炮击孝陵案一发生，整个金陵被封闭，金陵城内陷入震荡惊恐之中。而这一次最惶恐的人不是主谋朱橞，而是方孝孺，他不知道这一次引起的风暴会不会波及到宫中，会不会波及到更多人。
朱橞暗中筹备炮击行刺万磊一案，方孝孺也是知情的，早在两天前，朱橞就派人来找到他，想借助他的帮助让刺客混入礼部的工作人员中，好急起行刺。方孝孺当时并没有同意，却也没有告密，完全一副观望的态度。
不过，现在他要为当时的观望态度而懊悔不及了，因为他意识到了，炮击案虽然没有成功，不过知情不报也是重罪，如果追究起来，很多人都得跟着倒霉。那个心黑手狠的万大总统甚至还能以此为借口，对明朝遗人进行大清洗。
现看着一场政治大风暴将至，方孝孺如何淡定得下？他个人倒也不在乎生死，不过就怕波及到宫里，就怕万大总统借这个机会，将逊帝一家轰出皇宫。
怕什么，就偏偏来什么，果不出方孝孺所料，万磊一回到金陵，就开始大规模捉人逮人，耿府、常府、李府等等勋贵家族被重兵围住，所有十五岁以上的男丁被拉走，就连皇宫的宫门也被封闭，严禁任何人出入。
所谓拔出萝卜带出沙，捉的人越多，牵出的人也就越多，但凡是与行刺案相关的，不管是主谋从犯疑惑是知情不报，全部都要下狱，就连方孝孺也不能幸免，十二月十一日，方孝孺因知情不报而正式下狱，看样子只能在牢内过年了，说不定还会到地府去吃年饭。
原来忠于逊帝的皇亲国戚勋贵大臣多数被下狱，朱允炆闻讯，也陷入极度恐慌之中，因为他知道，一把刀已经架到了他的脖子上，随时都可能落下。而他此时已经陷入孤独无助的境地之中，连个商量的人都找不到了。
不过，朱允炆并没有惶恐多久，因为十二月十二，万磊派人进宫去把他和一些亲王也架了出来，直接扔到特殊监狱中，理由是策划和实施刺杀国家元首，企图颠覆大华民国，犯下叛国罪。
建文被捉走了，不只是宫中一片慌乱，宫外也是一片哗然，很多对政治敏感的人隐隐感觉到，大清洗运动就要开始了，甚至有一些投诚的官员也惴惴不安，生怕也被牵连到。
其实，万磊还真的是要借机大搞清洗，不过清洗的对象是那些不甘心失败的顽固分子，主要是故明宗室和那些皇亲国戚，这些人一直不甘心当大华民国的平等公民，就像是地雷一样，随时都可能爆炸，万磊可不想被暗伤，所以就先把它们给引爆排除掉。
而炮击案是大案，负责办案的可不是一般的军警，而是精忠卫，这些人本着不枉不纵的精神，审出一个捉一个，捉回来再审，审了再捉。从十二月十一到十五日，一共捉了五天，监狱中就满满地关了上万人，金陵城内的明遗几乎一扫而空，万磊这才收手。
捉人的同时，精忠卫也在积极地“罗织”证据，把这上万人分成主谋从犯胁从犯和知情不报者，而案情也直接对外公布，接受官民监督。随着对舆论的刻意引导，很快，金陵城人人都在热议炮击案，大部分人都是对案犯破口大骂，特别是对以朱允炆为首的宗室，百姓都骂他们背信弃义，几乎没有同情他们的。
证据罗织完，下一步就是移交法院审判，不过由于朱允炆朱橞耿炳文方孝孺等人的地位特殊，不必走正常的审判程序，而是由万磊直接下总统令批示处理。
十二月二十，万磊下达一个总统令，宣布原有的皇室优待条例作废，宫廷内所有宗室人员和宫女全部出宫，宫中只留下少数太监负责打理，宫城封闭，划为故宫博物院。
被扫地出宫，建文帝的老婆儿子们就成了无家可归的人，还有那些原本当惯了主子的亲王公主们也无比凄凉，处境比那些宫女还惨，因为那些宫女好歹还能自食其力，而且出宫的时候每人还能拿到二十银元的遣散费。
十二月二十一，万磊让人把朱允炆从特别监狱中带出来。由于被关了几天，朱允炆的面容憔悴，不复养尊处优的富贵样。不过，他倒也硬气，死也不肯向万磊低头，甚至反过身去，连看都不看万磊一眼。
对于这种死不悔改的顽固分子，万磊是有办法的，他叫精忠卫把朱橞也带上来。而朱橞却是个十足的软蛋，吃了几天牢饭，就倒豆子一般把所有同犯都抖了出来，就连朱允炆也不能幸免。
“朱橞，你好大的胆子啊，居然敢行刺我！”一见面，万磊就厉声喝斥。
“大总统陛下，我，不，小的只是奉了他的命令，才，才一时糊涂。”朱橞一指站在与旁的朱允炆，非常不地道地把这个侄子给出卖了。
“我不管你是不是主谋，反正你是主要实施者，按照大华民国刑法，行刺大总统，以叛国罪论处，主谋者与实施者皆要叛处死刑立即执行。”万磊正色道。
“啊！”朱橞听到死字，不由得一声惊呼，吓得脸都白了，忙跪趴在地上，磕头道：“大总统陛下，小的只是一时糊涂，还请陛下法外开恩。”
“一时糊涂？不见得吧。”万磊怒目直视，“你们这叫死不悔改，留你的性命，说不定还会对我进行下一次暗杀，你以为我会养虎贻患？”
“陛下，小，小的以后再也不敢了，还请陛下放过小的吧。”朱橞哀求道，眼泪都快下来了。不过这也不能怪他，杀头掉脑袋谁不怕啊。
“口头保证没有用，要有实际行动。你口中的那位主谋却还是死不悔改，依旧把自己当成是皇帝，这等愿赌不服输的人最是讨厌，你能说服他不再祸国殃民，我倒是可以考虑给你们这些人发布特赦令，饶过你们的性命。”
万磊这话刚落，朱橞马上爬到朱允炆身边，开始了劝说，连跪求带哭求，声情并茂，连带着动之以情晓之以理，总之就是要朱允炆低头。万磊看着这一幕，心中一阵冷笑：跟我斗，你还太嫩。