或为石室藏经，或为佛教供养法物、寺院供养具，其实诸家所言均为佛教寺院或石窟藏经，性质类同却有所区别。作为佛教供养经、寺院供养具，与我们所论藏经洞藏经受辽朝末法思潮与相应应对措施影响，而“存经以备法灭”的性质与事实相去甚远。供养经纯为供养，不可以流通，也不会让人们轻易阅读查看，等同于佛的法身供养；供养具者则就没有这方面苛刻的要求与限制，显得很模糊。但都是佛教现实所作所为，所求为现世功德福报，而为了末法的存经则是为了未来世法灭后的重振佛教，当然就不是仅为供养所用了。
对于藏经洞第17窟是否即经藏原本所藏之地，意见有别。荣先生认为由于三界寺本身就在莫高窟，而且推测应该与藏经洞第17窟不会太远，因此一旦灭佛的消息传来以后，道真与三界寺的僧人一道把本寺的藏经及其它圣物一并藏人此窟，并在外面画壁画以为掩蔽。其实第17窟作为高僧影堂，被后世用作石室藏经之所在，也并不与佛教经义相悖。文先生解释说莫高窟是佛教圣地，第17窟又是洪辩生前的禅堂、死后的影堂所在，是一处十分庄严的地方，完全符合寺院供养法物存放地的环境要求。这种处理方式在佛教中称为“装藏”，一般是装经入佛像或佛塔，但是此次规模太大，装入一所洞窟，这种装藏是与佛的法身舍利等同看待的。除此之外，笔者推测大概还有以下几个原因：
一是到藏经洞封闭的11世纪初期，曾作为晚唐五代初期河西都僧统的洪辩的禅窟影堂早已不为人们重视，洪辩的影响力也已成为历史，同时作为家窟的吴姓家族也似乎在敦煌没有多大的势力，因此洪辩影窟被改造也就成为必然。或如上山大峻先生所言，在藏经洞保存有大量的吐蕃资料，包括藏文和汉文二种文字，极其特殊。其中又有极为详细的吐蕃统治敦煌时期的佛教资料，集中表现在吐蕃统治时期敦煌著名的僧人法成、昙旷等人的论著、讲学笔记、佛经注疏等的完整保存。而同时在藏经洞发现最多写经的寺院三界寺和净土寺，正好又是吐蕃统治时期二大寺永康寺和永寿寺的改名延续，这二所寺院一定保存最多的吐蕃统治时期的资料。在归义军时期，人们为了消除吐蕃统治时期的影响，大概也是对那一段屈辱史的憎恨，因此决定把吐蕃统治时期的资料一并封存，而选择封存的地方正是吐蕃统治时期最为活跃的“吴家窟”。
二是在莫高窟选择作为秘密性埋藏东西的洞窟，莫高窟南区洞窟基本全为佛教洞窟，其中有佛教壁画与彩塑，作为信众信仰，是不可以这样处理一所佛教洞窟的。而洪辩禅窟正好非佛教圣像洞窟，是僧人洞窟，这样就不存在对信仰冲击的问题，没有思想负担。因此正如我们看到的那样洪辩像被移出洞窟，如对于佛教造像是不可想象的。
三是由于洪辩禅窟是属于洞窟中的洞窟，从方位上来讲特别具有隐蔽性，封闭门口然后重修壁画可以天衣无缝，而如果对于其它洞窟而言，如果选择一所大小合适的洞窟，由于洞窟有敞口前室，至少也有正向的甬道，封闭洞窟，和原来的砾石崖面形成极明显的对比，使人一望而知，何以谈到隐蔽性。同样的情况也在莫高窟北区洞窟存在着，因此北区洞窟也不适合于成为藏经洞。
荣新江先生认为藏经洞的封闭原因，是曹氏归义军晚期避黑韩王朝说。该王朝是由中国古代的突厥和回鹘民族建立的，这是新疆第一个信奉伊斯兰教的王国，对于新疆的伊斯兰化起到了巨大作用。他们所到之处毁寺逐僧，敦煌僧侣们感到了威胁。更为直接的事件，也是最大刺激和促使敦煌僧人们进行佛经等佛教宝物封存的原因是1006年信仰佛教的于阒王国被黑韩王朝灭亡。于阗与敦煌曹氏归义军政权关系极其密切，二家互相联姻，常年使节不断，于阗在当时是曹氏归义军政权有力的外交盟国，二者互为左右臂。既然如此，于阗灭亡于黑韩王国，肯定对处在沙州的归义军政权产生极大的影响，更为重要的是黑韩王国不信佛教，信仰伊斯兰教，如此信仰佛教的敦煌受到了前所未有的威胁，于是僧人们为了以防万一，商议的结果是决定封存三界寺的佛经文书及佛教艺术品。在这种情况下，便于1006年后进行了有计划的封存，并在洪辩影堂做些手脚以求掩人耳目。
于阗灭于喀喇汗王朝对敦煌的影响是不是真的如此之大？
