袁世凯于8月下旬赶回天津。对于护送李昰应回国的办法，李鸿章开始担心闵妃集团抵制抗拒，准备派提督丁汝昌、总兵黄金志、王永胜等率海陆军保护。后来考虑如此似嫌过于炫耀武力，闵妃集团反而可能产生恐惧，铤而走险，横生异议；由袁世凯伴送，“其才必能措置裕如，无须派兵同行”。所以，袁世凯一到，李鸿章诙谐地对他说：“今如演戏，台已成，客已请，专待汝登场矣！”袁世凯请仍如原议，让丁汝昌等率军前往。李鸿章又开玩笑似地说：“韩人闻袁大将军至，欢声雷动，谁敢抗拒？原议诸员悉无所用，兵亦不须遣，只许汝带水师小队数十登岸，作导引足矣。”
9月19日，清政府批准让李昰应回国。
10月3日，袁世凯和总兵王永胜护送李昰应抵达仁川，朝鲜政府却无人迎接。袁世凯急命人告知李熙，应体尊亲之义，隆孝养之情，速迎大院君。到达汉城，袁世凯对闵妃和李昰应之间的矛盾进行了排解调处，规劝李熙不要亲近俄国。但并未真正解决问题。逗留数日，袁世凯回津复命。听完汇报，李鸿章对其更为器重。
10月28日，李鸿章上折奏请派袁世凯接替陈树棠职务，内称：袁世凯“胆略兼优，能知大体，前随吴长庆带兵东渡，久驻王京，壬午、甲申两次定乱，情形最为熟悉，朝鲜新旧党人，咸相敬重。”“若令前往接办，当能措置裕如。惟陈树棠赴朝之时，尚属商务初开；今则口岸渐增，贸易日盛，各国公使麇集汉城，相机因应，尤赖该员从旁赞画。似宜优其事权，作为驻扎朝鲜总理交涉通商事宜，略示与闻外交之意。”在附件中又说：“朝王外虽感德，内则趋向不专，阴有择强自庇之意。”“袁世凯足智多谋，与朝鲜外署廷臣素能联络，遇事冀可挽回匡正。今乘朝王函请，正可迎机而导，令其设法默为转移。该员带队两次戡定朝乱，厥功甚伟。”拟请以知府分发，俟补缺后，以道员升用，并请赏加三品衔。清政府予以批准。
袁世凯护送李昰应赴朝时，袁保龄曾去信告诉他不要接受驻朝商务委员之职，希望他在海军历练，“成就一个大人物，以为报国显亲之地，不愿汝履虎尾以求名利也。”但看到事情已经决定，无有转圜的馀地，袁保龄只得再三叮嘱他，事事都要小心谨慎。
袁世凯的想法却不同，得知升为知府、赏加三品衔、出使朝鲜，别提多么得意了。他写信对其二姊说：“此次东渡，往返不及一月，事虽棘手，却无遗误。本拟在内地谋事，而无如诸王大臣及中堂均坚使弟赴朝鲜充四等公使，亦小钦差局面。而向来公使钦差在属国无兵，亦名为驻，敬重之词也。弟年少识浅，不料蒙太后留意，诸亲王、军机大臣、中堂推重，如此知遇，更有何言！从前带兵身任战事，故危险。此时作使臣，无人能害使臣，何险之有？今日时势，惟出使尚有出头之日。带兵操练又无战事，将何由名达天听也？”“弟年未三十，名扬中外，大臣推重，九重垂青，亦大喜事。”
在列强的不断侵略下，国家日渐贫弱，人民迭遭苦难。袁世凯不思如何振兴中华民族，一心想着个人的“出头之日”和安全，说明他同一般庸俗官僚一样，所孜孜追求的仅仅是平步青云、高官厚禄、出人头地而已。然而也正如他所说的，出使朝鲜使他有了“出头之日”，从此，他在政治舞台上崭露头角，成为中外所知的人物了。
1885年11月15日（光绪十一年十月九日），袁世凯再次到朝鲜，与陈树棠办理了交接手续，走马上任。他此次去朝鲜，与昔日相比迥然有别。他有一个“驻扎朝鲜总理交涉通商事宜”的新头衔，虽然地位不太高，只不过是北洋大臣的属吏，不能代表国家和国家元首，而他却觉得十分了不起，把自己当做“上国”派出的“公使”看待；甚至以为“驻扎属邦，有扶持一国之权，位或逊于各公使，而其权上之”；更重要的是他还带有李鸿章致李熙的一封至要密函。密函嘱咐李熙：“以后贵国内治外交紧要事宜，望随时开诚布公，与之（指袁世凯）商榷，必于大局有裨。”所谓“商榷”，就是请示。有了密函在手，其身价顿时增长了数倍。过去只能隐隐然以监国大员自喻，这次虽无监国之名，而实际地位却与之相去无几。李熙也以他系北洋承军机处之命而差委，身份与前不同，予以另眼相看。
