1. 再换统帅
战争是极为残酷的，南北双方一交火，伤亡数字便会急剧上升。交战双方士兵的鲜血洒在了这年轻国度的土地上。
在田纳西州，邦联军在布莱格率领下试图夺取肯塔基州，尽管他只有不到4万人，但他进军路易斯维尔的意图极明显，联邦军在比尔将军的指挥下尾随追击。双方在1862年的秋冬似乎就这么耗着，不愿真正打仗。不久，林肯让威廉·罗斯克兰斯将军接替比尔。
12月31日，两军交战，直到新年1月2日，战斗才结束，叛军损失近12000人，撤回其冬季营地。联邦军多损失了1000多人，但他们胜了。
战争也越来越奇怪。一方面是战场上，双方如仇人相见，分外眼红，必欲拼个你死我活而后快。一方面，当战事稍息，双方士兵却在私下友好来往。北军缺少烟草而南军缺少咖啡，因而他们瞅着机会就互相交换。
1862年在莫尔文山国庆节对两军来说是过得极为有趣的，双方达成了互不射击的协定，于是都从各自的阵地走出，仅留一名士兵看守武器。他们在一片草莓地里采摘草莓，交换烟草和咖啡，交谈战事，友好而亲切，似乎战争是官员们的事，浑忘了两天以前才刚刚结束“7天”血战。
而这个冬天在拉帕汉诺克河，独木舟将对垒的两军暂时亲切地联系了起来，彼此交换对方所缺的东西。
当然这种局面并没能维持多久。伯恩赛德为上次的失败感到羞辱，他急于挣回面子，时刻谋划着再打一仗。不过这次他不打算正面交锋，而是试图突然袭击，且定于晚上。然而这个偷偷摸摸的行动似乎不为上天所庇佑，1月20日，正当部队出发的时候，先是下起小雨，接着狂风怒吼，再后雪花飘了下来。出师不利，只得草草收兵。
总统适时免去了伯恩赛德的职务，不仅仅是由于这次无功而返，主要是因为士兵们不相信他们的司令，他们认为他指挥不当，使他们不能有与敌人胜负相等的机会，这样让他们打必败无疑之仗很使他们不满，遂成群结队当逃兵。
1月25日，胡克被任命为波托马克军司令，他果然与麦克莱伦大不一样，“让上帝可怜李吧，因为我不会宽恕他的。”他的绰号叫“好战乔”，极富闯劲，操联邦精锐之师，有直捣黄龙之心。
走马上任不久，胡克的部队便都像他一样斗志昂扬。但是，仅有斗志是不够的，就像仅具野性不能使一条狗变为一只狼一样。麦克莱伦守在家门口，不敢跨出大门，是典型的“看家狗”。
伯恩赛德呢？有勇无谋，冲倒是冲出了家门，然而却是冲到敌人的棍棒底下。胡克有了这两个作先例，是不是会好些呢？
林肯对这位新任命的司令官是相当了解的，他在授命胡克的第二天即写信给胡克，告诉这位将军，“我已经任命你为波托马克军团司令。当然，我这样做自以为是有充分理由的，不过我想最好还是让你知道，在有些事情上我对你是不大满意的。”
坦诚相见，这是林肯的一贯作风，或者说是他的天性，而这不仅为他赢得了“诚实的亚伯”的美称，更使他赢得了大量朋友。很难相信一位总统会写这样的信，但它却像灵丹妙药一般，屡试屡应。
他后来写给新当选的纽约州长西摩尔的信更使他赢得了这位典型的民主党人对总统及政府的“效忠和支持”。他写道，“我和你素不相识，我写这封信的主要目的是希望我们能更好地相互了解。眼前，我是正处于危急存亡之际的国家的首脑，而你是这个国家中最大的一个州的首脑”，极明白平易，且直白心意，丝毫不转弯抹角，“为了履行我的职责，正如我需要其他州的合作一样，我也需要你的州的合作。事实上，这种合作是必不可少的。”而西摩尔本来在就职时便声称《解放宣言》是违反宪法的，他甚至要求在华盛顿身处高位救国无策的“无能之辈”下台。
