敦煌学研究数十年的实践积累，为我们归纳和探讨敦煌学研究法提供了依据。根据九十年来敦煌学研究的实践，大体上可以把敦煌学的研究法归纳为本体研究法，扩展研究法、考证法和实验法四种类型。
学者在从事研究的时侯，有时使用其中某一种方法，但更多的时侯往往是多种方法兼而用之。这是根据需要而定的。研究者认为使用某种方法可以达到研究目的时，他就选用那种方法；若此种方法不足以达到研究目的，就要兼用别种方法予以辅助、补充。
下面我们对敦煌学通常使用的几种研究方法分别加以介绍。
本体研究法
本体研究法是敦煌学研究中的基础研究法。它是针对具体的对象（如一座洞窟，一幅壁画、一件遗书、一处遗址、一件器物等）所进行的直接研究。他的研究范围限制在对象本身；它的目的是以弄清楚对象的形式和内容为指归。不可能设想，我们对一个个具体对象尚未通过研究加以认识，就去进行概括性、系列性的研究和比较研究以及引伸的研究。当研究者对一个个具体对象一无所知或知之甚少甚至视而不识的情况下，去从事概括的、系列的、比较的或引伸的研究，注定是要失败的。由此可见，本体研究法在敦煌学研究中的地位多么重要。我们把它叫做基础研究法，就是由於它在整个研究工程中处於基础的地位，决定着整个研究大厦的稳定性。
在本体研究法范畴之内，具体分为描述法、还原法和阐释法三种。
1、描述法
描述法是把客观性的存在，转化成意识性的儲存，或者说是把存在型的对象，转化成概念型的对象。无论对一座洞窟、一幅壁画、一尊塑像、一件器物或是一纸遗书进行研究，最初都要经过这种转化。
这一转化的目的是要完成对於对象的初步认识。它的要求，是要“描”的准确，“述”的符实。
怎样才能达到描的准确、述的符实呢？经验告诉我们，要描的准确、述的符实，只有紧紧抓住对象，多侧面、多角度的观察对象，发现它的一般性特征和具体特点。比如对一幅壁画来说，就要准确的描述其位置、构图、布局、人物、情节、用笔、设色、残整、变色以及特定的时代、风格气韵等等。《敦煌研究》试刊第二期刊载的部分图版说明，就是壁画描述法运用的实例。对一纸遗书来说，就是要准确地描述它的纸质、文字、书法、语言、章法、款式、整残、年代、用途、原笔或转抄，正背两面的关系等等，通过描述，对其进行如实再现。王重民先生《敦煌古籍叙录》中大部份文章都是运用描述法的例子。
青年朋友往往对这种研究法估价不足，认为这种方法不能创造学术成果，因而不能成为一种研究方法。其实这是不对的。对於研究对象由不认识到认识，由片面认识进而形成总体概念，由错误认识到正确认识，这本身就是一项成果。而对于对象的正确认识，只有通过描述才会使认识获得存在的形式并且固定下来。可以说，描述既是认识的载体，又是认识的体现。
又有人认为，如果把描述法也称做一种研究法的话，那么这种研究法未免太简单，似乎不需要什么功力，人人都可以做到。这种说法是幼稚的。对於研究对象进行准确的描述，首先必须能正确地识别并把握住它的特性、特征，而这就需要敏锐的眼光、透彻的颖悟、精审的判断和深厚的素养，并且要用贴切的语言加以表述。正确的表述，是上述素养、眼光、颖悟、判断的综合体现。人们在描述一幅壁画时，开始可能觉得难度不怎么大，但逐一描述同一题材，而构图立意又大致相同的一系列壁画时，就免不了概念重复、语言枯竭，说不清这一幅壁画和那一幅壁画有什么相同、什么不同，各幅画共有的特点是什么，各自的差别又是什么。有人认为这不过是个语言表述的问题，然而实质上是素养、眼光、颖悟、判断上的问题。素养、眼光、颖悟、判断上出了问题，必然不能恰如其分地进行准确描述。可见描述法的运用并不是轻而易举的事，从事过这一工作的人才会有深切的体会。
