秦始皇焚书坑儒，其酷处不可枚举，号为无道，秦后之人深恶痛绝，因而显斥其名，尚无不可。若曹丕躬为篡逆，称名安宜。至汉武帝在汉室尚为振作有为之主，且兴贤用能，独持纲纪，虽黩武惑溺神仙，乃其小疵，岂得直书齐名，与秦政曹丕并论乎？……此等背理称名之谬，岂可不为改正，以昭示方来……并谕四库全书馆臣等，于校刊书籍内遇有似此者，俱加签拟改，声明进呈，勿稍忽略。
《四库全书总目卷首》
这时的乾隆登基已经超过四十年了，帝王无比的尊严，决不容许别人诋毁，他不希望后世之人也学李荐直呼汉武帝的名字刘彻一样，把他这位圣明的帝王直接叫爱新觉罗？弘历，因此在《四库全书？卷首》中严格规定，再将李荐诗歌中的“汉彻方秦政”改为“汉武方秦政”。文字的对错删改全凭乾隆的心意，比如乾隆对“夷狄”两字就非常敏感，一回他发现馆中进呈的《宗泽集》中将“夷狄”皆改成“彝敌”，乾隆大为光火，立即颁旨责罚要求复原。乾隆说：
前日批览四库全书馆所进《宗泽集》内，将“夷”字改为“彝”字，“狄字改为“敌”字，昨阅《杨继盛集》内，改写亦然，而此两集内又有不改者，殊不可解。“夷狄”二字，屡见于经书，若有心改易，转为非理。如《论语》：“夷狄之有君”，《孟子》：“东夷西狄”，又岂能改易！亦何必改易！宗泽所指系金人，杨继盛所指系谙达，更何所用其避讳耶？
可说把他的自尊心推到巅峰。从此以后《四库全书》编纂的方法，完全以乾隆的意旨为依归，也因此扼杀了许多珍贵的文化典籍。不过既然乾隆已经下旨明文规定，校对的工作就较为迅速起来，纪晓岚本来就熟知乾隆的心态个性，这次的白纸黑字让他心里有个底，编纂校阅成绩斐然，乾隆大为高兴。乾隆四十四年己亥(公元1779年)，擢升纪晓岚为詹事府詹事。詹事是个从三品的虚职，却也是翰林升迁的必经之道，这表示晓岚就快升到有实权的高位。果然隔不到一个月，乾隆就升纪晓岚为内阁学士负责传达奏章诏命，是个从二品的大官。这时的纪晓岚已经走出翰林院，进入更高一层的朝政决策圈。
由于编纂《四库全书》势必得览遍群籍，才能考定真伪，校正错误，所以身为总纂，纪晓岚举凡宫中秘典、私人珍籍通通可读到，在当时没人读的书能比得上他，他也为此而感到自豪，曾在《自题校勘四库全书砚》中说过：
检校牙签十万余，濡毫滴渴玉蟾蜍。
汗青头白休相笑，曾读人间未见书。
馆中的同事对纪晓岚也颇为佩服，知道这是事实，不过这诗也传到乾隆耳里，他自然知道纪晓岚身为总纂官，每本进呈的书都得经过他的眼睛，不过在自大的乾隆前说这种话，乾隆心里还是有些不舒服，认为他太过夸张，便把纪晓岚叫来问清楚。乾隆问纪晓岚：“纪卿，你任总纂官许久，遍览群籍，至今有什么书是你没读过的？”
纪晓岚以为乾隆是在问他校书的速度，如果回答仍有许多书未读，岂不表示他有负总纂职责，一时紧张，不加思索就脱口而出：“回皇上，臣无书不读。”说完，纪晓岚才想到说错话，可是话已经说出来，只好听候乾隆发落。乾隆道：“不愧是总纂四库全书的纪才子，既然纪卿说自己无书不读，那就让朕考考你，明天早朝，朕说出一本书你就得背起来。”纪晓岚只好遵旨。
回到馆中，纪晓岚苦着脸坐在椅子上，点起烟草抽了起来，他想天下书籍何其多，哪可能全读过？会背的书也是重要才背，更何况经史子集以外的书，多如繁星，皇上随便取一本，怎么可能背出来？丢官不要紧，丢了脑袋才难受，也不知如何是好，随手便抓起一本《皇历》翻翻，看看今年自己到底是不是犯太岁，怎么运气这般差？
