由于并不属于严重损坏，10天后，“欧根亲王”号再次出海，安全地来到了格丁尼亚，与等候很久的“俾斯麦”号在一起。
5月18日，两舰缓缓地驶出港口，踏上攻击盟国护航运输队的航程。这时，英国海军早就得知，两艘战斗力很强的德国战舰已经窜入北海了。英国本土舰队司令托维上将下令准备出战，密切关注着两艘德国军舰的情况。
5月24日5时53分，丹麦海峡之战爆发了。在海战中，“欧根亲王”号发射了179发203毫米炮弹和56发105毫米炮弹，而自己竟没有受伤。
在英国军舰“胡德”号战列巡洋舰被击沉以前，“欧根亲王”号至少命中“胡德”号1发炮弹；随后又命中英国军舰“威尔士亲王”号4发203毫米炮弹；而“欧根亲王”号发射的105毫米炮弹无一命中。
“俾斯麦”号在海战中受伤了，难以继续执行海战任务，返航了。“欧根亲王”号单舰继续前往大西洋攻击盟国舰船。“欧根亲王”号的舰员们经常在遥远的水平线上发现追踪自己的英国军舰，还有一两架英国飞机掠过，令德国军舰官兵提心吊胆。
从24日19时37分起，英国海军的情报里再也没有提到“欧根亲王”号。英国海军的注意力都被“俾斯麦”号这个庞然大物吸引住了。结果，“俾斯麦”号被英国海军围歼了。“欧根亲王”号逃过一难。
5月29日，“欧根亲王”号的发动机出毛病了，只好结束了中大西洋的作战任务，于5月31日驶入布雷斯特港。
后来，“欧根亲王”号被调到北极航线作战。
1942年2月23日7时，“欧根亲王”号就要到达目的地特隆赫姆港了，它突然遇到不幸：4艘埋伏在特隆赫姆外海的英国潜艇找到了它。其中的’三叉戟”号向它进行了一次鱼雷齐射，一枚鱼雷命中舰尾。巨大的爆炸将12台锅炉的安全阀都震坏了，舰尾差点断开，栽进水中，“欧根亲王”号的方向舵也被卡在左舷10°的位置。但轮机和螺旋桨没有被鱼雷炸坏。
欧根亲王号立即紧急抢修，德国驱逐舰在附近搜索英国潜艇。2小时后，“欧根亲王”号又能航行了，它艰难地驶入特隆赫姆港。
在港口中，维修专家们检查发现，它有两处严重损伤：舰尾受损下垂，方向舵被卡住了。另外，舷侧和舰底的部分装甲也出现不同程度的破损。专家们商议修理方案时，舰上的水兵们为丧命的5个人举行了海葬。
专家们判定，必须更换“欧根亲王”号的舰尾，方向舵和舵机都需要大修，这些工作只能在干船坞里进行。因此，“欧根亲王”号刚来到挪威就必须返航。但在返航前还需要做大量的工作，它需要进行一些临时性的抢修，才能保证它返回尔港。
维修工们马上干起活来，从2月到3月，他们将受损的舰尾从舰体切割下来，使舰尾不会对航行造成影响。后来，专家们又想办法抢修方向舵，由于特隆赫姆没有那么大的干船坞，更换方向舵显然太困难了。专家们想出一个方法：在截短后的舰尾装上两个小舵，操舵的钢索连接到舰尾的绞盘上，通过电力驱动绞盘来控制方向。一旦出现紧急情况，水兵们可以用人力推动绞盘调整航向。
对“欧根亲王”号的临时抢修持续到5月初，几个月的时间它只能待在港口里，水兵们悠闲得上岸散步。4月底，临时舵终于安装好了。5月初，“欧根亲王”号开始试航。
第一次试航就发现战舰出现一些问题：航速下降了很多，操纵性能也下降了，转弯半径变成了原来的两倍，在航速低于18节时，舰体会向一边倾斜。在试航时，人们还进行了人力操舵试验，20名水兵拼命推动绞盘，让军舰转向。试航证明，用人力操舵时，战舰能够保持28节的航速。这使舰员们信心猛增。