从9世纪中开始成立的地处祖国极西以喀什为中心的喀喇汗王朝与10世纪初（五代初）兴起于内蒙古东境辽水上游潢水（即今西喇木伦河）流域的契丹人所建立的辽朝（首都在上京，今内蒙古东部昭乌达盟巴林左旗林东镇），不是风马牛不相及，而是有极为密切的政治、经济的关系。这是有其历史原因的。10世纪初，契丹族在其领袖耶律阿保机的领导下统一各部，建立辽朝。当时正值中原五代梁朝开始后不久，河北藩镇割据，梁朝势力衰弱，无力西顾，辽太祖阿保机除南逾长城，攻扰梁、唐的北方外，还曾于天赞三年（后唐同光二年，924）西征西域，攻占过天山北麓的北庭，其势及于阿尔泰山，震惊西域。于是喀喇汗王朝在成立之初即远到辽朝朝贡，成为辽国的属国。《辽史》卷36《兵卫志》“属国军”条所记载包括有沙州回鹘、甘州回鹘、高昌、于阗、阿萨兰回鹘（喀喇汗王朝）等诸多西北西域少数民族和国家。查《辽史》卷70《属国表》及《辽史》的有关记载，喀喇汗王朝自成立初从933年开始朝贡辽朝，至lll2年，一共有记载的达11次之多。《属国表》中之“阿萨兰回鹘”经魏良搜先生、程溯洛先生考证即为喀喇汗王朝。至于喀喇汗王朝大约同时期与北宋王朝的通使朝贡二位先生同样作了钩沉，结果发现自1009年至1088年有50次之多，或1009至1124年共计有41次之多。资料大多来自《宋会要辑稿·蕃夷》四和七，及《宋史·于阗传》，时间是于阗被喀喇汗王朝合并后，反映的全是喀喇汗王朝的于阗和北宋往来的记录。
回鹘人当时和北宋与辽均有较为频繁的通使贸易往来，回鹘人到北宋首都开封和辽朝上京出使贸易的路线，极西从喀什起，经过叶儿羌（今莎车）、于阗（今和田）、古楼兰（今米兰县一带）而抵敦煌。由敦煌东向，再分两道：南道经过肃州（今酒泉）、甘州（今张掖）、凉州（今武威）、秦州（今天水）、西京（今西安）而达北宋的汴京；北道则穿过今内蒙古阴山山脉、杭爱山脉，走草原直达辽上京。
既然如此，也就是说敦煌归义军与喀喇汗王朝当时同为辽的属国，同时都与宋有往来关系，均与辽与北宋有频繁的互使贸易往来，二地与辽的关系均至为友好，而且喀喇汗的使节又要经过敦煌前往北宋。同时需要引起我们注意的是，辽国信仰佛教，喀喇汗王朝必当十分了解，但这并没有影响到二国的交往。敦煌也是佛教圣地，归义军政权、沙州回鹘均信仰佛教，常有来往的喀喇汗人也不会不知道。更何况到了归义军晚期，敦煌地区基本上是沙州回鹘人的天下，作为与回鹘关系密切的喀喇汗王朝一定和敦煌有较为紧密的往来和关系，作为敦煌当时力量主导的沙州回鹘人还不至于对于阗被喀喇汗王朝所灭就发生如此的恐慌，要避难而大封经书佛画。
即使真的是因为逃避喀喇汗王朝的战争，那么有几个问题是无法解释的：一是为什么要把敦煌所有文字资料的东西全部放人其中，特别是那些在今天是十分珍贵，但在当时却是完全作废的社会文书与写本，因为这些东西与佛教没有多大的关系。二是为什么在后来没有发生与喀喇汗王朝战争的情况下，敦煌本地人不再把这些东西重新取出来呢，因为这种时间相隔一定不是很长，会有相当的一部分当事人存在。作为佛教藏经，“从在封墙外绘制了壁画看，应是封闭时就没有打算再开启，封闭之后也未再开启过；也就是说，本就不曾藏入寺院贵重物品。既然如此，收藏者又有什么必要，非将敌人毫不在意的东西，分从各地运来秘藏呢？”而且事实上如果是由于避难，那么敦煌人更应该保护的是那么多的洞窟壁画与彩塑，而不是那些经卷写本。因为信仰伊斯兰教者主要反对尊像，而我们看不到任何与保护洞窟有关的信息。如果持西夏之乱说与喀喇汗王朝侵入说的意见成立，那么就如同人们所说的那样，整个第16窟就是为了藏经洞而重修，但这是与现实不相符合的，因为如果特别着急或时间有限的情况下，像第16窟这样大的洞窟要重修一遍是要费相当大的人力、物力、财力与时间，与当时历史背景的考察不大符合。而要特别引起我们注意的是。与第16窟一样，在重修时间、内容题材等各方面十分一致的还有如莫高窟第233、256、152、16、94、130、29等一大批洞窟，且均为大中型窟，都是以所谓有东壁门上之末法度人千佛变之千佛画洞窟．又有相当一部分是曹氏归义军节度使等人的功德大窟。显然是一个时代的造像题材，与营建洞窟的主要潮流，而不是为了封闭藏经洞的行为所为。因此文正义先生疑问“17窟外及其封面的壁画，乃是修缮16窟及诸多窟龛时所为，并非专为掩蔽17窟所绘制。若为避难而仓皇为之，决然是草率从事，不可能绘制得如此精美。而且绘制整壁的作品，也不是一蹴而就的事情，需要假以相当长的时日；若说是战事迫在眉捷，又安能如此地从容不迫？”
最后简要回答一下藏经洞的封闭时间。毕素娟先生考察认为抄有辽朝僧人诠明著《妙法莲花经玄赞科文卷第二》的P．2159vl传人敦煌的时间为曹宗寿、曹贤顺的1006～1020年间，再次印证了敦煌与辽频繁交往的关系及其集中时间段。前文已述，敦煌与辽的交往，集中在归义军曹贤顺1014—1036年的前期1020年以前的一段时间。也就是说辽朝末法思潮对敦煌影响最大的可能性就在此一段时间，因此藏经洞封闭的时间在此间段或稍后的可能性很大。这一时间段与现今学术界的大多观点较为一致，也与藏经洞文献有最晚纪年的俄藏F．32A《施人记》咸平五年（1002）的时间相差不是很远，更何况大多学者主张此1002年并不能准确代表藏经洞文献的时间下限，只是一个参考而已。