正因如此，袁世凯一到朝鲜，就极欲正朝鲜属邦之名，摆出监国大员的架势，遇事直入王宫，或传呼朝鲜大臣听命，态度傲慢，盛气凌人，颐指气使，专横武断。他事事插手，对朝鲜的外交、内政横加干涉，强迫朝鲜政府按照自己的意志行动，任何重大问题，如不经其允许，朝鲜政府很难实行。在各国公使面前，他自视高人一等，遇有公使、领事会议，自己不出席，仅派翻译参加，以示与众不同。他的这种傲慢、专断引起某些西方国家驻朝公使的愤怒和忌恨，美国曾因此而质问清政府：袁世凯到底是何等官职？
闵妃集团同李昰应水火不容，对于中国护送李昰应回国恨入骨髓；国王李熙“时以三千里山河臣服于华为耻”，加之希冀求荣的官员不断以“引俄背华之议”蛊惑，脱离清王朝控制的愿望日形急迫；而袁世凯的蛮横干预又使李熙如芒刺在背，加速了背离清王朝的行动。1886年8月，闵妃的侄儿闵泳翊密告袁世凯，朝鲜政府秘密致函俄国驻朝公使，请求俄国保护，企图实现完全独立自主。
袁世凯“以为大局攸关，背义为恨”，一时心血来潮，头脑热得发昏，立电李鸿章，提出应废黜李熙，另立新君。他说：“以凯管见，韩纵送文于俄，俄兵未能速来。不如待其引俄张露，华先派水师，稍载陆兵，奉旨东渡，废此昏君，另立李氏之贤者；次以数千兵继渡。俄见华兵先入，韩易新君，或可息事。且此时人心瓦解，各国怨谤，如明降谕旨，再由宪（指李鸿章）授谕李昰应相助，三五日可定，尚不难办。如待俄兵先人，恐华难措手。”为打消朝鲜依赖俄国的倾向，袁世凯像催命鬼似的立逼朝鲜领相沈舜泽、右相金宏集等交出求俄保护文件。沈舜泽声明政府不知此事，如有文件，也是小人假造。袁世凯穷追不放，接着详细陈述一番利害，最后疾言厉色地告诉他们：“圣朝东顾，义尽仁至，何所负于朝鲜？有此一举，显系背华。如天朝震怒，将兴师问罪，未知韩何以应？”大肆进行威胁。沈舜泽等人听得心惊胆颤，询问俄国公使有无送文件之事，俄国公使矢口否认。袁世凯再行索要文件，沈舜泽等即以俄国不承认收到文件答复。袁世凯又致电李鸿章，要求“速派大员率兵查办”，声言：“此时臣民交哄，举国鼓沸，如有五百兵，必可废王，擒群小解津候讯。”仍想强废李熙。正在他加紧催索文件时，朝鲜政府正式声明，事属虚妄。他不敢再耍蛮横，将照会禀报李鸿章。
李鸿章虽然认为不诛乱党、不废李熙无法挽回局势，但又顾虑突然派兵强行废立，会引起各国责难；况且北洋兵舰不足，军饷艰窘，不敢冒昧从事，命知府陈允颐以查看电线为名，到汉城调查情况。陈允颐与袁世凯等交谈后，返津复命。李鸿章得知李昰应无力诛除群小，朝鲜政府又来文辩诬，闵泳翊出逃，无人作证，根本无法查办，电令袁世凯镇静勿扰。袁世凯只得要朝鲜政府照会各国，声明有人假造国宝，欺骗外国，各国如收到仅有国宝印文而无外署印押的信函，均作为废纸。朝鲜政府遵办。李鸿章以为这个办法尚属周密，朝鲜和俄国均不承认有送文件之事，只好暂作了结，于是这桩扑朔迷离的事件便稀里糊涂的不了了之。
