1981年7月，中央组织部致函中共福建省委转达胡耀邦关于地下党历史遗留问题“要很好抓一下，公公正正地解决，请先从福建抓起”的指示，要求中共福建省委指定有关部门予以调查了解，并把结果告诉中央组织部，以便共同研究处理办法。中共福建省委对处理地下党的遗留问题非常重视，由省委书记负责，自1981年10月开始，到1984年底，对福建地下党的一些重大历史遗留问题，做出了明确的结论，恢复了地下党原来的革命形象，分清了是非，增强了团结。
1982年3月，中央组织部印发了经中央批准的中共云南省委《关于解决云南地下党“边纵”历史遗留问题的报告》和《关于为郑伯克同志恢复政治名誉的报告》。改正了从50年代直到“文化大革命”的几次政治运动中，对云南地下党和“边纵”所作的错误结论，解决了20世纪50年代中共云南省委对云南地下党负责人郑伯克的错误批判等问题。
此外，上海地下党、西北联大地下党问题、中美合作所的死难烈士问题等都得到正确的解决。
2.解决“中原突围”历史遗留问题。1980年8月，一些老干部给党中央写信，反映1946年我中原部队在突破国民党大军重重包围这一特别紧急的情况下，部分部队和地方工作人员由于复员、隐蔽、掉队等原因，造成的历史遗留问题，要求组织上实事求是地妥善解决好。这是涉及湖北、河南、湖南等省，影响较大的问题。胡耀邦对此作了批示，要求加以研究，定出具体实施办法加以解决。中央组织部把胡耀邦的批示和有关材料转发给中共湖北、河南、湖南等省委。此后，湖北、河南、湖南等省按照中央要求，做了许多工作。通过这次复查，共解决了约5万件隐蔽、掉队人员的遗留问题，纠正了新中国成立初期错误处理的案件，得到各方面的好评。
3.关于苏区肃反被错杀人员的历史遗留问题。1930年至1935年，苏区在“左”倾错误路线的影响下，开展了肃清“AB团”“改组派”“社会民主党”“第三党”“取消派”的运动。苏区肃反中错杀大批人是一桩历史错案。党的六届七中全会《关于若干历史问题的决议》中指出：“由于错误的肃反政策和干部政策中的宗派主义纠缠在一起，使大批优秀的同志受到了错误的处理而被诬害，造成了党内极为痛心的损失”，“一切经过调查确系错误处理而被诬害的同志，应该得到昭雪，恢复党籍，并受到同志的纪念。”但是，1949年前没有来得及解决这个问题。新中国成立后，1954年中央就妥善处理这个问题提出了意见，比如江西、福建、湖北等省平反了近两万人，其他省对被错杀的党政军主要领导干部也进行了平反昭雪，但对多数人的问题尚未解决。党的十一届三中全会以后，许多被错杀人员的亲属和一些老同志多次强烈要求解决好这一历史遗留问题。中央有关领导指示由中央组织部和民政部研究提出处理办法。两部经过反复研究，于1983年3月和6月向中央和国务院上报了有关这一问题的处理意见，明确提出了开展这项工作的方针和政策界限。有关省的组织部门与民政部门密切合作，开展了深入细致的复查工作，解决了这一历史遗留问题。
4.清理新中国成立以来一些干部审查工作中的问题。新中国成立后由于受“左”的思想影响，制定了一些相关文件规定，随着形势的发展和情况变化，有一些已经不适用。对此，中央组织部对这类文件规定作了必要的修改或予以废止，对于因此受到错误处理的干部，给予复查改正，解决了一批多年遗留的问题。1982年10月，中组部下发了经中央书记处同意的《关于解除一些干部历史上受限制使用问题的意见》，取消了中央在新中国成立前后的审干、肃反中作出的对有政治历史等问题的干部受限制使用的规定，消除对这些受限制使用的干部的政治影响。
