宋教仁，字遯初，号渔父，湖南桃源人。他曾与黄兴一起发起成立了湖南的第一个革命团体——华兴会。1905年，他又参与了同盟会的筹组工作，成为同盟会的重要领导人之一。1912年1月，南京临时政府成立，他被任命为法制局局长。在唐绍仪的第一届责任内阁中，宋教仁担任农林总长一职。1912年6月，内阁总理唐绍仪因不堪袁世凯的压迫和专权，出走天津，宋教仁与其他几名同盟会阁员也联袂辞职。由于孙中山辞去大总统职位之后，一心致力于铁路建设和着书立说、总结经验，宋教仁实际上担当起了同盟会的主要领导责任。1912年8月，在他的积极推动和主持下，同盟会联合了几个小党团，合组为国民党，宋教仁当选为理事，理事长为孙中山。而孙中山又委托宋教仁代理理事长职务，使宋教仁成为了国民党的实际主持者和领导者。宋教仁本人笃信资产阶级民主政治，将同盟会改组为国民党的最主要目的就是想让国民党成为国会中的第一大党，进而组阁施行政党政治，以此来改变袁世凯总统擅权的局面。宋教仁为此四处奔走、到处演说，积极为国民党造势宣传。苦心人、天不负，宋教仁的努力在1912底的国会大选中得到了回报，国民党以绝对的优势获得了国会中的多数席位。宋教仁因胜利而踌躇满志，再次南下宣传国民党的政治纲领和组织政党内阁的计划。
袁世凯当然不能坐视宋教仁对自己权力的挑战，尤其是政党组阁这一条款，更为袁世凯所深忌。为此，袁世凯先是用重金收买宋教仁，尔后又许诺可以由宋教仁出任内阁总理，但前提是放弃宋教仁所鼓吹的责任内阁制。面对袁世凯的威逼利诱，宋教仁不为所动，仍然笃行民主政治。于是，袁世凯决意以暗杀的手段除掉政敌宋教仁。在他的授意之下，1913年3月20日，武士英在上海车站将宋教仁刺杀。
宋教仁遇刺之后，立刻在全国引发强烈的政治地震。宋教仁是蜚声国内的民主政治家，又是国会第一大党国民党的实际负责人，正在积极推进政党内阁的建立，政治影响力非同一般。宋教仁于此时被人暗杀，众目睽睽之下谁是重要嫌疑人？几天之后，调查证据表明，正是时任国务总理的赵秉钧指使上海帮会头目应桂馨雇用武士英暗杀了宋教仁。调查证据一出，举国再次哗然，明眼人都猜出了赵秉钧背后是何人主使？袁世凯自然成为为众矢之的。去年的张振武案犹在耳畔，今年的宋教仁又不幸罹难。时人在送给宋教仁的挽联中写道：
前年杀吴禄贞，去年杀张振武，今年杀宋教仁；你说是应桂馨，他说是赵秉钧，我说是袁世凯。可谓一语道破中华民国临时大总统袁世凯的主凶面目。
虽然袁世凯预谋暗杀宋教仁之事，黎元洪事前并不知情。但是宋案一发生，远在湖北的黎元洪就明白必是袁世凯所为。袁世凯的心狠手辣，黎元洪早在一年前的张振武案中就领教了。即使像黎元洪这样的“盟友”，袁世凯尚且还要借刀逼人，随时给予一击，更不用说不买他账的政敌宋教仁了，袁世凯必定欲除之而后快。不过，令黎元洪颇为担忧的是，宋教仁在其鼓吹的责任内阁制中，多次流露出“由黎元洪取代袁世凯”的意思。黎元洪深知袁世凯其实并不信任他这个副总统，随时伺机解除他的权力。而宋教仁要以自己取代袁世凯出任总统，更是触犯了袁世凯的忌讳。所以，宋案一发生，黎元洪立刻精心琢磨通电辞令，以博得袁世凯的欢心，祛除袁世凯对自己的疑忌。宋案的证据公布之后，基本可以断定元凶就是袁世凯，黎元洪连忙通电为袁世凯粉饰一番。在通电中，黎元洪强调以社稷、国家为重，告诫各省都督、民政长：“勿狙于成见，掉以轻心，以镇定息浮言，以公平安大局。”据说，袁世凯得到此电之后，对黎元洪甚为赞赏，猜忌黎元洪之心暂时消退了。黎元洪也得以从宋案中全身而退。
