与此同时，吴佩孚派出支援沈鸿英的三个旅中的两个旅也奔赴广州来支援沈鸿英。孙中山在前线亲自督战，以范石生军为主力的滇军在广州郊外与沈鸿英叛军殊死搏斗近一天，终于将沈鸿英的主力部队和吴佩半派来增援的两个旅的部队大部消灭，沈鸿英大败，仓皇带着儿子和几个残余的卫队逃到江西。到5月18日，讨贼军攻克肇庆，叛军余部逃到广西，讨伐沈鸿英的战斗以全面胜利而告结束。
东江风雨
讨伐叛军沈鸿英的战斗，没费多长时间就取得了全面的胜利。通过这次战斗，孙中山再次体会到旧式军队的难以全心依靠，他要集中精力来改造旧军队。本来，当沈鸿英叛变事件还没有暴露出来的时候，孙中山已经做好了裁减军队的计划，他要通过裁军的办法来削弱所辖各路旧式军队的实力，然后再建设一支真正属于国民革命政府领导的军队，只有这样的军队才能最后完成统一中国的大业。可是，还没等他来得及实施这一计划，就爆发了沈鸿英的叛变事件，为了保卫广州这块革命的基地，打击叛军的嚣张气焰，孙中山只得调动在广州的滇、桂各路军事力量，全力平叛。在沈鸿英叛变被彻底打垮以后，孙中山又要来实施自己的裁军计划。可是，孙中山的这一裁军计划同样没有来得及实施就被放置了下来。
1923年的5月8日，陈炯明的旧部叶举又率部在东江地区再次发动叛变，同为陈炯明旧部的洪兆鳞也在潮汕地区起兵响应。当陈炯明广州兵败逃往惠州并从惠州取道香港时，陈炯明授意自己的旧部，先在东江和潮汕地区安定下来，如果孙中山不来进攻，就不要向广州进发；如果孙中山要派兵向你们进攻，你们就随机应变，可以接受孙中山的改编。投降孙中山，主要是保存实力为上，只要留得青山在，不怕日后没柴烧。所以当孙中山南下广州以后，叶举和洪兆麟都向孙中山表示悔过，愿意接受孙中山的改编。孙中山因为考虑到当时没有精力来解决叶举和洪兆麟的问题，便接受了他们的投降，可是，孙中山对他们并没有失去警惕，立即派了得力的干部去收编他们。不过，收编和改造旧军队不是一天两天的时间就能奏效的，还没等收编工作取得有效的进展，沈鸿英已经在北江发动了兵变。而当沈鸿英叛变刚刚扫平之时，叶举和洪兆麟又分别在东江和潮汕地区发动了兵变，这使得孙中山简直累得喘不过气来，他一时有心力交瘁之感。
在痛苦和愤怒之后，孙中山再次振作起来，投入了部署平叛的战斗指挥之中。当时，北伐军许崇智部正在返回广州的途中，恰恰是走到潮汕一带遇到了洪兆麟的部队，本来，洪兆麟也是受了孙中山的改编的，许崇智认为大家都是自己人，也没有多作防备，只想快点通过洪兆麟的防区回到广州去，帮助孙中山在广州建好这块根据地。可是就在他们要通过潮汕地区的时候，洪兆麟突然发难，不打招呼地向许崇智部发动了突然袭击，许军猝不及防，被打了个手忙脚乱。幸好许崇智的军队久经战斗考验，在短时间的混乱之后，很快地就站稳了脚跟，在潮汕一带固守下来。而叶举则是在东江得到了充分的休息和调整之后，同时分兵三路向广州发动了进攻。陈炯明得到了两个老部下同时举事的情报之后，也立即从香港动身回到惠州，实地指挥作战。
