蒋介石对CC的失势，面露欢颜。真是几家欢乐，几家愁呀。这次高校大迁移，涉及全国几十所高校，在“天地军麾满，山河战角悲”的战争年代，在交通极其困难的条件下，数万名师生员工和家属及若干吨的图书资料、仪器设备的大搬迁，是极其困难的。沿途，日寇的飞机狂轰滥炸，师生们跋山涉水、风餐露宿，辛苦之极，财产的损失、经济的浪费、人员的伤亡，难以计数。在整个内迁过程中，身为教育部长的陈立夫在连天的炮火中南来北往、东奔西走，察看校舍，询问校情，慰问师生，解决困难，历尽种种艰辛。有一次，从武汉撤出，当时有两条路可走，一是走水路到洞庭湖；经长沙到贵阳，再到重庆，一是乘飞机直飞重庆。当时陈布雷约他坐船走，而且送来船票，而陈立夫晚上做了一梦，梦见天上一只老虎跳下咬他，象征虎（祸）从天降。陈立夫从来不信迷信，但他第一想法是不走水路，于是坐了飞机到重庆，不料不久就接到电报消息说，洞庭湖上那艘船被敌机发现，以机枪进行扫射，陈布雷万幸脱险，而陈立夫的那个床位正好遭子弹扫射，如果坐了船，则已一命呜呼。在陈立夫的不懈努力、教育界人士的共同协助、广大学生的积极配合下，这次离校内迁的艰巨任务终于得以胜利完成。
这次高校内迁，保存了中国教育的精华，并改变了原来高校布局不合理的状况，促进了西南、西北落后地区文化教育的发展。安稳人心
非常时期的教育部长是难当的，一是战乱遍地，家国破碎，人心惶惶；二是突然换了教育部长，而且是从事党务和特务工作的人，今后教育界难免党化和特务化，人心也惶惶。
陈立夫深知处此非常时期，不能按常规办事。因此，上任第一天，首先得稳定教育部大小官员、工作人员的人心。在发表就职演说时，陈立夫特别强调：“凡是愿意干的，我都留用。留任的概不更动，已去职的位置物色适当人才补充。”他还说：“我过去受任中央党部秘书长时，只带了一个秘书，我自己从不分人我，人家的人自然也可为我所用。”一席话抚慰了部属的惶恐之心，免去了大家的疑虑之情，起了很大作用，保证了事务、行政的稳定性和连续性。
当然，陈立夫并非完全像他所说的那样，用人唯才，一秉大公，在关键职位上，他还是任用自己的亲信，他认为有些主要职位，都与将来教育政策的制定和执行关系重大，为从全局出发，必须用自己信得过的人。
老教育部长朱家骅离任时，带走了两位次长和两位司长及主要秘书，这一空缺怎样补上呢？陈立夫认为这是重要职位，便任命曾担任过浙江省教育厅长、交通部和内务部次长的张道藩为常务次长，任命曾担任过河南省政府秘书长及国民党中央党部秘书的张廷休为简任秘书。对此，陈立夫并不掩饰他的派系色彩，他公开说：“这两位都是与我共事较久的同志，他们都曾担任过大学教授，也是教育界知名人士，把部内日常事务交给他们，我完全放心。”只是，陈立夫拉来教育部任职的党方人士并不多，所以，并没引起教育界的微辞。
另外三个职位，因并不特别重要，陈立夫则从教育界选择。经慎重考虑后，陈立夫任命清华大学工学院院长顾毓秀教授为政务次长，复旦大学教育系主任章益教授为总务司长、北京大学教育系主任吴俊升教授为高等教育司长。这样一来，教育界人士有所释疑，当时蒋梦麟就说：“自从教育部的新人事发表以后，我们知道陈部长系纯粹从教育的立场来主持行政，大家都放心了。”
对于司以下的官员，陈立夫一般不插手，而是各主管部门保荐，由陈最后核定。这样，既可避免部外的人情委托，也可发挥下面主管部门的积极性。
由于以上措施，稳定了部内人心，使得陈立夫在以后7年教育行政管理中进展顺利，有所成就。
其次，要稳定全国教育界人心，也就是要统一思想，消除混乱。当时，处在抗日战争非常时期，问题很多，但重要的如陈立夫自己所说，“面临极需解决的有两大问题：第一是战区逐渐扩大，学校员生不能原地进行教学，纷纷内迁，流亡在途，除需紧急救济外，此等学校，是继续按原来规模办学，还是紧缩归并？此为‘量’的问题；第二是抗战前夕，即有人高唱‘实施国难教育’，完全改变平时教育的性质，一切课程及训练，均以适应军事需要为前提，因此极须在平常教育与战时教育两者之间作一选择，这是质的问题”。
关于量的方面，即学校是缩减还是发展的问题。国民党一些官员认为，现在正处于战争非常时期，一些学校已被破坏，一些学校迁徙流亡，干脆停办。而且国民政府资金有限，应把有限的资金全部投入战争，争取战争的胜利，缩减一些学校可以节省资金，支援战争。另外，抗战需要大量兵源，学校缩减停办，青年学生可以参军参战。因此，他们主张：“高中以上学校除个别与战事有关者外，为配合抗战，均应予以改组和停办，俾员生应征服役，捍卫祖国。即初中以下学生未及兵役年龄，亦可变更课程，缩短年限。”
