同年的五月上旬，萨布素率所部的二千人从瑗珲出发，后于五月底到达雅克萨，于是，清军在本年六月初从雅克萨的南北两个方向发起猛烈的进攻。经过多次激烈的争战，杀死敌人百余名，包括俄军的督军托尔布津，并迫使俄军撤回城内固守。至年底，八百多俄军大部死亡，仅剩百五十余人，粮食弹药严重缺乏，危城指日可下。在此情况下，俄国沙皇转而接受了康熙倡导的和平建议，开始停战谈判。
康熙二十五年九月底，俄国使团先遣使到达北京呈递沙皇给康熙的信，表示接受清廷建议举行边界问题谈判，并要求清廷停止攻打雅克萨，待戈洛文使团到达后立即开始谈判。于是康熙立即答应了他的请求，并下令解除对雅克萨的包围。当年冬天，萨布素接到撤围命令后，立即执行。但是束手待毙的俄军在得知清廷已停战撤军后，却反而增其军队。
从康熙处理沙俄入侵黑龙江事件中可以看出康熙对待所有国内外矛盾冲突的态度，这位充满事业心、积极进取的封建帝王，从不愿意用战争解决问题，而是尽可能通过谈判和平手段来平息争端。但在非战不可的情况下，他又决不屈服和畏缩，颜然迎战，不论出现多少困难和挫折，都勇往直前，不达目的不罢休。他力排众议，坚持永戍黑龙江并最终击败沙俄侵略军就是突出表现。更可贵的是，他能清醒地认识对内对外工作在治理国家中的不同地位，把全部身心倾注在经营自己的国家上，对外国的领土、财物毫无占有的欲望。无论是在抗俄军事过程中，还是在他以胜利者的身份同沙皇交涉的和平谈判中，无不体现着这一原则。
康熙预见到即将开始的谈判也是一场长期而艰苦的斗争，必须克服将领中日益滋长的麻痹轻敌的思想，并告诫有关人员积贮粮食严防俄国人卷土重来，务必为久远充裕之计作准备。
事情的发展果然不出康熙所料。戈洛文使团及两千名军队，原为达到清军迅速撤围的目的，而出发时行进迅速，并不急于去北京谈判。后在清廷一再督促下，戈洛文才派料罗文到北京安排谈判的事实，但为显示其武力以加强在谈判中的地位，最后把谈判地点选在色楞额地方。
对于他们的要求，康熙表示同意，并很快组成了以领侍卫内大臣索额图、都统公佟国纲为代表的谈判使团，随行人员有尚书阿喇尼、左都御史马齐、护军统领马喇等，并率八旗前锋兵二百、护军四百、火器营兵二百同往。
在后来的日子里，经过双方多次交涉，俄国人最终撤离了清国土。
4．完善驻防，以创为守
常言道：打江山不易，守江山更难。
满清顺治元年世祖入关，定都北京、逐步统一全国。疆域西到今巴尔喀什湖、楚河、塔拉斯河流域和帕米尔高原，北到戈乐诺阿尔泰、萨彦岭，东北到外兴安岭、鄂霍次克海，东到东海、包括台湾及附属岛屿，南到南海诸岛，西南到广西、云南、西藏，包括拉达克。而清朝统治者是一个少数民族，其它民族有好几个都比满族人多，所以，清朝分遣八旗兵去驻防各地。
清朝分兵驻防各地，对以小统大的满族来说是非常必要的，当时，满清的兵力也就二十余万众，实行八旗制的目的也就是为解决兵源不足的问题。八旗制是军民一体，全民皆兵，这样能够加强其自身的力量。周朝曾以三百里的小国灭亡了商朝，进而统治了广大的中原，也不得不用分封制来驻防各地。
尽管八旗驻防已经形成定制，但康熙亲政以后，并不满足前代的驻防规模。他总结经验，在前人基础上对八旗在全国驻防有了重大的改进。康熙布署的几条驻防线是：
