在《崩溃》出版后一年，一八九三年，《卢贡·马卡尔家族》计划的最后一部小说《巴斯加医生》，又在梅塘别墅脱稿付印了。
在这部小说里，作者依据卢贡·马卡尔家族体系的构思，成功地刻画了一个医学工作者的形象。这个医生名叫巴斯加，三十多年来，他冒着严寒酷暑，积累了上千篇医学资料，决心贡献给医学界的朋友。他的嫂子病故后，哥哥曾将年仅七岁的侄女托他抚养，这个侄女名叫克洛蒂德，生性活泼，爱好绘画。巴斯加医生行医三十年来，女管家玛丁娜一直忠心耿耿地跟随着他。
从那时起，玛丁娜就用自己的宗教信仰，向他的侄女灌输，巴斯加则用纯正的思想开导她。在这个家庭中，三个成员彼此和睦相处，将近生活了二十年，只是最近才发生了一点小小的摩擦。那是因为玛丁娜和克洛蒂德都奉劝医生去参加祈祷，这次却被巴斯加谢绝了。
临近黄昏的时刻，医生的母亲费丽西蒂·卢贡太太来了。她得知巴斯加又在搞新药研究，便露出不满的神色。在她看来，巴斯加应该研究和发明的，是当地财主贵族需要的药品，而不应热心于为穷人去发明新药。更为令人不解的是，他给穷人看病，从来不收分文，反而布施于穷人。而他给富裕人家看病得来的报酬，又全部积蓄起来，投资在一家私人工厂，只取得微薄的利息，他自己始终过着十分简朴的生活。
一天，医生的侄儿、克洛蒂德的哥哥玛克西姆从巴黎归来。虽然他很年轻，但生活放荡，仪表衰老。他要妹妹上巴黎为他管家，但妹妹不愿离开巴斯加。有一次，巴斯加神色不安地回到家，因为一位心脏病患者在打针后就死去了，他感到十分难受；同时，他又担心自己将会像祖母那样，晚年疯病大发，拖到一百零五岁才去世，这太可怕了。
从此，巴斯加医生烦躁不安，健康状况每况愈下。当拉蒙医生前来向克洛蒂德求婚时，她为了悉心照料叔父，拒绝了，可是巴斯加仍催促侄女尽快安排自己的终身大事。
有一天，当他们一起散步归家时，克洛蒂德请巴斯加医生帮她解开帽带。
当叔父靠近她时，她感到巴斯加是如此地爱她。那时，巴斯加立即克制住自己的感情，要她尽快与拉蒙医生结婚。不久，他买了一条昂贵的饰带，放在克洛蒂德床上，作为赠送她的结婚礼物。这天晚上，克洛蒂德来到巴斯加房内，她为得到这样贵重的礼物而高兴，并向巴斯加表示，她要嫁的并不是拉蒙医生，而是巴斯加医生。
接着，他俩过了一段幸福的婚姻生活。不久，克洛蒂德得知玛克西姆残废了，要她去巴黎照料，但她又不愿离开医生。巴斯加为此深感内疚，他觉得对不起妻子，这不仅因为没有名媒正娶，而且婚后一直过着穷日子。他劝说克洛蒂德前去巴黎，推委自己要专心致力于医学研究。在这种伤心的安排下，她不得不离开巴斯加到达巴黎。
克洛蒂德走后，巴斯加深感孤独。他一边研究医学，一边靠读着妻子的来信过日子。有一天，他在来信中知道，克洛蒂德怀孕了。巴斯加兴高采烈，随即拍电报催她回家。克洛蒂德归心似箭，立刻动身启程，但在她到家两小时前，巴斯加医生已死于心脏病并发症。
在梅塘别墅居住的十多年间，左拉的生活是安定的，文学创作的收获也是丰富的。除了偶尔编写过几个剧本外，每年，他几乎都推出一部长篇小说，有条不紊地完成他那《卢贡·马卡尔家族》的创作计划，把一千二百多个不同人物，汇集在自己的笔下，组成一幅法兰西第二帝国时代社会生活的图画。
德莱菲斯事件
一八九四年，左拉正兴致勃勃地为实施他的第二个创作计划《三名城》
而埋头创作的时候，在法国的政治生活中，发生了一起震惊世界的“德莱菲斯事件”。
