7月5日，陈炯明托人上永丰舰，意图使孙中山自动下野，然后自己也辞职，孙中山严辞拒绝。
7月8日，温树德为陈炯明收买，率永翔、海圻、海琛、肇和四舰投降陈炯明。孙中山命其余各舰掩护长洲要塞。
7月10日，进泊白鹅潭。
7月19日，叛军用鱼雷攻击孙中山的永丰舰，不中。
7月29日，北伐军讨伐陈炯明的队伍在韶关失利，全线退却。
8月6日，北伐军连续失利，分别退至江西、湖南边境。
8月9日，乘英国炮舰“摩汉号”离开广州赴香港。
8月14日，到上海。
8月15日，在上海发表宣言，揭露陈炯明叛乱经过。
8月23日，李大钊到上海，与孙中山进行多次交谈。
8月下旬，会见苏俄全权大使越飞。
9月4日，在上海召开改进国民党会议。
10月6日，北伐军许崇智部攻克古田。
10月10日，为蒋介石作的《孙大总统广州蒙难记》一书作序。
10月25日，任命邹鲁为东路讨贼军总司令，并派邹鲁赴广西联络滇桂各军讨陈。
12月16至18日，再次召开会议，审查中国国民党改进案宣言和党纲党章。12月26日，受孙中山以大元帅名义委任的中央直辖军滇军总司令杨希闵、桂军第一路军总司令沈鸿英、第二路军总司令刘震寰等在广西藤县大湟江白马庙举行会议，即“白马会盟”，讨论讨伐陈炯明的事宜。
12月30日，义军黄明堂部攻克灵山，并向廉州进攻。滇、粤、桂联军会师梧州，誓师东下讨陈。
1923年（民国十二年）五十七岁
1月1日，发表《中国国民党宣言》。
1月2日，公布《中国国民党党纲》，次日又公布《中国国民党总章》。
1月11日，派廖仲恺赴上海，与国民党各省支部代表商谈改组国民党问题。
1月14日，滇桂联军进入广州，陈炯明逃往惠州。
1月21日，以总理名义任命中国国民党各部部长，23日，又任命廖仲恺等二十一人为参议。其中均有中国共产党人参加。
1月26日，与苏联代表越飞发表《孙文越飞宣言》。是日，驻广州的滇军将领沈鸿英图谋不轨，孙中山原订于27日启程赴广州，闻沈鸿英事后推迟行期。
1月31日，覆函刘震寰，命其进剿沈鸿英。
2月3日，设大本营于江门办事处，以便组织力量讨伐沈鸿英。
2月15日，离上海赴广州，到达香港时受到全市人民规模空前的欢迎。
2月21日，从香港抵广州，在东郊设立大元帅府，就任大元帅职。
3月1日，正式成立陆海军大元帅大本营。
4月3日，迁大元帅府于河南士敏土厂。
4月16日，沈鸿英叛变，孙中山亲自督师，抵御沈军。
5月8日，沈鸿英部退出韶关，平定沈鸿英叛乱。同时，陈炯明旧部杨坤如、翁式亮等在东江地区叛变。
7月18日，梧州沈鸿英部守军投降。
8月1日，豫军樊钟秀部从大庾（今江西大余）来降。
8月16日，派孙逸仙博士代表团赴苏联考察。
8月，苏联代表鲍罗廷到达广州，孙中山聘其为国民党特别顾问。
9月11日，东江前线连续获胜，克平山。
9月23日，总攻惠州，未克。
10月7日，中国国民党发表宣言，揭露曹锟贿选总统。
10月19日，致电国民党上海事务所，请李大钊赴上海商讨改组国民党事宜。
10月25日，国民党改组特别会议在广州举行，讨论改组的必要性和计划。
11月12日，由石滩返广州，召开军事会议，改编滇军，增调援兵，抵御陈炯明叛军。
同日，国民党临时中央执行委员会发表《中国国民党改组宣言》。
11月19日，陈炯明分四路猛攻广州，豫军樊钟秀部突至，攻击叛军，广州防卫战获得胜利，叛军自20日起撤退。
11月29日，国民党右派分子邓泽如、林直勉等人上书反对改组国民党。
12月3日，孙中山宣布将收回广州关税，北京外交使团致电广州政府表示反对。同时，外国军舰二十余艘驶进黄埔，对广州政府进行恫吓。
12月5日，命外交部覆电北京外交团，指出中国海关是中国国家海关，广州政府是中国的唯一合法政府，中国政府收回自己领土上的关税权，与外国人无关，北京的伪政府亦无权收受两广关税。
12月7日，接见《字林西报》的记者，表示决心截留两广关税，不怕外国人的威胁。
12月8日，在大元帅府召开会议，决定积极筹备北伐。
12月9日，国民党中央干部会议在上海举行第十次会议，讨论有关改组问题。
12月21日，命令海关税务司，将提留的海关关税妥为保管，供政府使用。
年底，李大钊到达广州，积极帮助孙中山完成改组国民党事宜。
1924年（民国十三年）五十八岁
1月4日，在大本营召开重要会议，决定成立中华建国政府，出师北伐。