5.平反中共早期领导人瞿秋白烈士的问题。1980年10月19日，中共中央办公厅转发中央纪律检查委员会《关于瞿秋白同志被捕问题的复查报告》。《报告》指出，“文化大革命”中，把瞿秋白同志诬蔑为“叛徒”，是完全错误的，应当为瞿秋白同志彻底平反，恢复名誉。
6.解决原红五军团季振同、黄中岳错杀问题。1981年8月，中央书记处批准同意中央组织部《关于为原红五军团季振同、黄中岳同志平反问题的请示报告》。1932年春，中央苏区国家保卫局将季振同、黄中岳等错定为反革命，于长征前夕将季、黄处决。中央决定为这桩20世纪30年代的历史错案平反，恢复名誉。
7.解决延安整风中的审干遗留问题。1943年延安审干运动中，康生大搞逼供信，把甘肃、河南、陕西、四川、湖南、湖北、云南、贵州、浙江、 广西等地区的地下党诬蔑为“红旗党”。延安审干后期，中央曾给受冤屈的同志平了反，但对整个所谓“红旗党”问题，限于当时的历史条件，未能作出全面的结论。在“文化大革命”中，这一历史问题又被翻腾出来，许多同志再次遭到诬陷和残酷斗争，有的甚至被迫害致残、致死。1981年9月9日，中共中央办公厅发出通知，认为这是康生一手制造的假案，决定为“红旗党”一案正式平反。
8.解决抗日战争时期的“肃托”问题。抗战时期，一些根据地发生了“肃托”事件，错捕错杀了一批同志。在当时的历史环境下，在处理这些事件中遗留了一些问题，长期没有很好地解决。1983年12月，中央转发了山东省委《关于湖西“肃托事件”遗留问题处理意见的报告》，明确指出，湖西“肃托事件”是一起重大的冤假错案，不是扩大化错误，应予彻底平反。各地对“肃托”问题进行清理，彻底解决了遗留问题。
对历史陈案、积案的处理，历时很长。直到1987年党的十三大前，全国复查“文革”前冤假错案的工作才基本完成。据不完全统计，除反右倾运动的案件外，全国共复查了“文革”前历史遗留案件242万余件。长期遗留的历史问题得到彻底的解决。
六、调整被长期阶级斗争扩大化扭曲的社会关系
在大规模平反冤假错案的同时，中共中央对过去因阶级斗争扩大化错误而造成的社会问题也进行了认真的清理，予以彻底解决。通过对这些问题的处理，调整了一直紧张难处的社会关系。
为地富分子摘帽：1979年1月11日，根据十一届三中全会原则通过的《农村人民公社工作条例（试行草案）》的有关规定，中共中央作出《关于地主富农分子摘帽问题和地富子女成分问题的决定》。《决定》指出：地主、富农分子经过二十多年以至三十多年的劳动改造，他们当中的绝大多数已经成为自食其力的劳动者。中央决定：除少数坚持反动立场的以外，凡是多年遵守政府法令，老实劳动，不做坏事的地主富农分子以及反革命分子、坏分子，经群众评审，县革委批准，一律摘掉帽子，给予农村人民公社社员待遇。地主、富农家庭出身的社员的子女，他们的家庭出身应一律为社员，不应再作为地主、富农家庭出身。
这一决定在全国引起了极大反响，受到广大人民的热烈拥护。这意味着至少有2000万人将结束30年来备受歧视的历史，享受到应有的公民权利，开始政治上的新生。全国先后有440多万人由此被摘掉了地主、富农的帽子。这是中共中央在全党工作着重点转移的新形势下采取的一项深得人心的重大决策。
1983年7月9日，中共中央办公厅转发公安部党组《关于给四类分子摘帽子的请示报告》。要求在年底前结束这项工作。一直受管制的“地富反坏分子”获得了公民权，“四类分子” 从此成为历史名词。
