直皖战争后，直奉之间的矛盾日益深化，吴佩孚的势力影响着张作霖的发展。此时，孙传芳前来会商，机会难得，张作霖同意与王占元合作。这样，王占元在西南、张作霖在东北遥相呼应，形成了对吴佩孚的钳制之势。而吴佩孚很快就发觉了当前逼人的形势，为了接触这种钳形攻势，他决心驱走王占元，占领湖北。
吴佩孚，山东蓬莱人，生于1874年4月，20岁考取秀才，因和当地土豪闹事，被迫在22岁时去天津投淮军，从当勤务兵，传送文书起步，10年混到营管带，成为第三镇统制曹锟器重的人物；又过了10年，即到了1918年，北洋政府为了对抗孙中山的护法军派兵南下，吴佩孚随曹锟驻汉口，代理第三师师长，兼前敌总指挥。
不久，吴佩孚进入湖南，连进岳阳、长沙，赢得“孚威将军”桂冠。占领衡阳之后，吴佩孚便不前进，发出“罢战主和”的通电，并大唱“文官不要贪污卖国，武馆不要争夺地盘”的高调，并声明自己今生“不做督军，不住租界，不借外债”。
1919年“五四运动”爆发，全国人民反帝反封建的怒火迸发出来，段祺瑞控制下的亲日政府成为众矢之的。吴佩孚连发通电，反对在巴黎和约上签字，主张取消中日密约，支持学生运动，博得舆论好评。1920年5月，吴佩孚率军北上，7月参加直皖大战，9月荣升为直鲁豫巡阅副使，驻洛阳“练兵”。“倒夏运动”结束后，吴佩孚策划驱王占元出湖北。
夏寿康被王占元赶走之后，这位两湖巡阅使开始了肆无忌惮的克扣军饷、报假账，除此之外，他还以权谋私。这必将首先引起将士们的反抗。于是，当王占元赴天津参加会议的时候，武昌便酝酿了一场规模巨大的兵变。参加兵变的队伍打出“要饭吃，要活命”的口号，在城中大肆抢掠，商店、银行、工厂，连市民都遭了殃。抢掠之后，他们还放火焚烧管钱局和造币厂。这些变兵除了对本国人民大烧大杀大抢而外，还侵犯了外国商店，随后惹起了外交交涉。
变兵是王占元的直辖军队，这使王占元为之无地自容。他马上下了一道命令，变兵第二师第七团全团官兵近2000人准其退伍，欠饷一次发清，每人另给解散费20元，劫来赃物准其携带，由火车免费遣送其回乡。变兵们得知这一指令非常高兴，他们上了火车，但却在途中遭到伏击，只有数十人逃脱，而这次伏击行动的始作俑者是王占元。
王占元用这样恶劣的手段处理变兵事件，收回了发给变兵的欠饷和解散费，虽然追回了赃物，可是这个手段究竟不光明，加上兵变带来的灾难，使摇动的湖北人心更加动荡，鄂人对王占元深恶痛绝。于是，鄂绅蒋作宾为首，组成湖北商民请愿团，进行两次请愿，希望国务院能解决这一问题。
在这种情况下，湘军召开了一次军事会议，这次会议上同意了出兵“援鄂”，并推举赵恒惕为援鄂自治军总司令。刚刚夺得湖南大权的赵恒惕正积极倡导“自治”，遂以“联省自治”的名义，以湘军第一师师长宋鹤庚为援鄂总指挥兼第一军司令，统率一、二两师，由岳州出师进攻湖北。湘军发表宣言说：援鄂的军事目标是在驱逐王占元，驱王后“鄂事将还之鄂人”。
王占元得知湘军北攻了，便立即召开湖北全省军政联席会议，决定组织力量反击。但是，王占元心中明白，由于连年克扣军饷，军心涣散，操练不力，所有军队已无战力了。想了又想，只好任命现任十八师师长的孙传芳为担任中路前敌指挥，进行防御和抵抗。同时电请吴佩孚派兵支援。
湘鄂之战打响了，孙传芳率部日夜兼程，很快就抵达崇阳、通城等地区。孙传芳取胜心急，一到前线，便在羊楼司、赵李桥、蒲坼布置了三道防线，与湘军对峙。这几处地势险要，如派兵把守，可谓是“一夫当关，万夫莫开”。
7月的天气十分炎热，火红的太阳炙烤着大地，柳树低垂着枝条，树上的知了仿佛也忍耐不了这酷暑，不停地叫着。孙传芳抬头看了看当空的太阳，心想这种天气太热，根本不适合作战，但是为了抵挡来势汹汹的湘军，他别无选择，只能派兵迎战。军队部署好之后，他带领队伍深入前线，从7月29日到8月5日，双方交战了整整持续8天8夜，战况十分激烈。
孙传芳带领队伍浴血奋战，阻挡了数倍于自己的湘军，虽然几易阵地，但始终难分胜负，双方伤亡很大。连他的对手——湘军前线指挥也说“没有估计到王占元手下还有这样一个能打硬仗的战将！”