乾隆在御书房里，也不知该出什么书叫纪晓岚背，纪晓岚好学聪敏又任总纂许久，校阅的书极多，而且过目不忘的功力令人佩服，这些经史子集他绝对能轻松应付，只有找经典以外的一些书籍。可是经典以外的书这么多，一时间还真不知要选哪本书。正想着，刚好内务总管捧着一本《皇历》要请皇上过目，乾隆一看大喜，他想纪晓岚一定没读过这本历书，明天就拿这本试试他。
第二天早朝后，乾隆把纪晓岚留下，立即指定纪晓岚背《皇历》。乾隆坐在龙椅上，得意洋洋地望着纪晓岚，心想，这次终于能考倒他了。纪晓岚一听到皇上要他背《皇历》，差点没笑出来，昨天才翻过《皇历》，今天皇上却要他背《皇历》，真是祖宗保佑。
乾隆翻到哪页，纪晓岚就背出那页内容，背得是流利顺畅，这下乾隆真是无话可说，他想破头也想不到，纪晓岚昨天乱翻书居然翻到《皇历》来看。乾隆心服极了，赞叹纪晓岚：“纪卿名不虚传，当真是无书不读，而且过目不忘，记忆惊人，有如活动的书橱般，朕就封你为‘两脚书橱’。”“多谢皇上！”纪晓岚心里大呼幸运，从此纪晓岚“两脚书橱”的雅号，就在文坛中传了开来。
这年夏天，中国闹了大旱灾，稻田晒得龟裂，小河也都枯干，草木凋黄，百姓几乎快过不下去了。各省都呈上灾情报告，乾隆看得是触目惊心，心痛不已，立即下旨开仓赈灾，乾隆自己也决定亲自祈雨。择定吉日后，乾隆率领文武百官到天坛举行祭天仪式，祈雨的祭典庄严肃穆，乾隆按照礼官的唱礼，依序行上三献礼，行礼之后，便准备宣读祷文。
祷文早就由专人拟好了，只是大家知道以往有祭典时，乾隆都是会拿出自己的祷文出来，交由旁人宣读，相信这次也不例外，所以礼官虽然手捧着祭祷文，也不敢拿出来宣读，众人都等候皇上的旨意。果然乾隆从袖筒中抽出祷文，顺手交给一旁的纪晓岚，众臣看到皇上亲自写了祷文，也都安静地等候纪晓岚宣读。礼官看到后就把祷文收了起来，纪晓岚接过祷文走上前去，打开准备宣读。这不打开便罢，一打开，纪晓岚脸都吓白了，一旁的礼官也傻住了，乾隆竟然给他一张白纸，上头一个字都没有。
纪晓岚大吃一惊，他连忙转头看着乾隆，乾隆却装作不知道，神情虔诚地等候纪晓岚开口朗读。纪晓岚这才知道皇上又要考验他，看他如何过关。他深吸一口气稳定下来，强烈的自尊心让他振作起来，捧着白纸，神情镇定大声地宣读：
帝曰：咨尔龙，岁大旱，用汝行甘雨，汝其往，钦哉！
临时集《书经》句子成的祷文，让他又通过考验，乾隆心愿又没能达成。礼毕后，刘墉他们才知道，方才乾隆开了这么个玩笑给纪晓岚，都吓了一跳，也佩服纪晓岚临危不乱的本事。
仪式结束，乾隆要纪晓岚、刘墉、和珅等人换成便服，随他微服出访民情。出了北京城，当真是灾情严重，看得乾隆心情沉重，众人也默默不言。直到回到北京城内，热闹的街市才让大家心情稍稍开展，加上和珅的油嘴滑舌，一下子就让乾隆忘掉方才令人难过的情景。君臣几人来到一家酒店中饮酒休息，乾隆看见酒店外挂着一盏宫灯形状的红灯，红灯四面皆写一个酒字，心有所感，便对众人说道：“朕有一联，众卿若能对出，朕即赐酒。这上联是：
一盏灯，四个字，酒酒酒酒。”
说完，大家沉默了许久。乾隆说完后，自己也想了半天，居然对不出下联，纪晓岚往外头望去，想找找看有什么可以属对的东西，正好更夫打着更，从酒店外走过。纪晓岚灵机一动：“有了！我对：
二更鼓，两面锣，铛铛铛铛。”
