于是，特务们纷纷行动，采取各种方式进行调查、侦探、登记，致使全国大约有6万多人列入黑名单。仅10月1个月，在上海等8个城市就有2100多人被杀害，如浙江大学学生自治会主席于子三就于10月29日被杀害于狱中。因浙江大学是京沪杭地区学生运动的重要阵地之一，陈立夫对浙大十分注意，他多次电令CC派骨干，国民党浙江省党部委员罗霞天将浙大作为重点破坏目标。罗霞天认为于子三是个重要人物，将他搞掉，可以给共产党以重大打击，于是，派出特务将于子三逮捕，并在浙江省保安处秘密杀害。1948年，中统天津区长郭乾辉向“特种会报”提供黑名单，并参与行动，在南开大学逮捕进步学生10多人。中统四川负责人先大启向“会报”提供黑名单，一举逮捕进步人士30多人。1949年，中统特务先大启再次向“会报”提供黑名单，并派行动员陈国荣等参加行动，在成都逮捕石室中学教师刘骏达等多人。
这些恐怖的特务活动，都是由陈立夫幕后所指挥。他表面上道貌岸然，说中统已经解散，中国不存在特务政治了，实际上，特务政治一直伴随蒋家王朝走向穷途末路，而且越是到失败之际，越是作困兽之斗。“中央党员通讯局”这块招牌无论怎样冠冕堂皇，也掩盖不住中统犯下的罪恶。
资本输光了
1948年，中国形势发生根本性的变化。人民解放军在全国范围内发起更大规模的攻势，国民党军队被迫由“全面防御”转为“重点防御”，分别龟缩在东北、华北、西北、中原、华东五个战场上而一筹莫展。同时，南京国民政府在经济上、政治上也陷入全面危机之中。在此情况下，蒋介石为了稳定人心，装出要“行宪”的样子，匆匆召开了所谓“行宪国大”，经过一番剧烈的明争暗斗，蒋介石当选为总统，李宗仁当选为副总统。陈立夫也居然当选为立法院的副院长，这年年底，他还兼任了行政院不管部部长，官运虽然亨通，只可惜蒋介石的政权已处于风雨飘摇中，他的高官也当不了几天了。
蒋介石当了总统，不得不玩弄一些“还政于民”的把戏，实施所谓“宪政”。但实施宪政后，国民党的党务经费就不能再在国库开支了，庞大的中央党员通讯局这个包袱太大，尽管陈立夫搞了些外延单位，最终不能解决根本问题。因此，党员通讯局不得不再次改组。
这时的陈立夫由于当上了立法院副院长，对党员通讯局的改组他积极赞成，并很快付诸行动。但对于中统这摊人马，他是绝对不会放弃的，他仍然采取上次的办法：换汤不换药，将中统想办法塞到行政部门去，以解决经费问题。陈立夫通过与中统骨干几次密商后，决定在内政部下设调查局，将中统组织全部塞进局内，而“中央党员通讯局”的名称仍然保留，只是成为一个单纯党务机构，而中统全班人马则从党通局移到内调局。
晚年的蒋介石看“光复”大陆的梦想遥遥无期，聊度寂寞时光时，便又想起了那些曾经为他不辞劳苦的功臣们。这一计划提出后，即得到内政部长张厉生的同意，在立法院讨论时，陈立夫吸取上次搁浅的教训，这次他以立法院副院长的身分，动员了一些CC派及与CC派亲近的立法委员施加影响，才勉强通过。
1949年5月，内政部调查局在广州正式成立。其局本部及下属各级分支机构的官员和工作人员，均由陈立夫一手安排。
内政部调查局按规定设局长一人，陈立夫便委派老牌中统特务季源溥担任；副局长一人，陈立夫原准备让党通局副局长王保身担任，但后来内政部长张厉生下台，李汉魂当了部长，他也想插一手，便推荐桂系的张益民任副局长，陈立夫为应付新的形势，只好答应。局本部设四处二室：第一处为指导处，处长张庆恩，副处长朱凌云，第二处为研究处，处长徐政，副处长黄九成；第三处为交通处，处长苏恕诚，副处长袁更；第四处为总务处，处长陈庆斋，副处长朱韵涛；人事室主任李裕德；会计室主任王大光。
