1943年2月上旬，韬奋在新四军所派人员的护送下回到了上海。他的病经医生会诊检查，确诊为癌症。经过一段时间的调养，于5月做了切割手术。这时，他的夫人和大儿子已经从桂林来上海陪伴他。8月，他的病情稍有好转，便给新四军军部写信。要求到苏北去治病。但到9月，癌细胞转移，病情开始恶化。韬奋向前来汇报书店工作的徐伯昕表示：“希望病愈之后再和大家一起继续努力二三十年。”还说将来打算干三件大事：恢复生活书店，为失学青年办一个图书馆。办一个日报。10月间，他对专程来探望他的中共中央华中局代表说，希望病愈后很快能回到苏北解放区去，并托来人转交一封信给华中局。信中说：“我死也死在抗日民主根据地。”
1944年1至2月，韬奋的病情略有起色，他便抓紧时间写长篇回忆录，题为《患难余生记》，1个月完成5万字。但终因病情较重，他不得不停笔。这成了他最后的遗作。
6月1日深夜，他突然昏厥。第二天，他召集亲友，口授遗嘱：
“我自愧能力薄弱，贡献微少，20余年来追随诸先生，努力于民族解放、民主政治和进步文化事业，竭尽愚钝，全力以赴，虽颠沛流离，艰苦危难，甘之如饴。此次在敌后根据地视察研究，目击人民的伟大斗争，使我更看到新中国光明的未来。我正增加百倍的勇气和信心，奋勉自励，为我伟大祖国与伟大人民继续奋斗。但四五年来，由于环境的压迫，我的行动不能自由，最近更不幸卧病经年，呻吟床褥，竟至不起。但我心怀祖国，惓念同胞，愿以最沉痛迫切的心情，最后一次呼吁全国坚持团结抗战，早日实行真正的民主政治，建设独立自由幸福的新中国。我死后，希望能将遗体先行解剖，或可对医学上有所贡献，然后举行火葬，骨灰尽可能带往延安。请中国共产党中央严格审查我一生奋斗历史，如其合格，请追认入党，遗嘱亦望能妥送延安。我妻沈粹缜女士可参加社会工作，大儿嘉骅专攻机械工程，次子嘉骝研习医学，幼女嘉丽爱好文学，均望予以深造机会，俾可贡献于伟大的革命事业。”
7月23日，韬奋在纸上写道：“一切照办，不要打折扣。”他是在叮嘱同事和妻子要坚决执行他的遗嘱。这张纸条成了韬奋的绝笔。第二天早晨7时20分，伟大的爱国者，杰出的出版家和新闻记者邹韬奋与世长辞，年仅49岁。
韬奋不幸早逝的消息传到全国各解放区和国民党统治区，在广大的人民群众、干部当中，在一切爱国民主人士、进步知识界中，激起了巨大的反响。
各解放区都隆重举行了“邹韬奋同志追悼会”。8月18日，苏北军民在新四军军部集会追悼韬奋。到会党政军界各人士几千人，张云逸代军长致悼词，范长江、钱俊瑞、于毅夫等演讲志哀。9月12日，重庆《新华日报》刊登韬奋逝世讣告。
9月28日，中共中央电唁韬奋家属，接受韬奋入党的要求，追认他为中国共产党党员。唁电对韬奋的一生作了高度评价：“先生20余年为救国运动，为民主政治，为文化事业，奋斗不息，虽坐监流亡，决不屈于强暴，决不改变其主张，直至最后一息，犹殷殷以祖国人民为念；其精神将长留人间，其著作将永垂不朽。”
11月22日，即韬奋1936年因“七君子”案被捕8周年纪念日，延安隆重举行韬奋同志追悼大会，朱德、吴玉章、陈毅等中央领导同志在会上讲了话。毛泽东同志亲题挽词：“热爱人民，真诚为人民服务，鞠躬尽瘁，死而后已，这就是邹韬奋先生的精神，这就是他之所以感动人的地方。”
韬奋逝世的消息传到重庆，立即引起各界爱国人士和广大进步青年的深切哀悼。10月1日，由宋庆龄、林伯渠、郭沫若、沈钧儒等72人发起，各党派各界人士在重庆举行韬奋先生追悼大会，对这位伟大的爱国者和坚强的民主战士，表示沉痛的哀悼。周恩来、朱德、陈毅等同志也先后题词，充分肯定和高度赞扬了韬奋的功绩和精神。
1946年7月22日，韬奋的遗骨被安葬在上海虹桥公墓，1967年迁入上海龙华革命公墓。
1954年7月24日，全国的各大报刊都纷纷发表文章，隆重纪念韬奋逝世10周年。北京、上海等地分别举行纪念会。3卷本的《韬奋文集》出版发行。后来，上海还建立韬奋纪念馆。
1995年11月25日，是韬奋诞生100周年纪念日。首都举行了隆重的纪念大会，李鹏同志代表党中央再次高度评价韬奋同志的一生。令人欣慰的是，凝聚他毕生心血的《韬奋全集》出版发行了。
韬奋的一生是伟大的一生、战斗的一生、爱国的一生。他的影响是巨大而深远的。这种影响源于他拥有一枝如椽之笔。
韬奋的笔是他感情的寄托，是他智慧的体现。他把自己的全部聪明才智灌注在笔管中；把自己对祖国的爱，对人民的爱，对真理的爱倾注在笔尖上。这种伟大的爱，使他拥有广泛的读者群；这种伟大的爱，赋予他作品以极大的感染力和号召力。这枝智慧的笔，给人们留下了对中国社会的政治、经济、社会、生活的深刻洞察和精辟议论，给人们留下了对世界许多国家和地区的翔实考察。
韬奋的笔是他最锐利的精神武器。他曾自谦而又豪迈地说：“我所仅有的一点微薄的能力，只是提着这枝秃笔和黑暗势力作艰苦的抗斗，为民族和大众的光明前途尽一部分的推动工作。我要掮着这枝秃笔，挥洒我的热血，倾献我的精诚，追随为民族解放和大众自由而冲锋陷阵的战士们，‘冒着敌人的炮火，前进！’”这枝笔的确成了反对黑暗势力的投枪和匕首，成为人民奔向自由的火把。正如郭沫若同志所说：“这是一枝不折不扣的钢笔，有了这枝笔存在的地方，便是民主存在的地方；没有这枝笔的地方，便是法西斯存在的地方。”
正因为韬奋的笔变成了他的生命，他的灵魂，所以他在一生当中，无论遇到什么艰难险阻，从来没有放下手中的笔。在安静而繁忙的编辑部，在警卫森严的监狱，在颠沛流离中，在癌痛的折磨时，他总是不停地挥动着这枝笔。他用勤奋的一生实现了自己爱国报国的誓言。