接下来的十几天中，“欧根亲王”号在驱逐舰编队的掩护下多次试航。5月16日，“欧根亲王”号与驱逐舰编队一同驶出港口，英国海军以为它又在试航。但这次它驶向基尔港了，这次行动代号为魔笛。
挪威的春季逐渐日长夜短，天气情况也越来越好了，英国的飞机又可以大规模出动了，这不利于“欧根亲王”号的返航。5月17日，英军侦察机发现了正在斯卡格拉克海峡航行的“欧根亲王”号，24架轰炸机袭击了小小的德国舰队。不久，又有27架鱼雷攻击机前来空袭。
德国水兵们疯狂向天空开炮，英国飞机努力向德舰投掷炸弹和鱼雷，海面上能看到很多冲天的水柱和鱼雷水迹。“欧根亲王”号再次展示了蟑螂的强大生命力，靠着不断的躲闪，这些炸弹和鱼雷都没有命中它。它躲过了多条鱼雷和数不清的炸弹。
在德军战斗机的救援下，小小的德国舰队躲过了一劫，于18日黄昏安全驶入基尔港。
5-10月，“欧根亲王”号再次待在干船坞修理，舰员们都放了长假。
10月20日，“欧根亲王”号大修完毕，驶往波罗的海，并在波罗的海试航至12月。
1943年1月，“欧根亲王”号又奉命前往挪威作战，与它同行的是沙恩霍斯特号战列巡洋舰。9日，两舰在3艘驱逐舰的掩护下离开了格丁尼亚，想再次冲过卡特加特海峡和斯卡格拉克海峡，到挪威北部的纳尔维克港。
已经被“欧根亲王”号戏耍过多次的英国海军和空军严密地监视它。11日，英国侦察机发现了它。英国出动潜艇、巡洋舰和驱逐舰在挪威海等待它的到来。欧根亲王吓得赶紧返航了。23日，“欧根亲王”号准备再出去碰碰运气，但英国的侦察机太多了，半路它又被英国侦察机发现，只好返航。这是“欧根亲王”号最后一次前往挪威的尝试。
从此，“欧根亲王”号在波罗的海巡逻，并未参加“沙恩霍斯特”号驶向挪威的尝试。“沙恩霍斯”号特成功到达挪威，但却在北角海战中丧命了。
1943年剩下的时间和1944年前半年，“欧根亲王”号在波罗的海执行巡逻任务。
1944年6月，由于德军在苏联战场不断败退，因此波罗的海也成为战区了。“欧根亲王”号、“吕佐夫”号袖珍战列舰和第6驱逐舰队组成第2特遣舰队，由提尔中将率领，负责支援波罗的海沿岸的德国陆军。
6月19日，离开战场2年多以后，“欧根亲王”号和两艘鱼雷艇共同驶往芬兰湾，支援芬兰前线的防御战，同时对芬兰施加压力，使它不退出轴心国。由于没有机会参战，“欧根亲王”号一炮未发。6月27日，它回到了格丁尼亚港。
8月19日，“欧根亲王”号突入里加湾，在此后的两天里炮轰海湾南岸的图库姆镇，协助北方集团军群恢复了与后方的陆上联系。
战争对德国越来越不利，欧根亲王号变得越来越忙了，经常出现在波罗的海北部和东部海域。9月13日，芬兰退出了轴心国。“欧根亲王”号掩护德国陆军在芬兰湾内的霍格岛登陆。9月20日，“欧根亲王”号与第2特遣舰队其他各舰共同驶往奥兰海，为6艘运送拉普兰集团军重装备的运输船护航。
9月25日，“欧根亲王”号又掩护油船和运输船从芬兰、爱沙尼亚撤回德国。
10月，苏军向梅梅尔一带发动猛攻，想切断库尔兰半岛德军的逃生之路。“欧根亲王”号前去支援陆军，奉命守住库尔兰的北方集团军群的最后一条陆地通道。10月10-15日，“欧根亲王”号、“吕佐夫”号、3艘驱逐舰和4艘鱼雷艇炮轰冲到梅梅尔一带的苏军，有力地支援了陆军。10月11日和12日，“欧根亲王”号向苏军发射633发炮弹。14日，它发射了246发。15日，它发射了368发。
第2特遣队疯狂的炮火支援未能挽半岛德军失败的命运，半岛的德军被切断了与本土陆上的联系。
