1885年（光绪十一年）4月的一天晚上，山东泰安一个名叫下乔庄的小村子里，伴着响亮的啼哭声，一个婴儿呱呱坠地，这个婴孩名叫孙传芳。
孙传芳的爷爷名叫孙振仑，是一个普通的农民，家境并不富裕，结婚之后便举家移居至下乔庄。孙振仑生有一子，即孙传芳的父亲，名叫孙育典。由于自身是个农民，饱受穷困之苦，孙振仑希望儿子孙育典能考取功名，不再受穷。
孙育典听从父亲的教诲，勤奋读书，称得上是宵衣旰食。功夫不负有心人，他在22岁那一年考中了秀才，但却在接下来的会试中却屡次落榜，最后觉得与举人无缘，无奈之下便回到家中办起私塾，做了私塾先生。
两年后，他在父母的媒妁之言下，和同村的一个名叫张莲芳女子共结连理。结婚之后，妻子连续生了三个女儿，此时的孙育典十分着急，原因是重男轻女的封建思想在作祟。因为在当时的社会，不论是城里还是乡下，每家每户都要有男丁，生男孩是天大的喜事，意味着可以继承香火。而且孙家到孙育典这一带已经是三代单传，所以他更加渴望能有一个儿子。
一天，孙育典在街上闲逛，无意间看见有卖送子观音的，盼子心切的他毫不犹豫的买回一尊摆在桌子上，日夜烧香，期盼观音菩萨能给他送来一个男孩。不清楚是不是孙育典的诚心打动了观音菩萨，一年后，他果然得到了一个儿子。得到儿子的孙育典高兴之极，当即就给儿子取名“传芳”——意思是无量的功德流传远长，同时更希望他能光宗耀祖。
亲戚们听说孙育典喜得贵子，都相约来道贺。他们看着眼前的孙传芳天庭饱满，哭声洪亮，眼睛明亮有神。大家都说他以后必成大器，肯定会做大官、发大财，或许在当时，这只是道贺的常用语，可是在场的人们不知道这个男孩正如他们所说的一样，在即将来临的动乱时期当了大官，并在中国历史上留下深刻的印记。
孙传芳在家中排行最小，又是独子，自然成了家中的宝贝。父亲还给他取了另外一个名字“馨远”，也是“传递香火，流芳百世”的意思。家里人都喜欢叫他“馨远”，只有邻居和父亲的朋友会叫他“传芳”。他就在这样在母亲和3个姐姐的宠爱下茁壮成长。
孙育典对儿子的管教非常严格，希望儿子能实现自己没有实现的愿望。孙传芳5岁的时候，孙育典就教他识字，背诵三字经。见儿子聪明伶俐，他非常高兴。
孙育典不仅对自己的儿子管教严格，对私塾里的学生也非常认真负责，管教起学生来也是极为严厉。一些不肯规规矩矩听讲的顽皮孩子经常要受到他的呵斥，有时还要罚站，或打手板。因此，他的桌子上总摆放着一个戒尺，如果有顽劣的学生，他便打他们手板，以此来教育他们下次不要再犯。为了学生的前程，孙先生可以说是用心良苦，因为弟子考上个举人进士，也能给他这个落第秀才挣点光，换回点面子，因此，严师出高徒成为了他执教的信条。
先生对学生严加管教，本来对学生当然是件好事，但是，没想到孙育典却因此而惹祸上身，引起了一场祸端，而他自己也因此抑郁而终。
孙育典的一个孙姓本家舅舅把10岁的儿子送来读书，按常理孙育典还要称这个十岁的孩子为小表弟。为了不让远房舅舅失望，他打算严格谨慎的教育这个小表弟。谁知道，这个顽劣的孩子却很不懂事，不服从先生的管教，平时爱贪玩，有的时候还欺负私塾里比他小的孩子，这使孙育典十分头疼。
那是一个深秋的早上，孙育典像往常一样早早的来到私塾给学生们上课，但却发现小表弟不在。原来他偷偷地跑出学堂到集市上闲逛去了。
“学习时间不在学堂读书，竟然跑到外面玩耍？你怎么如此顽劣，今天我非要教训你。”孙育典十分生气，拿起桌子上的戒尺打了小表弟十几个手板。
