国内外有些不明真相的人，认为斯坦因等人拿走敦煌文物不是盗窃行为。他们的主要理由是：斯坦因等人都持有中国护照，他们到敦煌进行考古调查，得到了中国政府的许可，因而是合法的。
斯坦因等人到敦煌进行考古调查，的确持有清朝政府的护照。但是，清朝政府的护照并没有准许他们在中国境内盗窃和非法骗购文物，他们又把违法所得的文物偷运出境，不向中国海关如实申报，查验放行，又构成走私越货罪，怎么能够认为他们的行为是堂堂正正、合理合法的呢？这种鸡鸣狗盗行为合哪一种“理”，合哪一家“法”呢。
1980年日本学者森安孝夫教授在《关於伊斯兰时期以前的中亚史研究之现状》一文中说：“由于当时的清朝政府对这种学述性问题缺乏敏锐、应对能力和热情，因此这些无价之宝的历史遗产便被当时的先进国家的探险队和搜集家们带到各国去了。其中以英国的斯坦因、德国的格林威德尔和勒柯克、法国的伯希和、俄国的奥登堡、科兹洛夫、日本的大谷光瑞、橘超瑞、吉川小一郎等的搜集活动最为著名，现在把他们都说成“强盗”似乎是未考虑到当时的历史潮流的片面说法。”（引自《中国史研究动态》1981年第四期陈俊谋译文）。森安孝夫先生是卓有建树的汉学家，也是我们中国学者很好的朋友，但他这里为斯坦因等外国盗宝者回护开脱，把敦煌文物流失国外的责任都推到清朝政府头上，却是我们所不能苟同的。
清朝政府的确是腐败政府，但是，腐败的清朝政府只应负其腐败之责，却不能替外国骗子顶罪。“骗子”自应承担其诈骗之罪。森安先生所举的“搜集家们”是以斯坦因为排头的，我们就以斯坦因为例来看看他是不是“骗子”。
第一、敦煌藏经早在光绪二十八年冬（1902年）业经甘肃学台叶昌炽（插图16 叶昌炽）建议藩台衙门（即甘肃省政府）将此古物运至兰州保存。因估计运费需银五、六千两，甘肃藩台长庚以无处筹措，乃於光绪三十年三月（1904年4月 ）明令敦煌县令汪宗瀚，“检点经卷、画像”、“原地封存”。对此，斯坦因是知道的，斯坦因写道：“据云，道士受官家命令，将其（指藏经洞及洞内经卷画像）对锁，余为求书计，不得不徐图之也。”（王竹书译《斯坦因千佛洞取经始末》载《国立北平图书馆刊》第九卷第五号）斯坦因明知这批文物属於国家文化珍宝，甘肃省政府已明令封存，不准外流，他还要“徐图”“求书”，这是明知故犯，玩弄中国法令，蓄意破坏中国法令之实施的违法行为。台北金荣华教授说得好：“无论是从当时的标准或现在的标准，斯坦因所取得的已属中国国有之敦煌文物的方法，确实是一种盗窃行为。这种行为，当时英国的少数有识之士也不以为然的，如汉学家韦列（Arthur Waley）就对斯坦因的行为表示强烈不滿，认为那无异是‘敦煌书库的劫掠’。”19
第二、斯坦因明知王道士受政府之命，有保管经卷、画像之责，却花言巧语地说自己是受唐僧（玄奘）的启示，要来把真经取回西天（印度），用这种手段来蒙骗愚昧的王道士，考古学家竟干起蒙混诈骗勾当，岂不有违科学家立身之道？斯坦因写道：“当时最紧要之工作，即如何使王道士不为恐惧心或人言所慑，余担保捐赠巨款一注，以为修理庙宇之用。”他终于达到了目的，从王道士手中骗得“二十四箱之写卷与五箱之图画、绣货”，运回英国。固然王道士犯了监守自盗之罪，而勾引王道士下水的主犯不是别人，正是斯坦因！
第三、斯坦因从王道士手中弄走二十四箱经卷和五箱图书绣货，原是答应给王道士一笔“巨款”的。但事实怎样呢？斯坦因在《西域考古图记》中写道：“最后我们（引者按：此谓斯坦因与王道士）达成了一项协议，除了已经挑选出来的经卷以外，我还得到了50捆汉文写卷和五捆藏文写卷。（引者按：斯坦因在同书中说从莫高窟总共得到“24箱沉甸甸的写卷和另外5箱绘画等艺术品”）。为此，我所付出的代价是4锭马蹄银，约合500卢比。”斯坦因所谓的“巨款”，仅仅“四个马蹄银”而已。