10月15日，第2特遣队撤向格丁尼亚。可能是受到失败的感染，“欧根亲王”号再一次险象环生，弥漫在海上的大雾影响了舰员们的视线。“欧根亲王”号的舰首撞进了“莱比锡”号轻型巡洋舰的舰体中部，差点把对方撞成两半。两艘军舰卡在一起漂浮在海面上，修理兵们紧急出动。14个小时后，他们把两舰分开了。可能是“欧根亲王”号的运气太好了，竟始终没有遭到英国海军和空军的袭击。这次碰撞使“欧根亲王”号待在船坞修了半个月，而“莱比锡”号太惨了，它竟因此报废了，只能当成浮动炮台使用。
11月下旬，困在瑟尔韦半岛的德军处境艰难。第2特遣队奉命前去支援。20-21日，“欧根亲王”号率领3艘驱逐舰、4艘鱼雷艇再次攻击苏联陆军。两天内，“欧根亲王”号向苏军发射514发203毫米炮弹。但它仍无法阻止瑟尔韦半岛德军被歼的命运。23日，苏军占领瑟尔韦半岛。
由于德国空军的飞行员太少了，已经无法为陆军和海军提供空中保护，德国军舰面临越来越严峻的空中威胁。12月份，在波罗的海沿岸战场上，苏军停止了进攻。“欧根亲王”号趁机进造船厂改装，加装28门40毫米和20毫米防空炮，大大加强了防空火力。
1945年的到来对德国海军就意味着溃灭的开始。德国海军搜集一切船只从库尔兰、从东普鲁士、从但泽撤出侨民和军队，客轮、汽艇、袖珍战列舰、驱逐舰、鱼雷艇等各种舰船都加入护航运输队。德国撤退的规模远远超过过去的敦刻尔克大撤退，德国人发出我们将来一定会回来之类的豪言壮语。
军舰在运人的同时还要为船队护航和支援陆军作战，繁重的工作使欧根亲王号满负荷运转。1945年1月底，“欧根亲王”号又率领驱逐舰和鱼雷艇出动，支援萨姆兰地区的德军作战。在该月的最后3天，“欧根亲王”号发射了855发炮弹。
“欧根亲王”号用舰炮火力最大限度地援助陆军作战，想阻止苏军的推进，但起到的作用只是迟滞了苏军高速推进的脚步。几个月的连续作战使203毫米炮弹的消耗巨大。2月1日，“欧根亲王”号的炮弹打光了，只好停止支援陆军。从此，它又在苏军的炮火下转移聚集在但泽一带的德国居民和军队。在战事最激烈时，“欧根亲王”号的舰员们与几年前的首任舰长布林克曼欢聚一堂，现在布林克曼已经是中将了，他是德国波罗的海舰队司令。
3月，但泽和格丁尼亚一带的战斗呈现白热化。“欧根亲王”号补充了大量的弹药，重新回到但泽湾作战。这时，其他战舰或被击沉、或者瘫痪在港内。“欧根亲王”号成为德国海军能够作战的最大战舰。为了压制苏军的猛烈炮火，“欧根亲王”号的所有火炮不停地开火，“莱比锡”号也在格丁尼亚作为浮动炮台作战。在舰炮强大火力的支援下，德军于3月22日前艰难地守住了从但泽到格丁尼亚的防线。
3月22日，苏军占领但泽与格丁尼亚之间的索波特，切断了德军的防线。3月28日，苏军占领格丁尼亚港。两天后，苏军占领但泽。
3月31日，“欧根亲王”号在苏军大量飞机的空袭中被火箭弹命中，这是它在二战时最后一次负伤。
4月4日，“欧根亲王”号执行了最后的岸轰任务，打光了203毫米炮弹。在整个3月和4月的开始几天，该舰一共向苏军发射了4871发主炮炮弹和2500发副炮炮弹。
打光了炮弹的“欧根亲王”号留在前线已经失去了意义，只好返回基尔港。后来，它和“吕佐夫”号又来到施魏因蒙德，遭到英国机群空袭，它毫发无伤。后来，它单独驶往哥本哈根，途中再次遭到英国机群空袭，好运气似乎总是伴随着该舰，它又毫发无伤。
4月20日，“欧根亲王”号到达哥本哈根，与纽伦堡号轻型巡洋舰汇合，并在躲到二战结束。
