正是在这种要求独裁、反对民主的气氛下，大会藉口防止敌谍汉奸活动、提高工作效率、增强抗敌力量，决定将国民党两个御用的特务组织加以扩大，各自组建独立的组织。以原中央组织部调查处（即特工总部）为基础，成立国民党中央执行委员会调查统计局，其活动范围以党政机关、文化团体和大中学校为重点。以原复兴社特务处为基础，成立国民政府军事委员会调查统计局，其活动范围以各级部队、各军事学校、各军事机关为重点。这两个特务组织的任务均是对共产党员、进步人士、革命群众以及国民党内不满蒋介石独裁统治的人进行调查、监督，炮制黑名单，配合军警进行逮捕、关押、审讯、杀害等。中统局以中央执行委员会秘书长朱家骅任局长，徐恩曾为副局长；军统局则让蒋介石侍从室主任贺耀祖任局长，戴笠为副局长。
蒋介石所走的这着棋实际上是对陈立夫的分权，使他能对两个特务组织统而羁之、分而控之。同时，为了不让陈立夫因领导特务组织时间太长而基础盘根错节，甚至连新成立的中统局局长也没让他担任。对此，陈立夫心中颇为不满，却又不敢有所流露，当有人和他谈起新成立的两个特务组织时，他还装出一副满不在乎的样子说：“每个人有两只眼，两只耳。作为领袖的耳目，也应有两个，兼听则明嘛。”话虽如此说，在其内心深处，对蒋介石的分权行动，却藏着一股深深的哀怨之情。
当然，陈立夫也有高兴的一方面，他们兄弟俩多年苦心经营的特务组织如今也成了堂堂正正的国民党的正式机关了，这与当年的“私生子”特工总部显然是不可同日而语了。虽然局长的宝座由朱家骅登上，但副局长是他的亲信徐恩曾，整个班底基本上还是他们的人，中统还在他们的掌握之中，想到这些，心中又不禁多了几丝安慰。
朱家骅虽然当了中统局长，但他又是中央执行委员会秘书长，秘书处的事务繁多，再加中统局这边没有他的班底，所以，局内诸多事务都交由徐恩曾办理，而徐恩曾又惟二陈之命是从，这样，中统局内的人事安排完全在陈立夫的一手干预下进行。
在陈立夫的指挥下，中统局内的组织机构逐步建立起来，局下主要设有三组、三处、五室、四会。
三个组按番号排列，相当于其他机关的处。
第一组，主管情报、资料、档案、文牍及总务，特别是对共产党情报、资料的收集和研究。下设情报科、秘书科、资料室、档案室以及总务科。
第二组，主管党派（主要以反共为重点，其他进步党派、团体组织也为工作对象），另外，对反对帮会、宗教团体及盗匪扒窃集团，日伪汉奸的工作，也属其范围。下设四个科室分管。
第三组，主管特务组织的训练和对外工作。初设四个科，后缩减为三科。
三个处为：
经调处，即经济调查处，其任务主要是调查解放区经济和日伪经济。
交通处，主管全国“中统”的电台、电讯器材、通讯以及沦陷区的交通，特别是通往解放区的特务秘密交通。
统计处，主管中央党部各部处和中统局的各项统计。
当时考取北洋大学的陈立夫，是抱着要为国家的昌盛而奋斗的，可当他进入国民党与蒋介石为伍时，当年的雄心壮志抛至脑后了。五个室为秘书室、人事室、机要室、会计室、专员室。
四个会即训练委员会、纪律审查委员会、海外工作委员会、党网建立与运用委员会。
除此外，按国民党中央的规定，在各省、特别市及铁路党部内设立调查室，作为该省、市、路党部的一个组成部分，但陈立夫指使中统局将原来各地的特务室改为调查室。这样，就把各地调查室也置于中统局的领导与指挥下。另外，还有直辖于中统局的重庆实验区，直接指挥重庆地区的特务活动。
朱家骅原本也属CC派的人，但他与二陈不是隶属关系。他因与戴季陶的私人情谊而得宠于蒋介石，同时他也属于江浙地域圈圈里的官僚。他在任中统局长后，开始还不太管事，不久，便雄心勃勃地干起自己一套来。他以局长的权势，先后在局本部及各处室安插了一些他自己的人，以便逐步排斥二陈的CC派。如局本部秘书刘次箫、特经处长陈介生、统计处长郑尧柈、专员胡祥麟等。不久，中统局内职位较高的人员中，朱家骅派的人占了一半以上。1942年，朱家骅在担任了国民党中央组织部长以后，曾对各省市党部的CC分子加以清洗。