林肯告诉胡克，“我相信你是一个勇敢而有才能的军人，这我当然是喜欢的。我同样也相信你并不把政治和你的职业混同起来，你这样做是对的。”
麦克莱伦、弗里芒特、亨特等人有这类毛病，林肯这样说是有针对性的。“你自信心强，这即使不是一种必不可少的品质，也是一种宝贵的品质。你富有野心，这在合理范围内与其说有坏处，不如说有好处。但我认为，在伯恩赛德将军统帅军团的时候，你曾经在你的野心唆使下尽量和他作梗，你这样做，对于国家、对于一个功勋卓著和可敬的兄弟军官，都是极其不应该的。”
一种毫不保留的语气，一种长者口吻。“我十分担心你过去努力在军队里灌输的那种批评司令官和对司令官不信任的风气现在将会对你起作用。我将努力帮助你制止这种风气。当这种风气在军队里流行的时候，无论是你，还是拿破仑再生，都别想从这支军队得到好处。”
军人以服从为天职，在非常时期，更应该避免不一致，林肯尽管当兵的时间颇短，但这点还是清楚的，因为他甚至感到，在非常时期，他的国家也不能放任了。言人人殊，各持己见，极易造成纷争，因奴隶制问题已经造成了南北分裂，又因对战争及有关政策的态度，使本来统一起来对付南部的北部又起了党争。
民主党害怕解放黑奴、终止实施人身保护法会导致军事独裁，他们的确是该担心，因为总统已逐步将各种权力抓在了手上，他频繁地更换军团司令已成为一种力量的象征。
总统自己也表示要冒险尝试进行独裁，他在给胡克的信中说，“我曾经听说，而且不由不信以为真，即你最近说过军队和政府都需要一个独裁者。我让你当司令当然不是因为你说了这番话，但尽管如此，我还是让你当了司令。只有那些打胜仗的将军才能扶植起独裁者。我现在要求你的是在军事上打胜仗，至于独裁政权就由我来冒一下险吧。”
尽管这话颇有些玩笑成分，但仍部分地表露了林肯的内心。然而即便林肯做了独裁者，那也是宪法规定的，战时总统为使敌人屈服，有采取任何一种最有效的方式从事战争的权力，林肯“冒险”做独裁者实际上是为了打胜仗，赢得战争的胜利。
林肯把对胡克最担心的问题放在最后，“你要提防轻率。要提防轻率，要斗志昂扬、百倍警惕地前进”，当然，要“给我们打胜仗。”结果，总统最害怕的事情出现了。那就是胡克被打败了。
4月份，当胡克准备发动攻势的时候，没有人知道他的作战计划，那时波托马克军团已达13万之众，而李则只有6万人。胡克指挥大部队渡过拉帕汉诺克河，但行动迟缓，花了几天时间，到月底才有4个联队准备在钱瑟勒斯维尔打击敌人的殿后部队。
那是一个小地方，在弗吉尼亚州，离伯恩赛德被打败的弗雷德里克斯堡不远。当胡克发动攻击时为时已晚，李从容地调来了弗雷德里克斯堡的兵力，严阵以待。同时，“石墙”杰克逊悄无声息地抄到联邦军的右翼。
胡克的作战计划可没料到这一点，他的部队被打得七零八落。
在5月的开头几天，胡克缩手缩脚，看着李将军、“石墙”杰克逊及其部队机动灵活，神出鬼没，只得后撤。
这一仗胡克的部队伤亡惨重，达17200多人，连胡克本人也被一发炮弹震晕。
胡克不听林肯的劝告轻率进军，使林肯感到事态严重。他在4月中旬曾对胡克说，“我认为我们不应该在不利条件下去攻打设防坚固的敌人，但我们应该不断扰乱和威胁敌人，使他们不能从容地或安全地把部队派遣出去。如果敌人的兵力削弱了，那就应该向他们发动猛攻。”