哀畿、长城驻防线。康熙九年至三十四年，在长城一线增设归化城（呼和浩特）、喜峰口、冷口、罗文峪、山海关及右卫驻防点。其中特别是右卫，因征噶尔丹的需要，从三十年始设，形成了极为强大的阵容。
山海关和张家口也提高了规模，各设总管，并于各口普遍增加防御权额。另于京畿地区增设滦州、霸县、玉田、宝坻、雄县、永平府等驻防点，防卫力量相应增强。
又有顺治年间的运沙、黄沙驻防点——从京师经德州，京口到杭州的运沙防线，康熙对其进一步加强，增添了从德州经开封到西安的黄沙驻防线。
还有长江驻防线。顺治年已在江宁（南京）和京口（镇江）各设将军率兵驻防，但这只是对长江下游的驻防，对长江中、上游则无驻防军。正缘于此，魏裔介上疏说：“荆襄乃天下腹心，宜择一大将，领满州兵数千常驻其地。无事由控扼形势，以销奸宄之萌；有事而提兵接应，可以据水陆之胜。”
再有东南沿海驻防线。顺治四年在杭州设副都统，康熙二年改为杭州将军。平定“三藩”之后，增设福州和广州驻防。同年闰八月，迁江南提督王永誉为广州将军，于广州设立驻防八旗汉军三千名，皆京师拣选。这样一来，中国的南半部满军驻防就完备了。
另有东北三省防线。盛京驻防，顺治初年已整定基础。康熙四年，陆续增设开原、金州等新防点，充实锦州等克驻防地。此后，陆续在伯都讷，三姓等地增设驻防。原有驻防均已普遍充实。《诗》日：“清人在彭，驷介旁旁，二予重英，河上乎翱翔。”意思是：清邑的士兵在黄河边上叫彭的这个地方，四匹披着甲的马驾着车跑着，车上插着两杆予，予上系着两层缨，在黄河边上遨游。
这首诗大概是暗喻军队长期驻防外地，兵士不能回家，只得在黄河边上遨游，以这首歌讽刺统治者。但满族兵习于征成，也少长期在外驻防的苦闷。这也可能是康熙派驻守军兵，总是派遣满族兵的原因吧。
5．剿抚并用
早在战争平叛开始时，康熙就有招抚叛军的想法，也曾连降招抚专政，但是由于收到的效果不大而被忽视了。正辅臣叛乱被平定后，康熙才又开始重视“剿抚并用”的策略，并准备将这一策略推广至各个战场上。
第一个目标被定在福建耿精忠身上。康熙一向认为耿精忠叛乱不同于吴三桂，他没有吴三桂那样的野心，是个可以招抚的对象，为此在处死吴应熊父子时，并没有处罚耿精忠在北京的诸兄弟，随后还不断派人前往招抚。康熙十五年夏秋之际，耿精忠因郑经占据漳州等七府之地与郑经发生尖锐矛盾，加之耿军军饷匮乏，军心涣散，清军便乘机攻入福建，并很快收复延平（南平）等地。耿精忠无力再战，被迫出降。康熙为了给其他叛军树立榜样，并没有处置耿精忠，而是让他保留王爵，率部随大军征剿郑经。结果，郑经的军队很快被赶回台湾，各地叛军纷纷投城，福建、浙江相继平定。
与此同时，康熙发现，驻守广东的尚可喜在吴三桂叛清后，一直忠于清廷，总被晋封亲王，总管广东事务，在康熙十五年，其长子尚之信代理事务后，即在部将影响下叛附吴三桂。但是对于此人，康熙认为尚之信势力不强，同时，吴三桂也不信任他，只要顺利解决福建问题，尚之信就不难招抚了，为此他只令简亲王喇布进逼广东，集中力量解决耿精忠的叛乱问题。同年十月，耿精忠降清并被保留原有王爵，尚之信遂在支持清廷的部下的影响下，而主动派人到简亲王喇布的军前请降。直到次年四月，尚之信率部降清。康熙命他为袭封平南亲王，其下属将领各复旧职。清军进驻广东后，反叛将领也都纷纷投城，至此广东全境就平定了下来。
随着陕西、福建、广东叛乱问题的相继顺利解决，康熙还将“剿抚并用”策略全面推行于湖广、四川、云南、贵州等省。
