我是个医生，是个中国大夫，科学可以无国界，科学家却不能没有祖国……这儿有我的事业，我的岗位，我要与岗位共存亡！
——林巧稚
抗日战争胜利后，美国洛克菲勒财团罗氏医学基金会驻华医社收回了协和医院和医学院的财产、设备。并派该社医学教育组组长、哈佛大学教务长、原协和医学院内科主任、顾林博士的得力助手狄瑞德先生和外科医生娄克斯等人组成调查组于1946年春来北平调查，征求原协和老教授们的意见。着手协和医学院复院的准备工作。
经过一段时间的讨论、筹备，他们达成如下共识：
（一）协和医学院有复院的必要性；
（二）建议由热带病专家、原贵阳医学院院长、医学教育专家李宗思担任协和医学院院长；
（三）复院后仍办成八年制的医学院，并且实行严格的挑选，即三年预科基础课的训练结束后严格筛选，实施淘汰制，转入五年的本科教学，招生宁肯少，也要达到精的要求；
（四）开办一所大学程度的护士学校；
（五）每年办学标准不低于六十万美元。
而后，狄瑞德、娄克斯等人就把酝酿的复院意见与预算方案递交给罗氏基金社。
1946年7月，在抗战时期由北平迁到成都的协和护士科又迁回北平。
1946年7月12日，罗氏医学基金社正式任命李宗思为协和医学院院长，并授权修复协和房屋，添置医疗设备、器械，招聘、招调医务人员及教学人员，办理其他一切事宜。
1947年10月20日，复院后第一期学员招齐，协和医学院正式复课。
1947年底到1948年2月，“中华医学促进会”在美国纽约召开“讨论协和医学院恢复工作”的决策性会议。大会由罗氏医学基金会主席、美孚公司的主席派克主持，出席会议的有美国大通银行副经理罗克、美国信托公司主席马赛、美国人寿保险公司财政副主席厄克、国际通用电力公司经理赫拉德、伊乌里铁路经济委员会主席亨利，协和医院院长李宗思也乘机抵达纽约参加了这次年会。经过漫长的倡议讨论、否定、再提议的决策，大会通过决议：
即便政治与军事上撤退之后，文化仍然要在华北生根，学校和医院由中国人来管理，同样可以达到创办之目的；继续维持狄瑞德和娄克斯调查组提出的方案；每年办学标准不超过六十万美元；对于复院有成绩者，可得一百万美元的奖赏。
会后，罗氏驻华医学基金社委派美国顾问娄克斯大夫和福美龄女士全权代表基金社到协和医学院协助李宗思院长工作——“他们那班中国人是不敢忽视美国顾问的，因为他手中拿着鞭子（拨款金库的钥匙）；如果他们不服从他的指示，如果他们忽视了他，我们就断绝支持。”——这就是罗氏医学基金社别有用心的安排！
1948年5月，协和医学院复院，并成立了由李宗思、李克鸿、胡正祥、聂毓禅等人组成的董事会。
在由院长李宗思为首的董事会成员的热情邀请下，钟惠澜、谢志光、谢少文、张孝骞等教授、专家应聘陆续回到了协和医学院。眼看协和的那些老朋友都返回了昔日的安身立命之所，林巧稚也应聘，于1948年7月1日走回协和，并被任命为“协和医学院妇产科教授”；7月5日，又走马上任担任了妇产科主任和学院招生委员会委员。林巧稚把精力与重心都转移到协和来了，于是和周华康商量后，就关闭了开了6年多时问的家庭诊疗所，办好北医、中和医院工作的移交手续，辞掉了在这两所医院兼任的职务，再次返回了协和。她要集中精力，全力以赴，重新开创协和医院的妇产科事业。
经过战争的洗劫，妇产科原有的设备器械都不知踪影了，只剩下几张病床和一些桌椅板凳仍孤零零地“坚守”着“阵地”。这可急坏了林巧稚，也忙坏了她。最初的几天，她整天在库房中钻着，在废弃的垃圾堆旁转悠，这儿翻翻，那儿挪挪，尽管浑身被那些器械表面蒙着的厚厚的灰尘弄脏了，她也毫不在意：“我都成了土耗子了，就是把医疗器械藏在洞里，我也要打洞把它们找出来！”有时候，实在找不到了，或者找到了，但由于年久失修不能用了，就赶紧找行政部门联系，购置一批急需物品。这样风风火火地忙了一阵子后，总算又建起了一个像样的妇产科。