根据这一形势，孙中山当机立断，先打电报给许崇智，命令他率部在潮汕一带固守待援，只要他能在潮汕地区守住，就能拖住叛军的一大部分力量，使敌人不能集中优势兵力来进攻广州。他告诉许崇智，你守的时间越长，就对广州的平叛战斗越有利；然后给驱逐沈鸿英的西江、北江军队发出电报，命令他们立即向石龙一带集结，控制叶举兵团的攻势，孙中山任命程潜为这次讨贼军的总指挥，总管在广东境内的滇、粤、桂各军。为了改变每次总是被动挨打的局面，孙中山命令程潜，在战斗中取攻势，分兵直捣叛军的老巢--惠州。以攻为守的战术果然非常奏效，陈炯明担心一旦惠州被攻破，自己就会死无葬身之地，他立即给叶举发电，命令他赶快分出一部分军队来保卫惠州，叶举也不愧是一个沙场老将，他见程潜进攻惠州的势头很猛，知道要想一下子就挡住他的攻势是相当困难的，那将会使自己的军队增加许多无谓的伤亡，他也来了个围魏救赵之计，不去分兵救惠州，而是命令军长杨坤如领兵进攻博罗城，攻下博罗后，立即兵抵石龙，企图占领石龙之后，进窥广州。叶举认为，惠州城三面环水，一面靠山，只有两三条小路可通行人进出，素有“铁链锁孤舟，浮鹅水面游，任凭天下乱，此地永不忧”之称，是易守难攻的地方。孙中山的军队没有足够的力量在短期内拿下惠州城，因此他便放心大胆地去实施他的进攻广州的战术。叶举的计划是，只要你广州吃紧，还怕你程潜不回兵去救吗？
叶举的这一招果然有效，程潜见叛军向石龙挺进，担心石龙一破，广州就失去了屏障，便从石龙分兵争夺博罗，派滇军刘震寰部单独进攻惠州。孙中山在广州城里接到叛军向石龙进攻的情报，深感博罗城的意义重大，觉得现在正是战斗进行的关键时刻，便亲自来到石龙督战，动身前，命令还驻扎在广州的滇军蒋光亮军火速奔援博罗，可是，这些滇军打仗向来是只为了钱才动身的，这回因为没有粮饷而不肯动身。和孙中山一起到达博罗前线的大本营总参谋长李烈钧等人听到这个消息后，都觉得博罗这下肯定是危在旦夕了，可是，孙中山却认为，在广州的胡汉民和廖仲恺是不会束手待毙的，他们一定会想出好的办法来。果然，第二天便传来了好消息：廖仲恺因国库空虚，无力筹款，已向日本贷款十万元，并交付滇军蒋光亮部，蒋军已经开拔出城，奔赴博罗前线。孙中山这才放了心。
蒋光亮部开到博罗城时，正是杨坤如的部队进抵博罗城下，博罗城在战火中摇摇欲坠的时候，滇军在万分火急的时候赶到，城内的守军见外援来到，大开城门从城中杀出，里外夹攻，杨坤如部大败，逃进惠州城中躲了起来。惠州城下，刘震寰正在指挥大军进攻，刘震寰在进攻惠州之前就对惠州的地势进行了分析，他认为：惠州城在军事史上是兵家必争之地，是因为它的地势险要，而夺取惠州的最根本的先决条件就是要占领能进入惠州城的唯一一块陆地--飞鹅岭。因此，刘震寰在到达惠州之前就命令自己的部下们，务必要不惜一切代价，拿下飞鹅岭！可是，当刘震寰到达惠州城的时候，居然发现飞鹅岭没有派兵把守，这使得刘震寰大喜若狂。刘震衰对自己的秘书说道：“立即给孙大元帅发电报，就说我军已经拿下了飞鹅岭，不出三天我就会京下惠州城的，请大元帅就在广州等我的好消息吧！”电报发出之后，刘震寰立即命令全力攻打惠州城，可是，城中的叛军并不是个个草包，陈炯明就在城中督战，飞鹅岭没有防守，那是杨坤如在进城时的疏忽大意，已经被陈炯明骂得狗血喷头了。但这并不等于说惠州就是可以轻而易举地拿下的。陈炯明刚从香港回来，带回了英国人送给他的许多精良的武器，凭着惠州城的深沟高垒，刘震寰要想在短期内拿下惠州，还真不是一件容易的事情。因此，当刘震寰急于攻城的时候，几次都被守军打退了进攻，先是集中火力掩护步兵架竹梯攻城，被城上守军密集的火力给封住了；后来用挖掘坑道的办法，想从城墙下面凿个洞钻进去，可是护城河水太深，坑道无法挖得过去。连攻了几天都没有打下惠州城，反而损失了好几百个士兵的生命，连刘震寰自己的头部也受了相当重的伤。
