显庆五年（660年）十月，唐高宗李治本就柔弱的小身子骨染上了风疾。看好了，是风疾，不是风寒，板蓝根是不起作用的。有专家研究表明，这病类似于今天的高血压及相关的心脑血管疾病，心态要平和不能激动。这病放在今天也是人类的克星，在当时可以说是李唐皇室的家族遗传病，皇帝克星。唐高祖李渊是第一个中头彩（得“风疾”）挂掉的唐朝皇帝。唐太宗手气更好，不光自己得了风疾，连老婆长孙皇后也被这种疾病夺去了年轻的生命。李世民因为这病搬到翠微宫养，养到最后却死于翠微宫。
风疾，你还有完没完？没完！克死一个算一个。
抛掉今天的高宗，后面还有顺宗、穆宗、文宗与宣宗等同志排着队拿着号头准备与“风疾”死磕。这病的后期症状就是患者四肢瘫痪，口不能言，只能靠点头YES，摇头NO来表达内心的想法。
显庆五年（公元660年）七月，出任宰相还不足一年的卢承庆，在财政工作上出现了重大失误，因未能征足赋税受到御史台官员弹劾。高宗觉得此事不好处理，因为卢承庆是武后建议提拔的。武则天闻知后，请高宗按章办事，对大臣要功过两分清，不要看她的面子。于是，下诏将卢承庆免职以示惩罚，后又考虑其才干起用为润州（今江苏镇江）刺史。
这时候，高宗感觉头痛病越来越严重，连看奏章都费劲了。自己不能正常处理朝政，太子才八九岁，高宗无奈之下就把政事都委托给武后处理。这时候武后还没有攫取天下的野心，她几个月前为了泄愤，狠狠地收拾了一把自己娘家的几个兄弟子侄，搞得他们家破人亡就是明证，如果她有夺位的野心，就会重用自己家的外戚。武后生性聪敏，本就是人中之凤，而且读过不少史书，她与亲信许敬宗每天在武德殿西门值勤（待诏），掌控朝政，了解动向，不知疲倦，对政事的见解和处理都比较合适，高宗比较满意。
刚开始的时候，武后理政并不是常态，而是在皇帝病重之际偶尔代行君权。她对朝政的处理也颇有分寸，实行紧跟政策，事事按照高宗的意思顺旨而行。高宗倡导以孝治天下，武后便提议僧尼道士都得参拜父母；李唐崇道，奉老子李耳做先祖，武后便手抄《道德经》以示虔诚，很得高宗的信任。但随着高宗不时发病且病势日益加重，武后处理政事的机会越来越多，于是就像吸食毒品一样，对至上的皇权日益上瘾，产生亲临朝堂的欲望。这是后话。
武则天辅政之后面临的较大课题，就是四境开始不宁，东西两方都冒起狼烟。西边，西突厥称霸西域，阻断商路；使西域归附唐朝的国家颇感不安。东边，与唐关系密切的新罗，遭到高丽和百济的夹击，向唐朝紧急求援。武后面对险境，冷静判断形势，协助高宗正确制定了对外战略。既任用老将刘仁愿、刘仁轨，也起用新手苏定方、薛仁贵。最后，唐朝灭掉了西突厥，替代了其在中亚的霸主地位，使大唐疆界达到了今阿富汗和伊朗边界。东部的战事也颇为顺手，苏定方大败百济，生擒百济国王，砍掉了高句丽的臂膀，使敌人为之丧胆！
显庆五年（公元660年），苏定方押送百济国王到东都洛阳献俘，高宗大为兴奋，决定乘胜拿下高句丽。十二月，任命苏定方为辽东道行军大总管，刘伯英为平壤道行军大总管，程名振为镂方道总管，各自带兵分几路出发远征高丽。因为战争需要，位于今山东半岛的青州刺史要负责筹集军粮，从海上运送到前线。
这时候的青州刺史是刘仁轨。如前文所述，刘仁轨几年前曾在朝中担任给事中（御前检察官），因为大理寺丞毕正义受李义府指使非法释放美妇淳于氏，被人揭发，刘仁轨就奉旨审讯毕正义这件案子，而且执法刚正。李义府从那时就恨上了刘仁轨，找个机会贬斥他出任青州刺史。这次，刘仁轨负责海运军粮，当时的气候不是出海的时机，但心怀叵测的李义府却接连督促他快点启程出海，刘仁轨无奈，只好从命。结果船行到海上的时候遭遇大风，所有船只都被刮翻了，军粮尽数倾覆。这可是一件大事，朝廷闻讯，立即命令监察御史袁异式前往审讯。袁异式临行前，李义府想让他结果了刘仁轨，就对他说：“你要是能办好这件差事，以后升官发财易如翻掌。”袁异式知道李义府和刘仁轨的恩怨，当然听得出李义府的弦外之音。他到了青州之后，对刘仁轨说：“你和朝廷中什么人有仇，你自己心理应该清楚。所以啊，你想想自己该怎么办？”