局本部建立后，分别在各省市设立调查处，规定各调查处设处长一人，副处长一人，秘书一人，调查处下一般设三个科，分管与局对口的各种事务。另外，还在贵阳、重庆、海口、华北、台湾五个地方设立了办事处。内政部调查局就这样开张了。
内调局可以说生不逢时，它成立的时候，人民解放军已经打过长江，南京宣告解放，各路大军正向中南、西北、西南各省胜利大进军，迅速消灭残余敌人，解放广大国土，在这种情况下，广州城里一片混乱，国民党大小官员都在打点行装，纷纷准备飞台湾、跑香港、逃海外。陈立夫在这乱世之中，所能做的工作也只是收拾残局了，因此，内调局成立后，其主要工作，便是着眼于大陆解放后的潜伏和破坏活动。
陈立夫在与内调局长季源溥反复商量策划后，主要办了三件事：第一，派第一处副处长朱凌云到香港去，筹办潜伏特务训练班，他们计划以香港为据点，陆续派特务到这里受训，训练后再派遣回大陆实施破坏。第二，派中统骨干黄雨青到华北去，与当地中统特务取得联系，准备在绥远或者北平建立华北潜伏据点，然后就地派遣特务，在华北地区进行潜伏破坏活动。第三，将情报活动的重点从大陆转移到大陆周围的东南亚一带地区，陈立夫认为，随着大陆的解放，大陆共产党的情报对于他们是十分重要的，在东南亚一带建立情报据点，可以对大陆造成一个情报包围圈。陈立夫与季源溥特拟定了一个计划呈报蒋介石，蒋看后甚为赞赏，特拨出10万银元作为经费，要他们尽快将情报点建立起来。后来，随着人民解放战争的胜利进展，陈立夫的这些设想，有的成为泡影，有的虽然进行了筹办，也因种种原因而没有办成。
此时，人民解放军已解放上海、横扫江浙、进军闽南、逼向广州，国民党政府只好西迁重庆，陈立夫知道大势已去，他一方面派季源溥到台湾去建立内调局局本部，另一方面派副局长张益民急飞重庆，尽快筹建内调局大西南指挥中心。张益民到重庆后，经过很大努力，工作却不见成效，因张益民属桂系，CC派人物都不太听他的话，所以内调局大西南指挥中心始终没有建立起来。后来，张益民搞了个“西南游击区”的计划，他委派一些中小特务到各县去发动当地恶霸势力和中统外围组织，建立反共游击军和游击根据地，但他们的计划还没付诸实施，人民解放军已经兵临重庆，重庆陷于一片混乱。
为了稳定人心，陈立夫于1949年10月与国民党社会部部长谷正纲一同坐飞机来到重庆。因局势紧张，社会秩序混乱，陈立夫到重庆后深居简出，不肯随便露面。内调局重庆调查处处长王难三来见他，表示要举行一个盛大欢迎会，让他和调查处工作人员见见面，讲讲话，陈立夫即沉下脸来，冷冷地说：“时局如此艰难，大家都有很多事情要做，不必要搞欢迎会，只须找个较为清静的地方，同大家见见面，谈谈心。”并再三嘱咐王难三，会议规模不要大。他有他的考虑，局势一天天紧张，如大张旗鼓地开什么会，影响也大，于他自己的安全不利。
遵照陈立夫的嘱咐，王难三将宴会地点选在江苏同乡会举行，由重庆皇后餐厅承办六菜一汤的湖北菜，而且严格控制宴会规模，参加人员除了内调局科级以上人员与重庆调查处骨干分子外，还有重庆市党部委员和重庆市参议员中的CC派分子以及立法委员，国大代表中的CC派分子，总计人数不超过100人。
