蔡元培为国家，为民族，为科学教育，为人类进步，贡献了自己的毕生精力，却没有为自己索取任何东西。他没有积蓄，没有资财，出国留学靠的是朋友资助和稿酬。回国后，身为社会名流，但连个藏书的房间都没有。最后，由他的朋友和学生捐助，才使他的书有一个存放的地方。任北京大学校长期间，每月工资600元，非常高，但因为经常捐献，所以仍不宽裕，常年节衣缩食。有一次，某学生从校长室门前经过，见一个小饭铺伙计提着菜篮，说是送饭给校长吃，就好奇地打开盖子看一看，见只有一碟木须炒肉、一碟醋溜白菜、几个馒头。这个学生原以为校长每顿饭虽不是山珍海味，也会三盘四碗，没想到竟是这样简单，不禁大为感动。实际上，蔡元培一辈子都是这样的。
他一生为人谦让和蔼，从不对人疾言厉色，从不损害他人人格，从不与人争风吃醋。处事接物，恬淡从容，无论是对达官贵人，还是对平民百姓，全都一样。别人着急，他就说“慢慢来”。每天从校门经过，校警向他行礼，他也脱帽鞠躬还礼，令这些觉得自己没有身分的人直吐舌头。他还特别富有同情心，不坐由人肩抬的轿子，也不忍心坐人力车。但是，遇到原则性的问题，即使面对的是学生，他也绝不退让，敢于坚持到底。一次，有些学生不肯按规定交讲义费，聚在一起，要求免费，秩序大乱。蔡元培认为学校的规矩不能破坏，来到红楼门口，挥动着拳头，大声对学生们说：“谁破坏校规我就跟谁决斗！”学生们见校长真的生气了，便纷纷散去。又一次，他得知学生傅斯年等人写匿名小字报骂另一位学生，就公开给予批评。指出，同学有缺点可以帮助改正，但不应采取写小字报的方式。这件事使傅斯年深受教育。
做监察院长的时候，他家客堂里只沿墙放着四张靠背椅子，当中放一张方桌，四个方凳，就没有其他陈设了。任研究院院长的时候，他每月的工资不够用，经营人员给他增加了200元，他发现后，当场把钱退回。一次，他到南京办公，与人同住一个套间。蔡元培起床较早，而外间的同事还在睡觉。他怕吵醒同事，就宁愿不洗脸、不刷牙，一声不响地在里间看书。到香港后，房租贵，物价高，子女要教育，他本人要看病，常常没有钱用。甚至当地的下层劳动者都比他生活得好。但他从不利用自己的名誉地位，去向有钱人请求帮助。1940年过新年时，他实在没有钱过年，也只是向最要好的老朋友举借，不麻烦他人。由于生活困难，使他得不到足够的营养，生病也不能从根本上医治，只能敷衍了事。国家被侵略，人民遭蹂躏，他生气，伤心，更影响到身体日坏一日。蔡元培死后，依然是无一间房，无一寸土，生前所欠医药费1000余元，家人竟无力给付，甚至连衣食棺木的费用也是别人代筹的。他有一个“出污泥而不染”的高洁人格。
对蔡元培的逝世，全国人民不分政治派别，不论天南地北，全都同声表示深切哀悼。中国共产党中央的唁电说：“先生为革命奋斗40余年，为发展中国教育文化事业，勋劳卓著，培植无数革命青年，促成国共两党合作。”毛泽东在唁电中称他是“学界泰斗，人世楷模”。周恩来撰写挽联：“从排满到抗日战争，先生之志在民族革命；从五四到人权同盟，先生之行在民主自由。”革命圣地延安的各界群众举行追悼大会，并发表唁电说：“先生清末从事革命，提倡民权；民六（1917年）任北大校长，网罗人才，兼收并蓄，学术思想，主张自由。伟大的五四运动，实先生提倡诱掖，导其先路。九一八后，与宋庆龄、杨杏佛诸先生等发起人权保障同盟，从事挽救青年志士，以图保留国家元气；虽为强暴所威胁，而气不为之沮。七七抗战以来，先生老矣，犹谆谆以精诚团结，言信行果，训戒国人。哲人云亡，遗教不朽。”中共中央和毛泽东、周恩来对蔡元培一生的评价，高度概括了蔡元培的革命历程和人格风貌，确切地表达出蔡元培在中国近现代史上的功绩与地位。