孙中山正式辞去临时大总统后第三天，在上海发表演说，说明清帝退位、民国成立，民族、民权两主义已经达到，只有民生主义尚未着手实行。在此后的半年多的时间里，他不辞辛功，宣传民生主义，的足迹踏遍了大半个中国，他反复向革命党人说明，今后的中心任务是进行经济建设，振兴实业，在实业建设中，又以兴办铁路为“唯一之急务”。他自告奋勇，筹划60亿元，修建20万里铁路，使中国成为富强的国家。1913年2月，孙中山到日本进行经济考察，寻求日本朝野的帮助。
正当孙中山为振兴实业四处奔走的时候，1913年3月20日，中国国民党代理理事长宋教仁被袁世凯派人刺杀。宋教仁被刺，激起了全国人民的愤怒声讨，也使广大革命党人从对袁世凯的幻想中警醒。孙中山在日本得知宋教仁被刺身亡的消息后，立即回国。3月26日到达上海，当天晚上便在黄兴的住所召开紧急会议，极力主张兴师讨袁，发动第二次革命。黄兴、陈其美等人则主张对于宋教仁被刺一案，通过法律解决。孙中山说：“事已至此，只有起兵，因为袁世凯是总统，总统指使暗杀，则断非法律所能解决，所能解决者，只有武力。”
此时，袁世凯也在调兵遣将，积极准备内战。1913年6月，袁世凯派兵南下，进攻江西、南京，企图消灭国民党的势力。在孙中山的推动下，李烈钧于7月12日在江西湖口成立讨袁军总司令部，宣布江西独立，兴师讨袁。“二次革命”爆发。此后，江苏、安徽、上海、广东先后宣布独立，组织讨袁军，讨伐袁世凯。
袁世凯于7月22日宣布讨伐令，对讨袁军大张挞伐。湖口、南昌、南京先后陷落。其他各省因为力量薄弱，无法支持，宣布取消独立。至此，持续了两个月的“二次革命”失败。革命党所掌握的最后一部分武装全部解散，七个省的地盘全部丧失。孙中山、黄兴、李烈钧、胡汉民等人逃亡日本。
“二次革命”失败后逃亡日本的革命党人中，很多人情绪低落。孙中山不屈不挠，他决定整顿组织，重新振作起来。1914年7月，孙中山在日本东京成立中华革命党，高举讨袁的旗帜，为捍卫民主共和继续奋斗。
袁世凯镇压了革命党人后，加紧了复辟卖国的步伐，1915年12月，悍然称帝，准备在1916年1月1日举行登基大典，正式当皇帝。
袁世凯违背历史潮流，恢复帝制的行为，激起了全国各界人民的强烈反对。12月25日，蔡锷、唐继尧宣布云南独立，组织护国军，掀起了声势浩大的讨袁运动。1916年3月23日，在全国上下一片声讨声中，袁世凯被迫宣布取消帝制，6月6日，在全国人民的一片唾骂声中死去。
袁世凯死后，段祺瑞担任国务总理。他继承袁世凯的衣钵，公然破坏《临时约法》，拒绝恢复国会。孙中山为维护《临时约法》，恢复国会，继续斗争。1917年7月，孙中山率领部分国会议员，南下广州。孙中山高举护法旗帜，领导了这场护法运动。8月25日，在广州举行国会非常会议，决定组成护法军政府，9月10日，孙中山宣誓就任中华民国军政府大元帅职务，宣布段祺瑞为叛逆，出师讨伐。
然而，军政府中的一些西南军阀，参加护法，只不过是想借助孙中山的名望来扩充自己的地盘，对于孙中山讨伐段祺瑞的军事计划，始终没有完全实现。由于段祺瑞的军事压力和政治分化，使得护法军政府内部发生了分歧。 1918年4月，军政府进行改组。孙中山反对军政府改组，愤然辞去大元帅职务。他在向全国发表的通电中，向国民痛切宣告：“吾国之大患，莫过于武人之争，南与北如一丘之貉。”他已经看出了西南军阀同北方的段祺瑞政府，都是一样的货色，军阀争雄是中国最大的祸患。
以孙中山为首的资产阶级革命派，在军阀专制，武力乱国的艰难年代，不避艰险，不辞劳苦，为维护民主共和、反对独裁专制，先后进行了“二次革命”、护国、护法等重大斗争，但是，这些斗争都先后失败，中国社会仍然处在北洋军阀统治、混战的时代。
1918年6月，孙中山从广州回到上海，在挫折和失败中徬徨。1917年苏俄发生十月社会主义革命，推翻了沙皇专制统治。十月革命胜利的消息通过重重迷雾传到中国。1919年北京发生了“五四”学生爱国运动。这两件大事，使孙中山又看到了新的希望。在上海期间，他一面撰写论著，总结斗争经验，寻求新的革命道路，写成了《孙文学说》、《实业计划》和《民权初步》；一面积极筹划，继续同军阀斗争。
从1922年8月起，中国共产党多次派人会见孙中山，李大钊、林伯渠都曾到孙中山在上海的寓所同他讨论改组国民党的事。苏俄也派代表越飞多次同孙中山会谈。孙中山真诚的接受苏联共产党和中国共产党的帮助，开始了他一生中伟大的转变。
1922年9月，孙中山着手改组中华革命党。1919年10月10日，孙中山把中华革命党改名为中国国民党。1923年1月，发布《中国国民党宣言》和《孙文越飞宣言》。1924年1月，孙中山在广州主持召开了中国国民党第一次全国代表大会，确立了联俄、联共、扶助农工的三大政策。中国国民党和中国共产党开始了第一次合作。
1924年11月，孙中山应冯玉祥的邀请，由广州经上海、日本北上，共商国家大事。1925年3月12日，孙中山因病在北京逝世。
孙中山，这位伟大的革命先行者，勇敢地站在时代潮流的最前边，为中国的民主革命事业，历尽艰辛，鞠躬尽瘁。