陈立夫不赞成这种主张，他认为即使在战争年代也有建国的任务，抗日后更要恢复生产、建设国家，要建国就需要人才，要培养人才学校就不能停办，他说：“建国需要人才，教育不可中断，并且即在战时，亦需要各种专技人才的训练和供应”，根据这种情况，“遂决定学校数量不仅不应减缩，并且依据需要，还须相当扩展”。他重申要坚决执行1937年8月27日国民政府颁布的《总动员时督导教育工作办法纲要》，即：“战争发生时，全国各地各级学校及其他文化机关，务力持镇静以就地维持课务为原则”，“各级学校之训练，应力求合国防需要，但课程变更，仍须照部定范围”，“中央及各省市教育经费在战时仍照常发给”等。根据这些原则，陈立夫主掌教育部期间，在稳定旧有学校的同时，还发展了一定数量和规模的新校。
对高等学校，陈立夫根据需要，使之有一定程度的适当发展。当时，国内师范、工科、农科、医科等方面的高等学校比较少，特别是师范大学，战前全国只有一所，而国家又急需这方面人才。于是，陈立夫便根据国家的需要、根据各类学校的布局，设置了一些新的高校和新的学科。
他先在几所国立大学设立师范学院，不久，便在一些地区创建独立的师范学院，到抗战结束时，全国已有11所高等师范学院。与此同时，一些有特色的工学院、农学院、医学院也建立起来。在一些条件较好的老校，还设置了新的科系，如西南联大开设了航空工程系，中央政校开设了蒙、藏、印等语言专修科，复旦大学开设了职业教育系、法律系、数理系等，中央、西北两所大学还开设了边政学系等。
陈立夫还根据战前高校布局不合理、西南西北一些省区高等教育几乎是空白的状况，提出抓住高校内迁的机会，发展内地高等教育的主张，使得战后高校迁回原地后，西南、西北省区都有自己的大学。因此，陈立夫将新设的高校，多建在西南西北地区。如贵州省文化比较落后，原来没有一所高校，陈立夫了解到这种情况后，便决定在贵州建立一所综合性大学，他亲自到贵阳察看地形、选定校址，并对校舍的建筑、图书的购置、仪器的配备、教师的选定、学生的招生等问题一一过问并督促落实，经过一段时间的紧张筹备，终于建成了集文理工医为一体的贵州大学，为贵州教育事业的发展奠定了基础。
在陈立夫的努力下，抗战期间，高等学校在巩固的基础上有了一定的发展，战前的1936年，全国有高等学校108所，到1944年，发展到145所，而且门类较齐全，布局也较合理。
对中等教育，陈立夫要求有更大的发展。抗战期间，一些从日寇占领地区跑出来的中等学校师生失去了执教和受教的场所，到处流浪。陈立夫针对这一情况，决定由教育部出面，在大后方建立一批国立中学，以安置这些流离失所的师生。
1938年，陈立夫主持制定了《国立中学规程》，提出：“教育部为谋战区省市立中学教职员及公私立中等学校学生继续施教与受教起见，特暂设国立中学若干所，以继续发挥教育效能，充实民族力量。”于是，教育部拿出一批资金，在后方地区创办了国立中学31所、国立华侨中学3所、国立中山中学2所、国立女子中学2所，并改办中学4所，此外，还创办了四川造纸印刷职业学校、国立商业职业学校等共13所，创办国立师范学校13所、华侨师范学校2所。这些学校安置了大批流亡师生，也发展了后方的教育事业。
同时，教育部还鼓励与督促后方各省区办了一些地方中等学校，使中等教育有了一个比较大的发展，抗战前，全国共有中等学校3264所，1944年发展到3745所，其中中学战前1956所，1944年发展到2759所。中等学校的在校学生战前为627246人，1944年发展到1163113人。
对初等教育，陈立夫上任后，即取消了战前普及4年小学的义务教育制，改为实施“国民教育制度”。1940年，陈立夫主持制定了《国民教育实施纲领》，将小学教育与补习教育合并进行，并规定乡镇设中心国民学校，保设国民学校，分别由乡镇长和保长担任校长。后来，由于“保长之资格，大都不合于修正小学规章第六十二条规定”，所以到1942年，改定为“中心国民学校、国民学校校长以专任为原则”。在这些国民学校里，都设有小学与民教两部，分别对儿童实施义务教育和对成人实施补习教育。