朱家骅自立门户的野心使二陈十分不安。二陈原先对朱还是比较信任的，陈立夫担任“大本营第六部”部长时，每逢召开重要会议，都邀请朱参加，并请他讲话，关系十分密切。现在，二陈看到朱家骅来者不善，也就不顾情面了。陈果夫曾对此大发脾气：“朱骝先太不像话，怎么单对我们的人开刀。而我们人中也有些失节之徒跑到朱家，真是人心大变。”二陈发动CC派对朱家骅进行全面攻击，并不予合作，同时，二陈还向蒋介石推荐CC重要骨干郭紫峻、顾建中担任中统局副局长，以架空朱家骅，后来，朱被迫离开中统局。二陈在朱离任后，即对中统局进行全面清理，将朱派人物全面调走，于是，中统局又成了CC派的纯种。
中统局在二陈的经营下，逐步发展，成为一个组织庞大，人数众多的特务系统。据当年中统的人事科长孙翼谋说：“我们局里，大概有13000多正式的调查工作人员。”陈果夫与陈立夫多年经营的特务组织逐步发展，在中统时期可以说达到了鼎盛，成为与军统势均力敌的国民党内两大特务系统。争夺三青团
在改设中统局和军统局的同时，蒋介石借“团结抗战”的名义，企图将全国各党各派统一于自己的领导之下，特别是对青年人，他更感兴趣，千方百计想将全国青年笼络于国民党的旗帜下。从这一目的出发，蒋介石决定由国民党出面，组织“三民主义青年团”。最初，他把筹备、组织的任务交给了陈立夫、刘健群和康泽。
1937年9月中旬，陈立夫突然接到蒋介石召见的秘密通知，他不知又有什么紧急任务，也不知是祸还是福，心里忐忑不安地来到了南京中山陵蒋介石的别墅。走进客厅，蒋介石早已等候在里面，客厅里还有刘健群和康泽两人，蒋介石见陈立夫来后，便招呼他坐下，态度虽然和蔼，但神情依然严肃，大家互相客套几句后，蒋介石便开始训示，他说：“现在抗战已经开始了，过去秘密的小组织形式不合需要，要来一个大组织，把党部的（指CC），同学的（指复兴社）和改组派（指汪精卫派）都团结起来，并以此为中心，再求各党各派的团结和全国的团结。”蒋介石说完，便要大家出主意，陈立夫等人不知蒋介石的本意是什么，都不敢提出自己的看法，一个个都不吭声，蒋介石见此，也不逼着大家发言，只是说：“你们去把这个问题研究一下。”这是蒋介石的特性，他要干什么，常常不直接说出来，让大家去揣摸。陈立夫等人对此十分清楚，便不再询问，诺诺退出。
陈立夫回来后，对蒋介石的训示进行了认真考虑，他想，蒋介石说要搞大组织，以什么形式才能把以前的小组织统一起来，以什么名义才能号召大家呢？对此，他始终不能酌定。第二天晚上，陈立夫便约集了CC派、同学派、改组派三方骨干人物张道藩、余井塘、萧铮、徐恩曾、周佛海、贺衷寒、酆悌、康泽、萧赞育等人聚餐。待大家到齐后，陈立夫便提出蒋介石的训示，要求对此进行议论。于是，大家便七嘴八舌地开始了讨论，一个个宏谈阔论，言语激昂，都表示对蒋的训示拥护、照办，但到底搞一个什么样的大组织呢，谈了几个小时，也没有提出任何具体方案来。
不久，陈立夫等三人又被蒋介石召去。蒋开口便问他们关于成立大组织的方案想出来没有。本来，三个人都还没有定见，但蒋介石冷峻的眼光一扫，三人不寒而栗，竟吓出了一身冷汗，主意也随之而来。康泽和刘健群主张大组织的名称用“三民主义青年团”，陈立夫则有不同看法。他说：“党里面有几个人的意见要加上‘中国国民党’几个字。如果用三民主义青年团，就是‘中国国民党三民主义青年团’。”陈立夫自有他的如意算盘，因为“国民党”是他陈家的，如果加上“党”这顶帽子，那么“团”这个大组织也就自然归于他二陈的领宋子文作为蒋家的至亲，在政治纷争中，却也过早地离开了这滩浑水而远走他乡了。导下了。但蒋介石比他更精明，蒋要成立大组织的目的就是要把各派的实力都集中于他的旗帜下，听他指挥，岂容陈立夫借此机会扩大势力呢，他几乎不等陈立夫说完，就插言道：“有你这‘中国国民党’几个字，人家就不来了。我看就用三民主义来号召的好，用我的名义来号召的好。”康泽与刘健群立即附合，陈立夫碰了一鼻子灰，再也不敢说什么。
陈立夫用国民党的名义组织三民主义青年团的主张虽然没有被蒋介石所采纳，但他并不灰心，对筹组三青团依然表现出极大的兴趣。他有他自己的考虑，他认为，蒋介石将筹组任务只交给了他们三人，三人中又是以他领衔，这说明蒋对他还是信任的，而且，这三人中，无论是在国民党内，还是在蒋介石心目中，他陈立夫的地位是最高的。将来，三民主义青年团成立后，蒋介石最多只是名义上的领导，实际领导权肯定会落人他手中，那时，不管是用“国民党”的名义也好，还是“三民主义”的名义也好，三青团这个大组织会慢慢演变成陈家团，他们兄弟俩的势力会更大。
