这成为远东国际军事法庭中一个非常引人注目的话题。于是，世界各地的舆论纷纷做出猜测，认为盟军政策将要出现重大变化，日本天皇有可能受到审判。
在远东国际军事法庭审理过程中，日本天皇裕仁的确是一个法庭无法绕开的焦点人物。梅汝璈在日记中曾两次提到天皇的战争责任问题。1946年4月8日，他在日记中写道：“明思(向哲浚)告诉我，说某国检察官主张把日本天皇列入战犯起诉，在今天检察官会议中引起了激辩，结果是这问题暂时搁置，未付表决。我说，这是个政治问题，就纯法律观点来说，我实在看不出天皇对于日本侵略战争何以会没有责任。这个问题在法官们私人谈话间屡次讨论过。大多数人与我持同样的看法。”5月7日，他在日记中写道：“各国舆论对于我们远东国际法庭这几天受理起诉和开审情形之反响和批评，归纳言之，日本报纸是表示满意，因为他们要把战争的责任往这班元凶巨寇身上推。美国方面，赞否不一。有一部分人士认为被控的人数太少，许多罪魁都漏网了，有一家报纸(似乎是《华盛顿太阳报》)简直说日皇是天字第一号的战犯，不应让他逍遥法外。英国自治领的报纸也有这种说法。苏联对法庭开审之事论之甚少，但有一家报纸很激昂地主张应置天皇于法。我想：天皇这次因为政治原因虽幸而未被起诉，但这事难免不有‘旧话重提’的一天，至少他难免有被传唤出庭作证的可能。——这只是我个人的一种感受，一个猜想。”
但是，就在卫勃直接讯问东条英机的第二天，远东国际军事法庭一开庭，卫勃庭长就正式宣布，远东国际军事法庭不起诉日本裕仁天皇。至于上一晚发生了什么，迄今仍是个谜。
季南检察长曾解释说：“日本天皇之所以未列入起诉之战犯名单中，完全系由联合国各国政治之观点所决定，此项决定苏联斯大林委员长亦已同意，因为此项决定是政治的决定，故本首席检察官不考虑将日皇列入战犯之问题。另一理由即为占领执之便利。”实际上，将裕仁排除在起诉对象之外，主要是麦克阿瑟的主张。这一主张代表了美国政府的意图。鉴于国际形势的变化，根据全球战略的需要，美国对日本不但不会把事情做绝，而且还要大力扶持！裕仁本人也曾通过季南检察长向杜鲁门总统转呈亲笔信一封，对美国占领军的“宽大”表示感谢，并声称将以立宪君主之地位，竭尽所能，发展美国式民主。
有研究日本史的学者推测，季南和卫勃是故意在审判进行到最关键的时刻，把矛盾引向日本天皇，但他们也知道，如果继续下去，将得不到美国政府的任何支持，所以也就及时收场了。
从开始到结束，东条英机一直不惜一切代价掩护天皇。这也是战后日本政府和日本战犯以及战犯辩护团从一开始就确定的最高辩护方针。
在对东条英机的审判过程中，还出现了一个美国最不愿看到的小插曲，美国检察官J．W．费利在被告认罪传讯阶段就毒气战、细菌战的问题讯问了东条英机。
问：“在日中战争期间，(日军)是否对杀伤性气体和刺激性气体加以区别？”
答：“我想后者——促使咳嗽和流泪的气体在某种程度上使用过。”
问：“难道使用这种‘刺激性气体’不是国际法所禁止的吗？”
答：“催泪气体以及促使打喷嚏的气体，世界上所有警察都在使用，您的国家也在使用。”
问：“使用这种刺激性气体，在国际法上没有被禁止吗？”
答：“实际上全世界的警察都在使用，原子弹怎么样？”
东条英机拒不承认日军实施毒气战的罪行，不但如此，还借美国使用原子弹一事来反唇相讥，意思是说，原子弹比起毒气弹来如何，美国不是使用了吗？你怎么不去追究美国的责任？
事实上，正是由于美国的操纵，在东京审判中，日军进行毒气战、细菌战犯下的罪行责任被完全免予追究。检察官一提到这个问题，庭长卫勃就要打断他的话：“这件事对我们审判官来说可是闻所未闻的新鲜事，这个问题就说到这里好吗？”
虽然国际检察局在开庭前就这个问题做过调查，但在起诉书中却将这部分内容删除了。法庭在毒气战、细菌战问题上的态度，可以说充分反映了美国政府的立场，美国为何要免予追究日军实施毒气战、细菌战的责任呢？据云“除了独吞‘科学和武器’的情报外，也许还和投掷原子弹的责任有些关系”。具体说来，就是有两个原因，一是美国在二次大战中就已开始研究细菌战和毒气战，也得到了日本从事这方面研究的情报，战后它怀着特殊的兴趣想把日本的研究资料由它一家秘密接收过来，而不愿让其他国家染指，更不愿在法庭上加以揭露。二是美国在日本广岛、长崎投掷了两颗原子弹，它害怕倘若在法庭上追究日军毒气战、细菌战的责任，辩护方会以提出美国投掷原子弹的责任问题相回击。美国正是有这些顾虑和担忧，才小心翼翼地避开了毒气战、细菌战问题。