据台湾金荣华教授考证，四个马蹄银折合白银二百两，而与之相近的年代，县令一个月的薪资平均为五百两白银20。这就是说，斯坦因弄走的二十九箱珍贵文物只付给了相当於县令十三天的薪资。1917年10月14日，斯坦因在给他的挚友爱伦的信中写道：“所有千佛洞里取出的物品，只花去政府130英镑。仅梵文棕榈树叶手稿和一些其他古董就值这个数目。”（引自［英］珍妮特·米斯基著、田卫疆等译《斯坦因：考古与探险》，新疆美术摄影出版社1992年1月版，279页）外国某些学者倡言斯坦因所获敦煌经卷、绢画等文物，是花银子从王道士那里“买来”的，得视为买卖。既然视为“买卖”，就必须遵循等价原则。就在斯坦因从敦煌盗取文物的当年，“有人向曾任甘肃学政的叶昌炽兜售一份旧拓李元秀碑，索价为五百银元……合银三百零八两九钱。”21斯坦因所获“24箱沉甸甸的写卷和另外5箱绘画等艺术品”竟不及兰州市面一张唐碑拓片的要价，斯坦因的巧取豪夺，显然越规于“买卖”之外。对于斯坦因的巧取豪夺，且不说公平的人间法律将会作何处置，即使仁慈的上帝，也不至于视为无罪吧？
第四、斯坦因弄到这批文物后，原打真从新疆喀什直接运往印度。但害怕这样会被中国政府扣留，出不了国门，因而改变路线，先运到俄国，再转到英国。他在启运这批“货物”时，未向中国海关如实申报，采取欺骗、谎报的手段蒙混过关。这是不是犯了越货走私罪？斯坦因为什么不敢把他当年运货出境的申报单和检验放行证公诸於世？
第五、此外，斯坦因还干了不少同他考古学家的身份、职业极不相称的事情。例如他除了在新疆、甘肃数百个考古点上进行发掘，测绘之外，又对同他考古点毫不相干的其他许多地带进行详细的地形测绘，他对俯视西藏、于阗的昆仑山区，控扼青藏与河西交通的祁连山区等，都作了精确的测量及绘图，甚至明知非法还秘密测绘中国军队驻守的塔尔库什干要塞，他写道：“我和助理测绘员表面上漫不经心地走到那地方去，一直等到中午过后所有守军都午睡时才进行测绘。超出这段安全时间之外仍须继续工作，聪明的（印度）外交官便去会见（中国）按办，并巧地用我旅途中有关的种种见闻，吸引了他的注意，这样，他和他的下属们都没有时间去怀疑在他们堡垒的周围会进行测绘工作”22。在另一报告中，斯坦因写道：“有一批左轮手枪和军火被委托――把它们交给马继业（按此人系印度政府驻喀什领事）是我继续完成前往喀什噶尔旅行的又一个理由”。23
斯坦因的违法犯罪行为不止一椿，而中国并没有给予“合并论处”，只给他送了个“骗子”名份，难道过份吗？
笔者这里并不是主张追究斯坦因等人的罪过，只是要把事实的真相告诉世人，以澄清视听。我们不认为斯坦因等人对中国主权的侵害以及给中国文物造成的损失是合法的“学术活动”，至于某些外国学者把斯坦因盗窃中国文物的行为誉为对中国文物的“拯救”，尤其让人匪夷所思。事实上，有不少窃贼一直觊觎着大英博物馆、卢浮宫、济美博物馆、艾尔米塔什博物馆、福格博物馆、富士美术馆，企图以各种手段窃取馆藏文物。若有窃贼用斯坦因手法买通监守人员取得各馆所藏文物，该不会像斯坦因一样送他一顶“文物拯救者”的桂冠吧！不论何人，运用斯坦因的手法从任何国家到这些文物并偷运出境，都应当是一种犯罪。
先后来到敦煌的外国盗宝者，他们的国籍分属英、法、俄、日、美等国；他们的身份，除了个别系间谍份子外，多数是很有成就的专家、学者、教授。这些专家、学者、教授都相信自己具有崇高的良知和学术道德，但是，他们毕竟干了破坏文物和侵害我国主权的行为。他们在学术上的贡献和成就，我们是予以肯定的，但不能把他们在学术上的贡献和成就同他们破坏文物、窃掠文物的行为混为一谈，功过互不相掩、善恶各当别论。他们所盗走的中国文物至今未予归还，反而仍然被当作他们个人的功绩和他们国家的掠获品而加以炫耀，却是公理所不容的。
