但在对待英宗回朝后如何处置的问题，景帝虽然主要是为了对敌斗争的需要，但同时也暴露了其害怕英宗回朝会危及自身帝位的心理。在英宗被放回京后，他只是假惺惺地谦让一番，便将其幽禁于南宫。不但自己不加以礼遇，而且也不许群臣与他往来。凡有言善待英宗者，均遭贬责。不久，景帝又不顾群臣劝阻，意欲立已子朱见济为太子，以取代早已确立的英宗之子沂王朱见深。景帝的这些所作所为，不仅激化了自己同英宗兄弟之间的矛盾，而且也引起了一部分官僚的不满，更使极少数醉心于功名利禄的分子，乘机活跃起来。总兵武清侯石亨，都督张鞔、张轨，左都御史杨善，尤其是副都御史徐有贞（即徐理）等，都以为与其谋立太子，不如请太上皇复位。于是借机投靠英宗，开始密谋策划政变。景泰八年（公元1457年）正月十二日，景帝病于南郊斋宫，后转到宫中养病。群臣极力请求早立太子。景帝降旨：“候十七日御朝再议。”十六日晚，石亨、徐有贞勾结太监曹吉祥，再次密谋策划加速政变进程。于是在当晚夜半，率兵从南宫拥出英宗，闯入宫中，直升奉天殿。十七日晨，当百官上朝后，才知有变。徐有贞大呼“众人听着，上皇今已复辟矣！”在武力迫胁下，群臣均不得不就班朝贺。当时在重病中的景帝听到钟鼓乐声，一问方知其兄已经复辟，无可奈何地连声说：“好，好！”次日，英宗正式临朝，立即下诏，逮捕了兵部尚书于谦和大学士王文，以及都督范广等，投人监狱。同时，升任复辟有功的副都御史徐有贞以本官兼翰林院学士，人值内阁，参与机务，后又晋升为兵部尚书。二十一日，英宗又下诏，改景泰八年为天顺元年。二十二日，徐有贞迎合英宗意，以“意欲迎立外藩”罪，判于谦等死刑。当时英宗还认为于谦抗战功巨不忍诛杀，徐有贞则又以“不杀于谦，今日之事（指复辟）无名”为理由，才使英宗下定决心。于谦、王文、范广等终于被屈杀于东市。二月初一日，英宗下诏废景泰帝号，后转禁于小南城（今南池子普渡寺）。死后以亲王礼葬于金山口（即今西山的景泰陵）。这一事件，历史上称为“南宫复辟”。东林党争万历时期，以皇帝、宦官、王公、勋戚为代表的统治阶级中最反动腐朽的势力操纵了朝政，朝中一时政治腐败，军事窳败，财政拮据。横征暴敛十分严重，人民群众反抗不断出现。崛起于东北的满洲贵族，日益构成对明朝的威胁，而且对朝廷虎视眈眈，伺机人关。
面对国事每况愈下的形势，一批政治头脑清醒的地主阶级知识分子，发出“风声、雨声、读书声，声声入耳；家事、国事、天下事，事事关心”的呼声。当时的代表人物是明末东林党人著名领袖顾宪成。顾宪成是无锡人，万历八年（公元1580年），中进士后历任京官。万历二十一年（公元1593年），任吏部文选司郎中，掌管官吏班秩迁升、改调等事务。他敢于直谏，因争立皇太子，引起神宗反感。万历二十二年（公元1．594．年），朝廷公推内阁大学士，顾宪成提名的人，均为神宗厌恶，因此更加触怒了神宗，竟被削去官籍，革职回家。