通过不断对初等教育实行改进，小学数目逐年增加，学童入学率逐年上升，陈立夫自己说：“就学龄儿童入学率言，三十三年度后方19省共有学龄儿童3411万余名，入学者有1722万余名，连同已受义务教育而不在校者合计约共2500余万名。入学儿童约占学龄儿童总数70％强，较前占53％大有增加。”陈立夫的统计当然有夸张之处，但客观地说，在当时战争的烽火年月里，基础教育达到如此成绩还是不容易的。
总之，在陈立夫的努力下，高等学校在稳定的基础上有适当的增加，中等教育、初等教育都有一定程度的发展。
关于质的方面，即关于非常时期教育质量的问题。当时，国民党政府的一些官员认为，在战争的非常时期，正常的教育程式应该废弃，应该实行与抗战有关的短期训练班和训练所，其课程也应该是研究抗战学术。他们提出：“在战时，大学是抗战人才供应所，是救亡干部训练所，同时是民族革命青年先锋战士的产生地。”
陈立夫不同意这种主张，他认为要为建国储备人才，正常教育仍应维持。1938年3月，陈立夫以教育部长的身分发表《告全国学生书》，向全国学生阐述了他的教育政策，他明确指出：“教育之任务，为在智德体各方面培养健全之公民，使其分负建国之艰巨责任，故青年之入校修业，自国家立场观之，读书实为其应尽之义务，使青年而有废学之现象，实为国家衰亡之危机”，因此，“各极学校之课程不为必须培养之基本知识，即为所由造就之专门技能，均有充实国力之意义。纵在战时，其可伸缩者亦至有限，断不能任意废弃。”
公告书的发表，至少在当时众说纷纭的主张中，有了一个主导性的政策，对稳定大局起了重要作用。
为了在战争非常时期坚持正常教育，陈立夫拟定了《战时各级教育实施方案》，确定了他的战时教育方针，这一方案在1938年4月召开的国民党临时全国代表大会上获得通过，实施方案包括九大方针和十七要点，强调“三育并进”，“文武合一”，“对现行学制大体仍维现状”，“对于管理应采严格主义”等。这一方案深获蒋介石的赞许，在1939年3月召开的全国第三次教育会议上，蒋介石发表“训词”，就肯定了陈立夫的主张，他说：“我们为适应抗战需要，符合战时环境，应该以非常时期的方法，来达成教育本来的目的，运用非常精神，来扩大教育效果”。蒋介石明确指出：“目前教育上一般辩论最热烈的问题，就是战时教育和正常教育的问题，亦就是说我们应该一概打破所有正轨教育的制度呢？还是保持着正常的教育系统而参用非常时期的方法呢？关于这个问题，我个人的意思，以为解决之道，很是简单，我这几年常常说，‘平时要当战时看，战时要当平时看’。平时，我们决不能关起门来，不管外边环境，甚至是外敌压境，安常蹈故地紧张不起来。但我们也不能说因为在战时，所有一切的学制课程和教育法令都可搁在一边，因为在战时了，我们就把所有现代的青年无条件地都从课堂、实验室、研究室里赶出来，送到另一种境遇里，无选择无目的地去做应急工作……”
蒋介石一锤定音，对陈立夫给予最有力的支持。大政方针定下之后，整个教育界人心稳定，陈立夫便好专一致志，戮力同心地去做好他的教育行政工作。对此，陈立夫深深感谢蒋介石，几十年后，他在回忆录中，还提及当年蒋的一番讲话，感谢蒋对教育的指示和对他的信任。教育的整体改革
陈立夫担任教育部长后不久，一天，无意中翻看国联调查团为调查中日冲突到中国进行调查后写的《国联调查团报告书》，他特别看了其中关于教育的内容。报告书说，调查团考察了中国的一些高校，发现中国高校“受外国教育的影响巨大”，学科研究大多以外国语为媒介，引用的资料和例证，也多取自外国。大学的历史、政治、经济课程，似乎是为研究西洋的学生所设。自然科学教育方面，偏重外国的情形更为严重。
报告书对陈立夫的触动很大，其深厚的民族情结促使他作出一个重要决策：要收回“文化租界”，办中国的大学。后来，陈立夫写了《从根救起》一书，对他当时的心情作了详细的论述，他说：“文化侵略对于所侵略的国家，首先要毁灭其历史文化，我起先对于这些阴谋，还不大了解，民国二十七年到了教育部以后，才恍然大悟。那时沿江、沿海都被日军占据了，所有大学都往后撤，我一一为之安顿下来。我发现这些大学都像外国租界。这个完全采德国学制，那个完全采法国学制，其他不是采美国制，即是英国制。但是采中国学制的又在哪里？课程五花八门，毫无标准，有关中国历史的部门为最缺乏。学政治或经济的不谈中国政治或经济制度史，学农的不谈中国农业史，国文更是最不注重的一门功课了。”正是基于这一现状，陈立夫下定决心，“把中国人应知的中国各部门的历史材料放入必修课，无教材的则奖励写作，使中国的大学像一座中国的大学。”
为了建设中国的大学，陈立夫作了一些大的改革。