但是，孙传芳毕竟是孤军奋战，交战中显得力不从心。而且右路方面的湘军由南江桥进攻九岭，很快占领通城。当前形势非常紧迫，孙传芳带领部下从赵李桥向蒲圻撤退，没等站稳脚跟，湘军再次逼近。8天之后，战局越来越不利于鄂军了，王占元急忙致电北京请求援助。
吴佩孚在接到王占元的求援电时，立即派遣直军第二十五师师长萧耀南为援鄂总司令，即日向武汉出发。随后，他告知王占元：“已着萧耀南部火速增援”。可是，萧部却远在天边，迟迟见不到影子。王占元催促萧军迅速接防，加入战斗，但萧耀南那却不肯接防。王占元感到大事不妙，再求吴佩孚，吴佩孚依旧按兵不动，而且暗中放出“援鄂”——“不援王”的风声。
其实，吴佩孚的目的很明显，他想趁此“湘鄂之战”把王占元这个武夫赶出去。此时的王占元已经陷入了“四面楚歌”的境地，而萧耀南却“按兵不动”，大有“隔岸观火”之势。王占元灰心到极点，深知自己与吴佩孚有矛盾，此时的情形，吴佩孚定不会真心帮忙解围的。他知道吴佩孚“援鄂”的意图在了，无奈之下，他做好了下野的准备。
此时，毫不知情的孙传芳还在坚持奋战，眼见队伍伤亡惨重，孙传芳忽然心情不安起来：“巡阅使是直系的主力，为什么吴佩孚不支持他呢？仗打了许多天，援军还不见影。这援军是真是假？”想到这里，孙传芳愈加相信“援鄂”——“不援王”的传言了。
就现在的形势看来，并非空穴来风。王占元大势已去，他将被迫下台，想到这里，孙传芳经定撤退，以求“保存实力”、“扩大自己”。事实果然如此，孙传芳得到情报，证实了吴佩孚派兵入鄂的真正目的是坐收渔人之利，想将湖北收入囊中。
于是，孙传芳下令放弃蒲圻，向鄂东转移，退到武穴集中整补军队。由于孙传芳的撤兵，湘鄂之战急转直下，湘军很快占领了蒲圻，随后扑向靳云鹏所守阵地。靳军仓促应战，伤亡很大。吴佩孚得知立即派遣赵英杰旅和萧耀南师前往支援。
鄂军败局已定，防线全被突破。王占元被迫于8月7日通电辞去本兼各职。王占元下野了，吴佩孚被任命为两湖巡阅使，萧耀南为湖北督军。几天后，王占元带着眷属和在湖北搜刮的大批财物乘坐“楚振”轮去往天津。他向送行的孙传芳吞声饮泣说：“我六十多岁的老翁，想不到今天还上人家的大当！”他没有指出上了谁的当，所谓“人家”可能是指赵恒惕，也可能是指吴佩孚，或者两者都是。孙传芳凝视着王占元，却说不出话来。或许走上军阀之路也就代表着走上了一条不能回头的路，路上，你只能向前走，不能回头，亦不能后退了。
王占元通电下野后的第6天，即8月12日，湖北形势发生了急剧变化：吴佩孚以两湖巡阅使的头衔来到武汉，湘军从此再不援鄂而退出湖北。从此，湖北大地又是一派升平。8月13日晚，吴佩孚率领第三师、第二十四师以及鲁军混成旅大约3万多人抵达刘家庙车站，下车后，他见欢迎的队伍中没有孙传芳，便问：“孙传芳怎么没有来？”
湘鄂战争结束后，孙传芳一直停留在武穴，曾经提携过他的王占元失落的去了天津，他心里也不是滋味。怎么说王占元也是他的恩人，自己能有今天多亏他的提拔，而王占元下野很大一部分原因是吴佩孚，如今吴佩孚坐上了王占元的位置，孙传芳不了解他，更摸不清他的脾气，所以不敢贸然去汉口。
秀才出身的儒将——吴佩孚，治军办事都十分讲究礼法，他和王占元不同，王占元是一介武夫，而吴佩孚是个学问将军。新官上任，下级应该主动迎拜，报告情况，而孙传芳却没有来，吴佩孚并没有因此而生气，相反，在了解到事情的缘由之后，他越发欣赏孙传芳了。他派人前往武穴，盛情难却，孙传芳重返汉口，到巡阅使署求见新巡阅使。
吴佩孚深知孙传芳是一个难得的军事人才，很想收他为己用。吴佩孚正想着孙传芳的时候，孙传芳来了。吴佩孚连忙传话让他到会客厅来。很快，孙传芳来到会客厅，抬眼望去，吴佩孚竟然轻装便服立在客厅门外迎候他，这使孙传芳受宠若惊。
寒暄过后，吴佩孚拉着孙传芳的手说：“王老头走哩，咱们一块干吧！你带着第二师及其余军队开往宜昌去。”聪明的孙传芳马上说道：“传芳能够攀附大帅，也算平生幸事。大帅若不嫌我笨拙，我便永远追随大帅鞍前马后！”。
1921年8月28日，在吴佩孚的保荐下，北京政府任命孙传芳为长江上游警备总司令兼第二师师长，移驻宜昌。从此，孙传芳就紧紧追随吴佩孚了。