叶、洪二人一听说孙中山自己已经回到了广州，当时就吓得面面相觑，半晌不得作声。好一会，叶举愤愤不平地说：“我们好不容易布置好了一切，难不成就因为孙大炮回来而功亏一篑！我有雄师五十个营，弟兄们都愿意和我同生死、共患难，岂能束手就缚！索性我们一不做、二不休，乘孙大炮回来的当口，把他给抓起来！然后对外宣言，成立广州政府！”
陈炯明要的就是叶举这一句话，立即高举酒杯，说：“叶将军真不愧是一员勇将！来，为你干了这一杯！”稍顿了一下，陈炯明又说：“大丈夫生于天地间，就要敢作敢为，不冒险怎能成大事！”
密商了一阵子之后，如何对付孙中山的计划已经大体有了眉目，正在这时，又接到了韶关梁鸿楷的密电，电报说，孙中山这次回来只带了卫士团中两个营的兵力，这使陈炯明等三人大喜过望，更加坚定了要在路途上把孙中山干掉的决心。
一阵碰杯之后，他们商量好了如何在孙中山回广州的途中突施杀手的每一个细节，他们认为，孙中山秘密回广州，这是自投罗网，反倒创造了一个不费力气下手的极好机会……1922年的6月1日，孙中山乘坐着专列开赴广州，这次随行保护孙中山的是卫士团中的两个营，临行前，孙中山说只带五十人就够了，是卫士团的团长陈可钰亲自挑选了叶挺和薛岳为营长的两个营的兵力作为护卫队伍，而将张发奎的一个营留在大本营里继续担任警戒任务。
列车到达新街车站时，广州各界人士都来欢迎孙中山大总统，许多人都在说陈炯明将要叛变的话，要孙中山多作准备。孙中山一面叫大家放心，一面说，陈炯明只是反对北伐，还不敢公然反对革命。尽管这样，大家还都是劝孙中山要多加小心，孙中山对大家的关心表示感谢，并一再说不怕。
这时候，有一位老华侨从人群中走到前面对孙中山说：“大总统，陈炯明在惠州经常召集他的部下在一起密谋策划，大有谋乱的企图，大总统千万不可从固定的车站下车，切不可直到黄沙车站，以免被陈炯明暗算。”孙中山要大家放心，反复说不会有事的，还说，我对陈炯明一直以诚对待，他怎么也不会害我的。但是欢迎的人都劝孙中山小心点好，卫士团长陈可钰非常赞成这些意见。陈可钰对孙中山说：“陈炯明的背叛之心，已经是有目共睹的了，现在我们最好暂时不要回广州的总统府，以免出什么差错……”
孙中山把手挥了一挥：“你不要说了，我懂得你的意思，你是从我的安全来考虑的，而我是从我的身份来考虑的，哪有大总统回到广州却不回总统府的道理？要是这样让北方的那些军阀们知道了，还不要笑掉了大牙？有人说陈炯明要叛变，要我先对付他，我却不同意自相火并，我这次为什么不多带一些卫队回来，就是要向陈炯明示以诚意，我要劝他早日觉悟，回到北伐的队伍中来。我们赶快回到广州去，把事情办完后，我还要回到韶关大本营指挥北伐去。”孙中山乘坐的火车还是按照原定的路线到了黄沙车站，孙中山下车以后，陈可钰指挥两个营的卫队把孙中山簇拥起来，严密防范。正巧海防司令陈策早已派来了几艘军舰在江边等候，陈可钰一直等到把大总统护卫上了军舰以后才长长地松了一口气。
孙中山登上军舰以后，担任后卫任务的营长叶挺最后登船，他报告陈可钰，就在大总统上船以后，黄沙车站突然来了一大批身份不明的人，他们在车站上横冲直撞，企图寻事。陈可钰心中想：“果然狗急跳墙了，幸亏陈司令来得快，要不然今天可还真有点麻烦！”