孙中山先是接到了刘震寰的电报说很快就能拿下惠州城，心情非常振奋。可是等了几天，却传来了刘震寰受伤的消息，惠州城不但没有攻下，攻城的滇军弟兄却伤亡相当惨重。为了早日拿下惠州城，孙中山决定再亲自到惠州去一趟，一方面给攻城的士兵们打打气，一方面也好看看到底是怎么一回事。
孙中山来到惠州城外的飞鹅岭上，从山头上用望远镜察看城中的情况，三面被水环绕的惠州城，确实像一只漂浮在水面上的大白鹅，飞鹅岭与惠州城的距离不远不近，要想从岭上冲下去，再攻城，士兵们没有这么长的耐力能够一口气攻到城下，从岭上直接向城中开枪又打不着城中，一时倒没有什么好的办法能够打下惠州了，孙中山在山上踱来踱去，最后想出了一个办法：孙中山命令讨贼军回到广州虎门去搬来了巨形大炮，将大炮架在岭上，居高临下地对惠州城中发炮，孙中山亲自指挥士兵发炮。可是一连发了十几炮以后，只见得惠州城墙上硝烟弥漫，却看不到城中守军的动静，孙中山从卫士马湘手中要过望远镜，向城中察看，只见大炮发出的炮弹根本打不到城中去，只是落在城墙下面，有的炮弹离城墙很远，落在老百姓住的村里，把老百姓的房屋炸塌了许多。孙中山连忙叫士兵停止发炮，对士兵们说：“这样打不行，炮弹打不到城中去，只能把老百姓的房屋打倒，这样会引起老百姓对我们的愤恨的，我们不能这样打下去了，等到想出办法来再说。”
惠州城下的战斗进入了胶着状态，孙中山苦苦思索不得其法，只得暂时先回广州。可是，这段时间的僵持却给陈炯明带来了有利的机会，陈炯明一面把各路叛军调集起来，向广州发动进攻，一面又和北洋政府取得了联系，北洋政府已派出重兵从北方对广州形成包围之势。久攻不下的惠州城中；陈炯明正在召集他的部将们开军事会议。陈炯明得意洋洋地对部下们说：“诸位，你们固守惠州已达数月，完成了我的预定计划，现在我的大军已经在四面八方集结起来，分头向广州进军，目前，我军如果按计划前进的话，已经拿下了博罗、石龙、石滩，下一步就是集中力量进攻广州城了！石龙、石滩一下，广州城就近在咫尺。我进军广州的计划是分三路并进，一路是从石龙进攻，一路是从两阳猛扑，再一路是吴佩孚吴大帅的三个劲旅邓如琢、方本仁、樊钟秀的部队，他们沿着铁路向广州进攻，有这三路大军，广州一个小城不久就将在我的掌握之中了。再说，我还计划派重兵堵住黄埔，封锁住虎门，不让孙中山从水路逃跑，这一下谅孙中山就是插上翅膀也休想逃出广州去！”
陈炯明所料不错，石龙、石滩两城很快失守，广州失去了最后一道屏障，立即陷入了危险之中。孙中山得到这一消息以后，心情非常沉重，从这两处阵地失守的情况来看，石龙失守，完全是守将失职所致，石龙守将蒋光亮认为石龙已经没有危险了，擅自从石龙跑回广州来享乐，当敌军突然来攻的时候，守军群龙无首，毫无战斗力，很轻易地就被叛军攻破。而石滩则是不得已而弃守，石滩守将范石生打仗是很不含糊的，他和洪兆麟打了几场硬仗，差点把洪兆麟赶下了湖。可是，最后还是不得不弃守石滩，那是因为孤零零的石滩已经无法守住了。由此看来，叛军这次不光是有备而来，而且是来势汹汹，不可轻视。现在，广州城中可供作战的兵力有：滇军总司令杨希闵和他的三个军的兵力，一个是蒋光亮，一个是范石生，一个是朱培德；桂军总司令刘震寰和他的军长刘玉山，再就是刚刚回到广州的粤军许崇智和李福林。孙中山立即传令将各路将领们召集起来开紧急会议。