藏经洞文物经过早期的流散和后来外国人多次地巧取豪夺，待到宣统二年（公元1910年）清朝政府收拾劫余的时候，已不足万卷，复遭经手人盗取，最后交到京师图书馆（即今北京国家图书馆）的仅有8679卷和一些破烂残页，这些破烂残页经过胡鸣盛和许国霖先生整理，又析出1192卷号，总共有九千多卷，还不到出土文献总数的四分之一。
敦煌文物大批流出国外，分散在十三个国家的三十多个机构及不少个人手中里，任何一个研究者都难得有机会窥其全貌，其数目、内容和收藏情况更无从彻查其究竟，所以我们说，莫高窟艺术品和敦煌遗书及其他珍贵文物的重新发现，给我们带来的并不都是幸运。其中又有无法补偿的损失，难以补救的损毁；既促进了敦煌学的诞生，也给敦煌学研究带来重重障疑。
近年来，国际敦煌学界的明智之土发出了敦煌文物回归敦煌故土的呼吁，这是合乎情理并有利于发展敦煌学研究事业之需要的。1997年10月，日本青山庆示先生将其家藏的8件12种敦煌遗书无条件回赠敦煌研究院，表明敦煌文物回归故土的倡议，有识之士已经开始行动。
1983年中国敦煌吐鲁番学会作出决定，分别在北京，兰州和乌鲁木齐建立敦煌吐鲁番学资料中心，此项决定，将为我国敦煌吐鲁番学研究消除资料分散的障疑并提供前所未有的方便。
莫高窟被重新发现后，它所蒙受的损失还不仅仅是上面介绍的一些事例。上面介绍的主要是莫高窟文物流散情况，除此之外，它还经受过四次重大破坏，造成的损失也是无法估量的。
第一次是清同治十二年（公元1873年）白彦虎军事集团窜扰敦煌期间，他们在狭隘的宗教偏见的支配下，把莫高窟佛教艺术看成邪教恶业，对莫高窟壁画塑像肆意破坏，许多精美的塑像被打烂，壁画人物和面容被划割，眼珠被敲破，窟檐及殿堂建筑遭到纵火焚烧，“半付灰烬”。这一次，由於是在宗教排他情绪支配下的蓄意破坏，所以给莫高窟造成相当惨重的损失。
第二次是清宣统二年，（公元1910年）前后，王圆祿改佛窟为道窟，改佛像为道像，在洞窟间壁上开凿甬道，损坏了不少洞窟的窟壁和壁画。他还把很多洞窟中的残缺彩塑一股脑儿清除出来，造了一座“千相塔”。把这些珍贵的残塑堆积塔内予以掩埋。一大批虽有损伤而幸留残缺美的古代艺术珍品，就这样被王圆祿的“善心”破坏了。王圆祿为了永传此项所谓“功德”，还特意树立一方“永垂不朽”的《敦煌千佛洞千相塔记》石碑。如今，此碑仍被嵌在敦煌研究院莫高窟文物展览馆院落西墙外侧，即原千相塔故址附近，为王圆祿的恶行作历史见证。
第三次是民国十年（公元1930年）六月到八月，白俄流亡军伊拉列耶夫部“四百六十九人”， 从新疆发遣来敦煌，被安置在莫高窟（以上数据，系笔者据民国十年（1921年）八月十三日甘肃省长公署“第三万○六号”呈大总统、国务院、陆军部、参谋部文：《呈咨明甘肃敦煌安置俄兵经过情形》案卷查得者，故与诸说稍异）。他们在窟内烧火做饭，整壁整壁的画面被薰黑，有些壁面甚至烧燎出厚厚的黑色胶结层，他们还挖毁神坛、打破神像、搜索古经、法器，甚至用刺刀刮剥佛像金饰，收集金粉，熔烧金块。在距地面约20米无梯可蹬的第368窟，有一元代女子尸腊，“以真金玉为装饰，华贵一如佛像”。白俄兵攀进窟内，剥去其金玉装饰，并支解了这具木乃伊胡乱抛抑，后来只剩下一只左脚，1941年由张大千先生加以收拾，移交给前国立敦煌艺术研究所，即今被称为“公主脚”者，现保存於敦煌研究院，为白俄败兵暴行作无声的控诉（插图17 1921年6－8月白俄流亡军驻扎莫高窟）。
第四次是民国三十年（公元1941年），青海军阀马步芳的一支部队驻防莫高窟，他们为了掘经找宝，拆毁北宋天禧三年（公元1019年）修建的佛塔（即“天禧塔”）塔座，盗走精致的木雕小佛塔及《天禧塔记》碑一方，又拆毁西夏、元代土塔多座，还打破塑像，损坏塑像的眼珠，划破壁画上人物的面容，使莫高窟遭受到又一次劫难。
莫高窟被重新发现后，一再经磨历劫，旧创未复，新伤频添。到1944年国立敦煌艺术研究所成立之时，已经千疮百孔，破落凋残，惨不忍睹了。