6月2日，孙中山没有受到任何阻碍，顺利地回到了总统府，这使得随行的卫士们松了一口气，孙中山自己也松了一口气。回到总统府的第二天晚上，孙中山便带着马湘和黄惠龙、张仙逸等人出来视察白云山的情况，从总统府的粤秀楼出来，经震武楼往文澜阁方向一路巡视，令他大为吃惊的是，文澜阁后面的粤秀茶室里住满了军队，茶室的墙上还凿了许多枪眼，都是对着总统府的粤秀楼的。
孙中山让马湘去找来一个士兵，问：“你们的长官是谁？”
“是洪兆麟司令。”
“你们的洪司令也住在这里吗？”
“不，这里的长官不是洪司令，是李旅长。”
“你们在这里有什么任务？你们是从哪里开过来的？”
“我们是从江西的北伐前线开过来的，我们在那里打仗打得正是高兴的时候，却被不明不白地调到这里来了，在这里又是挖工事，又是搞训练的，这上面不是总统府吗，这是干什么呢？真弄不清楚！”士兵不认得孙中山就是大总统，一边说一边嘟囔着。
本来，从韶关安全抵达广州使孙中山稍微安心了一些，可是眼前的现状却叫他更加担忧起来，孙中山此刻开始意识到陈炯明的真正动机是什么了。
为了感化陈炯明，孙中山再次致电陈炯明，要他“火速赶到总统府共商北伐大计。”另一面又在总统府举行盛大宴会，宴请陈家将，可是陈家将们却一个都不来参加宴会，把大总统送去的请帖轻蔑抛在一边，陈炯明干脆连信也不回一封了。到了预定开席的时间，不见一个人来，气得孙中山一拳擂在桌子上，厉声警告：“不要以为你们占据了白云山，就可以胡作非为，我用几门海军大炮，完全可以消灭你们！”陈炯明和叶举、洪兆麟等人商量好了暗杀孙中山的计划之后，便在家里静等着孙中山被杀或是被俘的好消息，可是到了6月2日，秘书陈鹤年送来一份电报：“孙中山已安全抵达总统府。”气得陈炯明咬牙切齿地骂道：“一群废物！”
就在这时，第一次直奉战争结束了，直系军阀曹锟、吴佩孚获得了全面的胜利。曹、吴不满徐世昌对奉系军阀张作霖的袒护，通电全国责令徐世昌下台。同时，曹锟、吴佩孚看到北伐军的势头不可遏止，便在通电中提出拥护约法、恢复国会的口号，要求南北总统同时下台（南总统指孙中山）。
对北洋政府的叫嚣，孙中山不予理睬，在6月6日就徐世昌退职发表宣言，称中华民国是中国唯一的合法政府，并以“中国事实上、法律上、唯一政府行政首领之资格”申明：我们正在从事改造旧中国旧生活的伟大事业，一切帝国主义列强不得干涉中国的内政，任何列强不得承认现北京的伪政府、伪总统（6月3日，黎元洪在北京复任大总统）。
6月7日，孙中山发表宣言，认为当前解决国内问题的根本途径，是恢复约法，要改造现有的军队，使现有的军队变成工兵，“收其武器，与以工具”。这一宣言后来被称为《工兵计划宣言》。
6月8日，孙中山就黎元洪复任大总统、毁弃《临时约法》的叛国罪状发出通电，指出“北京已无政府”，国家与外界的一切交涉事宜，均应由广州政府承担。
吴佩孚见孙中山不肯下台，便想通过陈家军来迫使孙中山下台。吴佩孚给陈炯明送去一封密件，要他立即发动政变。陈炯明心领神会，给他的陈家将们发去一封密信说：北伐军现在丧师失地，军心不定，广州政府内部矛盾重重，我们应抓住这一天赐良机，及早消灭孙中山的力量，如不乘此大好时机下手，将来就很难办了，我们就有被孙中山吃掉的可能，最好的情况是和北伐军同归于尽。另一面却又和孙中山敷衍说：现在军队已经不听我的命令了，我本来是想回到广州去的，可是现在我不能回去了。
孙中山接到陈炯明的回电后，误认为陈炯明的话是真的，决定通过对陈家军、陈家将施加压力，追使陈家军撤离广州，重返韶关，参与北伐行动。