从事件本身说，它与左拉没有直接的联系，他依然可以埋头伏案创作；但是，一切正直的作家都以捍卫真理和正义视为天职，他们不惜牺牲个人的利益为真理和正义而献身。十八世纪法国的启蒙作家伏尔泰，曾为卡拉事件辩护；十九世纪法国诗人维克多·雨果，曾为受凡尔赛分子迫害的巴黎公社战士伸张正义；生活在十九世纪末期的左拉，他不遗余力地为平雪德莱菲斯蒙受的冤狱而战斗。
事件的经过是这样的：
这年九月，一个法国的反间谍人员，在德国驻法国大使馆的门房里，截获了一封特殊的信件。由于它没有注明日期，也没有署名，仿佛是空中飞来的怪物，人们就称它为“飞帖”。可是，这“飞帖”事关重大，其中列举了许多有关国防的机密材料；消息传开后，顿时震惊了整个国防部。
当局立即决定组织侦破。从这些机密文件的性质看，估计作案的人是参谋部的某个官员，或是某炮兵部队的知情人。军政头目中的那批保皇党、天主教徒、反犹太分子，他们断定犯罪的必然是某个犹太人。当时，正巧在参谋部供职的，有一个名叫阿尔弗勒·德莱菲斯的犹太籍上尉。司令员巴梯·特·克拉姆在一番所谓侦察调查之后，就武断地认定这“飞帖”出自德莱菲斯之手。
该年十二月二十二日，军事法庭秘密审讯了德莱菲斯上尉。国防部长麦尔西哀送来一个纸条，上面批着：“我曾见该劣徒德”，据此，德莱菲斯就被褫夺军职，监禁于狱中。
次年一月五日，德莱菲斯上尉被押送到军官学校去执行军纪处分。一名副官撕下他的肩章，折毁他的军刀。虽然德莱菲斯一再声明：所谓“飞帖”
与他根本无关，更不是他写的。但当局无视本人的严正抗议，仍将他解押在四千军人排成的方阵中示众。铁栅栏外的一批歹徒，疯狂地发出“处死他”
的呼喊，并对他进行种种诽谤与辱骂。
这天晚上，左拉在小说家阿勒封斯·都德家里做客，都德的儿子雷翁站在反动派的立场上，有声有色地描绘了德莱菲斯被褫夺军职的场景。具有正义感的左拉不以为然，他随即离座而归，都德急忙出来送他，也被左拉谢绝了。在回家的路上，左拉思绪万千，那场褫夺军职的闹剧，群众狂呼的骗局，不仅令人作呕，更使左拉深为愤慨；德莱菲斯上尉坦然否认作案的情景，又使左拉迷惘惆怅；他怀疑其间必有蹊跷，但要马上出来证明德莱菲斯无罪，也非轻而易举；他需要了解，需要思考，也需要时间。
正当反动势力企图利用这一事件，掀起一场规模浩大的反犹太运动时，不合当局意愿的事件又发生了。
一八九六年三月，法国反间谍机构在德国大使馆的废纸篓里，发现了一张已被撕碎的明信片，末尾的署名只有一个字母，受信人则是参谋部的军官艾斯特哈吉。凭这点线索，就可证明此人与德国大使馆有联系。法国情报局局长毕加尔上校随即派人调查，查实艾斯特哈吉原系奥国军官，向来欺诈行骗，后因负债累累，潜逃法国，并一贯窥视军政机密。毕加尔上校把他的笔迹和“飞帖”作了详细对照，证明系出一人之手，可见“飞帖”是他写的。
上校把这一重要情况上报国防部长，建议重新审理此案。但国防部长无视这一铁证，为了避免使参谋部、国防部遭受连累，失去声誉，反而将毕加尔上校调往撒哈拉边境了事。
这年十一月十日，巴黎有一家报纸斗胆把那个著名的“飞帖”材料制成锌版，公之于世。有一个曾和艾斯特哈吉打过交道的银行家，认出这是艾斯特哈吉的手迹，蒙冤判罪的德莱菲斯的兄弟马修·德莱菲斯据此上书国防部长，并投书报社，要求主持正义。当局无奈，只得重新审理此案。
