麦克阿瑟还视察了宿务和内格罗。他从内格罗顺便乘鱼雷快艇去了一趟罗奈的伊洛伊洛。麦克阿瑟一行接着到了巴拉望，肯尼在那里与他们会合。“博伊斯”号于6月8日下午离开那里，同驶往婆罗洲文莱湾的进攻部队一同前进。
6月10日，在澳大利亚人登陆后两个小时，麦克阿瑟、肯尼及随行人员也上了岸。听到附近一片射击声，肯尼感到很紧张。麦克阿瑟却显得毫不在乎不断往前走着，显得非常开心。过了一会儿，站在麦克阿瑟身边的一个摄影记者被敌人的狙击手击中了肩膀。肯尼怕出问题，坚决地把麦克阿瑟拉回到军舰上去了。
第二天，6月11日，麦克阿瑟第二次登岸。在穿过了一块800多米的沼泽地后，他们爬进一辆吉普车向前开去，肯尼说这是“去寻找更多的麻烦”。他们到了丛林深处，被一位澳大利亚上校拦住了。麦克阿瑟向上校解释说：“我看到前方4百多米处有你们的士兵，我要到那儿去看看。”那位上校没有被他的五星军衔吓住，回答说：“那是我们的前沿突击队，就是在这里，也是在敌人火力范围内了。”麦克阿瑟一边往前走一边说道：“如果你看不见他们……你就不能打击他们。”那位上校转向惠特尼，咧开嘴笑了笑说：“这是我生平头一回看到一位总司令要当尖兵。”后来，使大家如释重负的是，他觉得再没有什么可看的了，这才同大家一同返回“博伊斯”号。
7月1日，澳大利亚军队在婆罗洲的巴厘巴板登陆后不久，麦克阿瑟同他的随行人员一起也在那登陆了。他们选择一个小山丘作为观察阵地，周围都是澳大利亚士兵，他们正趴在散兵坑里向敌人射击，那里距敌人阵地只有200来米。突然，日军一挺机枪响起来，除了麦克阿瑟之外，大家全都卧倒在地上。他站在那里，毫无畏惧地把身体挺得笔直，手中拿着地图，好像没事似的。后来一个目击者说，麦克阿瑟“给人的印象是，日军造的子弹没有一发能把他打倒”。
过了一会儿，那挺机枪又扫射起来，打落了他们身旁树上的枝叶。麦克阿瑟转身对身旁的一位军官说：“顺便说一句，我想最好派几个人干掉那挺机枪，免得它伤了什么人。”
当夜，“博伊斯”号再次启航，并于7月5日返抵马尼拉。这时，南菲律宾和婆罗洲的战役已经基本结束了。
像麦克阿瑟一直期望的那样，菲律宾群岛（加上婆罗洲）被解放了。这对于他来说，是一次非同凡响的个人的胜利。他顶住华盛顿无休止的反对，发动了这次战役。在莱特战役和吕宋战役结束后，他事先未征得华盛顿的同意，不顾一切地扩大了作战范围。他赢得了菲律宾人民对他的感激之情。战后，菲律宾政府决定发行印有麦克阿瑟肖像的钱币和邮票，上面的铭文是“保护人—解放者”。如果金海军上将的战略占了上风，假如把菲律宾绕过去，情况可能就会大不一样了。为解放菲律宾，盟军付出的代价是高昂的（这一点与总司令部发表的战报的说法是不同的）。盟军总共伤亡6.2万多人，其中阵亡1.4万人。当然，日军的伤亡还要大得多，日军约有45万人死亡。
13伤亡惨重的冲绳战役
1945年初，正当麦克阿瑟向马尼拉进军之际，美国的决策者们已开始集中精力讨论着最后击败日本的作战方案和时间安排。大家都认为进攻日本本土是迫使其投降的惟一手段，但攻占硫磺岛和冲绳岛后，下一步如何打法，意见分歧很大，有的主张在中国上海附近的海岸登陆；有的主张对日本本土最南端的岛屿——九州实施直接进攻，然后在数月内进攻本州；还有人主张，由驻马里亚纳和冲绳的B—29轰炸机实施大规模空袭，在不进行登陆的情况下迫使日本人投降。
