对手鳌拜的所作所为，年少的皇帝早已看到眼里，他清醒地认识到，如果听任这种情况继续下去的话，将会带来严重的后果。因此，他决定除掉鳌拜。可是鳌拜位尊权重，而且网罗培植了一大批亲信，要对付他很不容易。于是足智多谋、少年老成的玄烨，亲自挑选了一批贵族少年充当自己的侍卫。平时他们经常在一起装作小孩子玩耍的样子互相摔跤扭打。而实际上却在暗中进行擒拿格斗的训练，为铲除鳌拜作准备。到了1669年，在政治上已经成熟的玄烨，经过周密部署后，决定同鳌拜公开摊牌。这一天，皇帝以下棋为掩护，突然召见了鳌拜。在历数他结党营私、图谋不轨等罪行后，喝令左右拿下，早已埋伏好的十几名少年蜂拥而上，将猝不及防的鳌拜捆翻在地，等他清醒过来时，已被投入了大牢。接着玄烨又以迅雷不及掩耳的速度将鳌拜的亲信党羽一网打尽，交付朝臣审判定罪后，将其诛杀。鳌拜虽然罪大恶极，但由于当年在战场上曾冒死掩救过玄烨的祖父清太宗皇太极。所以皇帝降恩，赦免了他的死罪，改判无期。从此，玄烨清除了前进道路上障碍，得以亲自执掌整个国家的朝政大权。
维护统一，反对分袭。公元1673年，爆发了一场危及清朝统治，几乎席卷了半个中国的武装叛乱，即“三藩之乱”。这时当时年仅20岁的玄烨，是一个严峻的考验。
所谓“三藩”，是指因投降清廷、镇压人民反抗有功而被分封的三个明朝故将。即镇守云南的平西王吴三桂，镇守福建的靖南王耿精忠，镇守广东的平南王尚可喜。他们各霸一方，形成了几股割据势力。
“三藩”都拥有大量武装，在军事上拥兵自立。其中耿精忠、尚可喜各有旗兵15佐领，绿营兵六七千人。吴三桂拥有旗兵53佐领，绿营兵10营约12000人，超过了耿、尚两藩的总和，在三藩中势力最大。吴三桂自以为他“功最高、兵最强”，“四方精兵猛将，多归其部下”（《圣武记》卷二《康熙勘定三藩》上）因而结党营私、网罗亲信、广招宾客，政治野心急剧膨胀。仗着自己日益壮大的力量，飞扬跋扈，不听中央调遣日甚一日，给清廷造成了很大的威胁。
对于“三藩”的潜在威胁，玄烨早就怀有戒心，密切注视着事态的发展，伺机准备彻底解决。1673年3月，尚可喜因年事已高，请求告老回辽东，留其子尚之信镇守广东。玄烨抓住这一机会当机立断，只同意他告老回家，但不允许留子袭爵，并决定撤藩。消息传到云南和福建，深深地刺痛了吴三桂和耿精忠。于是老奸臣滑的吴三桂，为试探清廷的态度，联合耿精忠上书请求撤藩，告老还乡。事情发生后，群臣舆论大哗。多数大臣怕惹事主张不撤藩，玄烨却力排众议指出：“藩镇久握重兵，势成尾大，非国家利。”（同上书）特别是吴三桂“蓄异志久，撤亦反，不撤亦反”（《清吏稿·吴三桂传））。于是果断下令撤藩。吴三桂和耿精忠原本打算利用这种手段博取清廷对他们的挽留，不料竟弄假成真，这对他们来说无疑是当头一棒。于是，气急败坏恼羞成怒的吴三桂脱下清朝王爵的衣冠，又穿起被他扔掉30年的明朝将军的盔甲，然后匆匆忙忙跑到他亲手绞杀的永历帝的坟前，假惺惺地痛哭了一场，发誓说他忠于大明故国，要为先帝报仇雪恨。接着于1673年11月，自称“天下都招讨兵马大元帅”，打出“复明”的幌子，杀了清朝驻云南的官员，率先起兵叛乱。吴三桂一起，耿精忠、尚之信也先后起兵遥相呼应，一些原来同吴三桂等有联系的汉族将领也纷纷响应叛乱。一时间，战火几乎燃遍了半个中国，短短数月，滇、黔、湘、桂、闽、川、陕、奥等相继沦陷，局面已经相当危险。