胡克置之不理，轻率进攻，终遭败北。在白宫，那几天由于丝毫得不到任何前线可靠消息，林肯预感到败了，不停地走来走去，并喃喃而语，“完了，完了，一切都完了！”
后果实际上并不太严重，因为李军伤亡也达12400多人，而他的部队兵源不足，就像老年人的牙齿，掉了就难指望重新长好。更令南部悲痛的是，“石墙”杰克逊殉了职，他是在战斗的第二天被他的部下打死的，因为他在月光下察看形势，而一个士兵误以为他是北方佬便瞄准他打了一枪，那一枪把整个南部都打痛了。
杰克逊是一个渴望并善于打胜仗的将军，他通常沉默寡言，使士兵看他时既尊敬又害怕，他也不太在意士兵的爱戴，只要他们听指挥打胜仗就行。他信奉上帝，每次打胜了他都会归功于上帝。现在他死了，死在“他光辉的顶峰”，死“在南部日落西山之前，在失败、苦难和自私的利爪攫住他之前。”他的一个下属军官如此说道。
的确，自杰克逊死后，南部便每况愈下，再没有打过大胜仗。
2. 开发战争资源
林肯在1863年春还很难预料南部到底会坚持多久，他有信心打赢，但已逐渐相信决不会在短期内打赢。
在《最后解放宣言》里，林肯正式宣布被解放的黑奴可以参军。尽管林肯内心深处是希望解放黑人的，但为着自由的联邦起见，他不得不在这个问题上慎重考虑，因为极易引起边界州的脱离。
由于逃兵越来越多，部队兵源已成问题。
1862年8月4日，林肯发出征兵令，这是北部实行“征兵制”的开始，义务兵役取代了志愿，每个适龄青年都有服兵役的义务。
但征兵容易引起反感，因而逃兵很多。在兵源不够的时候，亨特将军在1862年5月招募黑人志愿军，出乎意料的是，黑人十分踊跃，亨特组建了一支实验性的黑人联队，不久因国会的反对而遣散。
林肯害怕边界州的反对，同时他认为黑人打仗能力有限，“如果我们不得不武装他们的话，那么，几个星期后，武器就会落到叛乱者手中。”尽管如此，自1862年7月国会第二没收法案通过后，武装黑人问题还是逐步开展起来了。
托马斯·希金森上校训练指挥的第一南卡罗来纳州志愿团即是斯坦顿命令南卡罗来纳州军事州长鲁弗斯·萨克斯顿召募并武装起来的黑人联队。
林肯后来终于想通了这个问题，当然也与形势的逼迫分不开。组建黑人军队，肯定会使一部分人不愿打仗，同时也会吸引另一部分人前来参军。他对田纳西州军管州长安德鲁·约翰逊说：“为了恢复联邦，有色人口是巨大的可用的然而尚未加以利用的力量。”而且，林肯相信，“只要5万名经过武装和训练的黑人士兵在密西西比河两岸出现，就会立刻平息这场战争。”
黑人事实上很早就开始同叛军作战，不过真正同敌人作战的黑人联队当是路易斯安那州的两个黑人团的士兵，他们在1863年5月27日的进攻维克斯堡南之赫德森港的战斗中，英勇顽强，以伤亡三分之二的代价攻入叛军阵地，虽因缺乏后继力量被迫撤出，但这一仗打出了黑人的威风。
组建黑人团队主要是以从南方逃来的刚刚解放的黑人为主，在北部自由黑人中，适龄青年不多。
使用黑人当兵，正是北方人开始拒绝打仗的时候。林肯采取了种种方式扩大部队，1863年3月3日，旧国会在换届之前通过了一项征兵法，使义务兵役制合法化。
尽管如此，也没有武装黑人收效快，因为黑人来自南部，这样既壮大了自己，同时又削弱了敌人，而黑人在为叛军修筑工事等方面发挥了重要作用。