虽然对下一步的作战方案意见不能统一，但有一点，大家的看法还是完全一致的，那就是对日本本土实施登陆作战将会造成巨大的伤亡，据估计至少要损失50万人，而且需要长达一年半的时间。这样，为尽快结束战争，减少伤亡，争取具有巨大军事实力的苏联参战，就是上策。因此，在三巨头（罗斯福、丘吉尔、斯大林）参加的雅尔塔会议上（1945年2月4日—11日），罗斯福总统以牺牲中国的利益为代价，争得了苏联参加对日战争的承诺。斯大林同意在德国投降后的3个月内参加对日作战，罗斯福、丘吉尔答应斯大林提出的维持外蒙古的现状，大连港必须国际化，苏联可租用旅顺港作为海军基地，苏联与中国共同经营中东铁路等条件。条件虽然苛刻，但苏联出兵后，就能对日本形成南北夹击的态势，从而可以减轻对美军的压力。
战后，可能出于政治考虑，麦克阿瑟（及他的助手们）宣称他一贯反对让苏联人染指太平洋战争，既然日本已被打败，我们为什么还要作出让步，让他们去扩大在远东的势力和提高他们的威信呢？但是历史学家在研究这段历史时，找到了证据，说明麦克阿瑟“撒了谎”。有三位将领（包括海军部长詹姆斯·福雷斯特尔）写的书面材料都证明，麦克阿瑟不仅赞成而且坚持要求苏联人参战。当时，麦克阿瑟曾致电参谋长联席会议说，当盟国拟对日本实施登陆时，“如在我们发起攻击之前，苏军能从西伯利亚发动进攻并与日军进行大规模交战的话，那么我们的危险和损失将会大大减少”。
在雅尔塔会议上，最后商定的打败日本的作战计划要点是：苏军参战后，美军将首先在九州，然后在本州登陆。九州登陆（“奥林匹克行动”）定于1945年9月1日开始。这次行动以克鲁格的第6集团军为主。本州登陆（“桂冠行动”）定于1945年12月1日实施。这次行动以艾克尔伯格的第8集团军为主。麦克阿瑟对这个计划是赞同的。
由于麦克阿瑟和尼米兹谁都不想当配角，于是又遇到了令人头痛的老问题：由谁来指挥这次战役？罗斯福总统在4月12日逝世前，作了这样的折衷安排：麦克阿瑟和尼米兹谁都不担任总指挥，将战役指挥权划分成三部分，尼米兹指挥包括金凯德的第7舰队在内的所有海军部队；麦克阿瑟指挥所有的陆上部队和战术空军部队；一位名叫卡尔·斯帕茨的空军将领指挥以B—29超级“空中堡垒”式轰炸机为主力的战略空军力量，这些轰炸机的基地设在马里亚纳、冲绳和中国。像麦克阿瑟和尼米兹一样，斯帕茨直接向参谋长联席会议负责。根据原来的划分，日本本土属于尼米兹负责的中太平洋战区，因此总司令部认为，任命麦克阿瑟指挥所有的地面部队是他的一次胜利。
因盟军在莱特岛的进攻受挫，不得不推迟对硫磺岛和冲绳岛发起进攻的时间。这两次作战都得到了由海军上将雷蒙德·斯普鲁恩斯指挥的快速航空母舰部队的有力支援。
数月来，日军一直在增援硫磺岛，并在山上构筑了复杂的防御阵地网。在这段时间内，尼米兹的飞机，水面舰只和潜艇一直在阻击日军的增援行动，并对该岛进行轰炸。到2月份，进攻部队启航后，人们普遍认为攻占这个面积不过20平方公里的小岛，不会是很困难的。
