也是和往常一样，每逢太后把这些奏章置诸高阁，群小便继续弹奏。由哲宗元祐元年十二月到次年正月十一日，有四五份表章弹劾苏东坡。正月十二日，太后敕令停止弹劾。正月十三日，百官在中书省接到圣旨。那些官员竟尔违抗圣旨，次日又上一表。苏东坡这段期间并不屑答辩，只是上了四次表章，请求派任外地官缺，离开京都。到十六日，太后显然是要支持苏东坡，因为她对众臣说，苏东坡的意思是指国家官员的宽严，他并没有对皇帝本身有何不敬。甚至弹劾苏东坡的官员有受惩处之说。
这时，苏东坡决定不求外放，而是要挺身而斗了。他在正月十七日，给皇后上了两千字长的一份表章，略叙他本人的职分并对卑劣的政治手法予以谴责。他是为“人应当有不同意权”而奋战。在表章里他指出朝廷官员都表示同一意见，或因怕开罪于人而避免表示意见，皆非国家之福。君臣当表白自己的意见，如此于人于事，方有助益。倘若帝王所赞同的群臣都说对，群臣便都成了孔子所说的乡愿，是足以招致亡国之祸的。然后他又略述在免役法方面他和司马光不同的看法。他二人是意见不同，但是尊重彼此的意见。而今司马光已去世，那群人，以为朝廷依旧继续推行他既定的政策，于是只知道顺从皇帝的意见。实际上，司马光并不希望人人都同意他的意见，他也不相信皇太后所需要的只是群臣唯唯诺诺的恭顺和卑屈谄媚的意见一致而已。他另一点异议是，从免役法所征收的三十万贯之中，拨出了西北战事所需之后，尚余半数，朝廷应当把此款项在城郊购买土地，用以安顿退役的军人，如此，可以减少服役人数的一半。此钱取之于民，当复用之于民。在这些方面，他一直坚持己见，得罪了不少人。大概在十二日，他写信给好友杨珪，在信中又非难那些人云亦云毫无主见的人，并颇以自己有真知灼见而自负。那封信上说：
某近数章请郡未允。数日来杜门待命，期于必得耳。公必闻其略。盖为台谏所不容也。昔之君子，唯荆（王荆公）是师。今之君子，唯温（司马温公）是随。所随不同，其为随一也。老弟与温相知至深，始终无间，然多不随耳。致此烦言，盖始于此。无进退得丧，齐之久矣，皆不足道。
最后，在二十三日，苏东坡奉令留任原职。在二十七日，决定把请求审问苏东坡的官员予以宽恕。
苏东坡为小人陷害，太后支持他，政敌显然未能达成目的，也因此丢了脸面。他别无话说，只好照旧留任。他对皇太后非常感激，决定从此之后，毅然决然以更为坦诚的态度，向皇太后说别人所不敢说的话。今天在《苏文忠公全集》里还有很多政论文章和奏议，都是此后的两年内写的。那些奏议上都清清楚楚写着日期，看了就知道他所争执的是哪些问题。
他所力争的第一项是“广开言路”。他若生在今天，一定会为言论自由而战，为强大有益的舆论而战。这是他一再提到的。他指出来，朝廷有道，皇帝一定是想办法接近每一个人。比如说，唐太宗在位时（唐太宗可以说是中国四千年来最好的皇帝），他许每一个人到宫廷进言，甚至无官无职的老百姓也在内。若有人说有话要见皇帝，宫门的守卫人员不许阻拦。苏东坡提醒皇太后，在本朝初年皇帝允许低级官吏谒见，甚至平民亦蒙接待。而今可得见到太后的人只不过十几个人，那十数人岂能尽知天下所发生的事？倘若那十数人赶巧都是庸碌之辈，或不敢把真实情形奏闻，皇太后必致相信天下百姓安乐无事。天下情形岂不糟糕！诚然，别的官员也可以上表进言，但是那些表章进了皇宫，也就石沉大海了。皇太后若不亲自召见，又怎么了解所讨论的问题？再者，还有好多事，是不能写在纸上见于文字的。有的事情有时万分复杂，一次讨论未必弄得清楚，何况只凭一道表章！在另一道奏章里他说，马生病，不能以言语表达，“人虽能言，上下隔绝，不能自诉，无异于马”。
但是文人若不能独立思考，无批评的勇气，言论自由也终归无用。就只在这一点上，他赞美欧阳修而非难王安石，因为欧阳修激扬清议，王安石则压制清议。苏东坡极其担心当时的暮气沉沉，读书人已经忘记用头脑思索。这段时期，在他给门人张耒的一封信里，他说：“文字之衰，未有如今日者也，其源实出于王氏。王氏之文，未必不善也，而患在好使人同己。自孔子不能使人同颜渊之仁，子路之勇，不能以相移。而王氏欲以其学同天下。地之美者同于生物，不同于所生。唯荒瘠斥卤之地，弥望皆黄茅白苇。此则王氏之同也。”