会议开始，孙中山说明了当前战局情况，便重新调整布防兵力，孙中山任命滇军总司令杨希闵为滇、桂、粤、湘联军前敌总指挥，部署各军守卫广州四面；任命谭延闿为湘军总指挥，率领本部军队接防北江防区，堵住吴佩孚的邓如琢和方本仁两个旅，不让他们南下进攻广州；任命黄明堂为中央直辖军第二军军长，林树巍为第四师师长，率本部军队堵住叛军邓本殷的兵力，不让他东进与其他敌军相呼应。广州布防结束，孙中山暂时回到大本营中稍事休息，他要养精蓄锐，以饱满的精力来迎接即将到来的战斗。
在广州城陷入叛军四面包围的紧急关头，中国共产党人也发动广州近郊的工农群众，组织了数万农民军，拿起最简陋的武器来支持孙中山保卫广州。
当广州城处于危急关头时，孙中山想起了自己还有最后一支秘密军队，这支秘密军队不是旁人，正是北洋政府认为最得力的精锐部队之一的樊钟秀旅。原来，当1922年8月孙中山还在上海的时候，樊钟秀就曾派人专门和孙中山联系过，他表示愿意浴血效忠孙中山大总统，以自己的一个精锐旅归孙中山指挥，只要孙中山一声令下，随时开过来为大总统到沙场冲杀。而这樊钟秀又是何许人呢？这人原来只是河南宝丰县的一个农民，早年不堪土匪和反动官府的欺压，率领百姓起来自己保护自己。后来队伍越拉越大，军阀们都来拉拢他，他也先后为好几个军阀卖过命，但都是被当作工具，到头来总是想吞并他的军事力量，樊钟秀干了十几年，总是摆不脱这个卖命的命运。后来，他终于发现了孙中山和孙中山所从事的革命事业，认清了这一形势之后，便下定决心要投靠孙中山，当孙中山从广州被迫来到上海时，樊钟秀便派了两名亲信到上海表示自己的一片诚意。孙中山很为樊钟秀的精神所感动，便答应他作为自己的一支革命的武装力量，但要他仍然不动声色，继续充当吴佩孚的旅长的角色。在沈鸿英叛变时，孙中山曾经考虑过将这支队伍拉出来，但又考虑到当时还没有到最困难的时候，便没有动这支最后的革命力量。现在，陈炯明的气焰极为嚣张，而且陈炯明的势力也远远地超过了沈鸿英的势力，广州城已经陷入了叛军的重重包围之中，正是用这支军队的时候了。孙中山给樊钟秀送去了一封信，告诉他，现在是他为革命出力的时候了，请他立即率部奔赴广州。
1928年11月18日，叛军洪兆麟、杨坤如的部队几万人兵临城下，把广州城围得水泄不通，守城军士打退了敌人一次又一次的进攻，战斗进行得异常惨烈。正在十分紧急的时刻，樊钟秀旅从韶关乘火车来到黄沙车站，全体士兵跑步奔到战斗第一线，樊钟秀亲自向孙中山报到。孙中山见援军及时赶到，说不出的高兴，紧紧握庄樊钟秀的手，激动得说不出话来。樊钟秀命令士兵们就地造饭，饱餐之后准备上战场，樊钟秀一边听孙中山介绍战斗进行情况，一边大口大口地吃着馒头，孙中山将战斗情况介绍完了，樊钟秀的四个大馒头也下了肚，用手抹抹嘴，就要对士兵们下达出发令。孙中山问他：
“你们新军刚到，可需要什么？”“什么都不需要！”樊钟秀说完就要动身。正好站在孙中山身边的财政部长叶恭绰见他如此豪壮，不由得心中佩服，说：