对硫磺岛的炮火准备于2月16日开始。6艘战列舰、5艘巡洋舰和大批的驱逐舰对该岛进行了3天猛烈的炮击。2月19日这一天，在再次进行猛烈轰击后，海军陆战队随即向海滩发起猛攻。由于日军的防御工事十分坚固，所有的炮击都只造成了微小的破坏。登陆部队一上岸，立即受到日军的顽强抵抗。登陆当天，美军就有2400人阵亡。进攻硫磺岛的战斗，是海军陆战队有史以来进行的最艰苦的战斗。在向岛上推进过程中，美军不得不在岩缝和山洞中与日军展开肉搏战。原计划5天就攻占该岛，结果战斗持续进行了整整一个多月，到3月26日，岛上的1.9万名日军才被消灭，被俘的只有200人。陆战队和海军遭受了骇人听闻的损失：伤亡2.6万人，其中阵亡7000人。神风队“自杀飞机”撞上了5艘舰只，其中包括不走运的“萨拉托加”号快速航空母舰和“俾斯麦海”号小型航空母舰（后来沉没了）。虽然如此，这一战役还是值得的，因为硫磺岛距日本较近，可为B—29轰炸机去日本进行护航的战斗机提供一个最佳基地。
4月1日，美军两个陆战师和两个步兵师（总兵力为5万人）在冲绳岛登陆。在此期间，以台湾为基地的日军轰炸机和“神风队”的“自杀飞机”向在冲绳海域的美国海军发动了最猛烈的攻击。他们击沉了美军26艘舰只，击伤368艘，其中一些已无法修复。在这些攻击中，美海军遭受到的严重损失，甚至超过了珍珠港灾难。
日本海军为粉碎美军在冲绳的登陆行动，曾进行了一次拼死的反击，一次自杀式的攻击。4月6日，巨大的“大和”号战列舰，“矢作”号轻巡洋舰和8艘驱逐舰驶出濑户内海，它们的燃油只够进行一次单程航行。按这个丧失理智的计划，这些舰只在冲绳的登陆区内冲岸搁浅，然后向美舰射击，直至弹药耗尽或被击毁，但洛克伍德的两艘潜艇“线■鱼”号和“铲鲟”号，在得到“卡斯特”密码破译人员的警报后，很快就发现了这支舰队并向上级报告了它的位置。翌日，4月7日，在一次出色的交战中，斯普鲁恩斯的飞机击沉了“大和”号、“矢作”号及两艘驱逐舰，还重创了另外两艘驱逐舰，日本人后来不得不将其炸沉。剩下的4艘驱逐舰逃回了濑户内海。
在冲绳岛长达83天的血战中，日军约有9万人被击毙，1万人被俘，另有10万平民被打死。美军伤亡6.5万人，其中阵亡1.3万人（水兵占5000人）。400多艘舰船或被击沉或被击伤。美军在这次战役中的损失超过了太平洋战争中的历次战役。
14无情的打击
盟军对日本本土的袭击，早在1942年4月，即珍珠港事件后不久就开始了。首次执行轰炸任务的16架B-25轰炸机是从太平洋上“大黄蜂”号航空母舰上起飞的。这些飞机飞到东京上空后，慌慌张张地扔下几颗炸弹就飞开了。他们原来准备到中国的机场降落，但由于油料耗尽，机组人员只得弃机跳伞，有些人被当地的中国农民救起。
直到1944年秋天，盟军攻占了塞班岛和关岛以后，从这些岛屿上起飞的B-29轰炸机才开始对日本本土构成了威胁。起初，这些袭击大都收效甚微。从关岛飞到东京，往返航程是4800公里，为了完成这一飞行，不得不将载弹量限制在3吨，仅相当于最大载弹量的三分之一。在护航战斗机驻扎到硫磺岛之前，B—29为了保护自己，不得不在8000多米的高空投弹，命中率不高。
到了1944年底，东京一些地区贴出了标题为“新年快乐”的告示。通告说：“在形势可能更加严峻的情况下，让我们满怀必胜的信心和决战到底的精神庆贺新年，今年我们要结束战争。”可是，新年对于他们来说，并无快乐可言。1945年是从盟军猛烈空袭东京开始的。