但是，随着形势的发展，这一策略的具体内容也有所变化。例如对投城官兵的安排由原来的优先升职级、不打散原编制改为军官陛见侯补士兵或归农、或补充绿营；招降的对象也集中在吴三桂手下的骨干分子身上，并让他们回到南方做内应工作；另外则是对降而复叛者从重处理。
在军事作战方面，康熙则把主力集中在湖南一线，与吴三桂叛军展开争夺战。至康熙十七年初（即1678年初），吴三桂在军事上已丧失主动权，形势日绌，便于三月在衡州匆匆称帝，聊以自慰。同年八月，吴三桂病死，其孙吴世瑶即位，吴军的士气大落，康熙便利用这一大好时机命令大将军察尼等水陆夹击岳州。至康熙十八年初，伪总兵王度冲、伪将军陈珀等因内部矛盾率部降清，吴军遂弃城逃离岳州。其他地方也在清军反攻下被收复。
在湖南被平定后，康熙为进兵四川、云贵等地，重新做了部置各路大军的任务：勒尔锦回驻荆州，调度荆、岳、彝陵襄阳等处的军务，进取兴安，以便配合澧州以南军务。以打通进黔要路成龙关；岳乐进取邵阳、武网州等地，攻取另一进黔门户枫木峰，喇布、穆占合平永州等地，并分兵南下支援广西，以便于开辟新的人滇路线。
同年底，将军张勇、王进宝，提督赵良栋、孙思克奉命率陕西军队从大安驿出发进军四川，至十九年正月，四川绝大部分地区被收复。
同年的二月初一，康熙为“速定云贵”，将进入四川的两路大军合为一路，由将军吴丹、鄂克济哈与赵良栋一起进兵云贵。三月下旬，赵良栋以云贵总督身份提出由湖广、广西、四川三路同时进兵云贵的建议，被康熙采纳，并被授予便宜行事的权力。但因行进迟缓，为叛军所乘，泸州、永州等处被叛军攻破，夔州等地亦发生叛乱，四川战场出现反复。而叛军分兵四川也削弱了他们在云贵地区的防守力量，为清军中路、南路进攻云贵提供了可乘之机。康熙二十年正月，大将军赖塔从广西进入云南，并在二月份进逼云南首府昆明。征南大将军彰泰也率军进到昆明附近。
与此同时，在四川方面，康熙又重新启用了王进宝、赵良栋等汉军的将领，并且调换了指挥不力的满洲将军吴丹等人，很快取得了很明显的效果。
从三月起，赵良栋先后收复被叛军攻占的泸州等地，并于七月追击叛军进入云南，叛军将领胡国柱战败自杀，马宝投降，夏国相也在逃到广南后投降。赵良栋即于九月进抵昆明。
赵良栋到达昆明后，鉴于清军围城久攻不下、粮饷供应出现困难的问题，建议就近速战，同时要求改变过去将俘虏尽发旗下为奴的做法以瓦解其斗志，获得康熙的支持。十月，在清军四面猛攻之下，叛军大败，吴世瑶及其重要谋士郭壮图等人被杀，余众献城投降。
于是，至此历时八年的平叛战争在康熙“剿抚并用”的
策略下顺利的完成。
6．进军云、贵、川
康熙十二年十二月二十一日，差往贵州备办吴三桂失船刍粮事务的兵部侍郎党务礼、户部员外郎萨穆哈，一路风尘，急急驰驿到京，奏报吴三桂反叛的详情。消息传来，举朝震惊。尽管反叛并非一时一事酿成，但撤藩是导火线是无疑的。为此，人们的视线不可避免地集中在撤藩之议，因而有许多大臣纷纷起而责怪倡议者。大学士索额图力主将“前议三藩当迁者，皆宜正以国法”。
尽管如此，年纪轻轻的康熙帝却十分冷静，他断然否定了索额图的意见，并愿意自己承担全部的责任，他说：“朕自少时，就觉得三藩势焰日炽，认为不可不撤包围吴三桂反叛遂诿于人。”他没有重蹈汉景帝诛晃错之故辙，并竭立保护主张撤藩的臣子，经过据理说明，诸臣也对此莫不感激流涕，心悦诚服。
