捻军是山东游民，相集为捻，并没有什么大略。然而他的行兵，很为飘忽。当时没闹成流寇，也算是侥幸的。“捻”字的名称，不知其起源。其聚起事，也起于咸丰初年。一八五三年，洪秀全既据江宁，捻军乘机，也占据宿州、寿州、蒙县等地，横行于山东、河南、安徽之间。官军屡为所败。一八六○年，英法联军入北京，官军防守稍疏，捻军又乘机出济宁，大掠山东。诏僧格林沁攻之，僧格林沁攻破雉河集，杀其头领张洛行。有一个凤台生员，名唤苗沛霖，占据寿州。同太平军和捻军，都暗中交通，亦为僧格林沁所击斩，捻势少衰。然而其党既多，朝廷方注意太平军，又没有多大的兵力，终不能一举平定他。
一八六四年，太平军的首领陈得才，北入河南，和捻军相合。于是捻势复盛。张总愚、张洛行的侄儿子。任柱、牛洛江、陈大喜等，各拥众数万，出没河南、安徽间。旋大举入湖北。襄阳、随州、京山、德安、应山、黄州、蕲州，都遭兵祸。江宁既破，太平军余党，又与捻合。其势愈甚。朝廷仍派僧格林沁去打他。一八六五年，四月，在雷州败死。诏以曾国藩总督直隶、山东、河南军务（李鸿章做两江总督，替他筹划饷械）。国藩知道捻军多马，步军不能和他驰逐的。又知他一味追剿，势必成为流寇。于是练马队，设黄河水师。又创“圈制”之法，用重兵扼守徐州、临淮、济宁、周家口。筑长堤以扼运河。捻军来扑，大败。于是分为两股：张总愚等一股入陕西，是为西捻。赖汶光等入山东，谓之东捻。一八六六年，国藩回两江总督任，李鸿章替他剿捻。又命左宗棠办理陕甘军务。鸿章仍守国藩成法。严防运河。把东捻逼到海州，打平，西捻初据渭北，左宗棠扼渭水拒之。捻从延绥渡河，南窜山西。陷卫辉，入直隶。宗棠带兵追剿，李鸿章也渡河来会。捻军用马队到处冲突，官军不能合围。又行坚壁清野之法，叫各处的百姓，都筑寨自守。一八六八年，五月，才把他逼到运河马颊河之间，打平。