其实这是暗示刘仁轨：你已没有活路，最好自行了断，免得遭受更大折磨。刘仁轨却说：“我惹出了这么大的祸，国有国法，您要是依法处死我，我毫无怨言。但如果让我自尽，那样我的仇人肯定高兴，我不甘心！”袁异式无奈，只好结案上报朝廷，临走时还亲自上锁囚禁刘仁轨，怕他逃脱。案情上报到朝廷之后，李义府对唐高宗说：“不杀刘仁轨，没法向天下苍生谢罪。”这时，一位高宗新近亲自提拔的、和李义府不和的官员源直心，看透了李义府的用心，反对说：“海上起风，本来就是很突然的事，谁遇上也没有办法，所以这次军粮倾覆不能全怪刘仁轨。”唐高宗于是命令免死，只是取消刘仁轨的名藉，让他以平民身份从军效力。刘仁轨此去，要受另一将领刘仁愿的调用（二人的名字听起来是兄弟二人，其实不是），李义府又派人示意刘仁愿将他杀死，刘仁愿不忍心这样做，刘仁轨才又逃过了一劫。
公元661年本是显庆六年，因为各地纷纷上奏拍马屁，说见到飞龙的祥瑞现象，高宗在二月三十日下令半路改元，于是这一年前三个月是显庆六年，后九个月成为龙朔元年。此时，高宗按照武后的提议，把朝廷的官职几乎都更改了一遍，把门下省改称为东台，中书省改称为西台，尚书省改称为中台；侍中改称为左相，中书令改称为右相，仆射改称为匡政，尚书左、右丞改称为左右肃机，尚书改称为太常伯，侍郎改称为少常伯；其余的二十四司、御史台、九寺、七监、十六卫，都一一改名。虽然这些官名的修改，一点都没有改变他们的职责，看似只是文字游戏的闹剧，但武后却能以此向群臣显示自己对朝政的影响。她深知，内容不重要，但必须要在朝廷上持续发出自己的声音。做这样的文字把戏是武后的偏爱，终其一生都没有停止过。高宗中后期频频更改年号，也都是武后的主意。
这一年，征高丽的大业让高宗心情激动，想效法父亲，也御驾亲征一把。他从陆路派出增援军直奔鸭绿江，并下诏表示要亲率六军跟进。但这一想法，被武则天极力劝止了。高宗接受了武后的意见，下令诸路军速攻高丽。龙溯元年（661年）四月,唐军水陆两路再向高丽进攻，连战皆捷。七月，进抵平壤城下。但接下来似乎就不怎么顺利了，进攻平壤孤城的战斗打了半年，却没能吞下这块鸡肋，又遇上连日大雪，进攻更艰难。于是高宗于龙朔二年（公元662年）二月命苏定方撤围退兵，留刘仁轨、刘仁愿在百济故地防守。这次征高丽的行动就此告一段落。
接着，西北战场也传来大捷的战报，郑仁泰、薛仁贵击败了铁勒九姓。薛仁贵这次打仗时，仅带数十骑当先开道。回纥见他人少，也派数十骑前来挑战。薛仁贵在敌骑临近时大呼“看箭”，连发三箭射死三人。其余回纥骑兵见薛仁贵如此神勇，大为惊异，纷纷下马投降。这时后面唐朝大军已到，薛仁贵乘势挥军掩杀，回纥大败，俘虏了两万多人。薛仁贵将降众统统赶下峭壁坑杀。接着，又越过碛北追击败众，擒其首领兄弟三人。郑、薛二人这一仗打得实在是残忍，铁勒九姓从此衰败，朝廷随即又派突厥出身的将军契苾何力去安抚，如此恩威并济，铁勒从此不敢再为边患。
战事结束后，军中传唱：“将军三箭定天山，壮土长歌入汉关。”凯旋而归。回朝后，司宪大夫（原御史大夫）杨德裔也象太宗朝那些人弹劾李勣、侯君集和薛万彻一样，向高宗弹劾薛仁贵他们杀俘、抢“番女”等罪。不过高宗的处理就比太宗高明，没有追究。武则天还亲自接见了薛仁贵，见他器宇轩昂，不禁大为赞叹，额外又给予了赏赐。朝廷这样宽容地对待有功的武将，就避免了他们步侯君集、薛万彻的后尘，有利于武将人心的稳定。但不排除有些文臣却对朝廷的这种做法有些不满。
几个月后，东北战场也传来佳讯：辽东的刘仁轨（当时代理刺史职务）趁百济余部不备，突然率军出击，先后攻克了多座城池，又与盟友新罗联合攻克了险要之地真岘城，一举打通了通往新罗的粮道，保证了唐军的补给，牢牢站稳了脚跟。
