事实上，在肯尼迪总统被刺杀前，兄弟二人都想把胡佛从调查局长的位置上推下来，他们还曾与国务院的威廉·博斯韦尔密谈，希望让他担任下一任的联邦调查局局长之职。但是，肯尼迪总统最终放弃了这个念头，因为胡佛手中有肯尼迪生活不检点的材料，还有他与黑人马丁·路德·金的一些秘密材料以及他们之间关系密切的材料。这些材料对他的政治生涯来说威胁性很大，所以，肯尼迪迫于此不得不暂缓对胡佛的行动。
胡佛与肯尼迪家族的争端，应该说结束于肯尼迪被暗杀之后。肯尼迪总统去世后，罗伯特的影响力迅速下降，而他也于1964年9月3日辞去了司法部部长一职，之后，通过竞选成为了纽约州的参议员。而胡佛在其后很快恢复了联邦调查局的声望和独立地位。
4．肯尼迪总统遇刺
1963年11月，已经就任三年总统的约翰·肯尼迪在内政和外交上，都表现出了杰出的领袖才能。他不仅成功地处理了一直困扰美国政府的“古巴导弹危机”“柏林危机”，使美苏紧张对峙的关系得以缓和，对国民的温和扶助政策也深得民心。可以说，他的所作所为，赢得了越来越多的美国民众的支持和爱戴。1964年新一届总统大选，肯尼迪为此安排了达拉斯之行。
1963年11月22日，美国总统肯尼迪乘坐总统专机“空军一号”飞往得克萨斯州的达拉斯市，肯尼迪此行的目的是为了一年后的大选连任做准备。而对于此次的达拉斯之行，华盛顿的官员们不赞成，因为达拉斯是一个非常危险的地方，他们认为总统去那里是将自己置于最危险的地方，但为了自己的大选连任，肯尼迪把下属的告诫当作了耳旁风。他认为得克萨斯州是必须要去的地方，因为那里的民主党已经出现了分歧，他必须前去对两派之间的矛盾进行调解，为他的连任扫除障碍。
按计划，肯尼迪在得克萨斯州待三天，他们首先到了圣安东尼奥，在那里参观了美国空军医院研究所的最新成果。之后，肯尼迪飞往休斯敦，为议员艾伯特·托马斯举行了答谢晚宴，当晚又飞往沃斯堡。第二天早上肯尼迪正准备去达拉斯的时候，他的秘书给他送来了一份《达拉斯晨报》。报纸上有一篇文章，标题是：“欢迎光临达拉斯，总统先生！”这篇文章的内容竟指责总统背叛国家利益，而文章的周围还打上了黑框，就像讣告似的，这显然是在向总统公开挑衅。这篇文章让肯尼迪心里很是不快，但他并没有被吓倒，吃过早饭后，依然飞往达拉斯。
中午11点40分，肯尼迪抵达达拉斯，得克萨斯州州长约翰·康纳利与夫人以及当地政府官员和一大群民众前来欢迎他，机场上充满了友好的气氛，这让肯尼迪心情很舒畅。肯尼迪和夫人走下飞机后和当地群众友好握手，10分钟后，总统登上汽车，向市区驶去，按着当时的日程安排，总统将在展览大厅发表演说，然后出席市政府为他举行的欢迎午宴。
肯尼迪车队从机场出来后，向市区驶去，车队最前面的是警察局局长杰西·克里乘坐的汽车，他的任务是负责开路，跟在他身后的是一辆警察驾驶的摩托车，然后是肯尼迪专用的林肯牌轿车。林肯轿车两边各有一辆摩托车。也许是中午的阳光直射在车窗上让肯尼迪感到不舒服，也许他希望拉近和民众的距离，于是他让人揭去车顶上防弹的透明圆顶，而这却让他在之后付出了生命的代价。
车队缓缓进入市区，等在那里迎接总统的民众站在道路两旁，肯尼迪的到来让达拉斯的民众欣喜若狂，他们为能目睹年轻英俊的总统和美丽的第一夫人的风采而欢呼着。而肯尼迪夫妇被这样热闹而友好的场面所感染，在车里频频挥手向民众致意，他们没想到自己的到来会受到这样热烈的欢迎。
