所以，卢梭后来就把自己的回忆录取名为《忏悔录》。在莫蒂埃居住期间，卢梭学编织带子，编《音乐辞典》，写回忆录，生活比较平静，但也只是比较而言。实际上，在逃亡中的卢梭仍在不断受到攻击和迫害，卢梭也从未在这些攻击和迫害面前屈服过。他一有机会和可能就拿起笔来，为自己的过去、现在和将来进行辩解或反驳，结果往往招致更大的迫害。不过迫害还会产生一种结果，那就是卢梭的名声更大，他更加广为人知了。有不少人慕名而来拜访卢梭。这些人中有的并未看过他的作品，交谈起来也没有多少共同语言，只是“慕名”而已，卢梭对此不感兴趣。但偶尔也能碰到真正崇拜卢梭作品和有见解的朋友。如有一位从法国来的名叫圣布里松的青年军官告诉卢梭，他读了《爱弥儿》以后受到很大影响，准备脱离军队过独立生活，他正在学木匠手艺，为的是要做个小“爱弥儿”。卢梭听后赶紧劝他放弃这个打算，不能一时冲动，而要顺其自然。他听了卢梭的话，从上司那里收回了辞呈。1764年9月，卢梭接到一封来自科西嘉革命者的信，邀请他去该国担任制定宪法的工作。这个消息很快传遍欧洲，格里姆等人抓住把柄立即发表声明，攻击卢梭接受这项邀请，正说明他是国家独立的煽动者。卢梭因为“眼前障碍重重”和身体“不适宜海上行程”没有应邀前往，但他在信中表达了对这项事业的热忱，并代拟了一部宪法，在几年后正式出版。在这期间，卢梭先后接到了两个噩耗，一个是卢森堡先生患痛风而死去，对这位仁慈的贵人之死，卢梭特别伤心。他把卢森堡先生当作自己在法国惟一真正的朋友，他的性格温和，常使卢梭忘掉了他的官高位显，而把他当作与自己平等的人去依恋。卢梭逃离法国后，卢森堡先生仍和从前一样与他保持联系，经常给卢梭写信关心他，甚至在他的遗嘱上也写有卢梭的名字，表示要赠给他一笔遗产，但卢梭出于要维持他和卢森堡先生的真正友谊以及自己在道德上的一贯操守，没有接受这笔遗赠。使卢梭更悲痛的是华伦夫人的去世。她终于不胜衰老，不胜残疾和贫困之苦而离开了人间。卢梭为这位最慈祥的妈妈，最善良的女人的死亡而痛不欲生，但是他又相信她是到那善人的天国去了。在那里，凡是在尘世上所做的善事，都有温馨的回忆作为永恒的善报。他为她温厚而慈悲的灵魂祈祷：希望她去到对真正的慈善敞开了心灵的人们的身边，去享受慈善的果实。卢梭也感到妈妈的去世也是不幸中的大幸，因为上天结束了她的不幸，这就免除了她再看到自己的那些被养育者的不幸惨相。卢梭自从到瑞士后就没给她去过信，怕的是把自己的灾难告诉她，会使她为自己伤心。他对妈妈的怀念是永远铭记在心的，即使自己死后，也希望能在另一个世界里看到她。在莫蒂埃，卢梭还和巴黎大主教进行着激烈的辩论，受到了普遍关注。毕蒙主教说卢梭在他的书中宣扬的是假道学，说他是一个自认为学识丰富而误入歧途的人；一个在思想和行为上充满矛盾的人；一个用繁杂的思想来曲解道德的人；一个自称热爱圣典但一味地标新立异的人；一个自吹热爱隐居而又借此吸引他人注意的人；一个泯灭读者道德观念的人；一个主张人类社会平等又想将人类贬低到禽兽的地步的人。更严重的是，教皇还指控卢梭散布色情，斥责《爱弥儿》是建立在无神论的思想基础上的。
对于这些指责，卢梭坚决加以反驳。他在十分困难的情况下发表了《致毕蒙主教书》。在这篇文章里，卢梭阐明了自己的许多观点。他写道：
阁下，我何必要对你多费唇舌呢？我们如何才能相互了解呢？我们俩之间究竟有些什么误解？我之所以答复你，实在是你逼我这样做的。
我写过各种题材的书和文章，我一直保持着我的原则，我的道德观，我的信仰及戒律。而他们一味地反对我的书，更反对我。他们审判我书中的主题，我发表第一篇论文时，他们把我看成是一个充满矛盾的人。我的《法国音乐书简》问世后，我更被看成是国家的敌人，甚至被当作叛国贼。在《论人类不平等的起源和基础》发表后，我又被说成是无神论者，一个厌恶人类的人。在《新爱洛伊丝》出版后，我被看成是一个温柔而老实的人。但现在，我在他们眼里又成了一个顽固而渎神的人了。
