该部六十四旅驻睢县、杞县、陈留一带；另有国民党交警十七总队位于淮阳，国民党国防部保安第三纵队5个团分驻商丘、宁陵、柘城等县城。国民党河南省保安一团驻陈留、二团驻通许、三团驻开封、五团驻杞县、六团驻睢县。此外，在豫皖苏边区内的22个县，均有国民党的县保安团（队），每县约500—800人。以上国民党的正规军和地方团队总共约有6万多人。其区以下区分队、自卫队、还乡团（老虎队）尚未计算在内。当时西面的国民党军队，在六十四旅一九○团刘寨遭歼灭性打击之后，龟缩于杞县、陈留一线，其它各部均在驻休。
东面的国民党军队在永、夏、商、亳一带则到处清乡、扫荡，极其疯狂。
豫皖苏军区宣布成立后，所属各级武装部队很快整编就绪，进行短期休整。全体指战员斗志昂扬，全区基干武装团（支队）已有9个，加上各级机关直属分队和县区武装，总兵力有14178人。根据上述情况中共豫皖苏区委和军区党委确定的中心任务是：恢复三分区，开辟二分区，继续巩固和扩大一分区。
为了贯彻落实区党委和军区继续巩固和扩大一分区的作战方针，军区独立旅在一分区二十九团配合下，1947年1月9日2时至4时克睢县城，县保安团弃城逃窜，俘敌165名，缴各种武器780余件。同夜，一分区二十九团、独立旅又克宁陵县城。12日晨，豫皖苏军区独立旅攻克杞县县城，歼守军国民党河南省保安第五团一营和杞县保安团，俘敌291人，缴各种武器206件。。杞县第二次从国民党统治下解放。后又连下3城，共歼国民党地方保安团（队）500人。
在此期间，豫皖苏边区一分区（即水东地区）又遭到国民党军队六十四旅、河南省保二团、保五团和国民党国防部保安第三纵队一个支队、一个团的联合进攻，即所谓对豫东地区的第四次“围剿”。一分区采取内线坚持和外线出击相结合的战术，开展积极地反“围剿”斗争。1月13日独立旅二十九团和十分区骑兵侦察连及杞县县大队一部，设伏于杞县城东之黄义岗附近，一举将河南省保安二团三营九连歼灭，毙连长以下27人，俘排长以下40名。
克威县（杞北）大队组织群众于1月13、15日晚，在内黄站东、西段破坏铁路4公里；通许县大队歼国民党两个村自卫队，一个镇自卫队，毙、俘敌24名。到2月初，国民党对一分区“围剿”的部队纷纷撤出，第四次“围剿”即告失败。
与此同时，豫皖苏二分区的部队即向淮太西方向活动，在太康南部、淮阳、鹿邑、沈丘等地积极打击、歼灭国民党县区乡地方武装；三分区也抓紧有利时机迅速恢复所辖地区，都取得很大的胜利。
豫皖苏军区的重建和发展，引起了敌人的极大恐慌。
杞县、克威县、通许县所在的第一军分区是豫皖苏军区的基础、老解放区。国民党军队对豫皖苏军区的进攻，重点又放在了杞县、克威县、通许县和陇海铁路两侧。在中国共产党的领导下，杞县、克威县、通许军民和豫东解放区军民一起多次粉碎国民党军队的“围剿”，并在反“围剿”斗争中得到了锻炼，壮大了武装力量，巩固扩大了解放区，而国民党军队屡受挫折，损兵折将，仍不甘心。
为了配合华北、华中战场，巩固其后方，国民党军队于1947年3月又调兵遣将对新成立的冀皖苏军区发动进攻，但由于兵力不足，不得不改“围剿”为“清剿”。国民党统帅部为了贯彻其重点进攻的方针，撤销了徐州、郑州两绥署，组成了陆军总司令部徐州司令部及其郑州指挥部，统一指挥其在中原的部队作战。第四绥区总部由开封移驻菏泽，调第六绥区总部进驻商丘，辖陇海铁路以南，平汉、津浦路之间，南到沙河一线区域，负责对豫皖苏解放区的“清剿”。这次“清剿”，主要采取所谓“总体战”和“棋盘战术”。所谓“总体战”，就是以其部队“清剿”和党政人员随军编保甲、查户口、做宣传、搞情报、修公路、架电话和征粮、要款相结合的办法。所谓“棋盘战术”就是以其保警团队以团、营为单位，在全区城市及重要集镇遍设据点，构成棋点，限制解放军活动，各棋点以三分之一兵力任守备，以三分之二兵力任“清剿”，对各自辖区逐村封锁，反复“进剿”，以求全歼解放区党、政、群工作人员和县以下地方武装，尤其强调捕歼党、政、群工作人员，以图割断解放军与群众的联系，使解放军失去依托，无法活动。