12点30分，车队向右拐入休斯敦街，然后向左进入埃尔姆街，经地下通道再驶上斯蒂蒙斯快车道直达展览馆。这时，随从车队的一个保安人员用报话机通知贸易中心说，总统5分钟后到达。保安人员的话刚说完，突然几声枪响，不知道从哪里飞来的一颗子弹，从肯尼迪的后脖根射入，这颗子弹穿透他的身体，又击中了前面的康纳利州长的背部，然后子弹依照强大的惯性，最终停在了他的大腿里。康纳利当时大叫一声，看见自己身上的鲜血，惊慌失措。
由于事发突然，总统夫人直到听到康纳利的惊叫才发现，车里有人中枪了，她向右朝自己丈夫的方向望去，第二颗子弹已经准确无误地击中了肯尼迪的后脑勺！鲜血伴随着脑浆从总统的太阳穴和后脑部喷涌而出，肯尼迪当时用双手捂住自己的脖子，倒在了夫人杰奎琳的身上。杰奎琳大声呼号，拼命摇着肯尼迪的身体，但一切已经无法挽回了。保安人员克林特·希尔听到枪声后立即向总统的车冲去，一把将杰奎琳推倒在后座上，几乎同时，在紧随其后的车里，保安人员伊昂·布拉德转身将副总统约翰逊按倒，然后扑在他身上。
几分钟后，肯尼迪总统被迅速送到医院，在手术台上，终因伤势过重，抢救无效，于一个小时后在当地医院去世，时间是下午1点30分。
5．FBI介入调查肯尼迪遇刺案
肯尼迪总统遇刺案，多年以来一直是一个谜，而且对总统遇刺案一直有许多版本。
肯尼迪遇刺身亡后，联邦调查局立即介入调查。联邦特工首先从总统的尸体入手，他们通过调查得知，射杀总统的那颗子弹，应当是从埃尔姆大街上得克萨斯州教科书仓库大楼的一个窗口里发出来的。于是，特工队员们迅速对那座大楼展开搜查，特工们在六层的一个窗台边找到了一支卡尔卡诺6.5毫米步枪。经过确认，这支枪就是发射出让肯尼迪命丧黄泉子弹的那支枪。
一个小时后，联邦特工们在街道上正巧遇到一名已经杀掉了一个警察的持枪歹徒，当他正准备射杀另一名警察时，特工们向他开了枪，并将他捉住。这个人名叫李·奥斯瓦尔德，是仓库大楼里的一名工作人员。经过联邦调查局的技术部门鉴定，他的指纹和所查获的步枪上的指纹完全吻合。
此人被列为枪杀总统的最大嫌疑犯接受调查，但联邦调查局需要更多的证据。为此，调查局展开调查取证行动。在调查过程中，有一位目击者声称，在那座大楼上看到过一个人，根据他的描述，那个人正是李·奥斯瓦尔德。还有一位公共汽车司机说，在总统遇刺几分钟后，有个人曾乘坐他的车，并对他说：“总统遭到了枪击。”这名司机被联邦特工请到联邦调查局办公室，他一眼就从众多嫌疑人中认出了与自己说话的李·奥斯瓦尔德。
特工们取得的证据对李·奥斯瓦尔德越来越不利。奥斯瓦尔德的同事说11月22日那天早晨，在仓库大楼电梯中，他亲眼看见奥斯瓦尔德携带着一个包裹得很严的长长的东西。他当时问了奥斯瓦尔德拿的是什么东西，奥斯瓦尔德说是窗帘。联邦特工还对奥斯瓦尔德的妻子进行了调查，他的妻子说，自己曾在家中看到过一支卡尔卡诺6.5毫米步枪。特工们对奥斯瓦尔德的房间也进行了调查，发现了一张地图，在这张地图上用黑笔标出了从教科书仓库大楼到总统被害地点这段距离。
