会师未遭阻碍。凯撒于是追击撤退的埃及王入三角洲，虽然埃及前锋前有深运河，仍在初战之下即将之摧毁，立捣埃及军营。军营在尼罗河与沼泽之间的高地上，与尼罗河仅隔一小径，而沼泽则难以涉过。凯撒下令同时从前方与侧方——沿尼罗河小径——攻击，第三支部队则攀上营后高地不为人见处。结果全胜。军营被克，未倒于刀下的埃及人，在企图逃向尼罗河中的舰队时遭溺。在负载过众而沉没的船只中，那年轻的埃及王也葬身于他祖国的河水中。
此战过后，凯撒立即一马当先，率其骑兵，由陆路直入被埃及人占领的首都区。敌人着丧服，持众神像接待，向他求和。原先留守的军团官兵见他胜利而回，狂喜无限。那胆敢阻挠世界之主的计划、并险于一发之差就把他毁灭的城市，现在交到他的手里了。但他却是一个真正的统治者，不会采取复仇的措施，以往日对待马西利亚人的方式对待亚历山大利亚人。他向人民指着那因舰队焚烧而失去谷仓，举世著名的图书馆与其他重要公共建筑的城市，鼓励他们当热心培育属乎和平的艺术，尽速治愈他们所带给他们自己的创伤。
其他方面，他使亚历山大利亚的犹太人获得希腊居民所享受的权利。罗马占领军换防，原先服从埃及王（至少名分上如此）的罗马军由正式的卫戍部队替换，此卫戍部队由被围攻的两个军团主力，另加稍后由叙利亚调至的一个军团，而司令则由他亲自选任。他有意选择了一个名叫鲁菲欧的人，他是能干的战士，他的父亲是由奴隶得释的自由人，由于这个牛身关系，他不可能辱没了凯撒对他的重托。克丽佩特拉和她的小弟弟得到罗马保护下的埃及王权。阿欣诺艾公主遣往意大利，以免成为埃及人再度叛变的口实——埃及人以他们东方的惯性，忠心于王朝，但对国王个人却可漠然。塞浦路斯成为罗马行省西里西亚的一部分。
同罗马国内震惊世界的事件相比，亚历山大利亚的变乱似乎微不足道，然而它的影响却相当大，因为它迫使凯撒延搁了他的本务，而从公元前48年10月至47年3月，同犹太人与贝度英人并肩作战，驱散城市暴民。而这时的凯撒却已是一切，一切的事务都必须由他决定。个人统治实已开始。君主政体已临，但君主却未至，因此处处狂乱。就以这段时期而言，凯撒派和庞培派一样，群龙无首。处处事务均由干练的军官在决定，然而决定得最多的则是偶然。
确实，由于自内战开始，立宪派即绝对统治埃及，此处的事态相当严重。直至法萨拉斯之战，朱巴王均系埃及“事实上”的统治者。他消灭了丘比欧，他的飞骑兵与无数的弓箭手则系军队主力。庞培派任的总督扮演的角色是如此无足轻重，以致丘利欧军被俘的罗马官兵也得交予朱巴王，坐视彼等遭诛或发遣内陆。
法萨拉斯之战以后，情势有所改变。除庞培以外，败部领袖没有一个想要逃往帕提亚。他们也很少思及以联合力量来制御海洋。马卡斯·奥大维在伊利利亚水域孤立，没有长远的战绩。共和派与庞培派大量流向非洲，因为只有这里仍可能发动对谋位者的光荣合法战争。慢慢的，这里聚集了法萨拉斯之战的残部，德拉丘姆，科西拉与比罗奔尼撒的卫戍部队，以及伊利利亚舰队的残余。第二总司令麦特拉斯·西比奥，庞培的两个儿子奈阿斯和塞克西塔斯，共和派政治领袖马卡斯·伽图，干练的军官赖宾纳斯，阿夫兰尼阿斯，佩特里阿斯和奥大维也在此会合。
设若移民者的力量已经减少，则他们的狂热宁可说更为增加了。在休战的旗帜掩护下，他们继续谋杀俘虏，甚至凯撒的军官。不仅如此，那党派偏执与蛮性未改的朱巴王甚至发下圣旨，凡有同情敌人之可疑性的城池一律焚毁，居民老少不留——有些城镇真正毁于这狂妄的理论。事实上繁荣的省府尤提卡如果不是伽图极力干预，也已遭同样命运，因这个城市自古以来即像迦太基一样，成为纽米底亚王嫉妒的珠宝，何况该城的公民确实有偏袒凯撒一边的倾向。