在哲宗元祐元年（1086年），苏东坡总算把青苗贷款法完全废止。年初，四月里，皇帝下了一道圣旨，对于这种政治措施勉强改革了一些，常平仓稳定粮价办法予以恢复，而青苗贷款仍然贷于人民，只是款额则以仓谷价值的半数为限。朝廷的如此改革，原出好意。这样，禁止了官吏像以前那样进入农村，召集开会，把官款分配给农民，也禁止小吏按家去催逼捐献。在苏东坡看来，此种不彻底的措施，还难令人满意，其流弊也不减于过去。在八月初四，他又给皇帝上表，第一请求将青苗法完全废止，第二请求将赤贫百姓之欠债，包括本金利息在内，一律宽免。他又将四月份之改革措施比如偷鸡贼，此贼自称将改过向善，以后每月只限于偷鸡一只，这是引用《孟子》上的典故。他的表文里说：“臣伏见熙宁以来，行青苗免役二法，至今二十余年。法日益弊，民日益贫，刑日益烦，盗日益炽……又官吏无状，于给散之际，必令酒务设鼓乐娼优，或关扑卖酒牌子。农民至有徒手而归者。但每散青苗，即酒课暴增，此臣所亲见而为流涕者也。二十年间，因欠青苗，至卖田宅、售妻女、投水自缢者不可胜数。”苏东坡问，为什么皇帝竟会降尊纡贵借钱与百姓而求利息呢？他建议朝廷下令所有欠官债者分十期归还，以半年为一期，甚至盼望皇帝念及债务人已付过不少利息，慈悲为怀，凡四等以下贫民的债务，全予豁免。下个月，青苗贷款法才全予废除，但赤贫者之债务宽免之议，直到六年后，经苏东坡力请，朝廷方予接受。
苏东坡又单枪匹马，只身独自向朝廷之腐败无能进军。他想从根本上改革国家的吏治。朝廷官吏皆来自科举，但是科举制度业已废弛。他有四五次身为主考官，都特别留心为国家选拔真才，有时把别的考官所弃而不取的考卷又找回重阅录取。有一次，考生在御林军例行监视之下进行考试，御林军的傲慢粗野，真使他吃惊。军士对考生呼喊，如对一群新兵。有几个考生被发现挟带作弊而驱出大殿，警卫军士大声喊叫，声势逼人。当时混乱不堪，军士之恢复秩序，犹如平定暴乱。军士的蛮横无礼，是对士子斯文的侮辱。苏东坡立刻连上二表，将两个军士斥退。
当时最使朝廷感到困扰的，其实在中国历史上历代皆然，就是冗吏充斥。读书人太多，而朝廷可给的官位太少。这是中国多年的积弊，人竟认为一个优秀的读书人必然要“学而优则仕”。这个想法如果现在还不改，全国教育普及则国家将亡。我们有多少官位供给四亿五千万人呢？倘若考试制度认真执行，而选人唯才，则合格的考生必然为数有限，而选取的人才的素质也会提高。但是在苏东坡时代，引用亲族之风已经盛行。有好多外省来京的考生，由朋友亲戚的推荐，不用在京参加考试，便可以获得官职。每次考试若选三四百人，礼部就可以推荐免试生二三百人，其他还有由兵部和皇家关系推荐的。在春季祭天大典之时，很多读书人由皇上特恩免考。苏东坡说：“一官之阙，率四五人守之。争夺纷纭，廉耻丧尽。中才小官，阙远食贫，到官之后，求取渔利！靡所不为，而民病矣。”他又说：“臣等伏见恩榜得官之人，布在州县，例皆垂老，别无进望，唯务黩货以为归计。贪冒不职，十人而九。朝廷所放恩榜，几千人矣，何曾见一人能自奋励，有闻于时。而残民败官者，不可胜数。所至州县，举罹其害。乃即位之初，有此过举，谓之恩泽，非臣所识也。”苏东坡提议废除此等免试办法，严格限制高官巨卿之子女亲戚，以及皇家所推荐之人。苏东坡认为自己有责任把官吏之怠惰低能蒙混朝廷的情形，奏知太后。为这种情形，他向太后密奏多次。在几件大事的表章后，他又附有再启，请太后阅后自己保存，勿转交与中书省。
比如说，西北番族入寇，中国农民几乎有一万人惨遭屠杀。当地驻军官长企图隐瞒朝廷，甚至消息传至京师之时，朝廷派一专使前往当地调查。此一专使，本着中国由来已久的“官官相护”的积习，向朝廷报告只有十个农民被杀。而特使更把灾情大事化小，先为当地驻军首长请求赦罪，然后再缓缓进行调查。两年之后，竟尔毫无动静。被杀的村民，朝廷应予抚恤，结果也一无所得。在苏东坡上皇太后表中，他指出如此忽视民情，势难收揽民心。