特工们根据在教科书大楼六楼窗口附近查获步枪上的编号查明，这支枪来自芝加哥的一家邮购商行。他们找到这家商店，商店的雇员说，确实有人向他们订购过一支意大利制造的卡尔卡诺6.5毫米步枪。找到购买枪支的原始凭证后，购买者的名字虽然不是奥斯瓦尔德，但经过调查局特工的笔迹鉴定后，确认是奥斯瓦尔德本人。
通过大量的取证后，联邦调查局认定，奥斯瓦尔德就是刺杀肯尼迪总统的凶手，他随即被警察逮捕。
11月24日早晨，达拉斯市警察局准备把奥斯瓦尔德从警察部转移到县监狱去，奥斯瓦尔德在众多警察和联邦特工的看护下被押解出来，新闻媒体的记者和围观的群众也早已等在那里，想看一看这位刺杀总统的凶手。可是，当奥斯瓦尔德刚一露面的时候，拥挤的人群中突然冲出一个人，举起枪向奥斯瓦尔德射击，子弹击中了奥斯瓦尔德的腹部。当这个人准备再次向奥斯瓦尔德射击的时候，联邦调查局的特工们迅速上前将其擒住。而奥斯瓦尔德没能等到送医院进行抢救，就当场死亡了。
袭击奥斯瓦尔德的人名叫杰克·鲁比，关于他的审理卷宗一直没有公之于众。至于他为什么要杀死奥斯瓦尔德，始终是一个谜。这个人后来因患癌症死于监狱中。
联邦调查局对总统遇刺案的调查刚告一段落，8天后，就任总统的约翰逊却表示对联邦调查局的调查不信任，于是又亲自任命了一个由7人组成的总统特别委员会调查肯尼迪被刺事件。
当时的局长胡佛对此决定没有任何不满情绪，反倒高兴能置身事外。这个调查小组历时10个月的调查，寻访了352位证人和2.5万名其他人员后，终于在1965年9月25日，做出了一份总字数达百万字的报告，这份报告试图向美国民众提供前总统肯尼迪被刺杀的真相。
在这份报告中，肯定了联邦调查局的功劳，即联邦调查局对奥斯瓦尔德的调查没有错。此人行刺总统是一个“孤立事件”，没有任何动机。
这份报告一经公布，立即引起世人的强烈怀疑，最引人怀疑的是三发子弹的说法。武器专家们说，凶手使用的步枪，瞄准不方便，而且在袭击总统的五六秒内，最多只能射出三颗子弹。
美国的安全部门曾对总统的出行作过严格设置，车队的汽车上都安装了麦克风，以便对现场进行录音，但当时总统遇刺后，现场一片混乱，所以录音很模糊。不过有相关人员通过对总统车内模糊的录音进行辨听，又经过详细测算，认为这三声枪响的时间与总统中弹的时间有着非常明显的间隔。所以，可以判断刺杀总统还有第四枪，而这一枪才是总统毙命的决定性一枪。
那么，到底是谁打出的第四枪呢？这个疑问被人提出后，立即有一些目击者说，枪声是从大楼附近的草坪中射出的。
虽然表面看来，肯尼迪遇刺后，联邦调查局和继任的总统约翰逊对此事给予了高度重视，但并没有拿出能令世人信服的调查结果。不过，从许多人的证词中可以得出结论，那就是枪杀肯尼迪的至少有两个人，而杀害肯尼迪的并不是奥斯瓦尔德，而是另有其人。
6．FBI在总统遇刺案调查中做了什么
对于前总统肯尼迪遇刺的调查结果，人们除了对约翰逊的调查小组持怀疑态度外，对联邦调查局在其中所尽的努力也是令人怀有很大疑问的。
肯尼迪遇刺事件发生后，负责解剖遗体的海军医疗中心X光摄影师后来说，他在给总统遗体拍照后，联邦调查局特工坚持亲自显影，同时，将他拍摄的底片和胶卷全部拿走了。他表示，许多底片失踪了，一些胶片也被恶意“曝光”了，剩下的只是一些不清晰或是无关紧要的照片。