为工商业劳动者甄别：1979年11月12日中共中央批转中央统战部等六部门《关于把原工商业者中的劳动者区别出来问题的请示报告》。报告指出，1956年对私营工商业实行按行业公私合营时，把一大批小商、小贩、小手工业者以及其他劳动者带进公私合营企业，把他们统称为私方人员，按资产阶级工商业对待，这是不妥当的。按照这个文件的精神，全国70万小商小贩、小手工业者及其他劳动者从原工商业者中被区别出来，占原定资方人员的81%。12月17日中共中央批转中央统战部等五部门《关于对原工商业者的若干具体政策的规定》。批语中说，认真执行对原工商业者的政策，有利于调动他们及其子女为社会主义现代化建设服务的积极性，对港、澳、台湾和国外也将产生良好的影响，是符合工人阶级长远利益的。《规定》指出，对原工商业者，不要具体划分谁是自食其力的劳动者，谁是拥护社会主义的爱国者。今后在政治上应与干部、工人一视同仁。
处理“三支两军”遗留问题：1980年5月15日，中共中央书记处对在“三支两军”中犯错误的干部的处理问题作了重要指示，指出：在“文化大革命”的历史条件下，部队的一些人在“三支两军”中犯错误是难免的。对他们犯错误的原因，要进行历史分析，宜粗不宜细，宜宽不宜严。根据这一指示精神，各地均慎重地处理了“三支两军”中遗留的问题。
为国民党起义投诚人员落实政策：1980年12月16日，中共中央和国务院办公厅转发民航总局党委《关于落实两航起义人员政策的请示报告》，为两航起义人员落实政策。1981年1月6日，中共中央办公厅转发中央统战部等六部门《关于抓紧对原国民党起义、投诚人员落实政策工作的请示报告》。《报告》指出，耀邦同志曾多次批示，对起义、投诚人员的政策落实工作要认真检查，一个人一个人的落实。要狠抓民主党派、起义军官、知识分子的政策落实问题。全国共为45.4万名国民党起义投诚人员落实了政策。
摘掉所谓“海外关系”的无形帽子：“文革”结束后，为扩大爱国统一战线，调整了侨务政策，许多因亲属是海外同胞，港澳同胞而受歧视、受审查、怀疑为“特嫌”的人员得到平反，并落实了有关政策。
落实台胞台属政策：1981年11月26日，中共中央发出《关于进一步落实去台人员在祖国大陆亲属政策的通知》，指出：对因在台湾有亲属关系而被错误处理的，都应复查改正，冤假错案，一律平反。从1981年9月至1983年底，全国已经落实台属政策85.3%，台胞冤假错案已经大部分平反。至1986年底，全国落实台胞台属政策工作已基本完成，需要落实政策的台属共117937人，已经落实114380多人，占97%以上。平反台胞冤假错案达99%以上。
此外，中央还为1957年反右派斗争期间及以后几年内打成地方民族主义分子的人，为1963年至1965年期间一些高等学校定案处理的五六百名所谓反动学生，进行复查和平反，作出了正确处理。
平反案件的范围涉及各个阶层职业的人，上至国家元首、开国元勋，下至工农群众、普通百姓。平反案件的时间跨度长达半个世纪，前至土地革命时期的肃反冤案，后至“文革”结束后“两个凡是”制造的错案。据1983年7月全国组织工作座谈会的数字统计，到1982年底，经中共中央批准平反的影响较大的冤假错案有30多件，全国共平反和纠正了约300万名干部的冤假错案，47万多名共产党员恢复了党籍，为12万党员撤销了错误的处分，数以千万计的无辜受株连的亲属、子女和其他受牵连的人得到解脱。这在党内外、国内外均产生了深远的影响，大大提高了党的威信。历史包袱的解脱，使全国上下一片重获政治解放的振奋气象，出现了前所未有的安定团结局面，这就为社会主义改革开放新道路的开辟，奠定了坚实的政治基础。