l月20日，中国国民党第一次代表大会在广州开幕，孙中山以总理身份担任主席。到会代表一百五十六人，其中有共产党人毛泽东等，李大钊被指定为大会主席团五名成员之一。1月22日，代表大会提出党章草案交付审查。
大会授权主席团指定包括共产党人在内的十九人为审查委员。
1月23日，大会通过《中国国民党第一次全国代表大会宣言》，接受了共产党提出的反帝、反封建的主张，决定了联俄、联共、扶助农工的三大政策，把旧三民主义发展为新三民主义。
l月25日，获悉列宁逝世，大会休会三天以示哀悼。
1月28日，国民党右派人士反对孙中山的三大政策，经过辩论，同意中国共产党员和青年团员以个人身份加入国民党，并通过《中国国民党章程草案》。
1月30日，中国国民党全国代表大会选出中央执行委员和中央监察委员。最后，孙中山致闭幕词。
2月6日，设立黄埔军校筹备处于广州南堤。
2月23日，蒋介石申请辞去黄埔军校筹备处负责人职，孙中山在其辞职书上批示不同意。
2月29日，沈鸿英被迫投降。
4月6日，下令滇、粤、湘、桂各军分三路总攻惠州，未克。
5月2日，任命蒋介石为黄埔军校校长。
6月13日，任命廖仲恺为广东省省长。
8月9日，命令黄埔军校当局，派军舰查缉商团走私的枪8月13日，商团不顾政府的警告，公然举行联防总部成立的活动。
8月18日，商团总长陈廉伯煽动银行业罢市，拒收中央银行发行的纸币。
8月20日，命廖仲恺下令通缉陈廉伯。
8月24日，调兵入省并宣布戒严，以对付商团的叛乱8月25日，商团罢市。
8月28日，英国军舰开进白鹅潭，将炮口对准中国军舰，威胁中国军舰。
8月30日，汪精卫、伍朝枢等坚持商团事件和平解决，并让范石生等人出面调停。
9月3日，主持中国国民党中央政治委员会议，讨论北伐问题。
9月4日，江浙战争爆发，在大无帅府召开筹备北伐会议，决定湘、赣、豫军全部参加北伐，滇、粤军抽调一部随行。将大本营移到韶关，广州设留守府，派胡汉民代大元帅兼广东省长，以谭延闿为北伐军总司令。
9月14日，广东商团阴谋举行第二次罢市。
9月18日，中国国民党发表《北伐宣言》。
9月20日，在韶关举行北伐誓师典礼。
9月22日，下令北伐军一律改为建国军。
10月3日，胡汉民受任广东省长职，立即发还广东商团枪械。
10月10日，广东各界举行大会，纪念武昌起义，广东商团悍然对群众开枪，当场打死二十余人，是为“双十惨案”。
10月12日，广州商团继续举行罢市，孙中山致电蒋介石，令其坚决镇压商团的叛乱。
10月13日，商团在沙面集会，阴谋扩大叛乱。
10月15日，商团首先向政府开枪，桂、湘、豫、粤军等分五路包围西关，令商团缴械。数小时战斗后，商团叛乱被平定。
10月25日，冯玉祥在北京政变成功后，举行政治军事会议，电请孙中山北上主持国事。
11月2日，孙中山决定北上。命胡汉民留守。
11月3日，到黄埔军校辞别，并发表讲话论述北上的目的。
11月4日，分别覆电冯玉祥、张作霖，告诉他们安排好军事之后，即可北上。
11月10日，发表《北上宣言》，重申反对帝国主义和反对军阀的政治立场。
11月13日，借宋庆龄乘永丰舰北上。
11月17日，到上海，受到上海群众数万人的欢迎。
11月19日，在上海寓所发表讲话，指出这次北上，是去同全国人民谋求和平统一，要求召开国民会议。
11月21日，乘“上海丸”号轮船取道日本转赴天津。
11月30日，从日本神户乘“北岭丸”赴天津。
12月4日，到天津，受到天津群众两万余人的热烈欢迎。
12月5日，带病在卧室内同来访的张作霖、卢永祥等会晤。
12月18日，在病榻上接见段祺瑞的代表叶恭绰、许世英等。是日，肝病加剧。
12月28日，由于北京各团体纷纷派代表到天津请求入京，决定赴北京。
12月31日，带病由天津入北京。受到北京各界群众十万人的欢迎，在北京车站发表书面讲话，声明此次自己来北京不是来争地位的，而是来做救国的大事的。
1925年（民国十四年）五十九岁
1月1日，因肝病加重，请西医医治。段祺瑞邀请孙中山出席“善后会议”。l月4日，继续请西医医治，并在病榻上考虑对付“善后会议”事。
1月7日，陈炯明再次阴谋进犯广州。
3月11日，在遗嘱上签字，遗嘱中指出，必须唤起民众，及联合世界上平等待我之民族，共同奋斗。致苏联遗书一份，其中表明了他把三大政策实行到底的决心。
3月12日，上午9时30分在北京逝世，终年五十九岁。