“官官相护”之恶习必终致“官民对立”。另外，还有广东守将童政的案件。童政剿平盗匪无功，竟尔在收复的城市里屠杀数千百姓。但是别的同僚对朝廷的报告中竟说他保卫城池有功，把他说成平贼的英雄。还有温杲杀害百姓十九人，仅仅记一小过，便算了事。另外有一个小军官，打算报称杀贼立功，竟闯入民家，在青天白日之下杀害妇女五六人，带着砍下的人头回去，说是斩杀贼匪的人头。这件事实在惨无人道，遮掩不了，在朝廷派人调查时，那个军官辩称，在交战之时，他不能看清是男是女，因而误杀。这些都是当时的虐政。苏东坡对这些事，实在不能置之不理。
最重要的案子，惹得众怨沸腾的，就是周穜一案。对这件案子，苏东坡实在无法克制自己了。王安石的余党暂时失势，现在都在偏远的外地为官，竟想卷土重来。那些魁首如吕惠卿、李定、蔡确等人已遭罢黜，但是他们的好多朋友还都在京为官。为了试探朝廷对他们的态度，他们找了一个默默无名的书院教师周穜试上一表，表中提请将王安石的灵牌安置在太庙中神宗皇帝的神牌之下，好能共享祭祀。如果太后准其所请，那些阴谋小人就可以看做是个分明的信号，他们又可以出来公开活动了。苏东坡看出他们如此试探的企图，立即对这些唯功名利禄是求的投机分子大施挞伐。他举出他们十六个人的名字，责骂他们是“虮虱”、“蝇蛆”、“佞奸小人”、“国之巨蠹”。这一次他对王安石不再婉转其词，而几乎公然以诈伪骗子称之。他向皇太后说，如果富弼、韩琦、司马光有一人尚在，这些鼠辈绝不敢露面。他说，如果对这些阴谋小人不予以当头棒喝，则“惠卿、蔡确之流何忧不用！青苗市易等法何愁不复哉！”据他自己观察，他深信此种情形必会出现。实际上，他已萌去朝之志，他说君子如麟凤，难求而不易留养；小人则“易进如蛆蝇，腥膻所在，瞬息千万”。其理至明，人若不愿与蝇蛆为伍，只有远避。
在两年之中，苏东坡以其强烈的名士本色，坦直无畏的言论，得罪了很多人，其中包括朔党、洛党的人物。当然他也成了王安石余党的眼中钉、肉中刺。苏东坡不去，此等人不能再起。
看一看那些弹劾表章，倒也有趣。大概最为有趣的是苏东坡起草任用吕大防的圣旨。吕大防为王安石的政敌，此次也是受命担任要职。圣旨上赞美吕大防勇于任事，屹立不移，又说在王安石时百姓饱受压迫，人心消沉，王即去位，“民亦劳止，汔可小休。”这句话是引自《诗经》，人人可用，但系讽刺暴君之作。御史看到，眼睛亮起来，说苏东坡将神宗比周厉王，意在诽谤。御史们气得股战心摧，他们忠爱的先王竟为人所诽谤！
关于苏东坡的诗，还有一件有趣的事。那是在他自南都回京之前，听说朝廷已经允许他定居在常州，正在心情愉快之时。他经过扬州，在一个寺庙的墙壁上写了三首诗。三首诗若一齐看，主题为何，不会误解。其大意是他在寻找安居之地徒然无功之后，欣闻得以退休林泉以度晚年。其中第三首是：
此生已觉都无事，今岁仍逢大有年。
山寺归来闻好语，野花啼鸟亦欣然。
赶巧这首诗正写在五月一日，而神宗是驾崩于三月五日，五十六天以前。由诗上看，诗人在歌颂自己的欢乐，但是，可是在国丧之间啊！他为什么高兴？“闻好语”，什么好语？显然不是什么别的事，显然是神宗驾崩的消息！多么忘恩负义的臣子！这大概是这个时期弹劾苏东坡最严重的理由，当然是很严重的控告。我想从文意上看，“好语”即是指那年丰收有望。但是苏子由为他兄长想出一个更好的辩护语。在哲宗元祐六年（1091年），子由为此事作证时，他说苏东坡那年三月在南都，那时一定已经听到神宗驾崩的消息，绝不能五十六天之后才在扬州听见。他告诉皇太后说，“好语”指的是在苏东坡下山时，听到农人谈到英明的幼主登基，十分欢喜。这个说法明确有力。子由作证完毕，从御前退出，让别的官员去争论到底吧。
苏东坡觉得皇太后所收到弹劾他的本章，一定比他知道的还要多，而皇太后始终是搁起来不理。他曾请求将那些本章公开，以便给他机会申辩澄清，但是皇太后不答应。苏东坡知道他的政敌是决心要推倒他，甚至他草拟惩处奸佞小人吕惠卿的圣旨时，他的政敌都认为文字里含有毁谤先王的话。他真是厌倦于驱赶那些苍蝇臭虫了。不但是苏东坡自己，连他的朋友秦观、黄庭坚、王巩、孙觉都成了被批评的目标，或直接受到弹劾，或遭到政敌以阴险卑鄙的方式玷辱污蔑。这种用阴险的谣言中伤，使人没有自卫的余地，绝不是现代人的发明；只是到了现代，这种方法身价提高，变成某些人的战术罢了。苏东坡自己觉得仿佛正走在群蛇滋生的阴潮的山谷，他决心要逃出去。