为了彻底摧毁日本的战争潜力和瓦解日本人的抵抗意志，为进攻日本本土创造有利条件，盟军从年初开始就加强了对日本的空袭和海上封锁。
2月底，斯帕茨改变了轰炸战术。他决定在夜间低空投掷新式燃烧弹烧毁日本的城市。在2月25日、26日两天夜间，首次试用了这种炸弹，约200架B—29轰炸机投掷的燃烧弹，烧毁了5平方公里的东京市区。3月9日夜，美军航空兵在柯蒂斯·李梅将军的指挥下，出动334架B—29轰炸机由关岛起飞，携带近2000吨燃烧弹，再一次袭击了东京。
半夜，美军飞机从不到200米高的超低空，向居民稠密的上町地区投下了第一批燃烧弹。接着，轰炸机一批一批地飞来，把1667吨燃烧弹倾泻在占地仅为30平方公里的上町地区，那里立刻变成一片火海。火焰像毒蛇一样追赶着人们，成群的人倒地死去。有些跳到水里的人，被烧滚的水活活煮死。
天亮了，风停了，大火也燃尽了。一位第二天早上赶来抢救的日本医生这样写道：“在黑色的隅田河面上，漂浮着数不清的尸体。那一具具尸体都被大火烧得像木炭一样，你分不清哪些是男哪些是女。”
经过这次袭击，东京四分之一的城区被烧毁，25万幢建筑物变成了断壁残垣，有8万多人丧生，100多万人无家可归。
在以后的10天里，美军又出动轰炸机1595架次，对东京、大阪、名古屋和神户共投掷燃烧弹9373吨，给城市造成了严重的破坏，并有数十万人员伤亡。后来肯尼回忆说，在这段时间里，他指挥的以冲绳为基地的飞机也参加了空袭，每天都出动飞机600架以上。
海军对日本本土的袭击是从2月16日开始的，2月17日和2月25日连着进行3次。3月18日，斯普鲁恩斯指挥的第5舰队，再次对濑户内海的目标进行了攻击，击毁日军飞机160架。但是美军的舰只也受到日军飞机的回击。“富兰克林”号航空母舰险些沉没，损失了800多名官兵。
6月2日，哈尔西指挥的第3舰从袭击了九州的日军飞机场。7月1日起，哈尔西率舰队出海，3次袭击东京，两次袭击北海道，3次袭击濑户内海。
面临绝境，日本统治集团一面企图垂死挣扎，准备在本土与盟军决战，一面进行试探，看是否有可能体面地投降。
6月22日，冲绳失守后，裕仁天皇把最高御前会议成员召集在一起，说一定要找出一个结束战争的办法。这一点做起来要比说起困难得多。因为日军将领中有许多顽固不化的战争狂人，为了顾全“脸面”，坚持战斗到死，也存在着这些狂人废黜天皇、夺取政权的危险。还有一个问题，就是必须找出说服盟国允许保持天皇制度不被废除的办法。
日本认为让苏联人充当调解人较为合适，这样还可以阻止苏联对日宣战，但苏联不准日本谈判特使入境。
华盛顿对日本这些试探和谈的行动一清二楚，密码破译人员破译了东京同日本驻莫斯科大使之间的电报。
在此期间，在美国国内，决策者们正在寻求不必进攻日本本土，又能迫使日本无条件投降的途径。根据冲绳战役推断，如发动进攻，盟军伤亡可能超过100万人。一些人认为，尽快使用即将研究成功的原子弹是个办法，在6月18日新任总统杜鲁门召开的一次会议上，陆军部长史汀生和马歇尔都主张使用原子弹，轰炸一个能突出显示其威力的目标。陆军助理部长麦克洛伊则强调，应事先给日本人以适当的警告，再给它一次宣布投降的机会。