上台之后，段祺瑞重操旧业，坚持推行其武力统一政策。3月10日，南北战事重起。南北战争，是一场规模空前的内战，段祺瑞共投入15万多的兵力，南方军阀兵力也近10万。激烈的军阀混战，致使湖南等地尸横遍野，血流满地，人民的生命财产受到了严重危害，激起了广大人民的不满。同时，为了皖系的私利，在征南战争中，段祺瑞还将直系兵力放于前而置皖系部队于后方，故战争中冒锋镝于前线者以直系将士为多，而随之坐享其成果者却为皖系。当直系之曹、吴之师攻取长沙后，皖系将领张敬尧竟被任命为湘督。这使其借刀杀人、坐收渔利之用心昭然若揭。这使直皖矛盾激化，曹锟扫兴北归，吴佩孚在前线罢战主和，矛头直指段祺瑞。虽然段祺瑞对曹、吴进行封官许愿，甚至花钱收买，都无济于事。八、九月间，在曹、吴的策划下，南北将领联名通电要求停战，公开反对武力统一。这不仅使八面威风的内阁总理段祺瑞十分难堪，而且，对其企图借行将到来的北洋政府换届之机谋取最高权力，显然也是沉重打击。
段祺瑞早就想爬上总统的宝座荣耀一番。“讨逆”成功之后，他就开始盘算此事。要想当选总统，国会自然很重要。但他借张勋之手迫使黎元洪解散了的旧国会，是绝对不会帮他这个忙的。但重组国会，又无法律根据，为此段祺瑞十分苦恼。这时，旧进步党梁启超主动前来相助。梁启超以研究宪法为名，组织了一个“宪法研究会”，也称之为研究系，为段祺瑞编造了一个所谓“法统中断”的谬论，策划了一个“恢复法统”的计谋。即沿用民初的先例，召集临时参议院作为过渡性的立法机关；由这个立法机关修改国会组织法和参、议两院议员选举法；再据这个新法召集新国会。研究系愿出来帮忙是想利用与段祺瑞合作的有利时机和地位，占据议会中的多数席位，左右政局，操纵内阁，在中国实行议会政治。这确实与段祺瑞同床异梦，段祺瑞所感兴趣的，参议员由各地方当局指派，借此排除异己，驱逐国民党．制造一个完全由他控制的立法机关，为当选总统创造条件。故1917年7月20日，在段祺瑞主持的第一次国务会议上就采纳了梁启超的“高见”。
为确保皖系把握换届选举的时局，段决定从政治上着手打击冯国璋，即阻止冯当选正式总统。此时，冯国璋仍是代理总统，任期将至，他极想被扶正，成为名正言顺的总统，为此，他密嘱他的女婿将军府参军陈之骥、总统府庶务总长张调辰，跟总统府秘书长张一麐商议，因为冯国璋一向知道张一麐与宪法研究会有渊源，他希望利用宪法研究会这一党派的党员为他到各省办选举。
段祺瑞在成功讨伐张勋复辟之后，为摒弃过去那个“不听话”的国会，他以国体重新回归“共和”，形同再造为由，依据当年南京临时政府的做法，于1917年11月10日成立了临时参议院，通过修改的国会组织法和议员选举法。二法规定：参议院由各省选出5名议员组成。因为所谓“选出”是由各省的军政长官来推选，而这些军政长官跟段派皖系有种种或远或近的关系，他们推选的议员自然能顺应段政府之意。国会是由参众两院的议员组成，有“听话”的议员就能组成一个听命本派系的国会，自然也就不愁选不出合意的总统。