因此，陈立夫丢下了其他一切工作，一心投入筹备活动中。为了加快筹组步伐，他开始进行紧张的幕后联络，他先后与青年党领导人曾琦、民社党领导人张君劢、中国共产党领导人周恩来、社会民主党领导人陈铭枢及其他一些党派的负责人进行了会谈。会谈中，陈立夫以“团结抗战”为借口，要求各党派自行解散，然后合于一起，组建一个大党。实际上，这是蒋介石的阴谋，企图吞并各党派，实际国民党的一党专政。
陈立夫的活动受到了中国共产党的抵抗，周恩来明确表示：中国共产党不能解散，处此抗战紧急关头，各党派只能团结一致，最好建立一个各党派共同参加的某种形式的民族解放同盟，使全国人民和各党派更加团结起来，以利抗战，而不能互相火并。大多数民主党派都赞成中国共产党的主张，不同意解散组织。只有少数党派跟着陈立夫的后面，表示支持陈的提议，曾琦、张君劢于1938年2月下旬先后发出通电，说他们青年党、民社党的主义与三民主义并无二致。陈铭枢也发表宣言，同意解散派的主张，并宣布解散社会民主党。尽管他们发通电、发宣言，好像很热闹，但应者寥寥。由于大多数党派不同意解散自己的组织，合并到国民党中来，所以蒋介石解散各党派，合并成一个大组织的初衷没有实现，但他还是指示陈立夫尽快把三民主义青年团建立起来。
1938年3月，蒋介石经过反复考虑后，拟定了一个“三民主义青年团筹备委员会”成员的名单，由于陈立夫的卖力工作，他被蒋介石定为筹备委员之一，但却列名于陈诚之后。这种安排使敏感的陈立夫想到，陈诚有可能捷足先登，取得“三青团”领导大权。因此他不能示弱，他与陈果夫商量后，觉得应该加紧活动，以与陈诚争夺“三青团”大权。
3月底，在武昌召开的国民党临时全国代表大会根据蒋介石的意旨，作出决定：“为健全党的组织，巩固党的基础，将预备党员制取消，设立青年团，在统一的组织之下，训练全国青年，使人人信仰三民主义。”紧接着，在4月6日举行的国民党五届四中全会上，经过国民党中央委员们认真讨论，通过了由陈诚、陈布雷、康泽三人起草的《三民主义青年团要旨案》。这个文件规定了三民主义青年团的政治纲领、组织形式等，该文件称：“为全国青年意志之统一，能力之集中，以充实国民革命之力量起见，依照本章第五条之规定，设立三民主义青年团”，并规定：“青年团设团长一人，以本党总裁兼任之”；“青年团之干部由团长指派之”。这样，蒋介石成了三青团的太上皇，他可以指挥三青团的一切活动。蒋介石成立三青团的本意，是为了解除国民党内各种小组织和派别，将各种势力统一在自己的指挥下，现在国民党通过了成立三青团的决议，实际上也就赋予了蒋介石大刀阔斧剪除各种派系的权力。五届四中全会后，蒋介石便以国民党总裁的名义，名正言顺地下令解散党内一切小组织，以尽快实现国民党内的统一。
蒋介石命令下达后，陈立夫确实感到为难，对于他与其兄陈果夫苦心经营的小组织，他实在难得割爱，但为了在三青团正式成立时，能捞取重要职务，特别是要压倒陈诚，他又不能不服从命令，解散组织，以获得蒋介石的信任。因此，他在与陈果夫经过密商后，决定尽快作出响应蒋介石命令的姿态，将过去的秘密小组织解散。
经过一系列紧张的善后安排后，二陈在汉口召集原国民党忠实同志会及青天白日团成员大约500人开会，由陈立夫主持会议，陈果夫作报告，陈果夫在对过去两组织的工作简单地回顾后，便以低沉的语调宣布：当初组织同志会及青白团有两个目的，一是“拥戴蒋总裁为国民党唯一领袖”，现在这个目的已经达到，使命已经完成；二是“反共”、“安内”，现在形势发生变化，抗日军兴，国共又开始合作，这项任务也算告一段落。现在中央决定成立三青团，蒋总裁也下令解散国民党内一切小组织，遵照中央决议和总裁命令，中国国民党忠实同志会即日予以解散，青白团因早就取消，所以勿须解散。同志会有关报刊停止出版，经费停止发出，现在出席会议的是同志会的骨干，望传达给所属成员。