在这篇文章里，卢梭也毫不隐瞒自己的宗教观，他明确地表达了自己的信仰：
主教阁下：我是个天主教徒，一个诚挚的教徒，遵从圣经福音的信条。我是个教徒，但并不是牧师的信徒，而是耶稣基督的信徒。我所坚信的天主并不要求深入讨论福音信条，而注重切身实行；他要求弟子信仰能使人类行善的事物，他告诉我们只要去爱自己的兄弟就是履行了信条。
但是，那些缺乏正义的教士，霸占职权，成为我宗教上的裁判者，而且告诉我应该做什么，不该做什么，他们的优越权利决不会影响我的原则，他们无法使我说出我不愿意说的话。如果我的真诚触怒了他们，他们就会想办法将我摒弃于教堂之外，我并不畏惧他们的威胁，因为他们无权判决我。
我发现宗教和政治都有缺陷，我关心这件事是因为政府中的罪恶只会使平民遭殃，但是良知上的错误将使道德沦丧到何等地步呢？
每一个派系都在残害他的兄弟、同胞，所有教会派别都以人的鲜血祭祀上帝，这种矛盾现象是如何产生的呢？但是，他们的确存在于我们社会中，如果有人想改良这种情形也算是罪恶吗？
这篇长达一百五十多页的《致毕蒙主教书》，于1763年交付出版。但出版后卢梭又受到了激烈的批评，日内瓦人的攻击尤为猛烈。随后，日内瓦当局还正式废除了卢梭的永久公民权，其态度之冷酷，和卢梭先前写的申明放弃公民权的信中所表露的对于故乡的感情，形成了鲜明的对比。在日内瓦对他发出通缉令之后，卢梭仍然对自己的祖国怀着希望。他认为，日内瓦的宗教界，至少是公民和市民，对通缉他的那道命令里违反教会法的地方会提出抗议的。但等了一年多没有任何反应，卢梭深感失望，觉得自己的同胞抛弃了他，于是作出相应的决定：声明放弃日内瓦公民权，也就是放弃他那个忘恩负义的祖国。回首往事，他曾努力为自己的祖国争光，但得到的报答竟是下令通缉！连宗教界和市民们也不出来说句公道话。想到这些，卢梭毅然给当年的首席执行委员写了一封信，正式申明放弃公民权。不过信的措词很温和，结尾还为日内瓦的公民而祝福。
卢梭的这封信提醒了日内瓦公民们起来保护卢梭也是保护自己的权利，他们向议会提交了意见书。有法国政府做后台的议会拒绝了公民们的要求，矛盾变得尖锐了，由此产生了许多小册子。由检察长特龙香撰写的《乡间来信》就在这时发表了。这是一部袒护议会的作品，写得十分巧妙，使国民代表派（代表公民意见的）无力辩驳。大家希望卢梭出来和特龙香对垒。卢梭在他的旧同胞的催促下开始着手批驳《乡间来信》。不过他这次非常谨慎，他正在写作驳斥《乡间来信》的《山中来信》，在与国民代表派的首领会晤时都没有披露，怕走漏了风声付印时会出现障碍。
《山中来信》发表后，立刻引起了轩然大波。文中不仅批驳了所谓“君主专制政体的重要性”，还批驳了日内瓦民事法庭对他的判决。日内瓦的小议会针对卢梭的作品发表了一个宣言，声称这部作品是渎神的异端邪说，要由刽子手拿去烧毁，不要说答复了，就连提到它都会感到丢脸。其实他们无法驳倒《山中来信》，不得不装出恼怒万分的样子而不予回答。糟糕的是，日内瓦的国民代表们看到小议会的那个宣言后，不仅没有提出申诉，反而按照宣言给他们指出的路子走，连为《山中来信》说句公道话的勇气都没有。巴黎当局下令将此书烧掉。
这种风潮不久就波及到了讷沙泰尔，不明真相的人们听说卢梭胆敢渎神，便对他产生了激愤的情绪，后来甚至发展到疯狂的程度。他们在光天化日之下就对卢梭进行侮辱，即使是那些曾得到过卢梭慷慨救济的穷人，也因听说卢梭对他们的信仰不恭而反目为仇。