通过宫崎和平山的介绍，孙中山又结识了刚当上日本民党领袖的犬养毅，以及大隈重信、萱野长知、头山满、山田良政等日本朝野著名人士。后来，山田良政还亲自参加了1900年的惠州起义，在惠州附近的激烈战斗中英勇牺牲。
宫崎和平山都住在东京。临别的时候，他们都劝孙中山采用化名暂留日本，以摆脱清使馆密探的追捕，并邀请孙中山到东京去，以他们华语老师的身份进行革命活动。孙中山回答说，是暂留日本还是潜回国内，他还要再仔细考虑一下才能决定。
于是，宫崎和平山把自己的地址留给孙中山，便依依惜别地回东京去了。过了几天，孙中山来到东京。他先找到平山周，告诉他已经决定暂时留在日本进行革命活动。平山周听了十分高兴，马上陪孙中山来到宫崎寅藏家里。
为了便于开展革命宣传，他们议了很长时间，最后商定让孙中山住在位于东京市中心银座的对鹤旅馆。他们给孙中山换上了一套崭新的日本服装，便走出门来。
宫崎和平山陪着孙中山，沿着车水马龙的大街向旅馆走去。在日比谷公园附近，孙中山看到一所华丽的住宅座落在一个幽雅的花园之中，便随口问平山周：“这是什么地方？”
“这里是东京大名鼎鼎的中山候爵的府邸。”平山周告诉他。来到对鹤旅馆，由平山周给孙中山登记。孙中山当时的姓名是孙文，或称孙逸仙。由于事先没有商定化名，平山周犹豫了一下，想想刚才经过中山候爵的住宅，便随手写上了“中山”二字。可是，中山是日本人常见的姓，应当再有个名字。
平山周正踌躇间，孙中山接过平山周手中的笔和登记簿，又加上了一个“樵”字。于是，孙中山又有了一个新的化名：“中山樵”。进了房间，孙中山风趣地对宫崎寅藏和平山周说：“我小时候，从六岁起就上山砍柴，真是一个中国的山樵啊！”
“中山先生”，宫崎寅藏第一个叫起孙中山的新名字，诙谐地说，“中国革命的道路上，充满了荆棘，也正需要您这位中国的山中樵夫来披荆斩棘啊！”说罢，三个人都哈哈大笑起来。
援菲计划
在日本，孙中山和菲律宾独立党曾有过一段动人的交往，那是孙中山住在横滨的时候。
夏夜，横滨的气候十分怡人。海风呼呼地吹着，把白天的暑气化为乌有。滨海的沙滩上、大道边和树荫下，到处是纳凉的人们。
孙中山无暇享受大自然带来的阴凉，他把自己关在屋子里，正汗流浃背地在绘制一张中国地图。这不是普通的地图，而是一张别具匠心的《中国现势地图》。在地图上，他把帝国主义在中国划分的势力范围、强占的铁路，一一着色标明，以便看图的人触目惊心。为了唤醒有志之士起来革命，他还为这张地图写了一个后记，内容是：
近来中国有志之士，感慨风云。悲愤时局，忧山河之破碎，惧种族之沦亡，多欲发愤为友，乘时报国，舍科第之辞章，而讲治平之实学矣……孙中山时而又停下笔端，思索着下一次武装起义的计划。忽然，门外的日本侍女叩了叩门，轻轻地说：“中山先生，有人找您！”孙中山打开房门一看，门口站着一个三十来岁的汉子，又黑又瘦，上唇蓄着一字型的浓密胡子，手里拎着一只皮箱，脸上露出极度疲惫的神色，两只乌黑明亮的眼睛却显得十分深邃、坚毅。
“您就是孙逸仙博士吧？这么晚前来打扰您，十分抱歉”，那人说着一口不熟练的日语，自我介绍道，“我叫彭西，来自菲律宾。”
“哦，您就是那位菲律宾独立党的著名宣传家彭西先生？久仰！久仰！”孙中山和来人紧紧握手，热情地将客人住屋里让，“快请，请屋里坐！”
彭西此次来日本，负有重要的使命。几个世纪以来，菲律宾一直处于西班牙的殖民统治之下。1896年，二十九岁的中菲混血青年阿奎那多领导独立党起义，参加的民众有四十万人，与西班牙统治者进行了顽强的战斗。