左拉清醒地意识到：在当时的法国，要为德莱菲斯平冤狱，单凭事实，靠法院审理是很困难的；关键的一着，在于戳穿阴谋，争取公众的舆论。为此，他在《费加罗日报》上连续发表三篇文章：第一篇，献给那些为德莱菲斯主持正义的人，左拉表示敬意和钦佩，特别提出向凯斯纳副议长致敬，作者在末尾处写道：“真理在前进，什么也不能阻挡它”。第二篇，针对民族主义分子散布的谰言，他们胡说什么所有为德莱菲斯辩护的人都被人收买，靠领受犹太银行界“辛迪卡”津贴过日子。对此，左拉予以有力的驳斥。第三篇，抨击新闻界，谴责这些新闻机构多少年来每天在向人民灌输反犹太的情绪，提醒新闻界审慎行事。
这三篇战斗檄文，犹如三枚烈性炸弹，使得反动势力一派混乱。有的抗议，有的辱骂，有的恐吓，致使《费加罗日报》也不敢再刊登左拉的文章。
面对这严酷的现实，左拉誓不退却，他另采用印刷小册子的形式来发表意见。
一八七九年十二月十四日，他发表了《致青年们的信》，告诫青年们“万万不能偏执盲从”，“永远不能背离正义”。次年一月六日，他又发表《致法兰西的信》，呼吁法兰西民族反省觉醒。左拉写道：“祖国的灵魂究竟在哪里？祖国不可战胜的力量在哪里？法兰西啊，我恳求你永远是伟大的法兰西，恢复你的本来面貌吧！”
这声声肺腑之言，反映了一个作家力挽狂澜、执着真理的民主主义胸怀，传达出在专制制度奴役下千百万正义人民的心声。
法国反动当局有恃无恐，置左拉的正义呼声于不顾。此年一月十一日，艾斯特哈吉经二度审讯后，被宣告无罪释放，这使左拉愤怒至极。他随即愤笔疾书，一气呵成万言书--《致共和国总统费里克思·富尔的信》，十二日晚上，左拉亲自将公开信送到《黎明报》社。在那里，报纸的创办者渥昂兴奋地接待左拉，并找来德莱菲斯的同情者克莱蒙梭、白尔纳、拉扎尔等人。
左拉当众宣读了其中动人心魄的篇章，当念到末尾时，全场激情顿沸，达到高潮。由于这封公开信的每段均以“我控诉”开头，因此，克莱蒙梭建议将它改题为《我控诉》发表，左拉也欣然同意。第二天，这封公开信在《黎明报》用特大号铅字，醒目的标题刊于头版，发行三十万份，轰动了全世界。
左拉的这封公开信，成了本世纪舆论界最醒目、最伟大的革命行动。当天下午，法国一片混乱。《我控诉》所引起的巨大反响，简直和十七世纪法国物理学家、哲学家巴斯加发表的第一篇《致外省人书》的社会效果一样。
天主教议员芒恩伯爵向议会主席梅利纳提出，要求立即逮捕左拉；社会主义派议员盖德、若来斯、瓦扬等人，则全力支持左拉，为左拉辩护。举国上下，顿时形成两大对立的派别。不论在议院大厅，还是在街头巷尾，人们为此事争执着、论战着，有的甚至厮打起来；在家庭里，一家人也往往为此争吵不休，几乎所有的法国人，都被卷入德莱菲斯事件的浪潮，从中表明自己的爱憎。
一八九八年二月七日，左拉被传讯到法庭对质，四周军警林立，谁为左拉辩护，谁就受到军刀的威吓。反动报纸恫吓左拉，扬言要处死左拉，枪毙左拉；一些亡命之徒等候在法院门前，准备给左拉猛揍一顿，或者将左拉推进塞纳河淹死，其气焰之嚣张，真是不可一世。然而，左拉置个人生死于度外，他泰然自若，以捍卫正义事业为重，昂首阔步从法院的大石阶上走下来。
在充满仇恨的叫喊声和卑劣的辱骂声中，在两边举起手杖的过道中间，左拉犹如一位国王从官邸出来，在两旁宝剑林立中间走下台阶一样。正是在这种疯狂的混乱中，反而更衬托出他那非凡的英雄本色。