由于凯撒及其副将没有一个有攻击埃及的任何动向，埃及与共和派的联盟乃有充足的时间在政治与军事上重加整备。首先，由庞培的死而留下的总司令空缺必须有人继任。在法萨拉斯之战以前一直在非洲担任此职的朱巴王并无意不接此位。事实上，他已不再自认是罗马的附庸，而是同盟，甚至是保护者，并自己铸造罗马银币，采用他的名号与设计。他甚至倡议他当是营中惟一穿紫袍的人，暗示罗马诸司令当放下他们的官式紫袍。要求继承这最高指挥权的还有麦特拉斯·西比奥，因为庞培曾把他视为同等地位——尽管庞培如此待他是因为他是庞培的岳父，而非因为他的军事能力。行省总督瓦罗——但这个总督是他自封的——也提出同样要求，因为战争将要在他统辖的行省进行。军队则希望原军事执政官马卡斯·伽图做他们的领袖。
显然军队是对的。对这个责任艰巨的职位而言，伽图是惟一有必要的精力、献身的精神与权威的人。若说他不是军事人才，则至少他是能够听取理由，并能使部下行动的人，这比那能力可疑如瓦罗者，或已经确定无能如马特拉斯·西比奥者好得太多。但决议竟然还是落在这个西比奥身上，而使这个决议成为决议的正是伽图本人。
他这样做并非由于他自觉不足以承担这个任务，也不是由于他的虚荣心觉得拒绝比接受更可满足，更不是由于他敬爱西比奥——他一向就看不起这个人，这个人的做事没有章法是有目共睹的，而他之所以具有影响力，完全由于他是庞培的岳父。伽图这样做，完完全全是由于他那顽固的法律形式主义；是由这种顽固，他宁可让共和国合法毁灭，也不愿意以不合规章的步骤将其挽救。在法萨拉斯之战以后，他在科西拉遇到马卡斯·西塞罗，因而要把科西拉的军事指挥权交予后者——因为后者任西西里行政官，还依法具有将军地位。但这种谦让几乎把这个政治煽动家逼疯，让他一千次诅咒起他的军事桂冠了；而所有“不明事理”的人也同样吃惊得瞠目结舌。
现在，当更重要的事情临头，伽图仍采用相同的原则。他衡量新的总司令之权宜问题，断定该由西比奥充任。由于这个决议，他自己和瓦罗的候选权也就搁置。但也只有他在积极地向朱巴王提出要求，使后者感到罗马贵族到他这里来不是来求告，不是向保护者求助，而是向属国下令，要它援助。从罗马在非洲的兵力看来，朱巴王不得不把他的条件做某种程度降低，不过软弱的西比奥却同意朱巴王的军队由罗马国库支薪，而在胜利之后，非洲行省当让与朱巴王。
随着总司令的出现，“三百人”元老院也出现了。此元老院设于尤提卡，允许最富裕、最有名望的骑士阶级加入，以补充折损的名额。
主要由于伽图的热烈推动，军事准备积极进行，凡能执兵器的男子，甚至由奴隶解放的自由民和利比亚人，都征入军团。许多人放下了农耕，大量农田无人照管，但征兵的结果自然声势浩大。重步兵十四个军团，其中两个早先已由瓦罗征集，八个则由难民和本地人组成，四个为朱巴军，按罗马制配备组织。重骑兵除朱巴的罗马编制骑兵队外，尚有一千六百名，以赖宾纳斯带来的塞尔特人与日耳曼人为主，另夹杂其他人员。轻装部队则包括马上弓箭手，徒步弓箭手，难以数计的、无鞍或无缰的纽米底亚人，除标枪以外，无其他武器。此外尚有朱巴的一百二十只象的象队，和由普布利阿斯·瓦罗与马卡斯’奥大维所统率的五百五十艘战舰。
金钱极为短缺，但元老院由于允许非洲的资本家充任元老，又在元老院自行募集款项，因而得有相当程度的弥补。谷物与其它供应品在适于防卫的要塞大量积存，不设防的城镇和仓库则一律尽可能清仓。凯撒的不在场，他的部队的情绪之撩乱，西班牙与意大利的不宁，都使人的精神日振，胜利的新希望逐渐取代了法萨拉斯之败的回忆。
凯撒在埃及损失的时间在这里造成的恶果最大。设若他在庞培死后立赴非洲，他发现的可能是薄弱的、杂乱的部队，而领导者又互相分裂。而现在，特别是在伽图的努力之下，非洲的军队之庞大已类如法萨拉斯之战时所失者，各将领皆相当杰出，又在同一个监督者之下。