孩子手心的皮肤很嫩，被戒尺打过之后，瞬间红肿起来。小表弟“哇哇”直哭，他对着孙育典嚷道：“我要告诉我爹，你这个表哥打我！”随后便跑回家了。
看着小表弟远去的背影，孙育典也很后悔，后悔下手那么重。几分钟之后，他的远房舅舅还有舅母便赶来说理。孙育典急忙道歉，但是他们还是不依不饶，不容分说便孙育典扭打起来。
扭打中，孙育典的发辫被揪下来一大缕。在私塾里所有学生的面前，发辫被揪，对于私塾先生来说，当然太伤脸面了，没有了师道尊严不说，连做人的自尊也损害了。郁闷的孙育典从此卧病在床，妻子以为他是患了伤寒，便请来郎中为他医治，郎中却无奈地摇头叹道：“病人郁气集结于心，不是简单的伤寒药所能治愈的。心病终须心药医，解铃还须系铃人。”说完便离开了。
望着床上日渐消瘦的丈夫，张氏掩面哭泣，伤心道：“到底用什么药才能医治好你的病？”
两日之后，孙育典的病情愈加严重。他望着窗外昏黄的傍晚，长叹了一口气便撒手尘寰了。他死的时候，没有留下只言片语，那时的孙传芳还是一个六、七岁的孩子。
孙育典死后，孙传芳的母亲带着他们姐弟，日子很不好过。孙传芳的母亲张莲芳出身于历城一带黄河河工的家庭，张莲芳的父亲原是黄河上的一个小工头，家境还算殷实。张莲芳嫁到孙家后，勤勤恳恳，为孙家打理着一切事务，如今丈夫去世，照顾老母、抚养孩子的重担都落在了她一人身上。
几年后，孙育典的母亲、孙传芳的祖母也离开了人世，临终前，她握住张莲芳的手嘱托她照顾好几个孩子，尤其是孙儿孙传芳，她说孙家的希望全都寄托在孙传芳的身上了，希望儿媳能将他培养成栋梁之才，得以光宗耀祖。张莲芳含泪答应了婆婆的嘱托。
孙育典去世时，大女儿和二女儿都已经出嫁了。大女儿嫁到了商河的程姓人家，家里开了个钱铺，家境颇为宽裕，生活还算幸福。二女儿嫁给历城一户姓吕的人家，过着简单平淡的日子。张氏带着婆婆的遗训抚养三女儿和孙传芳，三人相依为命，日子过得非常艰难。
因为孙育典虽然生前是一个教书先生，但是却没有积蓄，死后也没留下什么家产。所以，张氏暂时带着儿子和三女儿依靠丈夫的堂兄弟们生活，尝够了寄人篱下的滋味。人们总能看见张氏一人在田里辛苦的忙碌，傍晚回到家里还要照顾两个孩子，很是辛苦。不光是这样，她还要忍受妯娌和堂婶的脸色和冷言冷语。
邻居们都劝说张氏改嫁，但是张氏却一笑带过了，她很清楚带着两个孩子改嫁的生活，依然是寄人篱下、依然得看别人的脸色生活，苦了自己不算什么，关键是两个孩子不会幸福的。她答应过死去的婆婆会照顾好这几个孩子，她相信自己能做到这一点。
年幼的孙传芳就已经很懂事了，他知道母亲带着他和姐姐生活很辛苦，而且还要看堂婶的脸色过日子。孙传芳的这个堂婶泼辣刁钻，对他们异常刻薄，终日称张莲芳“寡妇”，稍有不顺眼，她就指桑骂槐，欺负张莲芳。
一天，孙传芳和堂婶家的弟弟一起在院子里玩耍，他们你追我赶玩得不亦乐乎，就在他们相互追逐的时候，孙传芳不小心将堂弟碰到在地。堂婶听见儿子的哭声立即从屋子里跑出来，不分青红皂白就将孙传芳狠狠地打了一顿，打得他血瘀满身。
张莲芳见儿子被打成这样，既心疼又难过，便找到弟媳妇问她：“你怎么能这样狠打孩子？馨远还很小，根本不懂事。”
不料孙传芳的堂婶却理直气壮地说：“馨远不听话，我教育他呢！”
“你怎么能下手这么重？他还是个孩子。”