根据这名摄影师提供的照片可以看到，肯尼迪的尸体面部毫无损伤，一名达拉斯市的警官曾经参与了总统尸体的验尸工作。他后来也证实说，自己当时就站在总统的头部位置，在肯尼迪的尸体抬上验尸台时，他的手曾接触到肯尼迪的头部，并发现总统的后脑部被射穿，可脸部完整无损。但弹道专家认为这是不可能的，如果总统是被卡尔卡诺6.5毫米步枪子弹击中的话，根据这种步枪子弹射出的强大压力，一定会使肯尼迪的脸的右前侧变形，甚至被击碎。但那位退休的警官并没有撒谎。于是，关于总统遇刺又有了另外的说法，说凶手并不是从后面开枪而是从前面将子弹射入肯尼迪头部的。有人将这颗子弹偷偷取了出来，并对弹道进行破坏，目的就是掩盖子弹飞行的真实方向，并设计了新的弹道轨迹。
因为解剖验尸的真实性被质疑，于是，肯尼迪的尸体被二次解剖。负责这次解剖的军医说，总统头部的伤口大概为10mm×20mm，颅腔内什么也没有，仿佛肯尼迪根本没有脑子一样。那么是谁偷走了总统的脑子呢？没人知道，这些人拍完照片后用海绵填塞了颅腔，而这些照片经过联邦调查局的手送到了国家档案馆。这些资料在1966年的10月从档案馆消失了。有人认为是被人偷走了，也有人认为，联邦调查局根本就没有把那些照片放到档案馆。因为这些资料已经消失了，所以，也无法证明那位负责解剖尸体军医的话到底是真还是假了。
1992年，一位曾经参与过抢救总统的帕尔克林德医院的医生克林绍在他的书中《约翰·肯尼迪——打破沉默》中披露了当时的情况。他和那位军医看到的情况一样，肯尼迪总统被送来抢救时，整个大脑右半部分都没有了，根据这种情况可以断定，子弹是从总统右边太阳穴几乎沿着切线打穿颅骨的，而且损伤了头顶和后脑勺骨。同时，总统的喉结下部还有第二处伤口，其入口犹如钢笔直径一般大小，凭着多年的从医经验，他可以确定，总统头部的两处伤口，是前面两次射击的结果。
这位医生还在书中表达了自己的困惑，那就是后来政府公布的尸体照片上，肯尼迪的头部被做了手脚。书中写道：“总统颅骨后部皮层被拉过来盖在伤口上，其右边约10厘米的伤口经过外科修整已不明显，这很容易使人们相信子弹是从总统的背后射来的。”
肯尼迪遇刺案件可谓是疑点重重。根据联邦调查局的调查报告，枪杀那名警察的凶手是长着黑色卷发的年轻人，而当时被指控的凶手奥斯瓦尔德是栗色的头发。调查局的报告还说，奥斯瓦尔德杀害警察的手枪所射出的子弹与那名警察身上的子弹是一颗。可在现场找到的一枚空弹壳与奥斯瓦尔德手枪的型号根本对不上。而现场被杀警察的同事后来作证说，凶手的样貌与奥斯瓦尔德根本就不一样。而这名警察说出此话后没几天，就在巡逻时被人枪杀。另外一位目击那名警察被杀的路人在调查中说，凶手绝不是奥斯瓦尔德。两天后，他也同样被人用手枪击中头部导致重伤，而这个人在之后的调查中却一口咬定凶手就是奥斯瓦尔德。
一位叫罗杰·克雷格的现场目击者说，奥斯瓦尔德有同伙，而且他记得那个人的样子，但不久后，这个目击者便遭到枪杀。一位女记者曾经到监狱中采访过奥斯瓦尔德，没多久也死在自己的家中。还有一些接触过奥斯瓦尔德的人，也都莫名其妙地纷纷死去。
肯尼迪凶杀案发生后，许多人被牵连，也有许多人因此丧命，联邦调查局在肯尼迪一案中到底付出了几许努力，胡佛应该知晓吧。