宋教仁被刺杀一案，给国民党人当头棒喝。所谓的政党政治和内阁责任制，随着宋教仁的离去，成为子虚乌有的幻影。孙中山也从宋教仁之死中幡然醒来，决意以武力倒袁。黄兴也在徘徊犹豫一阵之后，最终毅然决然地支持孙中山武力倒袁的行动。自从宋案证据被公开之后，袁世凯也深知国民党不肯轻易善罢甘休，所以积极准备武力统一南方。为了做好打内战的准备，袁世凯根本就不经过国会的同意，悍然于4月26日签署了条件极为苛刻的善后借款合同，又引发了新一轮的政治风潮。围绕着宋教仁案与善后借款合同，各派政治力量展开角逐，最终导致“二次革命”的爆发。
而黎元洪自通电取得袁世凯的短暂信任之后，紧紧抓住两大政治势力的冲突给自己提供的机会，再次扮演调停者的角色。1913年5月至6月间，黎元洪接连致电南北方，就宋教仁案和善后借款合同在南北各方之间周旋，进行调解。不过，从电文中能够明显地看出黎元洪拥袁排斥国民党的政治取向。尽管如此，国民党人要发动“二次革命”，黎元洪仍是值得争取的一支不可小视的力量。黎元洪的湖北军虽然屡经裁减，但仍然有四个师约六万人的兵力。特别需要重视的是，这些军队都是装备优良、战斗力很强的整编之师。因此，能否获得湖北方面的支持，确有胜败立判的效果。黎元洪若是能与国民党人合作，则袁世凯不敢轻举妄动。若是黎元洪与袁世凯联手，则“二次革命”成功的机率就大大降低。因此，南北方纷纷开始做黎元洪的工作，希图说服黎元洪与自己站在一起。
5月初，章太炎来到武昌。章太炎的武昌之行，就是想要策动黎元洪出面竞选总统，以便与袁世凯抗衡。不久，与南方国民党联系密切的岑春煊、李经羲、章士钊等人也来到武昌，以调停为名，做争取黎元洪的工作，力劝黎元洪出面竞选总统。黎元洪对于袁世凯其实也并没有什么拥戴之情，心中想的当然是早日登上总统之位。然而，袁世凯政治手腕的狡猾多变和用心狠毒，黎元洪历历在目，也不能不有所顾忌。北洋军的实力远胜于湖北方面，而南方的革命军虽然人数众多，但战斗力较差。黎元洪虽不是一个有雄才大略的政治家，但也决非是一个平庸者。善于在复杂的政治局势中见机“取势”，得以保全自己，在错综复杂的中华民国初期政坛上恐怕鲜有人超过黎元洪。这也是黎元洪屡居高位的原因之一。审时度势的黎元洪判断南方取胜的机会较小，而袁世凯此时也正密切注视着自己的一举一动，所以黎元洪对外抱定“非袁则乱”的宗旨，任凭章太炎等人如何劝说，不动声色。为此，章太炎讥讽黎元洪说：“吾尝论慰亭为人似袁本初者，今观公未免类刘表。”而黎元洪则一方面将与章太炎诸人会见谈话的内容向袁世凯电告；一面暗示“隔墙有耳”，催促章太炎等人尽快离开武昌。