1917年冬，临时参议院开会期间，“段派在北京西城安福胡同布置了一所较宽大的房舍，作为接近他们的议员聚会之所，名之曰梁宅。其初参加者仅数十人，如光云锦、臧荫松、刘恩格等。起初，“这个梁宅既无组织，也无领导，不过是参加的这些人在晚间无事的时候，随便到那里坐坐，或三五人，或数十人，彼此闲谈，有时也谈及政治问题，但没有任何会议形式，仅仅是同仁交换政见，联络情感而已。其后参加者日渐增多，娱乐之具亦随之添设，如棋类、麻雀牌等，应有尽有。于是在一般聚会之外，兼有俱乐部之性质了”。“有一次聚会，大家认为将来到各地方经营选举，必须有一个正式政治组织，方好号召。梁宅的名义是不行的。当时有人提议：‘这个梁宅不是在安福胡同吗，安国福民。名词很好，就称为安福俱乐部吧。’与会者一致同意，于是安福胡同梁宅摇身一变，就成为安福俱乐部了。”安福俱乐部刚成立的时候，它的成员仅数十人，但各个省的人都有，他们都是效忠段祺瑞的。该俱乐部短时间内发展壮大，转眼形成“操纵中央政权两年、轰动一时的安福系”。这里要说明的是，最终安福系都只是一个政治组织，而非政党。因为它没有政治纲领，没有党章，更谈不上什么信仰，亦没有完善的组织机构，非但无基层组织，就连各省市也没有分支机关之设置，只是后来在北京的太平湖设了个分部，不具备一个政党的条件。
王揖唐是安福俱乐部的发起者。他是安徽合肥人，清朝进士，曾到日本习武学，从士官学校毕业。回国以后，他跟随徐世昌到奉天，初为督练处参议，后任吉林兵备分处总办。袁世凯掌国的时候，“皖人多掌兵权”，学武的王揖唐却别出心裁，“独组织共和统一党，为袁氏排斥异己。世凯惊喜，呼为可儿”。为赢得袁世凯的欢心，他还到处鼓吹帝制。及至段祺瑞组阁，他又“出其曩昔包办政党之故智，组织安福俱乐部”，他与段跟前的红人徐树铮倾心结纳，徐树铮遂成为俱乐部的前台老板，后台老板自然是段祺瑞。
为了搞垮冯国璋，另选总统，段祺瑞从对日借款中取出80万元交给徐树铮办国会议员的选举。安福系遂以金钱和政治攻势并用操纵选举，尤以后者最为突出。刘振生在他的《安福系的形成及其内幕》中这样写道：“以黑龙江省为例来说，该省参众两院议员定额各十名，参议员系由省议会选出，众议员是由人民直接选举；全省共分两个复选区，即龙江道和绥兰道，各复选区监督由各道道尹兼任。当时绥兰道道尹谷芝瑞是与直系曹锟有关的人，于安福俱乐部活动选举，是个很大的障碍。而黑龙江督军兼省长鲍贵卿以他军政长官之地位，却全力支持安福系。在选举前夕，北京国务院假辞调谷晋京有所咨询，在谷离职期间，道尹和复选监督由该道首县县长常谷香代理。常一切听命于鲍，安福系自可颐指气使，为所欲为。由此可见，政治势力操纵选举到了什么样的程度。安福系挟官府之权威，加之以金钱的补助，哪有不获全胜之理，结果20名议员无一外人，全被囊括而去。黑龙江一省如此，其他各省也大同小异。”在直隶、京兆两地的选举中，安福系声称京兆选票要用专车送到北京，在京兆署开票。尔后在北京将票箱封条打开，做了一番手脚后再重新用封条封好送到京兆尹公署。安福系为操纵选举，丑闻频出。江苏省的江宁县进行众议员选举时，全城公立小学停课一天，学生们奉命从前门进，后门出，又前门进，后门出地循环投票，以增加安福系候选人的票数。
选举中，除了政治势力大显神通以外，金钱的作用亦“功”不可没。安福系以每票400元、800元、1200元不等的价格收买选票，据说某些选票高达5000元一张。受冯国璋支持的研究系也不甘示弱，争相用金钱收买选票，贪财的冯国璋甚至也舍得拿出40万元私款让王克敏交给宪法研究会的人。如此种种，当新国会终于召开的时候，当选的470名国会议员里，安福系就占了342名，交通系占50-80名，研究系占20名，剩下的为无党派独立候选人占有。时人称之为“安福国会”。这样的国会里面，大多数议员“是过去科举时代秀才、举人、进士之类，以及新旧官僚政客等，光怪陆离，冶为一炉”。