后来，美国也企图取代西班牙，要把菲律宾作为它的殖民地。美国政府向菲律宾调派了军舰，对阿奎那多诡称，要帮助菲律宾独立，美国军队攻下了马尼拉，占领了大片领土，打垮了西班牙的殖民统治势力。
1898年6月，阿奎那多在卡维特成立了菲律宾共和国，并被选为总统。但在年底，美国又与西班牙在巴黎签订和约，决定西班牙退出菲律宾，由美国取代殖民统治。菲律宾共和国对此提出抗议，要求美国政府要求承认菲律宾独立，被美国拒绝。后来，美国竟完全背信弃约，向菲律宾革命军发动突然袭击。
在阿奎那多领导下，菲律宾革命军奋起保卫民族独立，勇敢地抗击侵略者。由于武器缺乏，便决定向亚洲各国求援，并派彭西到日本购买军火。
彭西到了横滨，得知中国革命党首领孙逸仙正在横滨，并了解到孙中山与日本朝野人士有所交往，也一定会同情菲律宾的独立斗争。于是，经多方打听，找到了孙中山的住处。
彭西与孙中山走进内室，在席子上坐下来，两人一见如故，亲切交谈起来。
“孙先生，见到您真是万分高兴！我早就听说你的高明医术和革命业绩。从经历上来说，我们是十分相似的。我以前是马德里医科大学的毕业生，从事过医生这个治病救人的崇高职业，后来也和您一样弃医革命，现在正为自己祖国的独立自由而战！”彭西不愧是一位宣传家，说起话来亲切感人。
“你们的斗争，早已引起中国人民、亚洲人民和全世界人民的注目。我们中国的革命党人和菲律宾独立战士应该结成紧密的同盟，这样，亚洲革向的力量就可以大大加强。”
“孙先生，您这个主意太好了！”彭西不禁兴奋地站了起来。孙中山接着转了一个话题，关心地问：“听说贵国近来的独立战争进展十分顺利，是吗？”
“是的。我们已经取得了反对西班牙殖民主义者的胜利，正在与美国侵略军战斗。”彭西把国内情况向孙中山作了介绍，然后提到了这次来日本的使命，“我们现在非常需要大量军火，独立党的领袖阿奎那多派我到日本购置军火。然而，事情并不顺利……”
彭西告诉孙中山，日本政府正和西方列强谈判修改条约，需要美国的支持，因此拒绝向菲律宾出售军火，形势非常复杂。彭西恳切地对孙中山说：
“我得知先生与日本进步人士有联系，因此冒昧请求先生协助购置军火。”孙中山听了，毫不犹豫地表示：“你们反对西方帝国主义列强的胜利，将是所有东方人的胜利！我们的革命事业应该是互相支持的。购置军火的事，我一定尽力而为！”
“谢谢！非常感谢！”彭西一边连声道谢，一边从身边取出一叠支票，连同皮箱一起交给孙中山，“这是购置军火的款子，请点收。”
为了帮助菲律宾独立军购买军火，孙中山到处奔波。第二天一大早，他就找到了宫崎寅藏的住处，后来又把平山周找到一起商议。孙中山把菲律宾独立军想购买武器的事，详细告诉了他们，请他们帮忙。孙中山说：
“我们一旦帮助他们争得了菲律宾的独立，接着便可凭借菲律宾同志的力量支援我们的武装起义，掀起一场风暴。我决心带领我们的同志和部下去帮助他们打仗，希望你们也来和我们一起，速其成效。”
宫崎寅藏和平山周素来景仰孙中山，他俩见孙中山态度坚决，便赞成道：
“好，来它个痛快的，先干他美国一家伙。”由于中国革命党人和支持他们的日本友人都受到日本当局的监视，不能直接出面购买军火。必须找一个与中国革命党没有联系、不受当局注意的人来办这个事情。于是，他们三人又找到犬养毅，商议请民党干事、众议院议员中村弥六秘密帮助。
