罗马教皇危机四伏，只好向法国和西班牙（当时是德国的皇帝）这些强大的君主示好。教皇依靠他们的援助，才把他们领土内的宗教改革镇压下去，但是他们付出了很大的牺牲。当时，教皇也有意向英格兰国王示好，但为了避免得罪更强大的西班牙国王查理五世，因而未与英国结交。本来英王亨利八世并不太相信新教教义，但由于新教义已经在国内流行了，因此他也不得不顺从民意，消除领土内所有的罗马教会势力。虽然他只做到了这一步就停止了，但那些宗教改革的拥护者也有些满意。随后，英国王子继位，宗教改革者操纵了国家政权，他们便将宗教改革进行得更彻底了。
像苏格兰那样的国家，政府势力很弱，不是很稳固，并且政权统治不得民心。于是，那里的宗教改革运动不但推翻了罗马教会，还推翻了支持罗马教会的国家政权。
欧洲各国都散布着宗教改革的拥护者。不像罗马教皇或罗马全体教会会议那样，他们并没有一个最高法院来解决拥护者之间的争议，明确规定他们正教的范围。因此，当一国宗教改革的拥护者，与另一国宗教改革的拥护者发生争执时，由于没有共同的裁判官来裁决纠纷，所以他们之间的很多争论都无法得到解决。在各种争论中，关于教会的统治和教会职务的任命，应当说和市民社会的和平幸福关系最为密切。于是，所有新教拥护者，就分成了两大主要党派或教派。它们是路德派和喀尔文派。虽然新教也分成了很多的宗派，但在欧洲各地以法律规定其教义的就只有这两个派别。
路德派和英格兰教会，都保留了一定的监督制。例如，牧师之间形成了一定的从属关系；君主负责一国领土内所有主教和其他牧师的任免，是教会的真正首领。虽然主教区内下级牧师的任免权还是由主教掌握，但君主和其他新教拥护者享有重要的推荐权。这样的教会管理体制从一开始便有两大好处：一是有利于和平和良好秩序的维持；二是有利于对君主权力的服从。因此，任何国家一旦确立了这种教会管理体制，就基本上没有因此而发生骚乱或内讧。尤其是英格兰教会，自称他们对于信奉的教义都非常忠心地遵守着。在这种教会管理体制之下，牧师们为了自己的升迁，便会努力地获得君主、宫廷和贵族绅士的好感。有时，他们会阿谀奉承；更多时候，他们在锻炼各种技巧，诸如增加各种风趣的学识、注意风度仪态的自在，以及社交谈吐的谦恭，甚至还要有蔑视狂妄者的态度等，以获得那些最值得尊敬的人的好感。他们之所以要公然蔑视那些狂妄者，是因为这些狂妄者为了获得普通人民的尊敬，佯装善良，唆使人们憎恨那些有身份地位的人。然而，这些牧师在向上流阶级阿谀奉承之时，却忘了维持他们对人民的感化力和权威。因此，他们虽然受到了上层人民的称赞和尊重，但在下层人民面前，当他们受到狂妄者的攻击时，他们并不能对自己的教义进行有效的捍卫。
喀尔文派（或者说茨温克利派）不同于路德派。他们对待教会采取了两项措施：一是将各教会牧师的选举权交给各教区人民，一旦牧师缺少，人民便可以随时选举；二是保持各牧师之间完全的平等关系。就第一项措施来说，似乎曾经导致了秩序的混乱，并使牧师和人民的道德都沦丧了。但第二项措施并没有产生什么不良的后果。
实际上，各教区人民在享有选举权的时期，基本上是按照牧师们的意思行为的。大部分牧师都非常狂热，并拥有党派精神。他们为了保持自己在选举上的优势，大多数人都成为了狂妄者，他们不断鼓励人民信仰狂妄主义，并将那些最具有狂妄主义精神的候选人选举出来。对一个教区来说，任命牧师本来是一件小事。但结果却是，在本教区和其他邻近的教区，选举都发生了激烈的斗争。当教区在大城市中，这种斗争可能就会将所有的居民分成两个派别。而当那些斗争发生在一个小共和国，或小共和国的首都，或者是在瑞士、荷兰的许多大城市，那么这些斗争除了遭到其他党派的厌恶之外，还会造成两种结果：一是教会内产生新的宗派；二是在国家产生新的党派。因此，在那些小共和国，政府为了维持社会治安，不久就开始自己掌握牧师任职的推荐权。