不出黎元洪之所料，袁世凯在5月12日派军事顾问哈汉章到武昌，名义上是了解安徽、江西这两个由国民党人担任都督的省份的军事动向，实则暗含监视黎元洪言谈举止的深意。黎元洪默察于心，在送走章太炎一干人等之后，立即前后三次致电参、众两院和共和党本部，实际上是向袁世凯表明心曲。他称自己决不参加总统竞选，而袁世凯是惟一合适的总统候选人。如果有人推举他为总统，是居心不良，“在元洪为损友，在民国为罪人”。在接受某西方报社记者采访时，黎元洪一再强调，如果“二次革命”爆发的话，他将“力助袁总统”。面对黎元洪的一系列示好举动，袁世凯出于对湖北举足轻重地位的重视，也刻意笼络黎元洪，拨给武汉方面军饷一百万。黎元洪也为北洋方面进驻湖北、江西等地提供力所能及的帮助。到5月中旬，北洋军南下兵力已达两万余人，分布在湖北的各个险关要隘。
国民党的实力主要集中在湘、赣、皖、粤四省。四省都督李烈钧、谭延闽、柏文蔚、胡汉民均为国民党员。5月初，四都督曾联名通电，反对借款，其中尤以赣督李烈钧态度最为坚决。所以，袁世凯把江西作为攻击的首要目标。6月9日，袁世凯下令罢免李烈钧的职务，由黎元洪兼领赣督，欧阳武为江西护军使。黎元洪接袁世凯委任电之后，马上致电袁世凯，要求收回成命。然后便飞书驰电，对江西遥控。在他的指挥下，欧阳武由九江赶赴南昌，接管了都督印信，下令取消军政司，解散兵站，停止征兵，并将与北洋军对峙的队伍撤回江西腹地。面对袁世凯调兵遣将重新进行军事部署的举动，国民党人也做好了背水一战的准备。7月8日，李烈钧在赴上海与孙中山、黄兴等人会商后，潜回湖口宣布独立，发布讨袁檄文。李烈钧任讨袁军总司令，“二次革命”正式揭开帷幕。
然而，南方革命军队的实力远逊于北洋系与黎元洪的联盟，加之国民党内部的涣散，“二次革命”仅历时两个月便宣告失败。孙中山、黄兴等人再次亡命海外。国民党人的地盘几乎全部丢尽，北洋势力发展到了长江中、下游地区，气势汹汹。黎元洪因为在“二次革命”中为袁作伥，得到了袁世凯的奖赏，被授予一等文虎勋章。袁世凯还亲自书写了“民国柱石”的牌匾，派人专程去武昌送给黎元洪，以示谢意。
对“二次革命”的军事胜利，也为袁世凯赢得了政治上的主动。政敌国民党所能依靠的军事力量被基本消灭之后，袁世凯向独裁之路又迈进一大步。黎元洪在宋案到“二次革命”的整个过程之中，充分施展了他善于审时度势的政治才能，博得了袁世凯的暂时信任，没有在这场政治——军事之争中受到殃及。不过，从长远来说，国民党的迅速失败，袁世凯的最大政敌被除去，使得黎元洪失去了在袁世凯和国民党中间周旋的条件与可能。对于袁世凯来说，黎元洪反倒成为北洋系潜在的对手，所谓兔死狗烹之理是也。
黎元洪采取“拥袁”的政治策略，对外积极配合北洋军南下进攻，对内镇压湖北方面支持“二次革命”的党人。经历了群英会风潮、张振武被诬杀一案，尚存的首义党人渐渐感觉到黎元洪已经与他们渐行渐远。南方国民党发起的旨在讨袁的“二次革命”，黎元洪不但不给予支援，反而全力助袁挥军南下。革命党人不甘坐以待毙的命运，遂在群英会风潮之后，再一次发起“倒黎”运动。
早在“二次革命”尚未爆发之前的1913年3月25日前后，老同盟会会员田桐奉黄兴的委派，携黄兴致季雨霖等人的亲笔信由上海来到武汉联络革命党人。季雨霖接信后召集同人，在武昌昙华林第八师留守处开会。会上除了传阅黄兴的信件之外，还集中讨论了革命党人如何重新夺取湖北实际权力的问题。经过全体代表的议决，熊秉坤提出的先用宴会方式联络有志反袁倒黎的同人的方案被采纳。次日，季雨霖与田桐等人就在汉南旅馆宴请各部队团长以上、宪兵司令部营长以上和政界人士五十余人，开始联络工作。宴会散后，一部分革命党人又密议，决定建立组织，定名为改进团，以季雨霖为团长，宗旨是“改进湖北军政，继续进行革命事业”，以“推翻今政府为主义”，并设置了秘密机关，确定了具体的负责人员。