凯撒的非洲远征似乎厄运高照。即使在部队登船赴非之前，他就已为之在西班牙与意大利做了某种程度的部署工作，然而除了损失之外，这些工作并没有任何成果。依照凯撒的部署，南西班牙省总督昆塔斯·卡西阿斯·龙金纳斯须率四个军团渡海至非洲，同西毛利塔尼亚的波格德王会师，再共同向纽米底亚与罗马的非洲行省进军。但拟定向非洲进军的部队却包括相当多的西班牙本地人和原先的两个庞培军团；庞培在该省仍深获军民的同情，而凯撒派的总督之专横又全不足以将彼等安抚。正式的变乱发生了，许多军队与城镇投入反总督的一方。那些起而反对凯撒副将的人即将公开树起庞培的旗帜。而庞培的长子奈阿斯业已登陆首途西班牙，意在利用这个大好机会，而凯撒派一些最受尊重的人则于此时否定了总督的权柄；北省的总督亦及时驰往镇压。
奈阿斯·庞培试图在毛利塔尼亚建立根基、无效，但转往西班牙时则已太迟。凯撒于公元前47年秋派往西班牙以替换卡西阿斯的盖阿斯·屈里朋尼阿斯到达西班牙时，发现处处都是绝对服从的，但由于前任总督的错误，西班牙未能做出反对非洲共和势力的事来。不仅如此，那本可用来阻挠朱巴的巴格德王却调往西班牙去了。
更严重的骚乱还是来自驻守南意大利的部队。他们主要是凯撒的老战士，为凯撒在高卢、西班牙与帖撒利建立王位的有功之士。但胜利并未能改善他们的精神，却由于长期在南意大利休息而彻底散漫起来。凯撒对他们近乎超人的要求——这要求的可怕结果可以从他们人员的大量折损看出——连这些铁人也在心里留下了积怨，只待时间与休闲令其发酵。那惟一对他们有影响力的人现在不在就近，将近一年的时间几乎连他的消息都未曾听到了。他们的军官对士兵的惧怕甚于士兵对军官，这些曾经征服世界的战士的种种暴行与纪律的破坏，军官均只能装聋作哑。
现在，命令下达，要他们放下在坎班尼亚平安的生活，要他们登船赴西西里再度投入战场，而其艰苦必然不下于西班牙及帖撒利之战。于是，那松弛过久而现在突然拉紧的缰绳一下子挣断了。士兵拒绝从命，除非先将许诺的犒赏交给他们。他们卑视并拒绝凯撒派来的军官，甚至向他们丢石头。为了熄灭这将要爆发的叛乱，军官们答应增加犒赏，但这种允诺不但无用，而且成群的士兵集体出发，要去见首都的将军，讨取犒赏。几个意图阻止的军官因此被杀。
情势危急。凯撒令留守城中的少数士兵仍据守各城门，以免很可能发生的掠夺，然后他突然出现在愤怒的兵群中，问他们想要什么。“遣散！”他们叫道。立刻，他们的要求获得允许。凯撒接着说，关于他许诺的胜利后犒赏，以及他虽未宣布但实已决定的土地配给，他们可以在他和其它战士得胜之日立刻向他申请。但胜利的本身他们却无份，因为他们在胜利之前即已遣散。
叛变者未料事情有这样的转机。他们原以为自己是非洲之役必不可缺的精英，他们之要求遣散，只为的是得到拒绝，再以此增加自己的身价。现在，他们竟然不是不可或缺的了，因之信心大为动摇；现在他们尴尬得不知如何把谈判拉回他们意图中的渠道；他们忘记了对凯撒的效忠，而凯撒竟然仍忠守他的诺言，令他们深感惭愧，而且，他现在不但没有收回以前的承诺，更把承诺加添；而当他们的同志得胜之时，他们却只能作为旁观的“老百姓”，此情何堪——因为这一棒把他们往日辉煌的战士自尊心全部摧毁；除却这种种冲击之外，还有更不可抗御的一种力量，那就是将军本身的在场，那种感动是无法说明的——士兵们默然而立，不知所措，终至于齐声哭喊，要求允许他们再度成为凯撒的战士。凯撒待他们的恳求达于顶峰的时候，答应了他们，但兵变头目的胜利犒赏则被减去三分之一。历史上从未见过更大的心理杰作，也没有见过更完全的成功。