苏格兰是建立长老管理教会制度的最大国家。威廉三世执政初期，长老会的一项法令实际上撤销了政府对牧师任职的推荐权。这项法令使得各教区某些阶级的人，只需要通过支付很少的代价就可以购买本区牧师的选举权。这项法令形成的制度，大概持续了22年。因为这种选举总是引起秩序的混乱，于是安妮女王第10年（1711年）的第12号法令将其废除了。然而苏格兰幅员辽阔，僻远教区发生的纠纷，一般不会传到国王的耳朵里。因此，安妮女王同年的一项法令，恢复了牧师任命的推荐权。这项法令规定：所有被人推荐的人，在法律上一律授予牧师的职位，但是教会在授予被推荐者灵魂监督权或教区管辖权之前，有时需要得到人民的同意。有时因为教区治安问题，牧师职位的授予会一直拖延到完全获得人民同意时为止。于是，很多人经常利用这样的借口故意拖延。例如，有的邻近牧师为了阻止他人获得牧师的授予，从而阻止这种同意的获得，经常进行各种私底下的干涉，并采用各种有效的手段。正是因为这样，在苏格兰，无论是民间还是牧师之间，都还有旧时狂妄主义的残留。
由长老管理教会的制度确立了牧师之间的平等。这主要表现在两个方面：一是权力或教会管辖权的平等；二是薪俸的平等。在所有的长老教会中，一般都做到了权力的平等，然而没有做到薪俸的平等。但是，薪俸之间的差距也不是很大，还不致使牧师为了获得更多的薪俸而阿谀奉承。长老管理教会，确立了完全的牧师推荐权，牧师要获得上级的赏识，一般只能凭借良好的学问、生活规律，忠实勤勉地履行职务这些能力，以致他们的推荐者常常觉得他们过于独立，甚至忘恩负义。但实际上，他们只不过没有了进一步的需要，因而态度冷淡而已。在欧洲各地，可能只有荷兰、日内瓦、瑞士和苏格兰长老教会中的大部分牧师，是最有学问和礼节、最具有独立精神，以及最值得人尊敬的牧师了。
为了使教会的薪俸趋同，缩小薪俸间的差距，教会采取了一些措施。虽然这些措施常常有些过度，但对教会却产生了一些良好的结果。人们都知道，一个小的有产者若想保持威严，就必须保持具有模范作用的德行和品质。如果他轻浮虚荣，品行不正的话，必定会遭人嘲笑以致灭亡。所以，他们的行为，一般都会遵循人们最尊重的道德体系。根据他自己的利益和地位遵循道德体系的生活方式，就是他获得普通人尊敬的生活方式。一般来说，如果某个人的状况和我们自己的状况很接近时，或者优于我们时，我们就会对这个人充满了亲切感。正是因为这样，人们对那些牧师很亲切，而牧师也很仔细地教导人们、关心帮助并救济他们。牧师们不会鄙视人们的自私和偏见，更不会以傲慢的姿态对待他们。这样一来，与其他任何国教教会的牧师相比，长老教会的牧师对人们思想上的支配力更强。因此，只有在实行长老教会制的国家，普通人民才会受到迫害而全部改信国教教会。
如果一国教会的薪俸都很普通，那么大学教师的薪水就会多于教会人员的薪水。在这种情况下，大学就会吸引全国所有的牧师去当教师，因为任何国家的牧师，都是拥有最多学问的阶级。与之相反，如果一国教会的薪俸很多的话，那么教会就会吸引大学的知名学者加入教会。由于很多人以推荐这些学者为荣，因此这些学者一般很容易就能找到推荐人。在第一种情况下，全国知名的学者都聚集在各大学；在第二种情况下，各大学的知名学者人数将很少，可能连最年轻的教师，在他们获得教授经验之前，就都被教会吸引过去了。