6月12日，孙中山在广州财政厅举行记者招待会，在会上愤怒地谴责陈家军，孙中山说，现在，以叶举、洪兆麟为首的军队，驻扎在白云山附近，拒不听从政府的向令，已经成了一支蛮横无理的、目无上官的、反对政府的军队，这样的军队无时无刻不可以作乱，无时无刻不在贻害地方，我现在下命令，让他们撤出广州省城外三十里。他们如果胆敢不从的话，我就会用武力来压服他们。人称我孙大炮，以前我曾经炮轰过反动军阀陆荣廷，如果现在我们自己的军队拒不听从政府的命令的话，那他也就成了新军阀，我也用大炮去轰他们。我完全能在三个小时之内，用重炮把他们轰成齑粉！我现在还不想这么做，今天请诸君来，是想请你们在舆论上造成一种压力，让陈家军们知难而退，只要他们还回到革命的队伍中来，我们还是欢迎的！
可是，对于孙中山的警告，陈家军们置若罔闻，陈家军以为，在广州，他们有军队二万五千多人，而孙中山只有五百来名护卫队，只要他们一发动政变，一定会稳操胜券。一切准备停当以后，陈炯明要发难了。
同时，北伐前线，捷报频传，眼看着就要拿下赣州，孙中山计算：赣州攻克后，乘势进取吉安、南昌，再到九江，屈指数来，总计行程还不到一个月的时间，这是一个激动人心的时刻！是孙中山梦寐以求的时刻，决不能再错过这样的大好时机！孙中山决定：6月16日离开广州，再赴韶关大本营，他要在攻克南昌后，亲率舰队至上海、入长江，北定中原，完成统一中国的大业。
然而，就在这样的时候，陈炯明已完成了他的反革命部署，他也觉得，消灭孙中山，独霸广州的时刻到了，因而，他也准备行动了。
剧变前夜
1922年6月14日，廖仲恺从香港回到广州，立即求见孙中山，孙中山听说是廖仲恺求见，非常高兴，马上出门来迎接。见面第一句话，廖仲恺劈头就说：“听说您只带了两个营的兵力来到广州，这是很危险的事，陈炯明现在已经是‘司马昭之心，路人皆知’了，我担心陈炯明随时都会发动叛乱的，请您还是早点回到韶关大本营去的好，那样，一来您可以继续指挥北伐战斗，二来也比在广州安全。”
孙中山笑着说：“你到香港去，听说是去筹款的，怎么样？筹到了没有？”廖仲恺愤怒地说：“款子倒是筹到了，可是实在是令人气愤，我们现在的关税全部控制在英国人的手上，而省内的税收又全部被陈炯明截留了，我到处筹款，处处碰壁，最后只好到香港去筹款，好不容易才弄到了二十万元，请先生您先带着这二十万元赶快回北伐前线去吧……”
孙中山说：“那也不必，陈炯明日前还给我打电报说，他正在努力做陈家军的工作，虽然有点难，但他还是保证说叶举等人不敢有非分之举，他也正在做工作，劝叶举等人按我的布防命令去办，不管怎么说，陈炯明目前还不至于背叛我的。我已经给陈炯明打了电报，要他来广州和我面商北伐大计。
不过，我倒是很想听听你关于当前广州局势的看法。”
廖仲恺道：“当前广州的关键在于陈炯明的态度如何，只要陈炯明不带头闹事，陈家军是不会闹事的。我想您邀请陈炯明来广州，他是不会来的，倒不如我去一趟，正好竟存昨天给我发了个电报，要我去惠州，我顺便去劝劝竟存，或者还有可能让他到广州来见您。”
孙中山沉默了片刻，想了想说：“那也好，当年正是你在陈炯明最困难的时候带着钱到漳州去帮助他的，现在你去，好好地动之以情，晓以利害，争取让他回到革命的道路上来。到时候，你走的时候通知我一声，我让叶挺带一个营的警卫来保护你。”