搞定参众两院的议员选举之后，安福系又拿出大量金钱贿选参众两院议长、副议长。王揖唐为了竞选参议院议长，托邓汉祥向议员唐尔庸、孙俊之、徐尚之游说，投他的票。王当选后，为表感谢，又请徐世昌亲笔书联，装裱完好，亲自给邓汉祥送去。另外，段祺瑞还委任邓汉祥为国务院咨议，月薪300元。为操纵议长选举，安福系给每个议员300元的出席费。选出安福系的王揖唐、刘恩格为众议院正、副议长；交通系的梁士诒、朱启钤为参议院正、副议长。
议员、议长都选好了，剩下的大事就是总统选举了。冯国璋代理大总统任期至9月份满，安福系上上下下早就为改选的事忙了起来。然而大总统人选问题，段派内部意见并不统一：有的主张选段祺瑞，有的主张选徐世昌。举段一派的理由是：我们费尽心血力气，终于办成了自己的国会，当然应该选举我们自己的领袖当大总统，岂能让肥水流进别人家的田。举徐一派的理由则是：北洋派已经分成直、皖两系，如今直系冯国璋本身就是以副总统代行大总统职务，如果举段不举冯，势必令直、皖分裂加剧；而徐世昌是北洋元老，任何一方都能接受，再说徐没有实力，与皖系也接近，能为己所用。就段祺瑞本人而言，他当然也想借此良机，凭借安福国会登上总统之位，但是举徐一派所述意见亦是他所顾虑的，以他现在的能力、威信便是做了大总统也不可能像袁世凯那样一统各派，反而会事事掣肘。事实上，以吴佩孚为首的直系就在大造舆论，要段祺瑞对南北内战负责。直系还多方讨好南方军政府，使之承认冯国璋为合法总统，反段而不反冯。这样的形势下，段祺瑞认为若自己硬要争上高台，只怕会摔下来，倒不如自己和冯国璋都下野，让那滑里滑头但无力量的徐世昌捡个便宜去。
段祺瑞考虑成熟后，便去拜访冯国璋，告诉冯他的想法，并表示自己绝不想当总统。冯国璋同意了。段又说可以推冯为副总统，冯心想总统都不做了，还做什么副总统，拒绝了，说自己决定息影林泉。段祺瑞一听，立刻表示自己也不当总理了。8月31日，段祺瑞通电引退。
徐世昌为人阴鸷深沉，八面玲珑。他早就在觊觎总统之位，奈何大总统须经国会选举，而参众两院绝大多数是属于安福系的，因此，他极力和段派接近。他曾公开表示，他当大总统只能一次，下次大总统必须由芝泉来干。为了拉拢议员，他四处分赠亲笔对联和亲笔签名照，和当时名优名伶赠照题名如出一辙，引为笑谈。但他的一番工夫确实令段系一部分人认为他是可以始终合作的最适当人选。1918年9月4日，徐世昌在到会436人的情况下，以425票压倒大多数当选大总统，如愿以偿。据说，在投票时，有一个议员幽默地投了“渔翁”一票，暗示冯、段“鹬蚌相争”，徐世昌“渔翁得利”。
大总统定下来了，接下来的事就是副总统的选举。冯国璋不甘心失败，出1．3万元买选票。奉系张作霖也想到这权力中心来插一腿子，出1．6万元收买议员。而段祺瑞瞩意的是曹锟，希望以副总统之位笼络住曹锟，把他的“武力统一”政策再继续下去。但新出炉的大总统徐世昌无论如何“不愿有一个拥有兵力的副总统，以防可随时取而代之。于是他巧妙地对段祺瑞说，大总统和副总统全是天津人，影响不好，应该把副总统一席空着留给南方军政府，以便得到合作”。徐世昌还设法取得了以梁士诒为代表的旧交通系的支持。此时，对在国会里占绝对优势的安福系议员来说，段祺瑞只出钱让他们选大总统，没出钱让他们选副总统，他们不愿尽“义务”，故此对这桩选举很不热心。其他派系人少，不到法定数，于是副总统的选举只好搁浅。