“我的管教方法就是这样，你吃在我们家，住在我们家。是我收留了你们孤儿寡母，你却不知道心存感激，还来刁难我？你们要是不想住在这里就搬走，我不会留你们。”刁钻的堂婶有意要赶走张莲芳。
张莲芳沉默了，像她这样带着两个孩子能到那里去呢！自己苦点累点不算什么，就怕苦了孩子们，就算是为了两个孩子，她也要忍着。她领着孙传芳回到家中，给孩子做饭。
懂事的孙传芳见母亲受了委屈，想安慰母亲，他挽起衣袖帮母亲洗碗。
“馨远，回屋去，娘给你做饭。”张莲芳连忙把他抱起来送回屋中。
孙传芳却拉着母亲的手对她说：“娘，我不疼了？”
看着儿子小胳膊上的淤青，张莲芳抱住儿子失声痛哭，她知道儿子是在安慰她，小小的年纪就这般懂事，她看在眼里很欣慰。而作为母亲却不能让他有个幸福的童年，她又很愧疚。
孙传芳帮母亲擦干眼泪说道：“娘，以后我和您一起去田里干活吧！我现在力气很大。”
看着儿子可爱的样子，张莲芳破涕为笑说：“娘不用馨远帮忙，你还小，以后有机会你还要继续读书，以后要为孙家争光。”
“是，娘。”孙传芳认真的点点头。
母女三人的日子就这样平静的过了两年，一天，刻薄的堂婶又找了个理由把孙传芳狠狠地打了一顿，孙传芳那时才十岁，他倔强的推开堂婶跑出屋子，不过堂婶还不罢休，抓住他的辫子又是一顿打。下地刚回来的张莲芳见儿子鼻青脸肿的坐在地上不由得怒火中烧，她再也忍受不了这种心狠手辣的人了，做娘的怎么能忍受得了儿子三番五次的被打？她拉住孙传芳的堂婶和她扭打在了一起。
日子实在是过不下去了，张莲芳决定带着三女儿和孙传芳离开下乔庄，投奔到商河县的大女儿家。由于程家开钱铺，生活比较宽裕，在那里，张莲芳母子3人的衣食不成问题。就这样，孙传芳的童年生活也算是安定下来了。
可是就在这时，山东迎来了清廷的动荡不堪。当戊戌变法失败后，清廷守旧派重新得势，恰与民间反对洋人和天主教、基督教的暗潮暗合，于是义和团乘势而起。义和团原是反清秘密组织的团体，后来逐渐转变为以反洋教为宗旨的群众团体。他们最初以大刀会的名义在山东练习拳棒，准备和教士搏杀，所以又称义和拳。
当李秉衡出任山东巡抚的时候，大刀会在山东正是盛行。整个10月，大刀会曾杀死两名德国传教士，李秉衡因此被革职，由毓贤继任山东巡抚。毓贤既有盲目排外思想，又无兵无力剿灭义和拳，便改义和拳为团练，称“义和团”。义和团得到毓贤的支持，于是在山东境内大为蔓延。它代表中国民间和下层社会的一种倾向，这是中国古老社会在西方势力冲击所产生的反抗力。
1899年（光绪二十五年），北方大旱，农田里的作物几乎都旱死了，农民们没有了收成。而洋人和传教士在中国内陆所引起的反感，直接、间接都有助于义和团，于是由饥饿和排外汇合而成，义和团公然举起了“扶清灭洋”的大旗，自山东崛起。不到一年的时间，义和团便自山东蔓延到河北、山西，甚至进入北京，除了焚烧教堂，杀戮教士、教民而外，还要拆卸铁路路轨和电线。义和团的崛起，表示数千年古老中国社会对教会的拒绝，中国士大夫对西洋势力侵入的反抗，清朝王室和西方国家的嫌怨，汇成一股洪流，奔腾澎湃，一发而不可收拾。
那时的清廷先是在中日甲午战争中战败，随后签订了丧权辱国的《马关条约》。面对国内动荡的局势，清朝统治层内部一些人提出了形形色色的改革意见。大家都认识到军队是国家统治的重要工具，因此要求改革军队的呼声最高。清廷也连发上谕，认为该练“新军”是强大的“关键”。于是，朝廷决定编整一支能抵御外敌的新式军队。就在《马关条约》签署后的6个月，清廷的亲王和军机大臣们开始商议练建新军工作，而袁世凯也被受命负责起草和规划。不久他受任主持训练新军事宜，于是他便开始了一生中最重要的事业——小站练兵，以北洋正统力量自居。
