常会议讨论募集外债案。21日，再请非常国会讨论迅速商借外债或发行公债数百万元。经国会非常会议讨论，是日公布《军事内国公债条例》，规定军政府为供给军需，募集公债总额5000万元，第六年全数偿清。同时公布奖励条例，按承购10万元、5万元、1万元、5000元、500元以上分五级奖励，分别给予三、四、五、六等勋章和奖章。并任命廖仲恺署理财政总长兼筹饷公债局局长。同日，孙中山公布《军政府公报条例》。29日，孙中山分电陆荣廷、唐继尧，称军事内国公债可分给各省用作出师讨逆饷粮。12月15日，孙中山致电唐继尧嘱保护护送公债370万元入滇。19日，孙中山再电唐继尧告增运之军用债券50万元交予张午岚。在8个多月间；军政府向海内外发行公债票券和债券收条共1555万元，其中抵偿军政府成立前后孙中山等人所借各种债款394万元，发给各省护法军队充作军饷565万元，用于招募、运动、安抚和劳军535万元。
吉林股匪陷富锦县城，知事被虏，至28日出城南窜。
9月28日。交通银行第二次对日借款。交通银行总理曹汝霖以国库券2500万元担保，向日本兴业、朝鲜、台湾三银行借款2000万日元，期限三年，年息7．5厘，足额交付，用于整理交通银行业务。此项借款即第二次西原借款。
本月。直隶北部及近畿一带发生严重水灾。自7月以来直隶北部连降大雨，泛滥成灾，受灾地区105县，灾民630万。北京近畿自7月23日起，大雨如注，河水陡涨，28日永定河上游固安县北三工区决口，灾区延及大兴、宛平、永清、安次、武清各县，加之琉璃河、拒马河水溢成灾者，京兆所属14县遭严重水灾，尤以安次、武清、宝坻、香河、涿县为重。涿县水系从山西来，其势极猛，灾民12万。灾情为数十年所未见。8月14日，冯国璋为京兆水灾令拨银五万元赈抚，并令将从事疏防的永定河局长赵灵书等人交内务部议处。9月下旬，南运河决口数处，天津、保定等地低洼各处尽成泽国，津浦铁路北段冲毁，北行车仅至山东德州。30日，冯国璋特派熊希龄督办京畿一带水灾河工善后事宜，令财政部拨银30万元，着熊会问直隶省长曹锟遴选廉正官绅，分赴灾区赶办急赈，并迅筹疏泻办法。10月15日，熊希龄以盐税余款担保，向汇丰、麦加利、东方汇现、华俄道胜、华比、正金、花旗等七银行借规平银70万两，年息七厘，期限—年，是为天津水灾借款。11月22日，财政总长梁启超、熊希龄以多伦厅、山东临清、山西杀虎口三地常关税收入担保，与日本银行团代表中日实业公司总裁李士伟签订500万日元借款合同，利息七厘，期限一年，是为京畿水灾救济借款。
天津创立东方实业建筑无限公司由刘肖颖、刘啸镛创设，承办建筑工程，资本银50万两。
北京学务局召集公私立各中学校长教员开中学会议，会期15天，议决13案，其中有中学教授研究会一案。11月，学务局设立教授研究会常设机关，以各校担任某科之教员分别为数学、理化等教授研究会会员，以改良教法。
加拿大政府修改中国学生入境规则，废除1909年“华人来学一律纳金500元”规定。
苏州景海女塾改为景海女师。由美国监理会主办，重点培养幼儿教育师资，教材、教法、设备均照搬美国幼儿师范。设音乐师范科、高中师范科、幼稚师范科三科，各科教师均有传教士担任，并附设幼稚园，以后又增设日间托儿所。讲为吸收更多青年女子入学，学校降低学膳费，钎科均改用中，文讲授。该校对中国幼稚教育有很大影响。1927年后，校务渐为中国人接管。1951年并入新苏师范学校。