面对吴三桂等来势凶猛的进攻，年青的康熙镇定自若、成竹在胸，表现出了非凡的胆识和超人的智慧，采取招抚和镇压并用的手段，分化瓦解、各个击破。一方面下令停撤闽、粤二藩，稳住耿精忠和尚之信；另一方面积极布置，集中力量打击吴三桂，下令夺其王爵，处死其在京的长子，调重兵对吴三桂进行猛烈的讨伐。经过3年艰苦卓绝的争夺，到1676年终于扭转了初期的被动局面。玄烨抓住有利战机，不给敌人以丝毫的喘息，乘胜反攻，吴军狼狈逃窜、一溃千里。10月，福建的耿精忠在清军强大进攻下被迫投降；第二年，广东的尚之信也随后投降，吴三桂进一步陷入孤立之中，每况愈下。1678年3月，吴三桂孤注一掷在湖南衡州称帝，妄图以此振奋军心鼓舞士气，但没过多久，8月份吴三桂就病死。其孙吴世□继位后，败退昆明，支撑着摇摇欲坠的政权。1681年，清朝三路大军会师云南，围攻昆明，10月城破，吴世播自杀。至此，三藩之乱彻底平定。
三藩之乱历时8年，波及10省，表面上好像声势很大，但只不过是昙花一现。在这场战乱中，年轻的玄烨经住了考验，充分显示出杰出的政治、军事才能。
三藩之乱刚刚平定，台湾问题又提上了议事日程。
台湾自古以来就是中国神圣领土不可分割的一部分，但明末遭殖民国家荷兰侵掠、霸占。1661年，民族英雄郑成功率军横渡台湾海峡，1662年，收复失地。但当年不幸病逝，其子、孙统治台湾时政治逐步腐败，康熙朝时企图独立。
1683年，玄烨派大将施琅率战舰300艘，精锐水师2万，攻取了台湾。1684年，为有效地管理台湾和澎湖事务而设置了台湾府，下辖三个县，隶属于福建省。台湾府的设置进一步加强了台湾同大陆的联系，促进了台湾的开发和建设，巩固了祖国的海防。
经略边疆，巩固国防。沙皇俄国传统上是一个欧洲国家，16世纪后期，沙俄的哥萨克士兵越过乌拉尔山向东扩张，占领了西伯利亚的广大地区。17世纪中期，又乘清军入关无暇北顾的机会，越过外兴安岭南下，窜入我国的内河黑龙江流域，占领了雅克萨。又越过贝加尔湖向东进犯，强占了尼布楚等地。所到之处，掠夺财物，焚烧房屋，奸淫妇女，甚至像野兽一样地吃人肉。真是无恶不作，令人发指，对中国人民犯下了滔天罪行。
对于俄国的无理举动，清政府曾一再给以严正警告，但俄国侵略者不但不予理睬，反而变本加厉，增加兵力扩大侵略活动。1682年，刚刚平定内乱不久，戎装未解的玄烨，又亲临东北巡视，为驱逐俄国侵略者作准备。
1685年2月，玄烨命令都统彭春等人率领军队3千多人，分水陆两路进军雅克萨城下，当即向侵略者发出警告，要求他们立即撤走。但侵略者执意顽抗，拒不撤军。24日清军包围了整个雅克萨城，26日一举克敌。但是清军刚一撤走，贼心不死的俄国侵略者又重新占领雅克萨，筑城据守。
消息传到北京，玄烨极为愤怒。1686年3月，他命令将军萨布素率军再次围攻雅克萨。围困了半年，断绝城里的水源，每天用大炮轰击，最后城内弹尽粮绝，800多名侵略者只剩下了几十人，头目也被击毙。清军取得了第二次雅克萨反击战的辉煌胜利。1689年，签订了中俄《尼布楚条约》。通过这个条约，中国政府收回了被俄国占领的部分领土，同时也遏制了俄国对黑龙江地区的侵略，保障了东北边疆的安全。
当沙皇俄国将侵略魔爪伸向黑龙江流域的同时，西北边睡狼烟又起，蒙古准噶尔部贵族噶尔丹的叛乱爆发了。
明末清初，蒙古族分成漠南、漠北和漠西三大部分。清军入关后大部臣服于清廷，漠西蒙古的一支准噶尔部为野心家噶尔丹于1671年窃取，并用武力强行兼并了漠西蒙古族的其它各部，势力逐渐强大。
1690年，野心日益膨胀的噶尔丹在沙俄的支持和配合下，以追击漠北蒙古为名，悍然进军内蒙古，掀起了反对清朝中央政府的叛乱。叛军来势凶猛，前锋一直打到距北约900里的地方，举朝震惊。玄烨毅然带兵亲征，双方在乌兰布通展开了殊死的搏斗。为阻挡清军的攻势，噶尔丹将1万多头骆驼缚足卧地，背加箱垛，再盖上浸湿的毡子，摆成一条防线，号称“驼城”。叛军则从空隙向外射击，进行顽抗。战斗开始后，清军以猛烈的炮火轰击噶尔丹的“驼城”，防线顷刻瓦解，叛军大败。噶尔丹好不容易冲出重围，狼狈逃走，清军取得了远征噶尔丹的重大胜利。