小站距离天津70里，原名新农镇，是天津到大沽火车站中间的一个小站，本来很荒凉，因为铁路修筑后，新农镇成为一个小站，是铁路必经之地，所以渐渐的热闹起来，小站这个新地名也逐渐代替了新农镇这个就地名。于是，袁世凯选择在这里展开舰练新军的工作，此外，清廷还鼓励各省建练新军。
袁世凯虽然自认为是文武全才，但他毕竟没有军事的实际知识，因此，他开始网罗负责带兵和练兵的军事人才，在这之前，李鸿章在天津创办了一个武备学堂，这个学堂的总办是旗籍道员荫昌。袁世凯便请荫昌推荐军事人才，荫昌推荐了在武备学堂毕业的学生冯国璋、段祺瑞、王士珍、梁华殿和王英楷。冯国璋、段祺瑞和王士珍后来成了着名的“北洋三杰”，而王英楷是与“北洋三杰”齐名的角色。而王英楷对孙传芳的影响是非常深的。
10月，袁世凯率领武卫右军到山东会操。这时山东的义和团起义很热烈，袁世凯和他的新军开赴山东，是荣禄所安排的。原来山东闹义和团已经很久了，大约有两年多。
11月，清廷派袁世凯署理山东巡抚，于是，袁世凯抵达济南接任，随后，他针对山东的情势拟定了治本和治标两种途径。一年后，袁世凯正式被补授为山东巡抚，这时他的新军已经在山东境内布置妥当，而当时的义和团在济南、泰安等地活动激烈。由于当时慈禧很重视义和团，袁世凯开始尚不敢对义和团大动干戈。当慈禧对外宣战后，袁世凯采取极其狡猾的手段，一方面设法解散义和团，一方面发布命令严禁义和团活动。就这样，义和团纷纷率领军队自山东向河北、山西各地发展。
在这兵荒马乱的时期，袁世凯所带领的军队与义和团的角逐接连发生。袁军对待义和团的态度先是怀柔安抚，后来干脆实行了完全镇压的政策，他们对义和团杀伐逮捕，义和团的成员便东躲西藏。商河县兵灾战乱不断，无奈之下，张莲芳又带着子女回到济南避居。这一年，孙传芳十三岁。
当时的济南很是繁华，这座古老的城市是中国着名的泉城之一。虽然义和团的运动在山东轰轰烈烈的进行着，但此时的济南依然是热闹非凡。张莲芳带着三女儿和儿子来到济南城内，正是深秋时节，秋风瑟瑟，一家三口穿着单衣，拿着包袱，走在街上很是凄惨，他们与这热闹的街景格格不入。
张莲芳在这里无亲无故，只能自己想办法生存。她们离开商河县的时候，大女儿塞给她一个小包，用绣花手绢包裹着，打开一看原来是钱，不是很多，但是也解决了一路上的车费和饭钱，此时已经没剩多少了。如果不想办法赚钱的话，恐怕连吃饭都成问题了。看着街角有一间废弃的旧房子闲着没有人用，张莲芳花了点钱把这间旧房子买了下来。随后她在房外用泥土垒了个土灶，买了一口旧大锅，便在街上摆起了茶摊，以卖茶水度日，日子过得很艰辛，但是总算安稳下来了。
三女儿很喜欢武术，每当茶摊不忙的时候，她都会和弟弟跑去对面的街上看一个武术团的表演，有的时候还模仿那里的师傅练上几招。直到武术团收摊，他们才恋恋不舍的回去。有一天，天气闷热，来茶摊上饮茶的人很多，张莲芳又是烧水，又是端茶，忙得满头大汗。需要帮忙的时候，两个孩子却跑得无影无踪。
正当张莲芳又急又气的时候，他们回来了，三女儿美滋滋的告诉母亲：“娘，对面街上武术团的师傅们打拳打得特别精彩。”