接着，作为协和医院的妇产科主任，林巧稚又将当年在“中和”集聚在身边左右的那几个得力的年轻助手葛秦生、叶惠芳、王文彬、刘炽明、姜梅等学生又都找回了协和，进一步充实技术力量，积聚人才精粹。
当然，林巧稚的“门下”也不是任何人随随便便就可“投奔”的。她自己拥有真才实学，“德高望重”、“品如碧玉”，选人进妇产科工作时，她不先考虑一个人的医术基础与技术，而是更注重人品，往往把“医德”放在首位。她认为要使医学科学不断向前发展，必须有一支又红又专的科技队伍，使妇产科成为出人才的重要基地之一。为此，她唯“贤”任人。
协和复院时，原协和的好多毕业学生都来林巧稚身边学习、深造，宋鸿钊就是其中的一位。协和被日本人占领后，刚刚上了一年本科班的他学业也被迫中断了，于是就去了一家私人医院“校外完成学业”。然而，几年来，他常有一种“吃不饱”的感觉，为了掌握更多更新的医疗技术，他就把这种“深造”的愿望原原本本地设法告知了林巧稚。对于这类踏踏实实求学问、做事业的年轻人，林巧稚很赏识。在她的努力下，宋鸿钊不久就被调到了协和妇产科。果然，这个戴着七百度深度近视镜的年轻人勤恳上进、锲而不舍地攻关探索，后来当了妇产科的总住院医师，成了林巧稚的得力助手。
然而，对于那些对病人不负责任，视生命同儿戏，草率怠待患者的“投奔者”，林巧稚却毫不客气地以“谢绝拜访”、“送客”对待。如有一次，一个年轻人由于“疏于职守”，谎报血色素，以致使一个宫外孕患者休克多次，差点丢了性命。林巧稚得知后，非常气愤，就很“客气”地把其“拒之于门外”了。
1948年9月，辽沈战役打响了；紧接着淮海战役打响了。到1949年1月，解放大军势如破竹，以迅雷不及掩耳之势攻克了天津。北平古老的城楼上开始出现了黎明的曙光。
暴风雨就要结束了！人民解放大军如滚滚洪流，从四面八方向北平这座古城包围过来。“有人欢喜有人忧，”在北京解放前夕，穷苦劳动人民大众盼星星，盼月亮，盼到了新时代的到来，如黑暗中行走时一下子在前方出现了指路明灯，心中也亮敞了许多；而由东北地主富豪从关外带到北平的那些共产党“共产共妻”、“杀人放火”、“无恶不作”的恐怖谣言却经过“添油加醋”到处传播，吓坏了达官贵人与反动官僚，他们如丧家之犬，纷纷收拾金银细软，向南方慌里慌张地逃窜起来。
风声一天紧似一天，北平城内的“高官贵人们”也如热锅上的蚂蚁，惶惶不可终日。平静的协和医院也出现了骚动，多少年以主人自居的美国职员、驻华官员与大夫们也怀着失败的复杂心情悄悄地脚底抹油——溜了；美国的司徒雷登见势不妙，也急匆匆地坐飞机逃离了北平；另一些对共产党人和革命的人民解放军不理解的人也在去留的十字路口徘徊、动摇。
就在这时，昔日的同事、好友、患者、亲友中不少人都来劝林巧稚远走高飞，到她愿意去的地方，英国、美国……凭她那么深的资历、高明的医术、崇高的威望与响当当的知名度，到哪儿也吃得开。金钱、房子、地位、荣誉……一切都会有的，况且她的家在厦门，去那儿也比留在北平的“协和”强。这些人一个个走马灯般地来劝林巧稚。
面对这些好心好意人的劝说，林巧稚深为朋友们的情谊所感动，但她思考了许久，最终却神色凝重。说出了深思熟虑之后的肺腑之言：“我哪儿也不去！我个人走了，科里的这些病人谁来管呢？我是科主任，能丢下大家走吗？我是个医生，是个中国大夫。科学可以无国界，科学家却不能没有祖国啊！一个人活着，就是要为自己的国家做事。这儿有我的岗位，我的事业……”
林巧稚一字一句，语调虽然缓慢，但她那清瘦的身子却在微微地颤抖着，可以看出她内心经过激烈的思想斗争，感情是很激动的。