“好对！好对！哈哈哈！”乾隆高兴得大笑，立即赏酒给纪晓岚。乾隆等人在北京走了一会儿之后，纪晓岚等人便送乾隆回宫休息了。
编《四库全书》是非常辛苦的一件事，尤其对有严重近视、身体又有些肥胖的纪晓岚而言更是难过。《四库全书》要校阅的书籍极多，纪晓岚每天挂着他的近视眼镜，一字一句地检查，将精神全放在《四库全书》上，有时日以继夜，好几天都没回家去。有一天，天气极为炎热，胖子纪晓岚受不了酷热，干脆脱了官服图个凉快，打赤膊在那校书。
哪知乾隆突然驾临四库全书馆，检查《四库全书》编纂的情形，纪晓岚来不及穿上官服，连忙躲进桌下。桌下更是闷热，热得纪晓岚汗流浃背，苦不堪言，他只求皇上看完校书情况后快快离去。
结果乾隆一待就是个把时辰，好不容易，他听到外头好像没皇上的声音，以为乾隆已经离开了，又不敢确定，便叫了一声：
“喂！耳山，老头子走了没？”
“放肆！是谁这么大胆，敢说这种无礼的话，给朕出来！”天啊！原来皇上还没离开校馆啊！纪晓岚无法，只好苦着脸，从桌下钻了出来。乾隆听到这等无礼的话，本是龙颜大怒，可是看到纪晓岚一个人蹲在桌下，热得满头大汗又打赤膊的样子，就觉得好笑，气也消了大半。
不过乾隆还是装作生气的样子，喝道：“纪昀你好大的胆！敢说出这种无礼的话，‘老头子’是什么意思？要是你说出个道理便罢，否则定斩不饶！”众人一听，不禁替纪昀紧张起来，若是纪晓岚再说错话，让皇上不满意，口中说出“斩”字，纪大奇才就得进大棺材了。纪晓岚虽跪在地上，却不慌不忙地说道：“遵旨。不过臣衣服尚未穿上，不好回话，恳请皇上准微臣先穿上衣服。”“穿上！”纪晓岚赶忙穿起官衣，又跪下。乾隆不耐烦地道：“‘老头子’作何解释，快说！”纪晓岚道：“回皇上，万寿无疆谓之老；至尊无上谓之头；父天母地故称子。皇上万岁，又为至尊又是天之子，因此臣才称皇上为‘老头子’。”纪晓岚一番随机应变的妙解，让乾隆转怒为喜，不过又不愿如此作罢，又道：“好个伶牙俐齿的纪昀。你仗着你口才好，强辩掩饰己过是吧！现在朕说出一联，你得马上对上，否则，斩！”“臣遵旨！”乾隆一看校馆外的方桥，便说道：
四方桥，桥四方，四方桥上有四方，四方四方四四方。
语罢，纪晓岚随口对出：
万岁爷，爷万岁，万岁爷前呼万岁，万岁万岁万万岁！
千穿万穿，马屁不穿，纪晓岚这个马屁把乾隆捧得舒服极了，乾隆高兴之下，便饶了纪晓岚，挥手叫他起身。
纪晓岚一起来，乾隆发现他的眼睛又红又肿，眼球布满血丝，觉得奇怪，便问纪晓岚为何如此。纪晓岚不敢说，毕竟校书是分内事，事情没做完熬夜是应该的。“回……皇上，臣……是……臣……因为……是……”纪晓岚平时答辩无碍，今天居然会吞吞吐吐，乾隆觉得更奇怪，追着问：“纪卿但说无妨！”
旁边的陆耳山看纪晓岚不知所措的样子觉得好笑，心想平时只有纪晓岚戏弄人家，这次总算有机会戏弄他了，连忙假装好意地替他解围：“启奏皇上，纪大人实有难言之处，微臣愿代为禀告圣上。纪大人向来不习惯独宿，今为校书之事，已经数天未归，熬夜加上独居，以至于双目赤肿，所以……”
“哈哈哈！有这等事，纪卿真是辛苦你了。”纪晓岚听到陆耳山这样胡说八道，吓得浑身发汗，直说：“不是这样！不是这样子的！”“唉！纪大人，在圣上面前就该说真话，事实就是事实。回皇上，陆大人说的确是实情，纪大人为校书一事，尽心尽力以致宿疾复发，这种精神着实令人佩服啊！”一旁的王文治用话堵住纪晓岚，让纪晓岚是百口莫辩，乾隆看了摸着胡须，大笑离去。