龙朔二年（公元662年）真是高宗朝军事成就比较辉煌的一年！同时，也是内部皇权得以强化的一年。这年武则天提出，皇宫太极殿低洼阴湿，不利于高宗的病体恢复，应将大明宫建设完工。蓬莱宫是早年太宗为太上皇李渊修建的避暑宫殿，尚未完工李渊就死了。现在武后下令继续修建，并改名为蓬莱宫。她这样做的目的是为了降低宰相对皇权的侵占：高宗如果搬到了数里之外的大明宫，那么皇帝日常听政的地方就和原来的外朝隔开了距离，那么很多时候就要在大明宫的内廷议政，而不会再这样在外朝进行了。要是真的实现了这一步，宰相的地位会由此大降，而皇权则会进一步提升。
年底，上官仪被任命为宰相，而另一位宰相许圉师却因为包庇儿子犯罪而被贬。许圉师的儿子在打猎时塌坏他人田里的作物，田主叫骂，这位少爷仗势欺人，居然用射猎用的响箭射人家。许圉师知道后，把儿子打了一百棍，但并没按照规定上报朝廷。可能是他觉得薛仁贵他们犯了那么大罪朝廷都不办，自己儿子这点事干吗要上报？但倔强的田主不依不饶，跑到朝廷的司宪衙门（中央直属监察机关）来告状，那个半年前积极弹劾薛仁贵的司宪大夫杨德裔，这次为了讨好宰相许圉师，竟然不予受理。但是，武后的那些党羽却抓住这件事做起了文章。许圉师是高宗提拔的人，与武后的那些羽翼不是一派，长孙无忌倒台之后他与武后的爪牙也难免有些矛盾。西台舍人袁公瑜（就是向武后出卖裴行俭而得宠的那个人）派人匿名上密折向高宗告发此事。唐高宗知道后，上朝时就责备许圉师：“你身为宰相，纵容儿子欺负百姓，出了事你还隐瞒不报，你这不是滥用权势，横行霸道吗？”唐高宗本来也许只想骂一顿，警告他一下，许圉师要是叩头认罪事情也差不多能过去。许圉师正为有人匿名告他而恼火，此时见高宗还责备他，觉得委屈，于是没好气地和高宗顶嘴说：“我位居宰相，做事正直，不可能不得罪人，所以难免有人会陷害我。至于说滥用权势横行霸道，只有那些武将才能做到；我是文官，哪敢滥用权势，横行霸道呢？那些武将犯了那么多事也没人管，我这么点小事你们却揪住不放。”这前半句明显是在说之所以有人告发他儿子的事，是因为他对朝廷忠心、有功，得罪了些小人；后半句则辞连朝廷对郑仁泰薛仁贵的宽大处理，指责唐高宗执法不能一视同仁，对他这样的文臣不公。唐高宗听后大怒。许敬宗趁机上奏说：“臣下竟敢如此顶撞皇上，杀死都不足以抵罪。”唐高宗命令侍卫立即将他拖了出去。李义府又落井下石，于是高宗下诏免去许圉师的宰相职位，几个月后贬为虔州刺史。司宪大夫杨德裔因隐瞒不报此事而且不予受理，也被流放庭州（今广西境内）。
从袁公瑜、许敬宗、李义府一致打击许圉师这件事情可以看出，武后的党羽已经在朝中形成党派，勾结起来打击异己了。而且武后本人也随着地位的稳固，对高宗不像以前那样恭敬小心，尤其是武后辅政之后，党羽也渐渐扩张和张狂，于是帝后二人之间的裂痕也在悄然出现。高宗对此应该已经有了感觉，前段时间他把自己的亲信上官仪提升为宰相，就很有可能是为了压制一下他们。没想到这时候自己这边的许圉师偏偏不争气，在宰相圈子里又呆不下去了，高宗难免产生出削弱武氏党羽的想法。这个时候，李义府恰巧就送上门来了。
李义府是因为第一个冒险拥立武后才咸鱼翻身的，和杜正伦闹矛盾被贬普州之后，又是靠武后的力量才再度入相，所以在他的心中，皇后才是他的真正主子。李义府性格原本张狂，复相之后更是强占民田，夺人奴婢，卖官鬻爵，排除异己，搞得民怨沸腾。为了改葬祖父，他在高陵、栎阳、富平、云间等7个县无偿使用民工，修建墓室，高陵县县令甚至累死在工地上。李义府的祖父迁葬那天，浩浩荡荡的送葬车马和祭奠摆设足足摆了七十多里，而他借机索取的贿赂财物，更是不计其数。但由于他深受武后恩宠，没人敢轻易弹劾他。
高宗本来想敲打敲打李义府，一是让他收敛一下，二则也可能有让他明白一下谁才是真正的主人。就把李义府召来，心平气和地说：“听说你儿子、女婿办事都不谨慎。我已尽力为你掩盖了。但这样也不是办法，你要好好管管他们。”李义府听后勃然变色，颈腮发红，稍后反问：“这是谁向陛下告我的状？”高宗说：“只要我说得是事实，你管是谁告诉我的干吗？”李义府竟不认错，无礼地悻悻而去。他受宠于武后，觉得高宗窝囊，心理上就蔑视高宗，以至于在听到逆耳之言时这样对待皇帝，真是奴性十足！李义府的蔑视刺痛了高宗那颗自卑的心，心中非常恼怒，压制武后势力的欲望迅速增强，就开始注意抓李义府的把柄。