一天晚上，北平行辕主任傅作义将军的太太急急忙忙找到她，递给她一张难得的飞机票后，诚恳地对她说：“眼下北平恐怕是守不住了，您日后做何打算？我在南方有几位颇有实力的朋友，我可以出面劝说他们出力资助您开办一所妇产科医院，您觉得怎样？如果您想到南边的话，我这里还有一张机票，明天清早的飞机，您赶快收拾收拾，我一大早派车来接你……”
傅作义太太是在请林巧稚大夫给她看病就诊时认识林巧稚的。林巧稚对傅太太的和气、通情达理很有好感；傅太太也对这位德高望重、医术精湛的主任大夫充满敬重之情。后来，林巧稚亲自为傅太太接生下一个大胖儿子，更使傅作义将军及其太太感激不尽。傅太太把林巧稚看做座上客，一直想邀请她去府上作客，以表感谢，但都被林巧稚谢绝了，未能实现报答的心愿。而今，北平时局混乱，兵临城下，所以她就把几根金条都难以买来的机票给林巧稚送来了。
林巧稚感激地瞥了傅太太一眼，但却没伸手去接飞机票，尽管她明白这是许多人梦寐以求、不惜倾家荡产都想弄到的难得的“通行证”，因为她不能离开自己的祖国，她心中有这样“一杆秤”：个人的事业只有同自己祖国的命运联系起来，才有前途，个人也才能有所作为。西方世界，英美等国，那里毕竟不是自己的国家。她不能抛弃自己苦难的祖国。“儿不嫌母丑”，怎么能抛弃生养自己的母亲呢？
“谢谢，谢谢您！”林巧稚主意已定，她把机票一推，用不容置疑的口气果断地说，“我决定不走了。哪儿也不去。我是中国人，离开祖国到哪儿也不好过。国家境况好，我们就跟着她过好日子；国家境况坏，我们就跟着她过苦日子，反正我和我的事业共存。医院是美国人开的，可是我是给自己的同胞姐妹们看病的，我想，共产党也不能不要医学事业吧……”
林巧稚平静地说着，可是她的眼睛却不由自主地湿润了，“风萧萧兮易水寒”，此时，她心头若有所思，一种“剪不断”的思绪缠绕着她。然而，她留守协和的决心却是越来越坚定，不可动摇了。
几天后，林巧稚在北平的侄儿侄女、侄媳妇等人也要动身走了。当他们一再恳求他们的三姑也随同一块离开北平时，林巧稚摇了摇头：“要走，你们就走吧！流落到异国他乡，那不是个滋味！你们先回到老家去吧！”在送行的路上，林巧稚还再三叮嘱道：
“记住，无论如何也不能到外国去，到外国读书是可以的，但不能留在国外，要叶落归根啊……”
随着北平外围如石景山、青龙桥、海淀等地相继解放，缩小包围圈的同时，北平城内地下党组织也加快了挽留教授、专家的步伐。
协和医学院生化科的共产党员李佩珊、医学院本科学习的共产党员饶毓菩、郑企静等三人在上级党组织的指示下，认真逐个分析了专家教授们的不同思想状态，决定争取把怀有爱国心、富有正义感、为人正直的林巧稚等有威望、有技术的专家们说服并挽留下来，跟着党走。留人先留心，于是几天后，一封语气诚挚的信递到林巧稚面前：
尊敬的林教授：
人民解放大军节节胜利，北平的解放是历史趋势所定。共产党保护民族工商业者与学者、专家、教授们的利益，凡不与人民为敌者决不加以伤害。作为一名德高望重的教授，您正直、善良，您应该为人民保护财产、坚守岗位。协和有您的事业，您应该留在这里继续奋斗下去……
尽管林巧稚对政治感到厌恶，远离政治漩涡，但这封中肯、坦诚的信却使林巧稚很感兴趣，她关起门来，读了一遍又一遍，觉得这封信中的大部分观点和她内心深处的想法还是吻合的，于是，她留守的信心又增添了几分……
在人民解放军强大的攻势下，北平社会各界名流专家、教授一致要求和平解放，保存北平城内的名胜古迹与历史文物。顺应历史的潮流与人民的抉择，傅作义将军也同意了“和平改编部队”的方案。
林巧稚留了下来，在这光明和黑暗搏斗的时候，她选择了一条光明的大道……