1948年1月7日，对东条英机的审讯结束了。无论东条英机怎样狡赖，远东国际军事法庭最终认定了他的罪行。仅在第一类“破坏和平罪”中，东条就犯有对华实行侵略战争、对美实行侵略战争、对英实行侵略战争、对荷兰实行侵略战争、对法实行侵略战争，以及18年间一贯为控制东亚及太平洋进行阴谋活动等六项罪行。在东京受审的甲级战犯中，东条英机是罪行最严重的。法庭对28名甲级战犯长达数十万字的《起诉书》中共提出了55项罪状，而东条英机一人就占了54项。
1948年4月13日，在远东国际军事法庭即将结审时，日本《朝日新闻》在头版头条意外地登载了一篇美联社记者莫里斯？哈里斯对25名被告量刑的预测消息，顿时轰动全球。据哈里斯预测，死刑在25人中约占半数，监禁刑约为10人，无罪1至3人。哈里斯认为，其中制造“南京大屠杀”的松井石根将不会被判处死刑。看到这一预测，清濑一郎等日本辩护律师们急忙跑到盟军国际检察局去交涉，认为这则消息会使人产生先入为主的印象。美国律师也跟着起哄。
这条预测同样让中国代表们十分担忧。
1948年4月16日下午5点11分，在检察方面做了最后陈述并向法庭求刑之后，长达两年的审理就此结束了。日本战犯被押回巢鸭监狱，等待法庭对他们做出最后判决。由11个战胜国所组成的法庭随即展开秘密讨论，书写二战日本历史的终结篇，并决定日本战犯的命运。
按照事先预定的程序，远东国际军事法庭进入对28名日本甲级战犯起草判决书的阶段。当时，有人曾主张判决书统一书写，但中国法官梅汝璈认为，日本对中国的武装侵略，最远可从1874年武装侵略中国领土台湾算起，直到1945年8月无条件投降为止，历时达半个多世纪。有关日本军国主义侵华罪行的部分，中国人受害最深，中国人最明白自己的痛苦，中国人最有发言权，因此，法庭判决书中有关中国的部分理当由中国人自己书写。
经过中国籍法官梅汝璈的积极争取，经过法官们的讨论，判决书最终确定为10章。其中对中国的侵略部分单独列为一章。
作为来自中国的法官，梅汝璈理所当然负责判决书《日本对华侵略》的起草工作。判决书写得如何，将直接影响到最终的判决结果。
面对法庭两年来的审判，证据证言堆积如山，为了尽快完成工作，梅汝璈和他的两个助手夜以继日，竭尽全力，在长达三百页的初稿上倾注了大量心血。事后，梅汝璈曾经回忆说，那些日子，他们就像钻进成千上万件证据和国际法典中的虫子，每天在上面爬来爬去，生怕遗漏了重要的东西。
中国法官用了一个月的时间，向法庭提交了长达两百多页的判决书章节。在这次历史性审判形成的长达90余万字的国际刑事判决书上，留下了梅汝璈代表4亿多受害中国同胞写下的10多万字。这是所有判决书中撰写得最快的一份。梅汝璈撰写的部分很快就获得法官会议的通过。
在这之后，法官就将面临他们使命中最重大、也是最重要的工作，给所有被告量刑。也就是说，根据被告所犯罪行的大小轻重，决定究竟是让他们死，还是生？
在法庭审理结束三天后，国民政府外交部就已发给梅汝璈法官一封“东字1103号密电”。密电指示梅汝璈要代表中国政府要求对土肥原贤二、坂垣征四郎等9名侵华主犯“应从严惩治”。与此同时，中国国内舆论也对远东国际军事法庭马拉松式的审判极为不满，纷纷致电、写信给外交部或梅汝璈，强烈要求迅速结束审判，严惩战犯。
梅汝璈面临着巨大压力。
由于对国际法律的不同理解和受各国不同法律体系的影响，11国法官间意见分歧很大，并且逐渐出现对立情绪，特别是在对东条英机等25名战犯是否应该判处绞刑的问题上发生了激烈争执，来自本国已废除死刑且未遭到日军过多侵略践踏国家的法官们不赞成用死刑。
尽管欧洲的纽伦堡国际军事法庭早已终结，12个纳粹德国的战犯被判处绞刑，除戈林畏罪自杀以外，其余11人均被执行。
但在远东国际军事法庭的法官中间，对战犯的量刑却纷争四起，莫衷一是。法官们各自援引本国的法律条款，各自坚持着自己的主张，互不相让。这也难怪，远东国际军事法庭制订了必须共同遵守的《宪章》和诉讼程序，却没有一个共同的量刑依据。
印度法官从一开始就认为，国家行为不应追究个人责任，因此他主张无罪开释全部日本战犯，而且他的理由是：“世人需以宽宏、谅解、慈悲为怀，不应该用正义的名义来实施报复。”美国法官克莱墨尔也坚决表示反对采用死刑，但他的注意力紧紧盯在那些发动太平洋战争和虐待美军战俘的战犯身上。