改进团首先以联谊、叙旧等方式，联络军队中的革命党人，准备以他们所掌握的军队酝酿起事。但由于湖北经过黎元洪裁军，革命党人能够控制的军队数量锐减。因为力量不足，改进团决定吸纳被裁的下级军官和一些生计无着的退伍士兵，不少会党成员也前来附和，以至于“旬日之间达到数万人”。革命的声势确实是相当壮大，但也带来了容易走漏风声的问题。原本定于4月6日起事的计划也因内部的意见不统一而暂时搁置。改进团的声名已经流转于武汉街头巷尾，黎元洪也有所耳闻。非常警惕也极为敏感的黎元洪联想到了武昌起义前的情景，深怕重蹈覆辙。所以，他一面命亲信黎天才率一个师速入城内加强防范，一面电请袁世凯派李纯带步兵一团到武汉镇守。同时，武汉城内缇骑四绕，暗探密布。
4月3日，改进团的骨干分子、负责碧秀里机关的容景芳在汉口宴请联络时，被侦探发觉。黎元洪得报后立即派出大批军警将容景芳等人抓获，随后又逼得口供，破获了碧秀里机关，逮捕了准备参加起事的军官。容景芳在刑讯下供出改进团的起事计划及季雨霖、熊秉坤、曾尚武等改进团要人。黎元洪立即下令通缉季雨霖、熊秉坤、曾尚武等人，解散革命党人李荣任所统率的一团，并派亲信可靠部队监视其他有可能发生兵变的队伍。
黎元洪充分吸取了张振武案的教训，首先制造舆论。他通电列举了季、熊等人多项罪状，并悬赏二十万元捉拿三人归案。所幸的是三人事先得知风声不对，已经逃往上海，才免遭被捕杀的命运。不过，黎元洪通电缉拿武昌首义有功的革命党人，遭到赣、湘、皖、粤四省国民党都督李烈钧、谭延闽、柏文蔚、胡汉民的抗议。原本准备将捕获的容景芳诸人行刑，也因四省都督的函电抗议，不得已下令暂缓执行。容景芳等人一直被关在狱中，直到1916年袁世凯败亡后，才被释放重见天日。黎元洪随即以缉拿改进团为名，对有参加改进团嫌疑的革命党人大开杀戒。当时的《时报》记载：“鄂垣近因改进团谋乱，缇骑四出，军警密布，拿获之犯，日有所闻。都督府军法处已成一大流血场。连日在内秘密处决者共有二十余人之多，所杀者十九系军政学各界知名之士。”另据《民立报》的报道，自3月底至4月初，被斩决的革命党人有一百二十名，尚待处刑的百余名，此外还有不少人被军法局秘密处死。《民立报》为国民党人的言论喉舌，其中所展示的数据未免有几分夸大。不过，黎元洪借改进团事件而大肆杀戮革命党人，并非空穴来风。
改进团经此一变，已无力举事。但革命党人并没有因此而一蹶不振。1913年5月至6月间，随着袁世凯对国民党籍都督的罢免，南北之间的局势骤然紧张，“二次革命”一触即发。为了配合主战场的作战，黄兴再次派遣在上海的季雨霖、熊秉坤、王宪章、王华国、杨王鹏等人秘密潜回湖北，与已在武昌的詹大悲、蔡济民等人会合，谋划起义。汉口国民党交通部和《民国日报》社被定为总机关，准备发动起义，并制定了6月25日晚以放火为号、各路一齐举事的计划。这次反黎斗争的策划虽有国民党的背景，但是仍然以改进团原来的组织为基础，所以可以看做是改进团的继续。