对段祺瑞来说，似乎一切都是按着既定目标进行的。9月11日，徐世昌通电允就大总统职，12月28日，特任钱能训为国务总理，其阁员是：外交总长陆徵祥、内务总长钱能训自兼、财政总长龚心湛、陆军总长靳云鹏、海军总长刘冠雄、司法总长朱深、教育总长傅增湘、农商总长田文烈、交通总长曹汝霖。除了龚心湛这个合肥人是新加入的，其余阁员都是旧人，而且多是皖系人。但段祺瑞逐渐发现大总统“东海”先生对段系并非如他所想的那样，徐世昌的态度是：“对段系不即不离，对直系则暗示亲近，即对关外的张作霖，也极尽拉拢之能事。”原来徐世昌不甘心做段祺瑞手中的牵线木偶，但因为“自己既无实力，就需要使直皖两系互相对峙，不相下上，才能巧取渔人之利”。好在这点不和谐音并没影响段祺瑞的心情，在他看来，本派系已经进入发展的春天。
政治上，段祺瑞挟安福系议员，对于重要问题，大半可以一意孤行，“有时府方亦不得不勉强对付之，如钱阁者更不在其心目中也”。特别是徐树铮，他这个时候“势焰熏天，炙手可热，段祺瑞、徐世昌几等于帝国时代的太上皇，而国务总理、国务员，亦须曲意与之联欢，因国会议员掌握着同意权及弹劾权”。徐树铮是跟着段祺瑞进退的，所以此时他在内阁中没有职位，但安福国会因人设官，给小徐特设了一个西北筹边使的职位，通过了所谓“西北筹边使”官制案，令徐掌握了热河、察哈尔、绥远三个特别区，其权限大到可以筹办西北各地的交通、垦牧、林矿、硝盐、商业、教育、兵卫等事务。另外，徐树铮还组建了西北边防军，自兼西北边防军总司令，还可节制、指挥西北所有派驻军队。11月，徐树铮说服外蒙取消自治，原库伦都护使署撤销，都护使陈毅改授豫威将军，回到北京，徐树铮就又兼了督办外蒙善后事宜。除此之外，他又进而获得节制陕西、甘肃、新疆、内蒙的全权。徐树铮在西北的权势已到了无人能出其右的地步，而他为了掌握中央、把持西北两不误，把他的西北边防军司令部设在北京，自己在库伦、北京两地往返。
这个西北筹边使官制案对当时政局的影响巨大。该案一经提出，就招来各派的猜忌。首先“直系恨之入骨”，令“接近他们的议员群起反对”；“东北的张作霖对此也有所不满……张作霖在愤怒之下，授意东三省六十余名议员投票反对”。最后该案是勉强通过。而直皖两系的摩擦日益加剧，段祺瑞、张作霖之间的关系也日渐疏远。段祺瑞不可能看不到这种政治上的变化，但他的自信此刻已升到了最高点。因为，军事上他除了西北军，还拥有一支由参战军改编的边防军。
参战军1918年7月开始筹备，8月成立参战军训练处，不久又成立军官教导团和军士教导团。12月两教导团结束，分赴各地招募新兵，筹备扩编成师。1919年1月正式成立参战军，共编成了三个师。这是段祺瑞在日本扶持下，假借中国参加第一次世界大战为由，利用参战借款组建的武装，参战军使用的武器和装备全部购自日本。其第一师师长曲同丰，驻北京北苑；第二师师长马良，驻山东济南；第三师师长陈文运，驻北京南苑。参战军教导团的军官和助教都聘请了日本的军官和军士来担任，另外还成立了一个以日本人坂西利八郎为首的顾问团。1919年7月，第一次世界大战结束后，段祺瑞的“参战”理由站不住脚，他便把参战军改为边防军，自己由参战督办相应地变为边防督办。