顾宪成回到家乡无锡，在东林书院讲学，在从事讲学中，也宣传自己的政治主张。同时，另一批贪权的官僚，依附皇室、勋戚、交结宦官，结党营私，不断打击、排斥清廉正直的官员，形成反对东林党的几个“党”。按籍贯而言，这几个“党”是：浙党、昆党、楚党、宣党、齐党。其中浙党势力最大，浙党首领沈一贯、方从哲先后出任内阁首辅，齐党、楚党、宣党、昆党等重要人物纷纷占据要津，成为“当关虎豹”，他们不以国事为重，专门热衷于攻击东林党，并且往往作为他们首要任务，不遗余力地残酷打击东林党人。而东林党人则一再抓住他们的弊端，加以揭露和参劾，于是出现了明末历史上著名的东林党争。明宫三案万历四十三年（公元1615年）三月，万历帝命福王到洛阳封地，但是郑氏集团阴谋夺取皇位继承权的斗争，并未终止，他们一再策划谋害太子朱常洛，因而发生了明末著名的宫廷三案：梃击案、红丸案和移宫案。
梃击案发生于万历四十三年五月四日。这一天，有个不知姓名的男子，手持枣木棍，从东华门直奔内廷，闯入皇太子常洛居住的慈庆宫，打伤守门内官，一直闯到前殿檐下，才被内官韩本用抓获，交东华门守卫指挥朱雄收留，第二天，皇太子奏闻，命法司提审。负责审问的巡视皇城御史刘廷元是浙党官吏，奏称“人犯供名张差，系蓟州井儿峪民。臣再三考讯，本犯口中呶呶称吃斋讨封等语”。企图以“疯癫”病人为借口，糊涂结案。五月十三日，东林党人、刑部提牢主事王之案通过单独提审，认为，张差“不颠不狂，有心有胆”，只是害怕刑罚而不敢招，给他饭吃，才开始有点想说，其中必有疑。他主张穷追到底，揪出幕后指使者，愿皇上缚凶犯于文华殿前朝审。户部郎中陆大受上奏言：“张差业招一内官，何以言其名？明说一街道，何以不知其处？”奏中提到“奸戚”二字，矛头直指郑贵妃之兄郑国泰，怀疑郑国泰是张差的后台，所以建议神宗“大振朝纲，务在首恶必得，邪谋永销，明肆凶人于朝市，以谢天下”。神宗对王之案、陆大受等奏十分厌恶，疏俱不报。御史过庭训及知州戚延龄都说其致颠始末，以张差“疯癫”二字定为此案了事。红丸案发生于泰昌元年（公元1620年）九月。万历四十八年（公元1620年）七月，神宗病死，皇太子朱常洛即位，是为明光宗。八月十日，光宗得病，召医官陈玺等诊视。八月十二日，他病情越来越重，“圣容顿减”。八月十四日，内臣崔文升进献泄药。光宗服后病情更重。八月二十九日，光宗在乾清宫召诸臣，因问“有鸿胪寺官进药何在？”方从哲奏称：“鸿胪寺丞李可灼自云仙丹，臣等未敢轻信。”光宗即下令李可灼前来。李诊视后，不说病源及治法，进奉光宗两颗红丸，光宗服后不到两天，在九月初一日突然“驾崩”，于是廷臣哗然。对于光宗服红丸立即升天，中外藉藉，认为李可灼误下劫剂，担心有情弊。而方从哲反而草拟敕书赏赐李可灼白银五十两，这更加激起了朝臣的责难。御史王安舜认为崔文升、李可灼是“庸医杀人”，声称“往者张差谋逆，实系郑国泰主谋”。由于郑氏集团和方从哲等人的阻挠，此案没有进行追究下去。直到天启四年（公元1624年），朝廷才判处李可灼遣戍，崔文升被贬谪到南京。
明光宗即位后，郑贵妃为了进一步控制他，将自己宫中的李选侍（选侍系宫中无封号的宫嫔）送给光宗，李选侍深得光宗的宠爱。光宗死后，由其长子16岁的朱由校即位，是为熹宗。这时李选侍应立即迁出乾清宫。但是，李选侍企图挟持熹宗以擅权，仍与朱由校居住在乾清官内，不肯迁出。她还让心腹太监盗窃宫中珍宝，以贿赂首辅方从哲制造舆论，说皇长子年幼，需要李选侍以太后身份垂帘听政。东林党人杨涟、左光斗等指出，皇长子已经长大成人，“何必托于妇人女子之手？”并一针见血地指出，这是“借抚养之名，行专制之实”。惠世扬指斥“李选侍原为郑氏私人，丽色藏剑”，指责方从哲通过内监得到大量贿赂珍宝，同李选侍相勾结。