康熙帝意欲派遣八旗劲旅平定叛乱，但朝内为此出现分歧。汉官们担心军需浩繁，不胜负担，建议“就近调兵御守”，反对自京发兵。左佥都御吏魏象枢说：“圣人舞干羽而有苗格，何必劳师于远？贼至，我以逸待劳，即可息弭矣。”满汉大臣虽在是否撤藩上有意见分歧，但在派兵平叛上意见却完全一致。户部尚书米思翰道：“贼势猖獗，非绿旗兵所能制，宜以八旗劲旅会剿。军需内外协济，足支十年，可无他虑”。最后，康熙帝决定出兵。
康熙帝力图将战事控制在云南、贵州、湖广（今湖南、湖北）三省之内。并派前锋统领硕岱率领每佐领前锋一名，兼程前往咽喉要地的荆州去防守，以固军民之心，并进据常德，以遏叛军。与此同时，还命西安将军瓦尔喀率副都统一员，率领骑士，星驰开赴四川，坚守自滇入川险隘之地，待大军进剿云南时，与提督相互配合，看准时机进讨。
因广西近邻贵州，所以援孙廷龄去打击吴三桂，年轻的康熙及时下令停撤耿继茂和尚可喜两名藩王，召回派往广东的户部尚书梁清标和派往福建的吏部左侍郎陈一炳。
同年十二月二十四日，命多罗顺承郡王勒示锦为南宁，靖寇大将军，总统诸将，驻守荆州，多罗贝勒察尼，都统觉罗朱满等八人参赞军务，都统范安达、王国诏，副都统鲁西巴图鲁等十四员大将同往。总计八旗满洲、蒙古每佐领前锋各一个，护军各七名，骑士各十名，汉军每佐领各五名及相应的官员。当时，八旗、满洲、蒙古佐领共计五百七十一人，汉军佐领二百零九人。依此推算，勒尔锦所率的八旗劲旅总数为一千三百余人。
因叛军已进湖南，荆州居民震恐，为了大军早至荆州，安定兵民，年轻的康熙帝命大将军勒尔锦于所领兵内又陆续派出三批先遣军。继硕岱之后日夜兼程，开赴荆州。荆州位居天下之中，自古即为兵家必争之地，康熙派重兵据江固守。遏制叛军北进之路，可以说是稳定战局的重大决策。此外，又派都统赫业为安西将军、护军统领胡礼布为副将军，率京城所发官兵同将军瓦尔喀等由汉中开赴四川。
于是，在两路大军出发之日，康熙帝亲赐敕印，并嘱咐说：“行军之道惟得民心为要，所过宜厚加抚恤，严禁侵掠”；“至官兵暴露良苦，亦宜拊循”。谕毕诣堂子行礼，祭旗纛，康熙帝亲自出西长安门送行，寄予厚望。
但当考虑到大军行进楚蜀，援兵自京发遣，难以及时到达，且致士马疲劳。以及山东兖州地近江南、江西、湖广，山西太原地近陕西、四川，均属东西孔道，这位年轻的皇帝于是便命令副都统马哈达领兵进驻兖州扩尔坤领兵驻太原。“秣马以侍，所在有警，便即时调遣。”但由于从山东兖州支援湖广终嫌太远，年轻的皇上又于“距潼关，郧襄皆近”，于河南府设立新的中转站，命副总统塞格等率兵驻守，“所在有警，俱可策应”。此外，为了及时了解前线军情，康熙帝还建立了一个直属自己领导的高效率的通讯系统。
即命兵部于原有的驿站之外，每四百里置笔贴式、拨什库各一，以速邮传、诘奸宄、防诈伪。建立了这一保密通讯线路后，甘肃“五千余里，九日可到；荆州、西安、五日可到；浙江四日可到”，这一通讯系统的建立，对于及时了解和掌握各路战况，尽快采取对策具有重要作用。据说吴三桂最初轻视康熙，以为年方幼稚，怎能理军？及闻驿报神速，计谋深远，仰天叹服说：“休矣，未可与争也”。
军事布署一切就绪，康熙帝即于十二月二十七日颁发了一个政策性颇强的诏书，声讨吴三桂的背恩反叛罪行，并宣布削其亲王爵位，表示以武力平定叛乱的决心。