孙中山一面秘密地托人联系购买军火，一面与彭西相商在武装斗争中互相支援的具体计划。最后决走，当菲律宾独立军向美国侵略者大举反攻时，孙中山亲自率领兴中会员取道小吕宋埠赴菲律宾，和独立战士并肩作战。
菲律宾独立党领袖阿奎那多接到彭西的报告，对孙中山计划助菲独立，而后菲助中国革命成功的想法，极为赞同。为了支援中国革命，阿奎那多决定赠给孙中山十万日元作为革命经费，并命令彭西亲自把这笔赠款交给孙中山。
兴中会得到这批赠款后，在开展各项活动中，起了很大作用。当年秋季，派陈少白在香港创办《中国时报》；派史坚如赴长江一带，联络会党，扩大兴中会组织；派郑士良在香港设立接待会党的机关；策动惠州、广州军事行动等方面的费用，就是用的这笔款子。
经过暗中联络，中村弥六向枪炮商大仓会社购买了大批军械，包括子弹六百万发、步枪一万枝、大炮十一门、望远镜七架以及火药压榨机和大批制造弹药的材料，雇三井会社的“布引丸”船潜运赴菲，预定驶至菲律宾首都马尼拉附近的一个岛屿，由独立战士接收。孙中山还聘请了三名富有战斗经验的日本军官，随船赴菲律宾帮助独立军训练部队。
1899年7月19日，阳光洒满海面，闪烁着耀眼的光辉。“布引丸”轮在门司港启航了。孙中山站在码头上，一直到渐渐远去的轮船终于消失在视野里，悬着的心才松了下来。
不幸的是，几天以后传来了噩耗：“布引丸”轮在浙江马鞍岛附近海面遇到了台风，不幸触礁沉没。船上的十二个人，包括三名日本军官，全部丧生于狂风巨浪之中。
孙中山并不灰心，他与彭西商议，用剩余的七万五千比索，又设法买到了第二批军火，雇船取道台湾运往菲律宾。美国政府发觉了这一次活动，向日本提出了强烈抗议，日本政府决定，取缔枪支船运出口，援菲计划又一次落空了。
孙中山对菲律宾人民反美斗争的支援，虽然没有成功，但是他积极支持被压迫民族反对帝国主义侵略的正义行为，在旅日的亚洲各国革命志士中引起了反响，得到大家极高的评价。这种真诚的协助精神，在中菲友谊史上，留下了可贵的一页。
之后，孙中山与彭西仍不断来往，互相关心着两国革命运动的进展情况。后来彭西还写作并出版了《孙逸仙--中华民国的缔造者》一书。书中写道：
“孙逸仙善于把远东各国的共同问题综合起来加以研究。因此，他成为一群来自朝鲜、中国、日本、印度、暹罗和菲律宾的青年学生的热情鼓动者之一。”
初晤康梁
1898年夏天，以孙中山为代表的革命派在海外流亡之时，中国的政治舞台上，则掀起了一场举世瞩目的变法维新运动，死气沉沉的中国大地似乎出现了一线生机。孙中山虽然远在日本，却十分密切地注视着国内这场政治运动的发展和命运。
甲午战争失败后，以康有为、梁启超为代表的维新派激于不甘亡国灭族之义愤，便通过上书请愿、开学会、办报纸等方式，广造舆论，鼓动变法维新。逐步取得了光绪皇帝的支持、1897年11月，德国强占了胶州湾。年底，康有为第五次向光绪皇帝上书，写道：西方列强企图瓜分中国，形势日趋严重。天下皆知朝廷软弱无能，人民正在酝酿造反起义，如再不图强变法，皇上与诸位大臣，即便想苟且偷安，维持短暂的歌舞升平也不可得？？
康有为的这些言词使光绪皇帝深为震动，他表示“不作亡国之君”。1898年1月，光绪命总理衙门大臣翁同和、李鸿章、荣禄等传见康有为，询问变法事宜。4月，康有为在北京组织“保国会”，倡议在各省、府、县成立分会，呼吁变法救国。6月11日，光绪皇帝下《定国是诏》，宣布变法。16日，光绪在颐和园召见康有为，任康有为为总理衙门章京，在皇帝身边办理文书。之后，光绪又命各省总督巡抚推荐人才。康有为的弟子及志同道合者梁启超、谭嗣同、刘光第、林旭、杨锐等都被举荐上来成为皇帝左右近臣，参与变法工作。