凭借左拉的洞察力和判断力，他坚信德莱菲斯是无罪的。他说：“以我四十年的工作，以我这四十年的劳动所能给我的权力，我发誓，德莱菲斯是无罪的。”左拉思索着，盘算着，等待着。当时的上议院和下议院，内政当局，军事机构，许多发行量很大的报纸，以及被这些报纸毒化了的公众舆论等等，似乎一切都在同他作对，但他无所畏惧，他只有一个信念：追求真理和正义。想到这里，他觉得浑身是劲，坚信这场斗争必胜，总有一天，法兰西将会感谢他，是他拯救了祖国的荣誉。
当然，在当时的历史条件下，左拉的处境是艰难的。真理与谬误被颠倒，黑白是非被混淆。在军政当局和反动报纸的舆论控制下，法院仍判处左拉一年的监禁，另加罚金三千法郎，《黎明报》的经理贝朗也因刊登左拉的《我控诉》一文，被判以四个月徒刑和三千法郎的罚金。左拉的律师以起诉人的身份不合适为由，要求推翻原判。可是，军官们一再干涉阻挠，案件交由凡尔赛地方法院审理。朋友们出于关怀和爱护左拉的心情，劝导左拉拒绝出庭。
一八九八年七月十八日，地方法院开庭判决，左拉没有出席，他随身携带一件睡衣和一张报纸，当天离开巴黎，逃到英国。
在伦敦，左拉过着流亡者的生活。他除用一些化名撰文外，仍时时关注着德莱菲斯事件的发展，他期待着有朝一日，能使德莱菲斯和他本人一起平冤昭雪。在旅居期间，他拟出第三个创作计划《四福音书》，并动手撰写其中的第一部《繁殖》。
左拉的预言并没有落空，被掩饰的事件真相终于暴露了。卡劳雅新上任国防部长之后，他为了证实德莱菲斯的叛国罪，下令重新审查全部档案，结果发现，其中的主要证明材料均系伪造；这个伪造者，正是艾斯特哈吉的同谋犯亨利少校。亨利被捕后，也对此供认不讳，一八九八年八月三十一日，他在瓦雷连山监狱中用剃刀自杀。同谋犯艾斯特哈吉闻讯畏罪潜逃，其余一些军政要人相继被撤职查办。在这种情况下，高等法院被迫下令推翻军事法庭对德莱菲斯所作的判决，两天之后，德莱菲斯也从死囚岛押回，等候在莱纳军事法庭接受重审。
但是，军事法庭仍不顾事实真相，一意孤行，盲目维护参谋部的指示，判德莱菲斯十年监禁之罪。一八九九年六月五日，左拉返回法国。当时他充满喜悦的心情，眼看冤案即将昭雪，而今获悉只是改判，其愤懑之情，难以言表。他觉得事到如今，已经用不着再向罪恶呼叫了，用不着再以真理和正义的名义要求惩罚罪恶了，这种反常事端，犹如日月反转，江河倒流一样，令人费解。
左拉的心情，代表了整个法国人民的情绪。为了平息民愤，十天之后，新任总统鲁拜下令给德莱菲斯以特赦。显然，这仍是换汤不换药的伎俩，德莱菲斯虽获自由，可并没有恢复名誉。直到一九零六年七月，当局才宣布他真正无罪，称他不属于特赦犯人之列。至此，相继持续十二年之久的德莱菲斯事件，总算水落石出，真相大白。这无疑也是左拉不懈斗争的伟大胜利，遗憾的是，那时左拉却早已离开人世。
三名城
左拉的晚年是在顽强、紧张、繁忙中度过的。在社会政治方面，他置身于德莱菲斯事件的浪潮之中；在文学创作方面，他实施着新的创作计划，辗转奔走在意大利和法国的三个名城之间。
正当德莱菲斯事件发生的一八九四年，左拉提出了他的第二个创作计划，这就是以欧洲三个城市命名的《三名城》，包括《鲁尔德》、《罗马》、《巴黎》三部长篇小说。左拉历经四年的艰苦创作，于一八九八年完成，成为继《卢贡·马卡尔家族》之后的又一巨著。
这组三部曲，以当代的欧洲现实生活为背景，以宗教为题材，以神父皮埃尔·佛洛芒的活动为中心线索而展开情节。