同时以正规兵团为“迫剿”部队，对军区主力采取分进合击，追堵结合和穷追不舍等办法实施“追剿”。国民党第六绥区指挥五十八师一八三旅、新十旅、暂编二十四师五、六、七旅、十五师六十四旅、五十二师八十二旅、六个三师一五三旅，共8个正规旅及交警二、十七总队，河南省6个保安团，6个专区（一、二、五、六、七、八）的8个集训总队（相当于团），32个县保安团及区乡队，约10万之众，对豫皖苏边区进行“清剿”。
豫皖苏边区党政军民，在区党委、军区的领导下，贯彻在坚持中求发展的方针，进行针锋相对，艰苦卓绝的反“清剿”，破“棋盘战术”的斗争。其具体对策是：掌握敌情，力争主动，敌进我进，敌不进我也进；各军分区和县、区、乡武装，就地坚持，以游击战、麻雀战打击“清剿”之敌，着重打击国民党的区乡政府武装和工作人员，破坏其总体战，军区主力……深入发动群众，坚壁清野，号召全区有条件的地方实行土地改革，保卫土改和减租减息的果实，反反攻倒算，锄奸保密，掩护地方武装和工作人员，开展反“清剿”的群众性斗争。
杞县、克威县、通许县等在豫皖苏一地委、一分区的领导下，根据军区反“清剿”的部署和敌情变化，积极开展反“清剿”斗争。3月，以国民党军四十八师为主及其它地方保安团队，复占杞县、太康、睢县等地，进行所谓第一次“清剿”。4月，以国民党军队四十八师为主，对一分区进行第二次“清剿”。这两次“清剿”均被解放区军民所粉碎。5月，国民党军队一五三旅、交警二总队对解放区之杞县、通许、睢县等地进行第三次“清剿”。杞县县大队及各区队配合一分区二十九团，坚持与敌人周旋，配合主力消灭敌人。杞县大队在杞县南部沟湾李村与交警二总队一部激战，打退敌人多次进攻，县大队政委刘祥熙不幸壮烈牺牲。6月23日杞县县大队配合豫皖苏一分区二十九团一营在睢杞公路沿线的赵楼一带伏击敌人，经激战后，打死打伤敌人13名，生俘10多人，缴获敌汽车2辆、轻机枪1挺、子弹8箱、手榴弹200多枚及进攻解放区的作战计划。
豫皖苏第一军分区在反“清剿”斗争中，不仅摆脱了孤立的局面，而且在军区支持和二、三分区的策应配合下，主动积极地打击敌人，得到了发展和巩固。克威县（杞北）把白云寺以东划出，建立了睢宁县，以克威县大队一个连为基础，组建了睢宁县大队。调李培棠任中共睢宁县委书记兼县长、大队政委、县大队长，刘建民任副县长，并调克威县200多名干部到睢宁县工作。同时克威县又在北至陇海路，南至开杞公路，西到陈留县城周围，东到杞兰公路之六区北半部成立了克威县八区。3月10日，克威县大队破坏陇海路兰封、内黄两车站之间通讯线路25公里，使汴、商间铁路电汛一度中断。6月底，晋冀鲁豫野战军主力4个纵队，突破国民党军队150公里河防，强渡黄河南下，迫使国民党军队停止了对豫皖苏解放区的“清剿”。
在豫皖苏一分区开展反“清剿”斗争的同时，考城县军民在鲁西南地委的领导下，在陇海铁路北也积极开展对敌斗争。1947年3月5日，考城县大队和基干民兵，主动配合军区十三团，对驻扎在考城县崔园子的国民党河南省自卫第八总队黄世勋部展开了猛烈的攻击。此战，黄世勋被活捉，歼敌700余人，营救被关押人员100余名，为考城、曹县、民权人民除了一大害。之后成立了民（权）、兰（封）、考（城）支队，刘汉松任支队长。同时，建立了考城县保田大队，全大队1000余人。
1947年4月上旬，国民党一四三旅进犯考城县中心地带，进行残酷的大扫荡。考城县委结合考城县的实际，积极组织群众开挖地道。李馆、四座楼、扁担庄、马前楼、冯庄、吴河等地达到了村村相连、户户相通。地道的开挖，对于开展游击战起到了很大作用。考城坚持腹地斗争、开展地道战的经验受到上级的肯定，1947年5月7日，《冀鲁豫日报》予以介绍。
5月19日，国民党整编六十八师一四三旅四二九团集中兵力疯狂进攻考城县中心区，考城县大队和保田大队等地方武装，积极配合主力部队，实行外线出击，集中兵力打击驻在庄寨的一四三旅旅部，迫敌撤退。
为了补充主力部队，考城县委根据地委、分区的指示，在领导人民群众进行土地改革的同时，广泛深入地发动群众，特别是广大青年积极参军参战，很快在考城和兰封县掀起了参军参战的热潮，有力地支援了主力部队。