我在成为精神病医师的同时，也开始了知识成长的探索。我全然无知地由临床上开始来观察精神病人，从而发现了心理过程中的一项惊人特质。我将这些记录作成摘要及分类，但却一点都不了解它们的内涵。渐渐地，我的兴趣集中在诊疗过程中所理解到的，比如说，偏执狂、郁燥症及心因性困扰中。从开始我的心理医学生涯起，波艾尔、弗洛伊德及惹内等人的研究工作就给了我极佳的指引及激励。尤其重要的是，我发现弗洛伊德在梦之解析上的技巧，对精神分裂症各种型式的了解有很大帮助。早在1900年，阅读弗洛伊德的“梦的解析”之后，我把此书搁置一旁，因为并不了解它。在二十五岁时，我的经验还不足以来欣赏弗洛伊德的理论，要到稍后几年，才能懂得去欣赏它。到了1903年，我又重新拾起“梦的解析”，发现它与我的想法竟然如此地相关。主要引起我兴趣的是，压抑机制在梦观念上的应用，这对我很重要，因为我常常在单字联想的实验中，遭遇到压抑现象。对于特定单字的刺激，病人或者是不作相关的回答，或者是过度迟缓他反应的时间。随后我发现，每当刺激字触及到心理创伤或心理冲突时，此种困扰就会发生。在大部分的情况下，病人都未觉察到这一点。当被询及受困扰的原因时，病人常会以怪异而不自然的态度来作答。弗洛伊德的“梦的解析”告诉我，就是压抑机制在作怪。所观察到的正与他的理论吻合，因此我能确实证明弗洛伊德的论证。
然而一旦涉及到压抑的内容，情况就不同了。在这儿我不同意弗洛伊德的说法，他认为压抑作用起因于性创伤。然而，对我们熟悉的许多精神官能症的例子，以我的经验而言，在这些病例中，性问题倒还在其次，其它的因素才是主因。比如说，社会适应的问题啦，生活环境压抑的问题啦，以及考虑个人名望的问题等等。稍后，我将这些例子告诉弗洛伊德，但他并不认为除了性问题以外，其它的因素会是压抑作用的结果，这使我感到极度不满。
刚开始，很难将弗洛伊德在我的生命中适当地定位，在熟悉了他作品的同时，我正计划在我的学术生涯上起跑，并即将完成一篇能使我在大学中晋阶的论文。当时，弗洛伊德在学术界是很不受欢迎的人物，与他有任何关联都会在学术圈内招致不利。
当我在实验室里一再反省这些问题时，魔鬼对我耳语道：“你可以正正当当地发表实验结果及结论，可以压根儿都不提及弗洛伊德呀！”毕竟早在我了解他的作品以前，已完成了我的实验。但同时我又听到另外一种声音“如果你这么做，就好象你对弗洛伊德的事一点都不知情，那这只不过是一桩诈欺，你不能将你的一生构筑在谎言上。”就这样，问题解决了。从那时起，我成了弗洛伊德的同伴并且为他战斗。
1906年，我写了一篇文章，是有关弗洛伊德在精神官能症上的理论，投到慕尼黑医学周刊上发表，这个理论对了解强迫性精神官能症有极大的贡献。这篇文章所引起的回响是，两位德国教授写信警告我说，如果我仍然站在弗洛伊德一边并继续替他辩护的话，那么就会危及到我的学术生涯。我回信道：“如果弗洛伊德所说的是真实的，那我就拥护他。如果必须以限制研究及隐瞒真实为前提的话，那我对这种生涯是一点都不在乎的。”但基于自己的发现，我仍然无法认定所有的精神官能症都是由性压抑或性创伤所引起的。在某些病例确是这样，但在其它的例子中则不然。不过，弗洛伊德确实是开启了一条研究的新途径。在当时，人们对他的叫嚣与抗议，我觉得实在是无稽而可笑。
对于发表在《精神分裂症的心理学》一书上的观念，我并没有得到太多共鸣。事实上，同事们嘲笑我。但经由此书，我得以认识弗洛伊德。他邀请我去拜访他，就在1907年2月间，我们在维也纳第一次会面，从下午一点钟起长谈了十三个小时，中途不曾有过一次休息。弗洛伊德是我所遇见过真正重要的第一个人——以我那时的经验，无人能与他比拟。我注意观察他的一举一动，我发觉他非常聪明锐利，十分引人注目。然而，我对他的第一次印象仍然纠结不清，因为我无法了解他。
所讲的关于他的性理论深深打动了我。然而，他的言词并不能消除我的疑虑。在几次场合中，我试图提出我的看法，但每次他总认为是我缺乏经验。弗洛伊德是对的，在那些时日里，我并没有足够的经验来支持我的观点。可以看得出来，性理论在个人及在哲学上对他都是极重要的。但我搞不清楚这么强调性欲到底有几分是出自于他个人的主观偏见，有几分是立论于可验证的经验。
最重要的是，弗洛伊德对心灵上的态度使我很感疑惑。当一个人或一件艺术品，其精神上的表现（指的是智力方面，非超自然方面）明朗化时，他就怀疑它，并暗示这是性欲的压抑。任何不能以性欲直接解释的他就将之归因于“性心理学”。我反对这个学说，因为推到其结论，将会导出对文化的灭绝判断。那么，“文化只不过是一场闹剧，是性欲压抑的病态结果。”“是的，”他同意道：“就是这样，这就是我们无力去对抗的命运之诅咒。”但我绝不同意这点及任何其它相关的论调，不过，我仍然觉得，我无力去跟他争论出个结果。