当林肯为兵源问题头疼的时候，在南部邦联，戴维斯已经差不多是焦头烂额了。南部脱离联邦的理由是要保护个人及各州的权益，但脱离必须以一定的力量作后盾。当战争开始时，人们为一种理想激动起了好战情绪，而当鲜血流出，那种粉红的理想就为鲜红的血所掩盖，热度立即消退。因此，当战争开始的当年秋天，邦联的征兵工作明显就赶不上北部了。
在罗伯特·E.李的极力推动下，戴维斯总统开始考虑通过一项征兵法。李当时是总统的军事顾问，他觉得只有征兵法才能解决兵源问题。因此，1862年4月，邦联议会通过这样一项法案，它比北部早了近一年。
这项法案规定，从18岁到35岁的健壮白人男性，应入伍服役3年。不过后来补充规定允许入伍的人雇佣他人代替服役，而且，种植园主如果拥有20名以上的奴隶，可以免于服兵役。因此，富裕白人可以有种种方式逃脱兵役，而他们挑起的战争最后就由穷人去打。这使得穷白人对“为他们那些可恶的奴隶打仗”极为不满，逃兵甚至比北部还多。
有几个州的州长尊崇州权，抵制征兵法。佐治亚州州长约瑟夫·布朗甚至说“在佐治亚州退出联邦前的任何美国政府法案对宪法赋予的自由权利的打击，也没有像这个征兵法那样厉害。”
戴维斯在行使权力方面不像林肯那样自由，并且掣肘重重。林肯可以不经国会同意而征兵，而中止人身保护法，如此等等，这使他赢得“暴君”之称，但这种中央集权制使他大权在握，相对来说，就可较如意地采取有力措施从事战争。
戴维斯呢？议院对他的很多措施总是避而不谈，或仅仅勉强同意。而后，在实施时，各州会搬出州权论，使得戴维斯不可能采取什么得力的集权措施，或即使采取了亦得不到贯彻。当戴维斯首先实施征兵法，并仿效林肯暂停实施人身保护法时，他同样被认为试图做一个独裁者，一个像林肯一样的暴君。
戴维斯在人际关系处理方面也不如林肯老到，林肯以其诚实和好脾气使得经验丰富如西沃德、才干出众如蔡斯、桀骜不驯如斯坦顿等都虽不是全心全意支持他，但至少不会莫名其妙地反对他；戴维斯则不善表达自己，他的内阁虽走马灯式的换人，但并没有多少人支持他，副总统亚历山大·斯蒂芬斯在故意妨碍议事方面极拿手，他本来就才华过人，当个有职无权的副总统使他气闷，他“终生的秘密就是报复”，那是“战胜命运的一种决心”，他“公然蔑视世界”。
他本来是一个联邦主义者，现在成了分离主义者。分离主义者信奉的就是州权理论，这个理论成为反对戴维斯总统政策、措施的强有力武器，可以说整个南部搬起了州权这块石头，砸在了戴维斯这个最大的分离主义者的脚上。
斯蒂芬斯关于奴隶制和南北关系的态度可以从他在南部投降而被捕入狱后的一段狱中记载看出：“自从我上次跟臭虫大打出手后，每天或每隔一天我总要仔细搜查，把它们弄死。我刚开始这项自卫工作。至于那老鼠，自那次以后，我再也没有看到过。我仍把面包屑扔在地上。我外出或不注意时，那些面包屑就不见了。我想那可怜的东西仍在附近，但很警觉。它不知道我并没有伤害它的意图。或许它从藏身之处看到我消灭臭虫的情况，得出结论还是别让我逮住为宜。对这些害虫这么处置，我常感到不安。如果它们不来打扰我，我很乐意与它们和平共处，但它们偏偏要来侵扰，所以在它们和我之间就有了‘无法避免的冲突’。不是你死就是我亡。这似乎成了我们固定的自然法则。我的血本来就不多，更别提他们吸血时所给我的苦难了。假如它们不来侵犯，我不会去惹它们。我甚至还会资助他们活下去。”
斯蒂芬斯隐喻是北部干扰了南部，所以引起了冲突。