卫勃庭长颇感为难，于是提出了一个非常古怪而可笑的办法：“将这些战犯统统流放到太平洋中某一荒无人烟的孤岛上去，就像当年拿破仑战败被流放那样，也算是对战犯的一种惩罚！”一些已废除死刑国家的法官和没有遭受日本荼毒国家的法官表示赞同。苏联军事法官柴扬诺夫将军反对。中国法官梅汝璈也据理力争说：“如不能依法严厉制裁日本战犯，既有悖于本法庭的宗旨，又违背《波茨坦公告》之精神。”他坚决要求严惩土肥原贤二、坂垣征四郎和松井石根等人。
从每个法官的态度中不难看出，力主死刑的是少数派。
为此，在法官会议后，梅汝璈专门来到卫勃庭长的办公室，就法庭严惩日本战犯之事，再次和他磋商。但商量了许久，卫勃庭长仍难改初衷。梅汝璈激动地说道：“审判长先生，我和我的同伴，都是受四万万五千万国人的委托，来此惩罚元凶祸首的。如远东国际军事法庭不能做出令人信服的判决，我等都无颜再见江东父老，惟有集体跳海一死，方能以谢国人！”“什么？！”卫勃庭长吃惊地瞪大了眼睛。“当然，个人之颜面、生死均是小事。千百万同胞的血债必须讨还。请审判长考虑我们的这一最后请求！”卫勃庭长被梅汝璈真挚的情感深深感动了：“我个人的意见可以收回，只是其他法官……”梅汝璈表示，自己将与其他各国同仁商谈。
为伸张正义、完成使命，整整一个星期，梅汝璈食不甘味，寝不安席，花了许多心血，费了无数口舌，经历了无数次面红耳赤的争论，与各国法官日夜磋商。梅汝璈用充分的证据向各位法官证实了日军的暴行，特别是在南京大屠杀中，日军令人发指的暴行，较之德军在奥斯维辛集中营单纯用毒气杀人的办法残酷百倍。因此，梅汝璈坚决主张对首恶必须处以死刑，并请各位同仁给予理解和赞同。他动之以情、晓之以理，只要有一线希望，就尽百分之百的努力。他坚信，要是对罪恶的行为姑息纵容、不加惩处，那就是无声的默许，而灾难就会重新降临。
这是梅汝璈最艰难的日子。
梅汝璈在后来和记者的谈话中，曾经用了一个典故形容当时他的心情：“伍子胥过韶关，一夜急白了头。”
远东国际军事法庭的法官会议一直都是秘密举行的，所有程序都是口头进行，不做记录。在远东国际军事法庭成立之初，参加审判的法官就曾经共同约定，法官会议上的所有投票、表决和彼此之间的意见均对外保密。所有法官都自始至终严格遵守了这一约定。
量刑是远东国际军事法庭的法官们无法回避的使命。11名法官必须做出清醒而理智的抉择。在梅法官的慷慨陈词和据理力争下，远东国际军事法庭采取秘密投票的方式来决定战犯的生死去留。
1948年7月27日，远东国际军事法庭宣布，由美国陆军部9人和日本26个人组成的翻译团将从8月2日进入东京的服部住宅，切断一切同外界的联系，开始进行翻译判决书的工作。显然，这个工作是严格保密的。在巢鸭监狱，等待判决的日本战犯度日如年。战犯重光葵在他的日记里这样写道：“4月16日休庭以后，已经过去3个月了，这3个月实在是太长了。昼夜在刺眼的电灯下受到严密监视，对人的神经是极大的负担……等待命运之日的到来，人们的心力已经快要耗干了。”
当1948年初冬来临的时候，远东国际军事法庭迎来了最后开庭的钟声。那个巨大的谜底就要揭开了。
1948年11月4日，远东国际军事法庭开始对以东条英机为首的25名甲级战犯宣判。
这天天气晴朗，风和日丽。早上，南京大屠杀的刽子手松井石根写下了一首绝命诗：“天翻地覆世如梦，昼夜之间态龙钟。”
在陆军部大楼外面，挤满了人。大楼的走廊里，头戴寒光熠熠的钢盔的宪兵密切注视着走廊里的每个听众。9时30分，11名法官排成一排，神情严肃地走进法庭。在各式闪光灯和水银灯的照射下，审判庭内一片灯火通明。坐在被告席上的战犯们在头天晚上已经洗过澡、刮过脸。此刻，一个个都心情忐忑地等待着法庭的最终判决。
在最终宣判之前，公诉人作了最后的求刑发言。这个发言很好地概括了这次审判的意义：“追究对和平、对人道的犯罪并予以宣判，只有对和平和人道具有强烈的责任心才能做到。在这个意义上，采取远东国际军事法庭形式的东京审判，应该说是最终意义，等于战胜国的和平宣言。”“全世界都应该铭记这次审判！”
公诉人讲完话后，一名法庭工作人员宣读《远东国际军事法庭判决书》。判决书一共宣读了七天。《远东国际军事法庭判决书》的开头是这样写的：“侵略是人类最大的罪行，是一切战争罪行的总和和根源。”