在第一次会面时，还有其它的事让我觉得意味深长。直到我们的友谊结束之后，我才了解到这些事。绝对错不了的，弗洛伊德情绪化地专注于理论已到不正常的地步了。当他一提到它，他的声调变得急迫，几乎是非常地不安，而平时的批判及怀疑的态度全消失了。一种奇怪而深深感动的表情涌现在他的脸上，这就是使我全然不解的原因。我有个很强的感觉，性对他似乎是某种神。这件事，在三年后（1910年）我于维也纳跟他的一次谈话中，得到了证实。
仍然很清楚地记得弗洛伊德是这么对我说的：“亲爱的荣格，答应我，绝对不要放弃性理论。这是最最重要的事情，我们必须为它立下教条，建造一个不可动摇的堡垒。”他很激动地以父亲的口吻对着我说：“亲爱的孩子，再答应我一件事，你每个周日都要上教堂。”我有点惊讶地问道：“堡垒！要对抗什么呢？”他回答说，“对抗泥泞的黑潮，”他犹豫了一下子又说道“神秘主义的黑潮。”首先，是“堡垒”及“教条”这些字眼让我不安。所谓的教条，那就是说，是没有讨论余地的信条。立下教条，其目的就是来压抑疑惑，而再也没有什么科学上的判断，有的只是个人的权力欲。
就是这件事打击了我们的友谊。我知道我绝不会接受这种态度。而弗洛伊德所谓的“神秘主义”其实指的就是哲学、宗教以及新近兴起的超心理学中有关精神的部分。对我而言，性理论也不过是个玄学，那也就是说，只不过是个未经证实的假设，就像其它许多理论性的观点一样。科学的真实只不过是适合于一时的假设，但未必能当成永远的真理。
虽然，那时候并没有适切地去了解这点。但我观察到，在弗洛伊德身上有股宗教成分的潜意识突发。很显然地，他要我帮忙来建立一道关卡，以对抗来自潜意识的威胁。
由这次谈话所得来的印象让我更加迷惑，直到后来，我不再视性为重要的或有害的概念，而必须忠实地去面对它。性，很明显地，对弗洛伊德比对其他人来得更有意义。对他，性似乎是某种宗教上的。面对这么深邃的认定，人们通常会变得害羞而沉默。在几次结结巴巴地说出我的想法之后，我们的谈话就接近尾声了。
我感到迷惑不安，似乎是瞥见了一新的、未知的领域，其中有成群成堆的新观念向我冲击而来。有一件事倒是很清楚：弗洛伊德总是在强调他的非宗教性，如今他却在建构新的教条，甚至想要以另一引人注目的表象——性来取代他久已遗失的上帝。而这个神与原来的上帝一样醒目，一样严厉，一样跋扈，在道德上更是暖昧不明。就好像在心灵上较强的力量都有“神性”或“魔性”，所以“性欲”就接管了这玄妙的角色，成为潜藏的神。
对弗洛伊德而言，性无疑是个神，但他用的术语及理论似乎都只将它定义成只限于生物上的功能。只有在他提及到性时的那种感动才会显露出他内在更深的成份。基本上，他想要教导阐明的是——至少对我而言是如此——由内在观之，性包含精神在内，都有直觉上的意义。但他所使用的术语太受限制了，因而不足以表达这些概念。他给了我一个印象，实际上，他是在对抗他的目标及自己，以他自己的术语，觉得被“泥泞的黑潮”所威胁，但他比任何其它的人都更想把自己置身于黑色的深渊中。
弗洛伊德从不反问自己为什么会不断地谈论性，为什么这一观念在他心中会占有如此的地位。仍未觉察到他的“单一解释”表示已偏离他自己，偏离了神秘的一面。只要仍拒绝承认有这一面，他就绝无法与自己取得一致。他无视潜意识内容的矛盾与暖昧不明，也不知道由潜意识而来的会有两个极端，有里面及外面两个层面。如果我们只提到外面的层面——弗洛伊德就是这样——那我们只看到整个事物的一半即是由潜意识而来的反作用的结果。
1909年是我们关系决定性的一年，我受邀到麻州迟塞特的克拉克大学演讲联想实验，同时，弗洛伊德也受到了邀请。因此，就决定一起去旅行。当我们在不来梅港碰头时，发生了颇受谈论的弗洛伊德晕厥事件。这是由我对“泥煤沼中的尸体”的兴趣所间接刺激而成的。我知道在德国北部的某些地区发现了所谓的泥沼中的尸体。它们是史前人类的尸体。这些人可能是淹死在沼泽里或被埋葬在那儿。由于尸体所浸泡的沼泽水中含有酸，这酸会将骨头腐蚀掉但同时也硝化了尸体上的皮肤。因此，皮肤及毛发都完整地保留着，这其实就是天然木乃伊化的过程。在此过程中，尸体被煤块的重量所压平。这些遗骸偶尔也会被荷兰、丹麦、瑞典等地的人挖掘出来。
当我们在不来梅时，我想起了曾读过关于这些泥煤沼中尸体的报导，不过有点记不太清楚，而将它们与城市里铅窖中的木乃伊搞混了。我的这个兴趣引得弗洛伊德不安。“为什么你对这些尸体这么关心？”几次向我问起，他对这整件事表现得过度地焦燥。在我们一次同进晚餐时，就在上述的问话中，他突然晕厥了。之后，他告诉我确信所有关于尸体的闲谈都意味着我希望他亡故。对这种解释我非常地惊讶，同时，也觉察到他想像的程度——很明显地，是这么地强烈，以致于会使他晕厥。