在这场移宫案的争议中，郑贵妃、李选侍和方从哲一方面理亏，另一方面当时还没有夺取最高权力，因此，东林党人后来占了上风，李选侍终于移出乾清宫。朱由校在东林党人的支持下，摆脱了李选侍的挟制，于九月初六日正式即位。萨尔浒之战万历四十四年（公元1616年）努尔哈赤建立了后金（清），建元天命。两年来，努尔哈赤为做好征明的准备，发布“七大限”，诉说明军“起衅边陲，害我祖、父”，宣扬与明军有深仇大恨。同时，修整器械，申明军纪，颁布《兵法之书》，进行军事上的训练。万历四十六年（公元1618年）四月十五日，努尔哈赤计取抚顺，装着令部夷到市，潜以精兵跟在，突人抚顺城，杀死中军千总王命印、把总王学道等，俘获李永芳等，攻陷了抚顺城。八旗兵不仅夺占抚顺、东州、马根单，而且劫掠小堡、庄屯五百余处，掳获人畜三十余万。抚顺清河被攻破，明总兵张承荫等全军覆没的消息，传至京师，明廷上下，举朝震骇。万历帝怒不可遏，立即下征努尔哈赤的上谕，要求做积极进攻后金的准备：以兵部侍郎杨镐为辽东经略，周永春为辽东巡抚，起用了山海关总兵杜松，征调还乡的老将刘挺，特起已废将领李如柏。到第二年二月，调集福建、浙江、四川、山东、山西、陕西、甘肃等兵星驰援辽，集驻辽阳，号称二十四万，分四路深人进攻赫图阿拉，每路兵六万，实则不过九万人。由兵部侍郎杨镐任四路总指挥，坐镇沈阳。
三月初一，杜松军到了萨尔浒（今抚顺大伙房水库地方）。努尔哈赤命代善、皇太极以二旗兵援助界凡，自己亲率六旗铁军攻打明军萨尔浒大本营。明军列炬以战，金兵从暗击明，万矢雨集，发无不中；而明军从明击暗，铳炮都中了树木，八旗兵却并未受伤。明军最后被金军一鼓作气攻下萨尔浒大本营。
努尔哈赤在萨尔浒大战中大败明军。据统计，明军文武将吏死亡310余员，军丁死亡45870余人，阵失马、骡、驼共计28600余匹。后金士卒仅伤数百人。萨尔浒之战，是决定后金兴明朝亡最为关键的一次战役。之后，明朝只得由进攻转为防御，后金则由防御转为进攻。李自成进北京崇祯十七年（公元1644年）正月二十四日，李白成的大顺军渡河东征的消息传到京城，崇祯坐卧不宁，决定命李建泰以督师辅臣身份“代朕亲征”，并为他举行了隆重的遣将礼。但李建泰率兵到邯郸时，传来了大顺军左营刘芳亮部沿黄河东进的消息，立即往北开始撤退。
与此同时，朝廷也开始商议抽调驻守宁远防备清军的吴三桂部队。不久，起义军更加逼近，明廷一片恐慌。于是于三月初六正式下令放弃宁远，命蓟辽总督王永吉，宁远总兵吴三桂统兵入卫京师，并檄调蓟镇总兵唐通、山东总兵刘泽清率兵勤王。但吴三桂因路途遥远，直到京师被占队伍还在跋涉途中。刘泽清接诏后，谎称坠马负伤，无法从行。唐通率8000兵卒至京，屯扎于齐化门（即朝阳门）外，但不久又撤兵而去，盘踞在居庸关上。大小群臣们见大势已去，也纷纷逃离京师。三月十五日，大顺军进抵居庸关，唐通随即投降。
大顺军围攻北京时，李自成在昌平与北京之间的沙河设下临时总部，由大将刘宗敏担任前线总指挥。
崇祯领太监王承恩爬到煤山（即景山顶嘹望，见无处可逃，便决计自尽。
三月十九日，大顺军占领了北京。军队通过正阳门、崇文门、宣武门进入城内。午刻，李自成由刘宗敏、牛金星、宋献策等文武官员陪同，由沙河的大营人城。
从此，执政276年的明王朝，被李白成农民起义军推翻。四月初，大顺政权将崇祯帝厚葬于昌平县田贵妃墓。