为维持“上国”尊严和宗藩关系，9月底，袁世凯上书李熙，提出“谕言四条，时事至务十款”，要其采纳，力去前非。10月上旬，又写了一篇《朝鲜大局论》，送给朝鲜政府，宣称：“朝鲜本属中国，今欲去而之他，是犹孺子自离其父母，而求他人之顾复也。”并说朝鲜“依中国”有六大好处，“背中国”有四大害处。末后又驳斥了朝鲜的自主论：“朝鲜自君其国，自子其民，与各国立约，互称已为自主，不过受辖于中国耳。如以不臣于人为自主，是徒取文字之体面，而不顾宗社之沦亡，贾虚名，受实祸，朝始称帝，夕已破灭。……方今上下解体，国弱民贫，欲求一至近、至大、至仁、至公之国以庇荫之，舍中国，其谁与归？谨依中国以图自存，犹有他虑，况背中国乎？”
李熙和闵妃尽管表面上敷衍袁世凯，内心愈益疑忌。袁世凯却洋洋自得，居然在家信中大吹法螺，说他“只手撑支东方大局”，清廷和李鸿章均嘉奖他“办事得法”。实际上并不是那么回事。他既未消除掉朝鲜争取独立自主的民族觉醒意识，其“动止张皇”、“躁妄轻率”，也受到李鸿章的狠狠斥责。此后，他才学得稳重一点，遇事比较镇静沉着了。
为了表示独立自主，1887年8月，李熙又派遣朴定阳为全权大臣，出使美国；沈相学为全权大臣，出使英、德、俄、意、法等国（后改派赵臣熙）。
袁世凯觉得朝鲜擅自遣使出国，有碍中国体面，向李鸿章建议，朝鲜使臣与中国驻外使臣公事交涉，必须用呈文，往来用衔帖，中国使臣用札笔照会，以符旧制。认为：朝鲜欲示自主于天下，中国就应当示属邦不得与中国平行于各国。嗣后又照会朝鲜政府，责其不事先协商，借以阻止使臣出国。李熙申述理由，袁世凯一一加以驳斥。清政府也认为朝鲜此举不合属邦体制，责令其必须先行请示，待允准后方能前往。李熙不听，密令朴定阳、赵臣熙离开汉城。袁世凯知道以后，千方百计逼迫朝鲜政府将二人追回，同时派人带着奏咨前往中国请示并谢罪。李熙被迫执行。清政府认为，此事未便强行阻止，只能嘱其遵守属邦体制，让李鸿章拟定三条办法，要朝鲜遵办。三条办法的首条，就是朝鲜使臣到某国后，先谒见中国驻该国使臣，然后由中国使臣带领同赴该国外交部。但朴定阳到美国后借口有病，并未执行。袁世凯责令朝鲜政府将其调回，并加惩处。赵臣熙见状，停留香港，未敢前往西欧。
1889年4月底朴定阳回到汉城，朝鲜政府拟授其为外署督办。袁世凯认为朴定阳违背中国章程，实为罪人，如听其任命，那就表明朝鲜政府有自主之权，大损中国国体；这样一来，在香港滞留的赵臣熙也必然马上启程前赴欧洲。因此，他非但不准朝鲜政府授予朴定阳职务，并且威胁、强迫朝鲜政府对其严加惩办。李熙不同意，数次派人疏通。袁世凯坚持非惩办不结，绝不给通融馀地。李熙无奈，只好将朴定阳撤职。袁世凯以为处置太轻，还不罢手，向朝鲜政府提出，应当永远禁止朴定阳担任外交职务。
袁世凯不择手段地干涉朝鲜内部事务，主要是想维护“上国”尊荣和属邦体制，巩固宗藩关系；同时也与他的“刚而无学，专而嗜名”很有关系。清王朝对朝鲜虽有宗主之名，但不过“以正朔朝贡为大端”而已，并不同于近代资本主义国家同殖民地的关系，从未采取积极干涉政策。袁世凯却一反既往，凌驾于朝鲜政府之上，积极干预，做的比清政府要求的还要多得多。