廖仲恺摇摇手说：“不必了，我只要一个人单独去就行了，我不带一兵一卒，也好向陈炯明表示我们的诚意，陈炯明是个多疑的人，不能给他留下任何话柄。”
就在6月14日这一天，陈炯明在石龙召开秘密军事会议，准备对孙中山发难，陈炯明在会上给他的心腹爪牙们鼓劲打气：“谁先向总统府开炮，谁就为我们立了头功，就是我们粤军的大阿哥！”
陈家将们虽然一个个平日里不可一世，在陈炯明面前大吹牛皮，说要如何如何为陈总司令效力，要对孙大炮实施攻击，但一听说要动真格的，要在对总统府的行动中开头一枪，这些骄兵悍将反而害怕起来。冷场了一大会子，只有土匪出身的杨坤如把袖子一掳，帽子一摔，吼地站起身来表示要立这个头功。可是那些自认为名门正派出身的军官们却不满意，一致公推叶举出来做大家的头。
叶举还真不愧是陈炯明的的心腹，竟然站起身来表示同意。但是叶举也有他的顾虑，别看他似乎是个粗鲁的军人，可还确实有点歪心眼子，他在同意自己率先发难的时候，却又建议由资历、声望都很高的老军长熊略来当总指挥，大家都没有意见。熊略心里虽然一百个不愿意，可是嘴上还是不好说，反过来给陈炯明一个难题做做，他说：“大家推举兄弟我来当这个总指挥，我也只好勉为其难了。我有一事不明，陈总司令是我们大家心目中共同的主帅，只要陈总司令下一道命令，我当率领所部一万多弟兄，率先奔赴战场。陈总司令为什么不下命令呢？”
陈炯明早就料到部下会有这一着了，他轻轻地对着心腹秘书陈鹤年点点头，陈鹤年站起身来，对师长钟景棠说：“请钟师长给大家讲一讲他今天做了些什么。”
钟景棠不慌不忙地站起身来，用得意的眼光扫视了会场一周：“今天上午，兄弟将廖仲恺给扣留了起来……”
“嗡……”的一声，钟景棠的话还没有说完，会场上立刻乱了起来，有的人在心里连呼可惜，把这么好的一个机会让钟景棠这个家伙抢去了；有的人在暗自庆幸：有这个老兄先下手，将来万一攻打孙中山失败了，我自己也有一个退路，不是我带头打的大总统，以下犯上、谋逆叛变的恶名也不会落到我的头上了；有的在感到惊讶：陈炯明果然对孙中山动手了，陈炯明可真是个敢说敢做的大人物，今后和他共事可得防着点，不要一不小心上了他的当……这时候，陈炯明终于站立起来，笑容满面地对大家说：“自古时世造英雄，英雄也能造时世，现在是我们一显身手、改造时世的时候了！现在，我们已经捉住了廖仲恺，这就等于把孙中山的钱口袋给锁住了，没有廖仲恺给孙中山筹款，孙中山他有天大的本事也踢腾不起来了！”
受到陈炯明的感染，会场上的陈家将们开始活跃起来，一致推选熊略为攻城总指挥，推选洪兆麟为先锋，并且很快就讨论好了进攻总统府的行动计划。
还是6月14日这一天，孙中山在总统府再次宴请粤军中旅长以上的军官，他想在这次宴会上，一方面向大家说明自己明天就要离开广州去赣南前线督促北伐，另一方面也乘机对陈家军陈家将们做做说服教育工作，要他们认清形势，不要去干那些背叛革命、使亲痛仇快的事情，要认真地理解中华民国的主义，以统一中国为大业，为民族的兴旺和昌盛作贡献。
可是，时至中午，广州卫戍司令魏邦平、中华民国外交部长伍廷芳、海军司令温树德、广州江海防司令陈策、直辖警备司令姚雨平等人已经一一来到，却就是不见粤军将领们的到来，这使得孙中山大为恼火，正在控制不住的时候，忽然秘书林直勉又来报告说，廖仲恺在赴惠州途中，被叶举的部下、师长钟竟棠在石龙扣留。林直勉还说，他在向粤军送请帖的时候，被叶举的卫兵挡在营房的外面不让进去，粤军的将领们一个都不肯来。