描述法体现著研究者对於对象认识的程度， 同时，也向人们传播著正确或谬误、深刻或浮浅、清晰或模糊的概念，是不可不刻意为之的。
2、还原法
还原法是把已经残损变形或经人改篡了的对象进行复原的方法。敦煌古代建筑、壁画、塑像、遗书、简牍等，经过千百年自然作用或人为作用的损毁，免不了出现残缺、变形、变质、改观等情况，建筑、绘画或塑像，在原作或续修中也可能出现失误或造成残损；敦煌遗书也存在衍漏、错讹、篡乱之类的问题。当我们把握其原来面貌，时往往会给人带来错觉或误解。由於临摹、复制、展览、搬迁以及探原、鉴赏、研究的需要，往往要求按照其本来面目加以复原，这就要通过还原法加以完成。敦煌遗书及敦煌汉简的释文、校勘，壁画残损与变色的推求，都属於还原法的职能范围。
还原法要求将研究对象还其本来面目，追求逼真，排除谬误，提供可靠的还原品。对遗书的还原，主要是根据现存外貌来推求本原和进行释文。
除了这种溯源性还原之外，还常常使用现状性还原。现状性还原，要求严格按照客体已经变化了的现状如实复现、复制，以达到记录，反映和保存现状的目的。例如敦煌壁画、塑像的现状临摹，敦煌遗书卷子的录文等就属于是现状还原之列。
要运用好还原法，必须吃透客体，忠实於客体，胸有成竹而又要排除主观。当然技术熟练，学术精专同样是不可或缺的条件。同一幅壁画，而临摹品有优有劣；同一件遗书，而录文有是有非，原因就在于此。
3、阐释法
阐释法是在对客体进行外部描述的基础上进一步对其内涵和实质的揭示。如果说描述法和还原法是对客体外型、内项的忠实再现的话，那么，阐释法则是对客体涵蕴的深刻块发。
对一座洞窟、一幅壁画、一尊塑像、一件遗书等通过外部描述和内容展现所获得的认识，可能是准确无误的，但不一定是透彻深刻的。必须进一步对其内在涵蕴加以抉发，才能求得内外贯通，表里俱明。李泽厚先生《美的历程》一书关於敦煌艺术的专章《神的世间风貌》和王永兴先生《敦煌唐代差科簿考释》（收入沙知、孔祥星编《敦煌吐鲁番文专研究》，甘肃人民出版社，1984年版），就是运用阐释法的代表作。
阐释法在选用上，由於研究重点和研究目的不同，一般表现为三种不同层次范围的阐释类型：
（1）选其一点的特定阐释；
（2）相关而及的多面阐释；
（.3）内外左右的全方位阐释。
例如段文杰先生《唐代后期的莫高窟艺术》（收入《段文杰敦煌艺术论文集》，甘肃人民出版社，1994年版），是对吐蕃统治时期和张议潮时期敦煌社会、佛事活动、洞窟建造、壁画彩塑、风格流派、社会思潮、美学精神的全方位阐释；柴剑虹先生《敦煌唐诗集残卷（P.2555号）初探》（收入《敦煌学论集》，甘肃人民出版社，1985年版），是针对P.2555卷的诗歌写作背景，作者的境遇情操以及本卷同内地文人诗作关系等三个互有关联的方面进行的多方面阐释；孙其芳先生《敦煌词中的方言释例－－敦煌词校勘丛谈》（《甘肃社会科学》1982年第3期、第4期），是对敦煌词曲中的河西方言词与这个特定方面进行的阐释，至於各首词的社会意义、文学价值等诸多问题皆不作论列。这三篇文章可以帮助我们理解和把握三个不同层次的阐释法的特点与作用。
阐释法的构成，须具备两个要素：一是被阐释项，二是阐释项。
被阐释项，即阐释的工作标的。它一般是指客体对象的起源、原因、成分、性质、功能、作用、结果和影响等等方面。那么这些个方面就构成了被阐释项。
阐释项，即阐释的方法手段。它一般是指分析、综合、类比、演绎、判断、校勘、考释、统计、实验等等方法手段。那么这些方法手段就构成了阐释项。