从6月11日至9月21日，光绪皇帝先后颁布了一系列变法政令，在政治、经济、文化等各个方面提出了许多改革的措施，出现了史称戊戌“百日维新”的高潮。
孙中山和他在日本的朋友们经常聚会议论局势，有一天晚问，他和陈少白、宫崎寅藏、平山周等人一直聊到深夜还意犹未尽。只见孙中山双眉紧锁，不无忧虑地说：“光绪皇帝是个傀儡，维新派把希望完全寄托于他肯定不行！”
“听说西太后在光绪下令变法的第四天，就将光绪的老师，户部尚书翁同和革职回家了，这明显是与光绪对着来的嘛！”陈少白愤怒地说。
宫崎寅藏突然站了起来，面对孙中山，以探讨的口吻说：“孙先生，贵国的维新派人士只顾颁布变法条文而不重视抓军队，变法能够长久吗？”
孙中山默然不语，担心着国内局势的变化。果然不出所料，煊赫一时的“百日维新”很快就流产了。以西太后为首的顽固派根本不能容忍光绪和康有为等人的所作所为。西太后实际掌握着朝廷大权，她在将翁同和革职的同时，又任亲信荣禄为直隶总督，统率北洋军，控制京津，还决定10月到天津阅兵时拘禁光绪，另选幼主。
光绪获悉后，先后两次与康有为、谭嗣同密商，决定把赌注押在袁世凯的身上，他是荣禄的部下，正在天津小站训练新军。9月18日，这是一个风雨之夜，谭嗣同悄悄潜入袁世凯的驻地，力劝袁世凯发动兵变，除掉荣禄，然后率兵进京勤王，对西太后实行兵谏，不许她干预朝政。
谭嗣同表情严肃，声音低沉而又坚定地说道：“报国恩，救君难，除旧党，建大业，全在此举！未来天下大政，将在阁下掌握之中，国家前途，系于阁下之手。”
阴险狡猾的袁世凯表面附和，当即回答道：“阅兵时叫皇帝向我袁某营中跑，杀荣禄如杀一狗。”
但是没有想到，9月20日，袁世凯就跑到天津向荣禄告密，荣禄立即入京见西太后禀报了此事。西太后恼火万分，于9月21日发动政变，囚禁了光绪皇帝，再次垂帘听政，并下令缉捕维新派，所谓“新政”全部废除。9月28日，谭嗣同、刘光第、林旭、杨锐、杨深秀、康广仁“戊戌六君子”被杀害。
戊戌变法失败了，康有为和梁启超从炙手可热的皇帝亲信一变而为朝廷“钦犯”。康有为逃出北京，在英国军舰的保护下到了香港，梁启超则避居在日本使馆。
孙中山听到这些消息后，便和日本朋友宫崎寅藏、平山周商量，请他们助一臂之力，帮助康有为和梁启超脱险。
宫崎寅藏和平山周等一批日本朋友，早就打算帮助孙中山与康有为、梁启超联合，使革命力量不断壮大，于是，便立即行动起来。宫崎寅藏悄悄来到香港，找到了康有为，并掩护他到了东京。平山周则到了北京，在公使馆见了梁启超。为了掩护梁启超潜逃，平山周要梁启超脱掉汉服，换了一身和服，乔装打扮后，先到天津，再乘船到了东京。
康有为和梁启超到了东京后，孙中山考虑到，中国在日本的留学生加起来不过七八十人，而且多数属于康、梁的维新派，如果双方能够合作，彼此坦诚相待，对兴中会的发展是非常有利的，便决定在合适的时候亲自去慰问，以示自己的诚意。
孙中山委托宫崎寅藏、平山周二人去转达他的意向，但遭到了康有为的拒绝。宫崎寅藏对康有为说：“你们同在日本流亡，应该联合为好，可以坐在一起谈谈。”
康有为十分傲慢地回答：“我身奉光绪皇帝的衣带诏，不便与革命党交往，恕不能相见。”