李熙、闵妃集团和一部分朝鲜官员时而企图依靠日本，时而倾向俄国，自有他们的问题。袁世凯站在宗主国的立场上，竭力予以遏抑，防止日、俄势力在远东发展，是符合清王朝利益的。但是，无可否认，朝鲜提出“永不受他国辖制”，“与天下各国一律平行”，反映了弱小民族要求独立自主的合理愿望，也是正当的、无可非议的。袁世凯作为一个封建官员，当然不会正确对待这一问题，而是把这种正当要求看作“背叛上国”，百端压制。他自以为得计，结果适得其反，非但未能取得与亲清派官员的进一步合作，巩固宗藩关系，反而大大伤害了朝鲜官员的民族自尊心，引起宫廷不安，促使其产生更大的离心倾向，严重损害了中朝关系。他在朝鲜已成了邪恶的象征，朝鲜君臣恨得咬牙切齿。1888年10月底，国王李熙即乘袁世凯三年任满之际，致书清政府，称袁世凯“驻东既久，终难相济”，请求派员接换。次年11月，金明圭奉李熙之命面谒李鸿章，指出袁世凯与朝鲜君臣之间“表里隔膜，乃抵牾而不相人，甚有损于大局”，再次要求选人以代其任。
清政府对袁世凯的办事操切亦有所察觉，1887年8月曾告李鸿章：“非独朝鲜政乱可忧，而袁之轻躁易动亦殊可虑。”醇亲王奕甚至叫李鸿章预储“通品”，以为袁世凯之代。
袁世凯作何想呢？初任新职时，他晋级加官，骤膺重任，感到荣耀之至，以为凭着“上国”的神圣威严和自己的机谋，指挥朝鲜君臣易如反掌，因而雄心勃勃，意气风发，信心十足，精神抖擞。然而干了一两年以后，他发觉现实并非想象的那么美妙，自己的才干原来也不那么卓越，因而又把将来成为雄飞之地的朝鲜视为畏途，一而再、再而三地请求在三年任满时调回国内。他的这种心情在给道员盛宣怀的信中有明显的流露。兹节录几封如下：
“自韩狃于开化自主，一时延请洋匠西人甚多。而所事一无成效，并购买诸玩好无虚时，国财因一竭，国债因一积，至今百官俸薪四朔未颁，兵饷亦朝不给夕。又妖邪百出，内外惶恐，至人心溃散，政治之废弛，从未如朝鲜之甚、如今日之甚者也。百官近臣各具一心，各谋一身，即此时势，将不知伊于胡底？亦惟尽心竭力，待时而已。”
“此间时势，如江流日下。如侄驽劣，已精力交困，惟盼秋后瓜期，即谋代藏拙，田原〔园〕乐当不远矣。”
“此间近势，已山穷水尽，……如侄不才，徒自遗戚，度日如年。尊教蝉联，非所敢闻。俄人阴谋蚕食，由来已久，方今锐意铁路，志固有在，将来造端，岂在韩乎？”
“弟自知努〔驽〕材，断难久任重寄，况此间事日益棘手，尤非弟所能支拄。设有遗误，有关大局，反复筹思，惟去为上计。且老母六旬，奉养须人，徒此荏苒，公私间惭憾实多。夏秋间曾托郁、芗两丈迭言于帅，不蒙允；又据〔具〕禀屡陈，又见阻；似今冬更无望矣，殆亦命耶？姑俟来春，相机自谋退步。”
“此间事如痼疾，膏肓之际，攻除难达。弟迭恳瓜代，尚未蒙允，日坐荆针，决非久计。矧近灾生，百疾丛集。值多事之衔，乏补救之术，公私交殆，日切悚忧。十月之间，或可挂帆内渡，……未卜果能如愿否？”
“来年设得内渡，……唯求帅择员接替而已。弟才庸识陋，值此事日棘手，病复迭生，自揣断难胜任，且老母多病，……特未卜何时得卸此肩也。”
“去冬家母忽病偏废，迭次乞假，始为相帅力拂，继为内廷复阻，心绪甚劣，至成久病，今五月始渐痊可。……弟入秋即觉旧症欲发，拟仍请简代，未知当轴能俯允否？”
观此，即不难知其何以亟欲调回国内了。
而在李鸿章看来，袁世凯虽然轻躁妄动，但有才干，有功劳，任劳任怨；经过屡次训饬，意气已平，尚能慎重自持；熟悉情况，纤细必报；牵制李熙非他不可，处理朝鲜问题离不开此人，“通品”之才难求，坚决反对撤换，更把要求撤换袁世凯的朝鲜国王李熙斥为荒唐。因此，袁世凯三年任满之后仍旧留在朝鲜，并在李鸿章的大力庇护、奏保之下节节高升。1890年2月，李鸿章给袁世凯写了“血性忠诚，才识英敏，力持大局，独为其难”的十六字考核评语，奏请免补知府，以道员分省归候补班尽先补用，并赏加二品衔。奉旨允准。袁世凯从此换上红色顶戴，成为监司大员。