1945年5月7日，“欧根亲王”号与其他德国舰只一起奉命向英国投降。5月8日，德国正式投降，英军接管了这些德国军舰。
5月27日，“欧根亲王”号奉命出海，它与“纽伦堡”号一起，在英国巡洋舰“狄多”号和重巡洋舰“德文郡”号的押送下转移到威廉港。“狄多”号在临别时向它发射一条灯光信号：“愿下次相见时再会。”但它们再也没有再会的机会了。
半年后，按照抽签分割的结果，“欧根亲王”号被移交给美国海军。12月13日，“欧根亲王”号驶向威瑟蒙德。听到这一消息后，它的舰员们发现自己不会死亡，原来他们害怕军舰被苏联海军接收。其他凡是被移交给苏联的德国军舰，舰上的德国人全部关押战俘营，最幸运的舰员们也会被流放到西伯利亚……
美国海军上校格劳巴特成为它的最后一任舰长。美国海军开始整修该舰，保留所有武器，还重新招募一些回到德国的该舰舰员。
1946年1月13日，“欧根亲王”号在德美舰员的共同操纵下自威瑟蒙德出海，长时间的港口生活使德国舰员们早就感到厌倦了，因此他们对出海的热情很高。9天后，该舰到达波士顿港。路上中机械故障很多，德国舰员们教会美国舰员们熟悉了它。后来，部分德国舰员奉命回国，另一部分人继续留在舰上工作。
在波士顿，美国人对德国水兵们说：“原来你们长的跟我们一样呀！”这句话使德国水兵们感到震惊。德国前舰长和几个舰员被广播电台请去做面向全美的直播节目，他们在节目里介绍了该舰的战斗经历。
不久，“欧根亲王”号来到费城，准备最后上路。德国舰员几乎全部回国了，现在只剩下少数德国舰员中的技术专家。在费城，美国专家们对“欧根亲王”号的主炮很感兴趣，A炮塔的两门主炮被卸掉供研究。专家们对德国雷达不感兴趣，认为它与美国雷达相差太远。为了在日后的航行中稳妥起见，美国人用了两天时间将德国雷达卸掉，换装美国雷达。
★“欧根亲王”号重巡洋舰的沉没
1946年2月初，“欧根亲王”号又出海了，船上的还有美国海军其他人员和专家。这时，舰上的火炮系统和雷达系统都修好了，但没有作战机会了。
1946年3月，“欧根亲王”号驶向马绍尔群岛的比基尼环礁。在巴拿马的巴尔博亚附近海域，美国专家们对“欧根亲王”号的先进的声纳系统兴趣浓厚。扮演攻击方的美国潜艇向“欧根亲王”号发射了34枚鱼雷，全部被“欧根亲王”号躲避。
在圣佩得罗港，又有一批德国舰员回国了。只剩下更少的必要人员，这些最后剩下的舰员将在“欧根亲王”号到达加州圣迭哥时回到德国。这些德国舰员们要求在夏威夷或者比基尼观看“欧根亲王”号的沉没，但被美国海军拒绝。5月1日，最后一批德国舰员向“欧根亲王”号挥泪道别。
1946年7月1日，“欧根亲王”号到达比基尼环礁的靶场。早晨7时，原子弹空爆实验开始。9时，一架B-29向一批靶舰投掷一枚原子弹，原子弹在海面上空158米爆炸，大多数靶舰沉没了。“欧根亲王”号却幸运的逃过一劫，只受了一点轻伤，堪称奇迹。
7月25日，“欧根亲王”号又参加了原子弹水中爆炸实验。8时35分，原子弹在水中27米深处爆炸，大量靶舰迅速沉没。但“欧根亲王”号的生命力太强了，竟没有明显的损坏。
8月29日，饱受摧残的“欧根亲王号”退役。9月初，它被拖到南太平洋的夸贾林环礁。由于沾染了核辐射，没有人敢靠近它。
12月21日，持续的大风暴摧毁了“欧根亲王”号的舰尾，使它严重进水，倾斜达35度，但仍未沉没。12月22日，在被拖往埃努布吉礁的途中，“欧根亲王”号沉没在珊瑚礁中。