过了几年，噶尔丹贼心不死，拼凑了一支力量，再次点燃叛乱的战火。1696年，玄烨二次亲征噶尔丹，分兵三路出击，大败噶尔丹于昭莫多，噶尔丹仅带数十骑狼狈逃走，所有精锐几乎损失殆尽，从此一蹶不振。为了抓住战机，防止噶尔丹东山再起，1697年，玄烨对噶尔丹残部进行了第三次亲征。这时准噶尔人民和准噶尔贵族内部也纷纷起来反对噶尔丹。噶尔丹众叛亲离，走投无路，在日暮途穷、一夕数惊的情况下绝望地死去。
粉碎了噶尔丹的叛乱，剪除了妄图分裂祖国的一条祸根。那以后，清政府授给了当地蒙古贵族各种封号和官职，以后又进一步设置了将军和参赞大臣，率兵驻守科伦多和乌里雅苏台等地，加强了对那里的统治。
发展生产，振兴经济。玄烨不仅以赫赫武功威震华夏大地，而且在治理国家，恢复和发展经济方面同样作出了重要的贡献。
明末清初。由于前后延续40多年的战乱，社会生产遭到严重的破坏，很多地方出现百姓流亡，田地荒芜，弥望千里，人烟稀少的凋敝景象。玄烨执政后不久，及时调整了统治政策，采取了许多奖励生产的措施，以达到稳定统治、长治久安的目的。1669年玄烨下令停止圈地，还宣布将原来明朝藩王的土地，归现在耕种者所有，永为世业，叫做“更名田”。佃农转化为自耕农，调动了广大农民的生产积极性，促进了农业生产的恢复和发展。另外，玄烨还大力推行奖励垦荒的政策，并以此作为考核各级地方官员政绩的一条奖惩标准。激发了各地的垦荒热潮，使耕地面积不断增加，粮食产量逐年提高。
玄烨还总结明朝灭亡的教训，采取了轻摇薄赋的政策。在他执政年间，免天下钱粮3次，漕粮两次。为了清除按田亩、人丁分别征收赋役之弊，使赋役征收有可靠的根据和稳定的数额，1712年，玄烨发布诏令，规定以1711年（康熙五十年）人丁作为征收丁税的固定丁数，以后“滋生人丁，永不加赋。”（《清朝文献通考·户口》）后来，在此基础上，又进一步实行了“摊丁入亩”的办法，即把1711年固定下来的丁银，摊入田赋银中，按拥有土地的多少来进行计算，征收统一的地丁银。“摊丁入亩”的新赋役政策，是对赋役制度的一次重大改革，从此，中国历史上沿续几千年的人头税基本上废除，封建国家对农民自身控制逐渐松弛，它在一定程度上改变了赋役不均的现象，减轻了农民的负担。这对有效地提高生产力水平，增加社会财富、增强国力、发展经济等起起到了重要作用。
此外，在治理河水，兴修水利，节约开支，惩治贪官污吏等方面，玄烨也做了大量的工作，成效卓著。
由于采取了一系列正确措施，所以从玄烨统治的中期开始，农业生产逐步恢复和发展起来，手工业和商业也日趋繁荣。表现在耕地面积扩大，人口增加了，国库的收入增多了，以各种手工产品和地方土特产著称的城市遍布全国各地，对外贸易额逐年上升，出现了政局稳定，经济繁荣，国家强盛，人民安居乐业的兴旺景象。
玄烨从8岁继承皇位，14岁开始新政，16岁除掉鳌拜，同年下令停止圈地，实行更名田。20岁三藩之乱爆发，28岁最后平定。30岁攻取台湾，31岁设置台湾府。32、33岁曾两次派兵攻克雅克萨，挫败了俄国的侵略阴谋、36岁签订《尼布楚条约》。37岁亲征噶尔丹，败敌于乌兰布通，43岁二次亲征噶尔丹，再败敌于昭莫多，44岁第三次亲征喝尔丹，最后消灭叛酋。59岁改革税制，后来进一步完善“摊丁入亩”。65～67岁，派兵入藏平定叛乱。69岁（1722年）与世长辞，总在位长达61年。正如兵人评价所说：“圣祖仁孝性成，智勇天赐。早承大业，勤政爱民。经文纬武，寰宇一统，虽曰守成，实同开创焉。圣学高深，崇儒重道。几暇格物，豁贯天下，尤为古今所未观。而久道化成，风移俗习，天下和乐，克致太平。其雍熙景象，使后世想望流连，至于今不能已。”（《清史稿·圣祖本纪》）
（颜世勤苗文源）