这天，陈立夫准时来到江苏同乡会，他知道自己是为稳定人心而来重庆的，应该有一种“骤然临之而不惊”的气概，因此，他不时和一些人谈家常，谈地方风土人情，尽量装出轻松自如、若然无事的神态。宴会开始时，他站起来，向大家发表演说，他说话很慢，声音也不大，再也没有了以前那种咄咄逼人的气势，他从国内的局势谈到国际形势，他说美国原来的政策是“先欧后亚”，现在由于中国形势发生变化，“先亚后欧”的论调抬头了，这样看来，美国是决不会放弃中国的，一定会以各种方式支持国民党的。根据国际形势的发展，第三次世界大战在短时期内一定要爆发，世界大战一爆发，美国就会介人中国战争，国民党就会转败为胜。因此他要求在座的人都留在大陆，作好准备，迎接第三次世界大战的到来，作复兴党国的中坚。陈立夫的话只是在少数特务中引起了波动，他们真以为美国会支持他们，也真以为第三次世界大战会爆发，蒋介石会打回来，便决定死心塌地为蒋家王朝卖命。但多数特务都耷拉着脑袋，心猿意马，各打各的算盘，不怎么理会这位党国要人的精神训话，陈立夫看到这场面，也觉无趣，便话锋一转，草草结束了他的讲话。
在重庆的几天，陈立夫再也没有公开露面了，他行动诡秘、行踪不定，有时出人一些特务据点，有时找来特务面授机宜。他知道内调局在大陆已经是寿终正寝了，要紧的是在重庆留下几个通讯点，将来能与台湾联络通报。为此，他找来渝调处处长王难三，交给他300美金，指示他选定可靠人员在重庆布置一部潜伏电台，以便在大陆解放后发挥作用。他再三强调要选择可靠人员，王难三按照陈立夫的交代，选定曾任中统重庆区电台台长的彭衡负责办理。并向陈立夫保证，这个彭衡绝对可靠。但就是这个可靠的彭衡，在重庆解放后，即向人民政府自首，交出了这部潜伏电台。不久，内调局四川调查处、重庆调查处、川康滇边区调查处即土崩瓦解。
1949年11月23日，人民解放军开始攻打重庆，内调局副局长张益民仓皇逃往香港，其他大小特务在中统西南区区长徐政带领下，狼狈逃窜成都。到成都后，谁也没有心思搞什么反共计划了，都各找门路，准备逃跑。
为了收拾残局，陈立夫壮着胆子飞往成都，他一下飞机，便召集特务进行训话，给他们打气，说什么“只要拖到第三次世界大战爆发，党国即可复兴”。但他的话再也起不到任何作用了。因为此时，人民解放军已解放重庆，正以迅猛的速度向成都推进，特务们最关心的是自己的性命，都纷纷要求陈立夫安排他们逃跑，面临这一大堆特务的后事，陈立夫确实为难了，他知道，运送逃台的飞机极少，国民党一些重要人物都难以安排，何况这帮小喽罗呢？他只得把事情推给蒋介石侍从室主任谷正纲，说成都飞台湾的飞机全部由谷控制，没有他的批准，任何人也不能乘飞机，并要求大家鼓起勇气，坚持到底。
特务们似乎都清醒过来，他们知道此时此刻，陈立夫是不会管他们的了，于是，陈立夫讲完话后，特务们便四处奔走，想尽办法争取登上飞台的机舱。由于机少人多，结果，少数逃到了台湾，多数则被抛弃在大陆，这些中统特务，平时作恶多端，以为准没命了。但后来，共产党并没有杀他们，而给他们以多方面教育，使之获得了新生。
国民党内政部调查局在中国大陆只存在了7个月，便随着蒋介石政权的崩溃而结束了，这个机构的结束，标志着从国民党中央组织部调查科开始，以反共起家、危害中国革命、危害中国人民的中统特务系统在中国大陆彻底瓦解、彻底完蛋了。陈果夫与陈立夫在政治上赖以生存的资本也基本输光了。天涯芳草迷归路
陈果夫与陈立夫自恃国民党枪多人多地盘大，又有美国人的支持，因此，他们竭力反对与中国共产党进行合作。政协会议后，他仍支持蒋介石撕毁协议，悍然发动反共反人民的内战，他们以为很快便可以消灭共产党，实现其独裁专制的一统天下。
但战争爆发后，并没有按他们的愿望发展，恰恰相反，结果是国民党军事大溃败、政治大腐败、经济大危机，国民党内也四分五裂，陷入一片混乱中。以蒋经国为首的三青团派逐渐崛起，企图以团代党，这对掌党的CC派来说，无疑是个严峻的挑战，二陈为此十分不安。